BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G14980.1
Length=3913
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478922 jgi|Araly1|478922|fgenesh2_kg.3__1623__AT3G14980.1 4436 0.0
> Ahg478922 jgi|Araly1|478922|fgenesh2_kg.3__1623__AT3G14980.1
Length=3886
Score = 4436 bits (2402), Expect = 0.0
Identities = 2752/2920 (94%), Gaps = 28/2920 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1002 CTCCTAATGAGTTAATTATGTCTAAAACCTGCCTAAAGATTGATCCTAAAGAGGACCCCC 1061
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 CTCCTGATGAGTTAATTATGTCTAAAACCTGTCTAAAGATTGATCCTAAAGAGGACCCCC 1046
Query 1062 GTCCTCTTCTCTACAAGTATGTCTGTAAGGTT-CTAACTGCTGCCAGATGGAAAATTGAG 1120
|||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1047 GTCCTCTTCTCTACAAATATGTCTGTAA-GTTGCTTACTGCTGCCAGATGGAAAATCGAG 1105
Query 1121 AAGCGCGAAAGATCAGCAGGTAGGAAACATGTAGACACATTTTACATATCGCCAGAGGGA 1180
|||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 AAGCGCAAAAGATCAGCAGGTAGGAAACACATAGAAACATTTTACATATCGCCAGAGGGA 1165
Query 1181 CGGAAATTTCGTGAATTTGGGTCAGCTTGGAAAGCATTGGGTGGGATCCTATTAGCTGAT 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1166 CGGAAATTTCGTGAATTTGGGTCAGCTTGGAAATCATTGGGTGCTATCCTATTAGCTGAT 1225
Query 1241 CGTAAGTTAATGGATACTGGTACTAAGAAATGGACTGGTATTAATGACTTCTGGTCCGAT 1300
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1226 CATAAGTTAATGGATACTGGTACTAAGAAATGGACCGGTATCAATGACTTCTGGTCCGAT 1285
Query 1301 CTCTCTCTTACACTGTTGGACATCGAGGAGAACATGAAAAATTTAAATCTTGCTAACACA 1360
||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 CTCTCTCTTACTCTGCTGGACATCGAGGAGAACTTGAAAAATTTAAATCTTGCTAACACA 1345
Query 1361 CGGGCACTTTGGTGGAGTGCCTTAGAGCCTTTTGTGGTTGTTGTCTTCATTTCTAAGCAA 1420
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1346 CGGCCACTTTGGTGGAGTGCCTTAGAGCCTTTTGTGGTTGCTGTCTTCATTTCTAAGCAA 1405
Query 1421 GTTGGTTCTTTAAGAAAAGGAAATAAAGTTGAAGTTGCAAGGAATTCAAATCCAGACAAG 1480
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1406 GTTGGTTCTTTGAGAAAAGGAAATAAAGTTGAAGTTGCAAGGAATTCAGTTCTTGACAAG 1465
Query 1481 TTGAAGAAAGAAGATACAATTTGTTTGAACCTGATTTCAGGCTGTCCTGAAAGTGTGCTG 1540
||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 TTGAAGAAAAAAGATGCGATTAGTTTGAACATGATTTCAGGCTGTCCTGAAAGTGTGCTG 1525
Query 1541 ACAGTATCTGAAGGCAGTCATCTTGTTCATGACGTGGATGCTAACCAAGAGATACATTCA 1600
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1526 ACAGTATCTGAAGGCAGTCACCTTGTTTATGACGTGGATGCTAACCAAGAGATTCATTCA 1585
Query 1601 GATCTTGAGGTGCAAACTAAAA-TTTCCTCTCAAAAAGTTTCTTCAAGACTAGAGAGGCA 1659
||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 GATATTGAGGTGCAAACTAAAATTTTCC-CTCGAAAAGTTTCTTCAAGACTAGAGAGGCA 1644
Query 1660 GAGCATAATTGGTAAGGAAATCTCTGGGACTCATGAGCAGGAGGCTAGCAAGGGCATTGT 1719
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1645 GAACATAATTGGTAAGGAAATCTCTGGGACTCATGAGCAGGAGGCTAGCAAGGGCGTTGT 1704
