BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15120.1
Length=5986
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318288 jgi|Araly1|318288|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001304 6479 0.0
> Ahg318288 jgi|Araly1|318288|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001304
Length=5799
Score = 6479 bits (3508), Expect = 0.0
Identities = 3881/4062 (96%), Gaps = 22/4062 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1821 GCCTTGTGCACGAGCTAATGGTTGCATCTTTGATCACCGTAAATTTCTCATTGCTTGCAC 1880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 GCCTTGTGCACGAGCTAATGGTTGCATCTTTGATCACCGTAAATTTCTCATTGCTTGCAC 1802
Query 1881 AGACCATAGACATCATTTCCAACCCCATGGTCGCCAATGTCAAGTCAGAATGACGAAGAT 1940
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1803 AGACCATAGACATCATTTCCAACCCCATGGTCACCAGTGTCAAGTCAGACTGACGAAGAT 1862
Query 1941 GAAAACCAAGAGGATGCGATTGGAGATGAAGAAGCACTCAAATGATGCCTGGCGCAAGGA 2000
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GAAAACCAAGAGGATGCGACTGGAGATGAAGAAGCACTCAAATGATGCCTGGCGCAAGGA 1922
Query 2001 TGTGGAAGCGGAAGAAAAGTGGTTTGAGAAATGTGGTGAAGATGAAGAATTTTTAAAACG 2060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 TGTGGAAGCGGAAGAAAAGTGGTTTGAGAAATGTGGTGAAGATGAAGAATTTTTAAAACG 1982
Query 2061 TGAAAGCAAGAGACTGCATCGAGATCTATTAAGAGTTGCTCCTGAGTATATTGGAGGTTC 2120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TGAAAGCAAGAGACTGCATCGAGATCTATTAAGAGTTGCTCCTGAGTATATTGGAGGTTC 2042
Query 2121 TGATTCTGAGAGTGGAAAGGCATTTGAGGGATGGGACTCTGTTGCTGGGCTTGAAGGTGT 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TGATTCTGAGAGTGGAAAGGCATTTGAGGGATGGGACTCTGTTGCTGGGCTTGAAGGTGT 2102
Query 2181 AACTCAATGTATGAAAGAGGTTGTTCTTATACCCTTACTATATCCAGAATTCTTTGATAA 2240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 TACTCAATGTATGAAAGAGGTTGTTCTTATACCCTTACTGTATCCAGAATTCTTTGATAA 2162
Query 2241 CCTTGGACTTACACCTCCAAGAGGCATCCTCTTACATGGACATCCTGGAACTGGGAAAAC 2300
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2163 CCTTGGACTTACACCTCCAAGAGGTATCCTCTTACATGGACATCCTGGAACTGGAAAAAC 2222
Query 2301 TCTTGTGGTTCGAGCGCTGATCGGTTCCCTTGCTCGTGGGAATAGACGGATTGCCTACTT 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2223 TCTTGTGGTTCGAGCGCTGATCGGTTCCCTTGCTCGTGGTAATAGACGAATTGCCTACTT 2282
Query 2361 TGCTCGCAAAGGGGCAGACTGTTTGGGAAAATATGTTGGTGATGCTGAGCGCCAGTTGAG 2420
||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 TGCCCGCAAAGGGGCAGACTGTCTGGGAAAATACGTTGGTGATGCTGAGCGCCAGTTGAG 2342
Query 2421 GCTCTTGTTTCAGGTCGCTGAAAAATGCCAACCATCCATCATATTTTTTGATGAAATAGA 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 GCTCTTGTTTCAGGTCGCTGAAAAATGCCAACCATCCATCATATTTTTTGATGAAATAGA 2402
