BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G14900.1
Length=2002
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478911 jgi|Araly1|478911|fgenesh2_kg.3__1612__AT3G14900.1 2902 0.0
> Ahg478911 jgi|Araly1|478911|fgenesh2_kg.3__1612__AT3G14900.1
Length=1913
Score = 2902 bits (1571), Expect = 0.0
Identities = 1760/1848 (95%), Gaps = 25/1848 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 GGAGAAGAAATGCTGAGTCAAGATTTATCCTTTTCTAAAACCCTGAACCCTAGCTTTTCC 66
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 GGAGAAGAAATGCTGAGTCAAGATTTATCCTTTTCTAAAACCCTGAACCCTAGCTTCTCC 60
Query 67 TTCCGTAAATCTCCACTCAATTCCGGGGTACGAAGGATCGTTTCGGTTTTACCGGCAATT 126
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 TTCCGTAATTCTCCACTCAATTCCGGCGTACGGAGGATCGTTTCGGTTTTACCGGTTATC 120
Query 127 ACCGAGAGGAATTATGCGTTT-AGTGTCAAAAGGTCGGAGCTTTTGCTCAGAGAAGATGG 185
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 121 ACCGAGAGGAATTATGC-TTTCAGTGTCAAAAGGTCGGAGCTTTTTCTTAGAGAAGATGG 179
Query 186 TGGATTCCGGCGAGACGTGCGGGCATTGGCCGGGAGGAGCAAGAAAAAGCTTGGAGGAGG 245
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 TAGATTCCGGCGAGACGTGCGGGCATTGGCGGGGAGGAGCAAGAAGAAGCTTGGAGGAGG 239
Query 246 TTCATCTGGTGGAAGGATAGAAGGAGATTCGGATATGAGGAAGCAGGTGAAGAGGAATGC 305
|||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTCATCTGGTGGGAGAATAGAAGGAGATGCGGATATGAGGAAGCAGGTGAAGAGGAATGC 299
Query 306 TCGTGA-AAAGTCGAAGAAGCTAGCGGAATCTTTGTTTTATAGATTGTATAATAACCCTG 364
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 300 TCGTGATAAA-TCGAAGAAGCTAGCGGAATCTTTGTTTTATAGGTTGTATAATAACCCTG 358
Query 365 ACAAGAGTCGGAGTCAGATTCTCAGTAGTCATCCGGATAAGTTTACTGAGGAGGAGCTTG 424
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 ACAAGAGTCGGAGTCACATTCTCAGTAGTCATCCGGATAAGTTTACGGAGGAGGAGCTTG 418
Query 425 AGATGATTGGGCTTGGTTACGATAGGATGGTTCGGTTTATGGATAAGGATGACCCGAGAT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AGATGATTGGGCTTGGTTACGATAGGATGGTTCGGTTTATGGATAAGGATGACCCGAGAT 478
Query 485 TGCGTCATCCTTATGATTGGTTCAAGTATGGAGAGTTTGGACCTTACTCGTGGCGTGGTG 544
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TGCGTCATCCTTATGATTGGTTTAAGTATGGAGAGTTTGGACCTTACTCGTGGCGTGGTG 538
Query 545 TTGTGGTTGGTGATCCGGTTCGTGGTACTATCTCTGATGAGTGTGTTACTATGATTGGTG 604
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTGTGGTTGGTGATCCGGTCCGTGGTACCATCTCTGATGAGTGTGTTACTATGATTGGTG 598
Query 605 AAGTGGAGAATCATGAAGAGTTTGAGAAGATTGAGCAGCATGAGATGAATATAGCTTTTC 664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAGTGGAGAATCATGAAGAGTTTGAGAAGATTGAGCAGCATGAGATGAATATAGCTTTTC 658
Query 665 AGAAGAGGGTTAAGGAGTTGGATTCGAATGTTGGTTTGAGGTATTTTTGGGTGTTTGTCA 724
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 659 AGAAAAGGGTTAAGGAGTTGGATTCTAATGTTGGTTTGAGGTATTTTTGGGTGTTTGTTA 718
Query 725 GGCATCCGAAATGGAGACTCAGTGAGTTACCGTGGGAGCAATGGACGTTGGTTAGTGAAG 784
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 719 GGCATCCGAAATGGAGACTCAGTGAGTTGCCGTGGGAGCAATGGACGTTGGTTAGCGAAG 778
Query 785 TGGTTGTGGAAGCGGATAAGAAGCAGAGGTTGGATAAGTGGAATTTGATGGGGAGATTAG 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 779 TGGTTGTGGAAGCGGATAAGAAGCAGAGGTTGGATAAATGGAATTTGATGGGGAGATTGG 838
Query 845 GGAACAAGTCTCGGTCTTTGATATGTCAATGTGCGGCTTGGTTTAGACCTGATATTGTGT 904
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GGAACAAATCTCGGTCTTTGATATGTCAATGTGCGGCTTGGTTTAGACCTGATATTGTGT 898