Query 1720 AGCTTCAAAATTGATAGCAGAAGACATGCATGAAAGTGTTATGAGAAAGAACTTACACAG 1779
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 AGCTTCAAATTTGATAGCAGAGGACATGCATGAAAGTGTTATGAGAAAGAACTTACACAG 1764
Query 1780 AAGATCAAAGAAAATATCCGATATCAAACCAGCTTCCTTGGACCAACATGATTCACTAGA 1839
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 AAGATCAAAAAAAATATCCGATATCAAACCAGCTCCCTTGGACCAACATGATTCACTAGA 1824
Query 1840 TTCTAATTCTCTCAATAGCTTTGAATTCCAGGATAAAGAGATGGGCAACATTCACCTCGT 1899
||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1825 TTCTAATTCTCTCGATAGCCTTGAATGCCAGGATAAAGAGATGGGCAACATTCACCTCAT 1884
Query 1900 CTCAAAGGGAAGTCGGGATGAAAGGTTGAGGAATGAGAAGATGAATAATTCATGTTGCAA 1959
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1885 CTCAAAGGCAAGTCGGGATGAAAGGTTGAGGAATGAGAAGATGAAGAATTCATGTTGCAA 1944
Query 1960 TTCAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGCTAGGAAGCACTATACTCAAGATGATGACCTTATGGG 2019
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 TGCAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGCTAGGAAGCACTATACTCAAGATGATGACCTTATGGT 2004
Query 2020 GTCGACAATAACCAGAAACAAAGGTAA-GTTCAGCAGATCAAGCCagaaaaagaaaacac 2078
||||| || || ||||||| |||| || | | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2005 GTCGAAAACAATCAGAAACCAAGGGAAGGGT-AGCAGATCAAGCCAGAAAAAGAAAACCC 2063
Query 2079 agaagccaaaggctagaacaaagaaa-agaaacaATAGGGGAGGGTGCAGGTTGCTTCCC 2137
|||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2064 AGAAACCAAAGGCTAGAACAAA-AAAGAGAAACAATAAAGGAGGGTGCAGGCTGCTTCCC 2122
Query 2138 CGAAGCTCAAGCAATGTGGAAAATCAtttttttCAAGGAAATTGGTCTATTTTGGGTCCT 2197
|||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 CGAAGCACAAGCAATGTGGAAAATCAATTTTGTCAAGGAAATTGGTCTATTTTGGGTCCA 2182
Query 2198 AGAACTGTCTTATCATGGTTGATAGCTACCAAAGTAATTTCTAGAGACGAAGTAATCCAG 2257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2183 AGAACTGTCTTATCATGGTTGATAGCTACCAAAGTAATTTCTAGGGACGAAGTAATCCAG 2242
Query 2258 TTACGAGATCCAGATGATGATACTGTGGTAAAAACAGGCCTGGTAACTAAAGATGGAGTG 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 TTACGAGATCCAGATGATGATACTGTGGTAAAAACAGGCCTGGTAACTAAAGATGGAGTG 2302
Query 2318 GTTTGTACATGTTGCAACAAGACTGTGTCACTTTCTGAATTCAAGAACCATGCTGGATTT 2377
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303 GTTTGTACATGTTGCAACAGGACTGTATCACTTTCTGAATTCAAGAACCATGCTGGATTT 2362
Query 2378 AACCAGAACTGTCCATGTCTGAATCTTTTCATGGGGTCAGGAAAGCCTTTCGCTTCATGT 2437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363 AACCAGAACTGTCCATGTCTGAATCTTTTCATGGGGTCAGGAAAGCCTTTCGCTTCATGT 2422
Query 2438 CAGCTGGAAGCTTGGTCTGCTGAGTATAAGGCGCGAAGAAATGGATGGAGATTAGAGAAA 2497
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2423 CAGCTGGAAGCTTGGTCTGCTGAGTATAAGGCTCGAAGAAATGGATGGAGATCAGAGGAA 2482
Query 2498 GCCTCTGATGATGATCCAAATGATGATTCTTGTGGAGTTTGTGGTGATGGGGGTGAGCTG 2557