Query 2481 TGGTCTCGCTCCAAAGCGGTCAAGGCAGCAAGATCAAACTCATAGCTCCGTTGTATCCAC 2540
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 TGGTCTCGCTCCCAAGCGGTCAAGGCAGCAAGATCAAACTCATAGCTCCGTTGTATCCAC 2462
Query 2541 ATTACTGGCTTTACTAGATGGCTTAAAGTCACGTGGCTCAGTGGTGGTCATAGGTGCAAC 2600
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 ATTGCTGGCTTTACTAGATGGCTTAAAGTCTCGTGGCTCAGTGGTGGTCATAGGTGCAAC 2522
Query 2601 CAACTACCCTGATGCTATTGACCCAGCATTAAGGAGGCCTGGGAGGTTTGATAGGGAGAT 2660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 AAACTACCCTGATGCTATTGACCCAGCATTAAGGAGGCCTGGGAGGTTTGATAGGGAGAT 2582
Query 2661 CTATTTTCCACTACCATCAGTCGACGATAGGGCTGCAATCATCTCACTCCACACTAGGAA 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2583 CTATTTTCCACTACCATCAGTCGACGATAGGGCTGCAATCATCTCGCTCCATACTAGGAA 2642
Query 2721 ATGGCCTAAGCCGGTGTCTGGATACTTGCTCAAGTGGATTGCTAAAGAAACTGCCGGTTT 2780
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GTGGCCCAAGCCGGTGTCTGGATACTTGCTCAAGTGGATTGCTAAAGAAACTGCCGGTTT 2702
Query 2781 TGCTGGTGCTGATATACAAGCTCTCTGCACACAAGCTGCCATGATTGCCTTAAATAGGAG 2840
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 TGCTGGTGCAGATATACAAGCTCTCTGCACACAAGCTGCCATGATTGCCTTAAATAGGAG 2762
Query 2841 TTTCCCTTTACAAGAATCTTTGGCCGCTGCAGAGTTGGGAGTGTCTAGCAGTAATCGTGC 2900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2763 TTTCCCTTTACAAGAATCTTTGGCCGCTGCAGAGTTGGGAGTGTCTAGTAGTAATCGTGC 2822
Query 2901 TGCTCTTCCATCCTTCTCAGTTGAAGAAAGAGATTGGTTGGAAGCTTTATCCCGCTCTCC 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2823 TGCTCTTCCATCCTTCTCAGTTGAAGAAAGAGATTGGTTGGAAGCTTTATCCCGCTCCCC 2882
Query 2961 ACCCCCATGTTCACGTAGAGGAGCAGGAATAGCAGCTAGTGATATATTTTCTTCTCCGCT 3020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2883 ACCCCCATGTTCACGTAGAGGAGCAGGAATAGCAGCTAGCGATATATTTTCTTCTCCCCT 2942
Query 3021 TCCTACTTACTTGGTACCTTCTTTATTGCCGCCATTATGTTCTTTACTTGTTGCTCTTCA 3080
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 TCCTACTTACTTGGTGCCTTCTTTATTGCCGCCATTGTGTTCTTTACTTGTTGCTCTTCA 3002
Query 3081 TCTTGATGAACGTATCTTCCTACCACCTCTTCTTTCCAAAGCTGCGGTTGATGTCCAAAA 3140
|||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 TCTTGAAGAACGTATTTTGCTACCTCCTCTTCTTTCCAAAGCTGCGGTTGATGTCCAAAA 3062
Query 3141 TGTGATCCGTTCTGCTTTGAGCGACAAGAAGATAACTGAGGGTTGTTGGTGGTCTCATGT 3200
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 TGTGATCTGTTCTGCTTTGAGCAACAAGAAGATAACTGAGGGTTGTTGGTGGTCTCATGT 3122
Query 3201 TGATACCCTTCTCCATGAAGTAGATGTTGTAAAGGATATAGTACAAAGACTTTCTTGTAC 3260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3123 TGATACCCTTCTCCATGAAGTAGATGTTGTAAAGGATATAGTACAAAGACTTTCTTATAC 3182
