BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15010.1
Length=1645
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478927 jgi|Araly1|478927|fgenesh2_kg.3__1628__AT3G15010.2 2008 0.0
> Ahg478927 jgi|Araly1|478927|fgenesh2_kg.3__1628__AT3G15010.2
Length=2101
Score = 2008 bits (1087), Expect = 0.0
Identities = 1234/1304 (95%), Gaps = 14/1304 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 TCGCTTTCTCTACGGCTGGACTAGAAGGATTAGGGATTTACCGGTGAAA-GA-ATAACTC 94
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| || | |||||
Sbjct 1 TCGCTTTCTCTACGGCTGGACT---AGGATTAGGGATTTTCCAGTGAAAGGAGA-AACTC 56
Query 95 CAGAGATAAATCTGTAACCATGGATATGATGAAGAAGCGTAAGCTCGATGAGAACGGT-A 153
|||| || |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 57 TAGAGTTACATCTACAATCATGGATATGATGAAGAAGCGAAAGCTCGATGAGAACGGTGG 116
Query 154 ACGGACTCAATACCAACGGTGGCGGAACCATTGGTCCAACTCGATTGTCGCCGCAAGACG 213
| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 117 A-GGACTCATTACCAACGGTGGCGGAATCATTGGTCCTACTCGATTGACGCCGCAAGACG 175
Query 214 CGAGGAAGATTATCGAGCGATTCACCACTGATCAGCTGCTCGACTTATTGCAAGAGGCTA 273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 CGAGGAAGATTATCGAGCGATTCACCACTGATCAGCTGCTCGACTTATTGCAAGAGGCTA 235
Query 274 TCGTACGCCATCCCGACGTGCTTGAATCTGTCCGATTAACCGCCGACTCTGATATCTCGC 333
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 236 TCGTACGCCATCCCGACGTGCTTGACTCTGTCCGATCAACCGCCGACTCTGATATCTCTC 295
Query 334 AGCGGAAGCTATTCATCCGTGGTCTCGCGGCGGATACTACTACGGAAGGTCTCCGTTCGC 393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 296 AGCGGAAGCTATTCATCCGTGGTCTCGCGGCGGATACTACCACGGAAGGTCTTCGTTCGC 355
Query 394 TTTTTTCCAGTTACGGAGATCTAGAAGAAGCTATTGTGATCCTTGACAAGGTCACTGGGA 453
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TTTTTTCCAATTACGGAGATCTCGAAGAAGCTATTGTGATCCTTGACAAGGTCACTGGGA 415
Query 454 AATCGAAAGGGTATGGTTTCGTCACTTTTATGCACGTTGATGGAGCTTTACTAGCTCTGA 513
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 416 AATCCAAAGGGTATGGTTTCGTCACTTTTATGCACGTTGATGGAGCTCTACTAGCTTTGA 475
Query 514 AAGAACCATCTAAGAAAATTGATGGGCGTGTTACAGTAACGCAGCTCGCGGCATCTGGAA 573
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 AAGAACCATCTAAGAAAATTGATGGGCGTGTCACAGTAACGCAGCTCGCGGCATCTGGAA 535
Query 574 ATCAAGGTACGGGTTCCCAGATTGCAGATATATCAATGAGGAAGATCTATGTGGCGAATG 633
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 ATCAAGGTACGGGCTCCCAGATTGCAGATATATCAATGAGGAAGATCTATGTGGCGAATG 595
Query 634 TTCCTTTTGATATGCCGGCGGATAGGCTATTGAATCACTTTATGGCTTATGGAGATGTTG 693
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 596 TTCCGTTTGATATGCCGGCGGATAGGCTATTGAATCACTTTATGGCATATGGAGATGTTG 655
Query 694 AGGAAGGTCCTTTGGGTTTTGATAAGGTTACTGGTAAATCTAGAGGCTTTGCATTGTTTG 753
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 656 AGGAAGGTCCTTTGGGCTTTGATAAGGTTACGGGTAAATCAAGAGGCTTTGCATTGTTTG 715
Query 754 TCTACAAGACAGCGGAAGGTGCGCAGGCTGCTCTTGCTGATCCGGTGAAGGTGATTGATG 813
| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TGTACAAGACAGCCGAAGGTGCGCAGACTGCTCTTGCTGATCCGGTGAAGGTGATTGATG 775
