BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G14420.1
Length=1515
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478862 jgi|Araly1|478862|fgenesh2_kg.3__1563__AT3G14420.2 2050 0.0
> Ahg478862 jgi|Araly1|478862|fgenesh2_kg.3__1563__AT3G14420.2
Length=1418
Score = 2050 bits (1110), Expect = 0.0
Identities = 1208/1254 (96%), Gaps = 11/1254 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 133 ATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAAGCTGCCTAAGATG 192
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 165 ATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGACGCAATCGCAAAGCAGAAGTTGCCTAAGATG 224
Query 193 GTGTACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGACCAATGGACTCTTCAAGAGAACAGAAAC 252
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 GTATACGACTACTATGCGTCTGGTGCAGAGGACCAATGGACTCTTCAAGAGAACAGAAAC 284
Query 253 GCTTTTGCAAGGATCCTCTTTCGGCCTCGGATTCTGATTGATGTGAGCAAGATTGACATG 312
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 GCTTTCGCAAGGATCCTCTTTCGGCCTCGGATTCTGATTGATGTGAGCAAGATTGACATG 344
Query 313 ACAACCACCGTCTTGGGGTTCAAGATCTCGATGCCCATCATGGTTGCTCCAACTGCCATG 372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 345 ACAACCACCGTCTTGGGGTTCAAGATCTCGATGCCCATCATGGTTGCTCCTACTGCCATG 404
Query 373 CAAAAGATGGCTCACCCTGATGGGGAATATGCTACTGCTAGAGCTGCATCTGCAGCTGGA 432
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 CAAAAGATGGCTCACCCTGATGGGGAATATGCTACAGCTAGAGCTGCATCTGCAGCTGGA 464
Query 433 ACTATCATGACACTATCTTCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAAGAAGTTGCGTCTACAGGG 492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 465 ACTATCATGACACTATCTTCATGGGCTACTTCCAGCGTTGAAGAGGTTGCTTCCACAGGG 524
Query 493 CCAGGGATCCGATTCTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAATGTGGTTGAGCAGCTC 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 CCAGGGATCCGATTCTTCCAGCTCTATGTATACAAGAACAGGAATGTGGTTGAGCAGCTC 584
Query 553 GTGAGAAGAGCTGAGAGGGCTGGGTTCAAAGCCATTGCTCTCACTGTAGACACCCCAAGG 612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 585 GTGAGAAGAGCTGAGAGGGCTGGGTTCAAAGCCATTGCTCTCACTGTAGATACCCCACGG 644
Query 613 CTAGGCCGCAGAGAGTCTGATATCAAGAACAGATTCACTTTGCCTCCAAACCTGACATTG 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 645 CTAGGCCGCAGAGAGTCTGATATCAAGAACAGATTCACTTTGCCTCCTAACCTGACATTG 704
Query 673 AAGAACTTTGAAGGACTTGACCTCGGAAAGATGGACGAGGCCAATGACTCTGGCTTGGCT 732
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 AAGAACTTTGAAGGTCTTGACCTCGGAAAGATGGACGAGGCCAATGACTCTGGCTTGGCT 764
Query 733 TCATATGTTGCTGGTCAAATTGACCGTACCTTAAGCTGGAAGGATGTCCAGTGGCTCCAG 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 TCATATGTTGCTGGTCAAATTGACCGTACCTTAAGCTGGAAGGATGTCCAGTGGCTCCAG 824
Query 793 ACAATCACCAAGTTGCCCATTCTTGTCAAAGGTGTTCTTACAGGAGAGGATGCAAGGATA 852
||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 ACAATCACCAAATTGCCGATTCTTGTCAAGGGTGTTCTTACAGGAGAGGATGCAAGGATA 884
Query 853 GCGATTCAAGCTGGTGCAGCCGGAATCATTGTATCAAACCATGGAGCTCGCCAGCTTGAC 912
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GCGATTCAAGCTGGTGCAGCCGGAATCATTGTGTCAAACCATGGAGCTCGCCAGCTTGAC 944
Query 913 TATGTCCCAGCAACCATCTCGGCCCTTGAAGAGGTTGTCAAAGCGACACAAGGACGAATT 972
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 TATGTCCCAGCAACAATCTCAGCCCTTGAAGAGGTTGTCAAAGCGACACAAGGACGAATT 1004
Query 973 CCTGTCTTCTTGGATGGTGGTGTTCGACGTGGCACTGATGTCTTCAAAGCACTTGCACTT 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1005 CCTGTCTTCTTGGATGGTGGTGTTCGACGTGGCACTGATGTCTTCAAGGCACTAGCACTT 1064
Query 1033 GGAGCCTCCGGGATATTTATTGGAAGACCAGTGGTATTCTCATTGGCAGCTGAAGGAGAG 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1065 GGAGCCTCCGGGATATTTATTGGAAGACCAGTGGTATTCTCATTGGCTGCTGAAGGAGAG 1124
Query 1093 GCTGGAGTTAGAAAGGTGCTTCAAATGCTACGTGATGAGTTCGAGCTGACCATGGCACTG 1152
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GCTGGAGTCAGAAAGGTGCTTCAAATGCTACGTGATGAGTTCGAGCTGACCATGGCACTG 1184
Query 1153 AGTGGGTGTCGGTCCCTAAAGGAAATCTCCCGTAACCACATTACCACCGAATGGGACACT 1212
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AGTGGGTGCCGGTCTCTAAAGGAAATCTCCCGTAACCACATTACCACCGAATGGGACACT 1244
Query 1213 CCACGTCCTTCAGCCAGGTTATAGAGAGGAAAATA-A-C--CAACAA---G---CAGAGA 1262
||||||||||| |||||||||||||||| |||| | | | |||||| | ||||||
Sbjct 1245 CCACGTCCTTCGGCCAGGTTATAGAGAGAAAAAAACAACAACAACAACAAGAAGCAGAGA 1304
Query 1263 ACAGCAGCAACACAGAACCAAAATATTGGCTAAACTTATTCATACTCTGATTG-TACTTG 1321
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1305 ACAGCAGCAACACAGAACCAAACTATTGGCTAAACTTATTCATACTCTAATTGGTACTTG 1364
Query 1322 GCTTCTACTCTGCTAAATATCTCAAGACTTGTTTCTCCCTCTATCAGATCACAA 1375
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1365 GCTTCTACTCTGCTATCTATCTCAAGACTTGTTTCTCCCTCTATCAAATCACAA 1418
Score = 250 bits (135), Expect = 2e-65
Identities = 145/150 (97%), Gaps = 0/150 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 CACACTTCGGAAGATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAA 179
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 CACACTTGGGAAGATGGAGATCACTAACGTTACCGAGTATGATGCAATCGCAAAGCAGAA 74
Query 180 GCTGCCTAAGATGGTGTACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGACCAATGGACTCTTCA 239
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 75 GTTGCCTAAGATGGCATACGACTACTATGCATCTGGTGCAGAAGATCAATGGACTCTTCA 134
Query 240 AGAGAACAGAAACGCTTTTGCAAGGATCCT 269
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 AGAGAACAGAAACGCTTTTGCAAGGATCCT 164
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 56716374805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5