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 GCTTCTGATGATGATCCAAATGATGATTCTTGTGGGGTTTGTGGTGATGGGGGTGAGCTG 2542
Query 2558 ATCTGCTGTGATAATTGTCCATCTACCTTCCATCAGGCGTGCTTATCAATGCAGGTGCTC 2617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 ATCTGCTGTGATAATTGTCCATCTACCTTCCATCAGGCTTGCTTATCAATGCAGGTGCTC 2602
Query 2618 CCTGAAGGAAGTTGGTATTGCTCGAGCTGCACATGTTGGATATGCAGCGAGTTGGTTAGT 2677
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 CCTGAAGGAAGTTGGTATTGCTCGAGCTGCTCATGTCAGATATGCAGCGAGTTGGTTAGT 2662
Query 2678 GATAATGCTGAACGCTCTCAGGACTTTAAATGTTCCCAGTGTGCGCATAAATATCATGGA 2737
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 GATAATGGTGAACGCTCTCAGGATTTTAAATGTTCCCAGTGTGCGCATAAATATCATGGA 2722
Query 2738 ACATGTTTGCAAGGGATAAGTAAACGCAGAAAGCTTTTTCCAGAGACCTACTTTTGTGGT 2797
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 ATATGTTTGCAAGGGATAAGTAAACGCAGAAAACTTTTTCCAGAGACCTACTTTTGTGGT 2782
Query 2798 AAAAATTGCGAGAAGGTGTACAATGGTCTTAGTTCTCGTGTTGGGATCATTAACCCTAAT 2857
|||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2783 AAAAATTGCGAGAAGGTGTACACTGGCCTCAGTTCTCGTGTTGGGGTCATTAACCCTAAT 2842
Query 2858 GCTGATGGTCTGTCTTGGTCAATTCTTAAATGTTTTCAAGAAGATGGAATGGTTCATTCT 2917
|| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2843 GCGGATGGTCTGTCTAGGTCAATTCTGAAATGTTTTCAAGAAGATGGAAAGGTTCATTCT 2902
Query 2918 GCCCGAAGGTTGGCGCTGAAGGCTGAATGCAACTCGAAATTAGCTGTTGCCCTATCAATT 2977
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 GCCCGAAGGTTAGCGCTGAAGGCTGAATGCAACTCGAAATTAGCTGTTGCCCTATCAATT 2962
Query 2978 ATGGAGGAAAGCTTTCTGTCTATGGTAGATCCAAGAACTGGTATTGACATGATACCTCAT 3037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 ATGGAGGAAAGCTTTCTGTCTATGGTAGATCCAAGAACTGGTATTGACATGATACCTCAT 3022
Query 3038 GTGCTATACAACTGGGGGTCAACA-TTTGCTCGGTTAGACTTTGATGGGTTTTACACAGT 3096
|||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3023 GTGCTATACAACTGGGGGTCAA-ATTTTGCTCGCTTAGACTTTGATGGGTTTTACACAAT 3081
Query 3097 GGTTGTGGAAAAGGATGATGTGATGATCTCAGTAGCATCTATCAGGGTGCACGGAGTAAC 3156
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3082 GGTTTTGGAAAAGGATGATGTGATGATCTCAGTAGCATCTATCAGGGTTCATGGAGTAAC 3141
Query 3157 TATTGCAGAGATGCCTCTTGTAGCTACGTGCAGCAAATATCGCCGACAGGGCATGTGTAG 3216
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3142 TGTTGCAGAAATGCCTCTTGTAGCTACGTGCAGCAAATATCGCCGACAGGGAATGTGCAG 3201
Query 3217 AATCCTCGTGGCTGCCATTGAAGAGATGCTTATGTCTCTCAAAGTGGAGAAGCTTGTGGT 3276
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3202 AATCCTCGTGGCTGCCATCGAAGAGATGCTTATGTCTCTCAAAGTGGAGAAGCTTGTGGT 3261
Query 3277 AGCTGCATTGCCGAGTTTAGTGGAAACTTGGACTGAAGGTTTTGGCTTCAAACCCATGGA 3336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3262 AGCTGCATTGCCGAGTTTAGTGGAAACTTGGACTGAAGGTTTTGGCTTCAAACCCATGGA 3321
Query 3337 TGATGAAGAGCGTGATGCTCTCAAAAGAATAAACTTGATGGTATTCCCTGGGACAACTCT 3396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 3322 TGATGAAGAGCGTGATGCTCTCAAAAGAATAAACTTGATGGTGTTCCCTGGGACAATTCT 3381