Query 814 GAAAACATTTGAATTGTAAGTTGGCTGTTGATGGTAAGAAAGGAGG-G--AAGCCTGGAA 870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 776 GAAAACATTTGAATTGTAAGTTGGCTGTTGATGGTAAGAAAGGAGGAGGGAAGCCTGGAA 835
Query 871 TGCCACAAGCTCAAGATGGTGGTTCTGGTCATGGACACGTTCATGGTGAGGGAATGGGAA 930
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 836 TGCCGCAAGCTCAGGATGGTGGTTCTGGTCATGGACACGTTCATGGTGATGGAATGGGAA 895
Query 931 TGGTGCGTCCTGCAGGACCTTATGGTGCAGCTGGTGGTATCAGTGCTTATGGTGGGTACT 990
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGGTGCGTCCTGCAGGACCTTATAGTGCAGCTGGTGGCATGAGTGCTTATGGTGGGTACT 955
Query 991 CTGGAGGACCACCAGCGCATCACATGAATTCCACACACTCCTCAATGGGTGTTGGTTCTG 1050
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 956 CGGGAGGACCACCACCGCATCACATGAATTCCACACCCTCTTCAATGGGTGTTGGTACTG 1015
Query 1051 CTGGGTATGGTGGACACTATGGTGGATATGGAGGTCCAGGTGGTACTGGCGTCTACGGTG 1110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1016 GTGGGTATGGTGGACACTATGGTGGATATGGAGGTCCAGGTGGTACTGGCGGCTACGGTG 1075
Query 1111 GACTTGGCGGTGGGTATGGTGGGCCTGGTACTGGAAGTGGGCAGTATAGAATGCCACCAA 1170
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1076 GACTTGGCGGTGGGTATGGTGGGCCTGGTGGTGGAAGTGGGCCGTATAGAATGCCACCAA 1135
Query 1171 GTTCGATGCCTGGTGGTGGTGGTTATCCCGAGAGTGGGCATTACGGTCTTTCATCATCTG 1230
||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1136 GTTCGATGCCTGGTGCTGGT--T-ATCCGGAGAGTGGGCATTATGGTCTTTCATCATCTG 1192
Query 1231 CTGGGTATCCTGGACAGCATCATCAGGCTGTTGGAACGTCCCCTGTGCCAAGAGTTCCTC 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 CTGGGTATCCTGGACAGCATCATCAGGCTGTTGGAACATCCCCTGTGCCAAGAGTTCCTC 1252
Query 1291 ATGGCGGAATGTACCCCAACGGTCCACCAAACTACTGAAAAGGT 1334
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 ATGGAGGAATGTACCCAAACGGTCCACCAAACTACTGAAAAGGT 1296
Score = 435 bits (235), Expect = 7e-121
Identities = 261/273 (96%), Gaps = 3/273 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1331 AGGTTTGTGACAGCATATTGGGTGAAGATGC-TTTTTGTGCTTAGTGGTGATTACCTGAT 1389
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1830 AGGTTTGTGACAGCATATTGGGCGAAGATGCTTTTTTGTGCTTAGTGGTGATTGCCTGAT 1889
Query 1390 TGCAGCTCTTTAATCTCTGGAATGATGAATGTATAGCTGCTTTGACCTATCTGCACTTGA 1449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1890 TGCAGCTCTTTAATCTCTGGAATGATGAATGTATAGCTGCTTTGACCTCTCTGCACTTGA 1949
Query 1450 CCTGAATGTGCTTTGGTTTCTATAATGAATGATTAGACTAGGATATATTTATGTACTTTT 1509
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 CCTGAATGTGCTTTGGTTGCTATAATGAATGATTAGAATAGGATATATTTATGTACTTTT 2009
Query 1510 AAAT-ATAGACATACTCGGCAAATGAGTTTTGTTGGTCAGATTAGTGAGTCTTCAATAAT 1568
|| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2010 AA-TCATAGAGATACTCGGCAGATGAGTTTTGTTGGTCAGATTAGTGAGGCTTCAATAAT 2068
Query 1569 ATGTTGTATTTTCTCCTACATTGTTTTCTGGTT 1601
||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2069 ATGTTGTATTTTCTCCTACGTTGTTTTCTGGTT 2101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61668106655
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5