Query 3261 TGGGATACTGGATGGAGGATGTGACTTGGTTGGATCTGTTGCAAGCATTCCTGGTACTGG 3320
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 TGGGATACTGGATGGAGGATCTGACTTGGTTAGATCTGTTGCAAGCATTCCTGGTACTGG 3242
Query 3321 CGACTGTAGTTTGGGTTCTGCAAAATTCATGGTACCTAGAGTCTGCAGACATCCTGGGGT 3380
||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 3243 CGACTGTAGTTTGGGTTCTCCACAATTCATGGTACATAGAGTCTGCCGACGTCCTGGGCT 3302
Query 3381 TTTGGGGAATGCCTCTGTAGAATCAACGAGCAAGTCAGGGTTCCAACTACTTATTGCTGG 3440
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3303 TTTGGGGAATGCTTCTGTAGAATCAACGAGCAAATCAGGGTTCCAACTGCTTATTGCTGG 3362
Query 3441 AGGACCTAAATCTGGTCAACGACATCTTGCTTCTTGTGTCTTGCATTGTTTTATTGGTAA 3500
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3363 AGGTCCTAAATCTGGTCAACGACATCTTGCTTCTTGTATCTTGCATTGTTTTATTGGTAA 3422
Query 3501 TGCAGAGATGCTA-AAGATAGACACAGCAACAATTTCACAAGAAGGAAATGGGGATCTGG 3559
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3423 TGCAGAGATGC-AGAAGATAGACACAGCAACAATTTCACAAGAAGGAAATGGGGATCTGG 3481
Query 3560 TGCTAGGTGTAACTCACTTATTAATTAAATGTGCTAGCAAGAAATCATGTGTGGTATTCA 3619
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3482 TGCTAGGCGTAACTCACTTATTAATTAAATGTGCAAGCAGGAAATCATGTGTGGTATTCA 3541
Query 3620 TGCCAAGGGTTGACTTGTGGGCTGTAAAGACAGAAACTCCTCTGAATGAAGAGG--TCGA 3677
||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||| || | ||
Sbjct 3542 TGCCAAGAATTGACTTGTGGGCAGTAGAGACAGAAACTCCACTGAAT-AAG-GGAATTGA 3599
Query 3678 GTGTGATGATGATTCTGTACAGGA-AA-----A-----TTGTTC-AGAAATGGGAGAGGA 3725
||||||||||| |||| || |||| || | || ||| |||||||||||||||
Sbjct 3600 GTGTGATGATGCTTCTTTAAAGGAGAATTGTTATTCCCTTTTTCGAGAAATGGGAGAGGA 3659
Query 3726 AAAGGCATTGCAGAATGGTGTTCGAGTTTCACATGCTTGGAACACATTTTTTGAGCAAGT 3785
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3660 AAAGGCATTACAGAATGCTGTTCGAGTTTCACATGCTTGGAATACATTTTTTGAGCAAGT 3719
Query 3786 AGAAACGCTGCGAGTTTCCACAAAGATGATGATTCTGGCTACTTCTGGCATGCCCTACAA 3845
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3720 AGAATCATTGCGAGTTTCCACAAAGATGATGATTCTGGCTACTTCTGGCATGCCCTACAA 3779
Query 3846 ACTCCTGCCTCCTAAGATACAACAGTTCTTTAAGACTGACCTATCAAAGGAGTGTCAGCC 3905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3780 ACTCCTGCCTCCTAAGATACAACAGTTCTTTAAGACCGACCTATCAAAGGAGTATCAGCC 3839
Query 3906 AACTATGTCTGAGGCTGTTCCACAATTCAATGTACAAGTTGTTGAAAGTTCTGACCAGGA 3965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3840 AACTATGTCTGAGGCTGTTCCACAATTCAATGTACAAGTTGTTGAAAGTTCTGACCAGGA 3899
Query 3966 TATAGCCATTGACCTGTCTGCTACTGAGTTGTTAAGGCGGGCAATCCAAGTATTTCTTCA 4025