Query 3397 GCTCAAGAAAACACTATACGAGAGCACAAAACCCAGCACTATGAAAGGTGTATGTCTTTC 3456
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||
Sbjct 3382 GCTCATGAAAACACTATACGAGAGCACAAAACCCAACACTGTGGCAGGTGCATGTCTTTG 3441
Query 3457 TAAAGAACGCAATAACCCATCAAACAAAGAAGCAGATCTAGAGCCAGGTCTAGACAAAGC 3516
| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||
Sbjct 3442 TGAAGATCGCAATAACCCATCAATCAAAGAAGCAGATCTAGAGTCAGGCCTAAACAAAGC 3501
Query 3517 CGGGTCTCCCATGAGTACCCAAGTTGAGAGCTGTGATCAGATGGTTCCAGCAGGTTCAGA 3576
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3502 CGAGTTTCCCATGAGTACCCAAGTTGAGAGCTGTGATCAGATGGTTCCATCAGGTTCAGA 3561
Query 3577 TGATGAGCCA-TCCCCAGGCTTCCCCGTACCACTCGGAGCCGATCAAACAGAACCAACTT 3635
||| || ||| |||| |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3562 TGAAGAACCAGTCCC-AGGCTTACCCGTGCCACTTGGAGCCGAGCAAACAGAACCAACTT 3620
Query 3636 CAGAAACAGAGAACCCAAGCCGAGACAGCAATGCCAATGATAGGCCAAATAAAACAACAG 3695
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3621 CAGAAACAGAGAACCCAACCCGAGACAGCAATGCCGATGATAGGCCAAAGACAACAACAG 3680
Query 3696 TAGTCTCTATAGGagaagaagaagaagaagaatgtttgcagaaagatg-tatcaaagtta 3754
| || | || || || ||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||
Sbjct 3681 TC-TC-C-AT-GG-GA-GAAGAAGAA------TGTTTGCAGGAAGA-GATATCAAAGTTT 3727
Query 3755 tcagaagaaggaaaagaaaCGACAAGGGCTTCTTCTTCCTCTGCAGCTTTAGAAGAAGTT 3814
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3728 TCAGAAGAAGGAAAAGAAGTGACAAGAGCTTCTTCTTCCTCTGCTTCTTTAGAAGAAGTT 3787
Query 3815 AGTGGTCTAGGACTAG-GAGTAGTAAATAATGTTAGCGATGAGATGTTGCTTTGTGTTGA 3873
|||||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3788 AGTGGTGTAGGAGTAGTG-GTAGTAAATTATGTTAGCGATGAGATGTTGCTTTGTGTTGA 3846
Query 3874 TGAACAGCTTGACTCTGATAGCTCTCAGGATTCGGAATAA 3913
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3847 TGAACAACTTGACTCTGATAGCTCTCAAGATTCGGAATAA 3886
Score = 1188 bits (643), Expect = 0.0
Identities = 891/1002 (89%), Gaps = 52/1002 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TATCTGATGAATTTTGGTTGAGAGATTTAACACCGAATCAGAGGTGGG--T-TTCTTCCA 60
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1 TATCTGATGAATTTTGGTT--GAGATTTAACATCGAATCAGAGGTGGGTTTCTTCTTCCA 58
Query 61 CAATTA-T--AGAAAAAGCT--A-AAAAGATAGACAAATTGTTGTTC-TTTCtgtgtgtg 113
|||||| | |||||||||| | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 59 CAATTATTGAAGAAAAAGCTAAATAAAAGAGAAACAAATTGTTGTTCTTTTCTGTGTGTG 118
Query 114 agat--agagatcaaggagagaga--gtgtgtgagtgcagagaACGTGAAATGGAATGAA 169
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 AGATAGAGAGATCAAGGAGAGAGAGTGTGTGTGAGTGCAGAGAACGTGAAATGGAATGAA 178
Query 170 AATGCGTTTCCCACTTGCGGTTGG-AGAGGATAAGGGCGACGAAATGAGTC-TATTTCAG 227
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | | |||||||