Query 905 ATGTGAAGAAGCCTGTGTTTCAGTGTAGGTTTGAGCCTCAAGAAGATTTCTTTAACTCGC 964
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 899 ATGTGAAGAAGCCTGTGTTTCAGTGCAGGTTTGAGCCTCAAGAAGATTTTTTTAACTCGC 958
Query 965 TTATCCCTTATTTAAACCCGGTGACGGAATCTGGATTTGTGTGTGAAGTGGAGGATGATG 1024
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTATCCCTTATCTAAACCCGGTAACGGAATCTGGATTTGTGTGTGAAGTGGAGGATGATG 1018
Query 1025 AAGGTAGAGTGGAGTTGAGTACTTATTACGGAGGATTGTGTAAGATGTTGAAGGTGAGAC 1084
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AAGGTAGAGTGGAGCTGAGTACTTATTATGGAGGGTTGTGTAAGATGTTGAAGGTGAGAC 1078
Query 1085 AGACAGCTTTCGTGGATGATGTGGTGAATGCTTATGAGAAGTTGAGTGATGAAAAGAAGT 1144
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGACAGCTTTTGTGGATGATGTGGTGAATGCTTATGAGAAGTCGAGTGATGAAAAGAAGT 1138
Query 1145 CCAGAGTGTTGAAGTTCTTGCTTGGAAACCACCCGAACGAGCTGTTGCATCCGTATACAA 1204
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CCAAAGTGTTGAAGTTCTTGCTTGGAAACCACCCGAACGAGTTGTTGCATCCGTATACAA 1198
Query 1205 AAGAATGGAAAGCAAAGTTGGAGGAGATGGAGTTAGGGTGTGATGCTCCAGATGAAGATG 1264
|||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1199 AAGAGTGGAAAGCAAAGTTGGAGGAGATGGAGCTAGGGTGTGATGCTCCAGATGAAAATG 1258
Query 1265 AGGATGAGATTAGCATTAGTGGAAGCTCAGAGAAGGCTGAGTTCTCAGAATGGATTGAAG 1324
||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGATGAGACAAATTTTAATGGAAACTCAGAGAAGGCTGAATTCTCAGAATGGATTGAAG 1318
Query 1325 ATGAAGCTGACAATGACgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatggtgaggtggaag 1384
|||||||||||||| |||||||||||| | ||| | | || || || | | |
Sbjct 1319 ATGAAGCTGACAATAACGATGATGATG--G-TGA-G--G-TG--GA-GG--A-----A-G 1360
Query 1385 aagtagatgatgatgatAACATGGTTGTCGATGTGGAGGGAAACGTTGAAGAAGACAGTT 1444
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1361 AAG-A--TGATGATGATAACATGGTTGTCGATGTGGAGGGAAACGATGAAGAAGACAGTT 1417
Query 1445 TGGAAGATGAAATAGAGGAGTCGGATCCGGAAGAGGATGAGAGGTACTGGGAAGAGCAAT 1504
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 TGGAAGATGAAATAGAGGAGTCGGATCCCGAAGAGGATGAGAGGTACTGGGAAGAGCAAT 1477
Query 1505 TCAACAAAGCGACAAACAATGCGGAGCGGATGGAGAAGCTTGCGGAGATGAGTATGGTGG 1564
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 TCAACAAAGCGACAAACAACGCGGAGAGGATGGAGAAGCTTGCGGAGATGAGTATGGTGG 1537
Query 1565 TGTCAGATAAGTTTTATGAGAAGCAGTTAAAGGCATTGGAGGAACGAGAAAAGGGAGAGA 1624
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1538 TGTCAGATAAGTTTTATGAGAAGCAGTTAAAGGCATTGGAGGAAAGAGAGAAGGGAGAGA 1597
Query 1625 TTGAAGGAGATGAGTTGGAAATGAGAGGTAAGAAGGCAAAAGTGAAGCCAGAAGAATGGA 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1598 TTGAAGGAGATGAGTTGGAAATGAGAGGTAAGAAGGCAAAAGTGAAGCCAGAAGAGTGGA 1657
Query 1685 AGACAGTAGGATATGGAAGGTGGATGAAGAAGATAAAGAAGAGTAGGATTCCACCTGAGC 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1658 AGACAGTAGGATATGGAAGGTGGATGAAGAAGATAAAGAAGAGTAGGATCCCACCTGAGC 1717
Query 1745 TCTTTCTCCGTGCTGCTGTTAGGCCCTTTGTTTACAGAAACCTTGTCAAAGAGATTGTTC 1804
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 TGTTTCTCCGTGCTGCTGTTAGGCCTTTTGTTTACAGAAACCTTGTCAAAGAGATTGTTC 1777
Query 1805 TGACAAGACACGCCATTTTGGAAGGCGAGATTGGTCAGAAGGAGTGAT 1852
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 TTACAAGACACGCCATTTTGGAAGGCGAGATTGGTCAGAAGGAGTGAT 1825
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75266324120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5