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3900 TATGGCCATTGACCTGTCTGCTACTGAGTTGTCAAGGCGGGCAATCCAGGTGTTTCTTCA 3959
Query 4026 TTTGGTGCATCAGGGATCCCATACTCACTGTGGCTTAAAGAAGAAATACAAAGGAGAGGA 4085
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct 3960 TTTGGTGCATCAGGGAACCCATACTCACTGTGGCTTACAGAAGAAATACAAAAGAGAGAA 4019
Query 4086 TCTTGACCAGGGTTGCAGAGATGCAGCTCCTCAGAATAATACTGATCACAGAGCAGGGGA 4145
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 4020 TCCTGACCAGGGTTGCAGAGATGCAGCTTATCAGAATAATACTGATCATGGCGCAGGGGA 4079
Query 4146 AGAAGCAGTTGTTAAATCAAAACGTCTTGATGATGGTTCTTTAAAAGTTCCACCATTACC 4205
|||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4080 AGAAGCAGGTGTTAAATCAAAACCTGTTGATGATGGTTCTTTAAAAGTTCCACCATTACC 4139
Query 4206 TATCAACATCAATGTGAAACCAAAATCAAGCCTGCAGTTAGCTGTCTCCACATTTGGTTA 4265
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4140 TATCAACATAAATGTGAAAGCAAAATCAAGCCTGCAGTTAGCTGTCTCCACATTTGGTTA 4199
Query 4266 TCAAATACTACAGTATCCTCAATTTGCTGAACTTTGCTGGGTGACATCAAAGCTTAAGGA 4325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4200 TCAAATACTACAGTATCCTCAATTTGCTGAACTTTGTTGGGTGACATCAAAGCTTAAGGA 4259
Query 4326 AGGGCCAAGTGCAGATGTTTCTGGTCCTTGGAGGGGATGGCCATTTAATTCGTGTATCAC 4385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4260 AGGGCCAAGTGCAGATGTTTCTGGTCCTTGGAGGGGATGGCCATTTAATTCGTGTATCAG 4319
Query 4386 TCGCCCTTGTAATTCCTCGGAGCAGACTATTACTTCTTCCGATTCCAACAATGTTAAAGG 4445
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4320 TCGCCCTTGTAATTCCTCAGAGCAGACTATTACTTCTTCTGATTCCAACAATGTTAAAGG 4379
Query 4446 AAAAGATTCCACTGGAATTGTCAGAGGTCTTACTGCTGTTGGATTATCAGCGTATAGAGG 4505
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4380 CAAAGATTCAACTGGCATTGTCAGAGGTCTTACTGCAGTTGGATTATCAGCATATAGAGG 4439
Query 4506 AACCTATATATCGCTGAGGGAAGTCTCATTTGAGGTACGGAAAGTTCTGGAGCTCTTAGT 4565
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4440 AACCTATATATCACTGAGGGAAGTCTCCTTTGAGGTACGGAAAGTTCTGGAGCTCTTAGT 4499
Query 4566 TGGACGGATCAGTGTTAAAATTAATGCTGGAAAGGACAGATGTCGATATATTCGAATTTT 4625
||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4500 TGGACGGATCAATGTTAAAATCAACGCTGGAAAGGACAGATGTCGATATATTCGAATTTT 4559
Query 4626 GTCTCAAGTTGCTTATCTGGAAGATCTGGTTAATAGTTGGGTATACGCGATGCGAAGTTT 4685
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4560 GTCTCAAGTTGCTTATCTGGAGGATCTGGTTAATAGTTGGGTATATGCGATGCGAAGTTT 4619
Query 4686 CGAATCAACCACTCAAACAGAGTCAACGAATCCATTACCTTGTTCTGTAGTCAATCCATC 4745
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 4620 TGAATCAACCACTCAAACAGAGTCGGCGAATCCATTGTCTTGTTCTGTAGTCAATCAATC 4679