Sbjct 179 AATGCGTTTCCCACTTGCGGTTGGCAGAGGATAAGGGCGAAGAAATTTGGCAAATTTCAG 238
Query 228 TGAGAAGAAGC-C-ATTT---CTCCGATTTCAC--A-------GCTCTGATTTCATTCTG 273
||||| || | ||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||
Sbjct 239 TGAGATTTCGCACTCTTTGAACTCCGATTTCACGAATTTTGCTGCTCTGA-TTCATTCTG 297
Query 274 CATGCTGGT-ATCTATCTACAACCTTCCTTTTAAG-TTAAGGTGAAGTGGAATATGCAGT 331
||||||||| || ||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||
Sbjct 298 CATGCTGGTAATGTATCTACAACCTTCC-TTTGAGTTTAAGGTGAA----AATATGCAGT 352
Query 332 TAGTTTGTGGAGATGCTTCCCGGAGCTGAGATTGAGATGTTAGGAGGTGACTGCTTTGAA 391
||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 353 TAGTTTGTGAAGATGCTTCGCGGAGCTGAGTTTGAGATGTCAGGAGGTGACTCCTTTGAG 412
Query 392 GGGTCATATGAGGATCATCAGATATTCAGAGAAGTTTTCTTTGGAAGTGATCCTGGAAAT 451
||| | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 GGGACTTATGAGGATCATCAGATATTTAGACAAGTCTTCTTTGGAAGTGATCCTGGAAAT 472
Query 452 ACTACTAAAAGATGTCTCGTTACTGGAGCCATTAACTTCGAATGTGATTCCAGTAAGAAT 511
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 473 ACTACTAAAAGATGTCTCGTTACTGGAGTCATTAACTTCAAATGTGATTCCAGTAAGAAT 532
Query 512 GTCAATTCCTCTCTGAGTTCCAACTCTGTGGTAACTAGTGGATATGCATGTCCACAAGGT 571
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 533 GTTAATTCCTCTCTGAGTTCCAACTCCGTGGTAACAAGTGGATATGCATGTCTACAAGGT 592
Query 572 TTTGAGGCATCTGCTTCAAGAGATGGTTCAGATTTTAACACTAAAGCTAAGAGAGTGAAG 631
| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 593 TCTGAGGCATCTGCTTCAAAAGATGGTTCAGAGGTTAACACAAAAGCTAAGAGAGTGAAG 652
Query 632 CTTTCAGGTAATAAGCATTTGGATGCAAGGGACGAAAAGGGATCTGCTTTGCA-TGGTTT 690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 653 CTTTCAGGTAATAAGCATTTGGATGCAAGGGACGAAAAGGGATCGGCTTT-CAATGGTT- 710
Query 691 TCCAACTTCGGACATAGCTAGA-GAGACGATACCTCTCCATTTAGTTGAATCATCTAACA 749
| |||||| |||||| | || | || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 ---A--TTCGGATATAGCTTGTCGA-ATAATCCCTCTCCATTTAGTTGAATCATCTAACA 764
Query 750 AGGGTGTTTCAACTAGCTCATATTTGTTGAAGCACAGCATAGTA-AAGGGAAGAGAAGTT 808
|||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 765 AGGGCGTTTCAACTAGCTCATATTTGCTAAAGCAAAGCATAG-ACAAGGGAAGAGAAGTT 823
Query 809 TATCTGGGTGGCATTGTGTCTGGAAAGTGTAAGTCACTAAACTTGGACAAATGCGATGGA 868
||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 824 TATCTGGGTGGCATTGTCTCCGGAAAGTTTAAGTCACAAAACTTGGACAAATGCGATTGA 883
Query 869 AAGGAATTTAAAGCTATTGCCTCTCCTGTTTCTCAGGAGAGCTTCGCAACCAGAATGATC 928
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 884 AAGGAGTTTAAAGCTATTGCTTCTCCTGTTTCTCAGGAGAGCTTCGCAACCAGAATGGTC 943
Query 929 TCTGTAGGTGCTTCTACGCCGCATAGTGAGAAGGCTTGCTTC 970
| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TGTGCAGGTGCTTCTACGCCTCATAGTGAGAAGGCTTGCTTC 985
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147891728678
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5