Query 4746 AGTGAGGAATGAGCCAACTGAGCAAGGAACATCTGATCAATTAAAAGGGTCAGAAGAAGA 4805
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4680 AGTGAGGAATGAGCCAACTGAGCAAGAAACATCTGATCAATCAAAAGGGTCAGAAGAAGA 4739
Query 4806 CCTGAAAGAAGATACCCAAAACATGAATTGTCCAGACCCTATAGCATCTAGTAATCTTAC 4865
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4740 CGTGAAAGAAGATACCCAAAACATTAATTGTCCAGACCCTATAGCATCTAGTAATCTTAC 4799
Query 4866 CGACAATCATCAGCCAGTTGTAGAGATTGCAAATGGTCATAATGGAACAAATCATGAATC 4925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 4800 CGACAATCATCAGCCAGTTGTAGAGATTGCAAATGGTCATAGTGGAACAAATCATGAACC 4859
Query 4926 TTTTCTTGAAGATACTGGACATCTTACAACCCACAGTACGGATGGCTTAACTTTGGTCAA 4985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4860 TTTTCTTGAAGATACTGGACATCTTACAACCCACAGTACGGATGGCTTAACTTTGGTCAA 4919
Query 4986 AGAGAATGTTGATGTTATTTCAGA-TACTGAAATGATGATTGAGGATTCAGGAGTGAATC 5044
||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4920 AGAGAATGTTGATGTTATTTC-GAATACTGAAATGGTGATTGAGGATTCAGGAGTGAGTT 4978
Query 5045 CCTTTCGGCAGGCTGTTCTCCTTGATCTTAACTCTCCTGCAGCTGACCATGAACAGAATG 5104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4979 CCTTTCGGCAGGCTGTTCTCCTTGATCTTAACTCTCCTGCAGCTGACCATGAACAGAATG 5038
Query 5105 AAACTCCACATGGATCATGCGAGGTAGAAACTACAGGAACAGTAATTTCTTTGCAAGAAA 5164
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5039 AAACTCCCCATGGATCATGCGAGGTAGAAACTACAGGAACAGTAATTTCTTTGCAAGGAA 5098
Query 5165 AAGCTGATTCCCTAGACAATCCTAATGGATCTGGGGATTCCAATTCTATATCCCTGGAAG 5224
||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||
Sbjct 5099 AAGCTGATTCCCTAGACCATCGTAATGGATCTGAGGATCCCAATTCTATCTCCCTGAAAG 5158
Query 5225 ATCCCCACAAATCAGCTGACTCAAATAACGGTAAAGCCTGGGATGGAGTTCATGGATTAG 5284
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5159 ATCCCCACAAATCAGCTGACTCAAATAACGGTAATGCCTGGGATGGAGTTCATGGCTTAG 5218
Query 5285 AATCCGCAAACAACATGCCTGAACCAGTTGAACAAGTTGAAACGACTGGAAGAACCAATC 5344
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 5219 AATCTGCAAACAACATGCCTGAACCAGTTGAGCAAGTTGAAACAACTGCAAGAACCAATC 5278
Query 5345 CTCAGGATGACCCTAGCTTGGTGTGCTTGTACCGTTGCTGCTCCCAGTGCGTCTCCATCC 5404
||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5279 CTCTGGATGACCCTAGTTTGGTGTGTTTGTACCGTTGCTGCTCCCAGTGTGTCTCCATCC 5338
Query 5405 TCCAAGATTCAATGCATAAATTAGTTACTCGCGAATTGAGACTTGGTAGGAGTTCCATCA 5464
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5339 TGCAAGATTTAATGCATAAATTAGTTACTCGCGAATTGAGACTTGGTATGAGTTCCATCA 5398
Query 5465 CAACAGAGGGTATACATGATGCGGTTTCTTCATTATCAGTGGAGCTTATTTCTGCTGTTA 5524
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5399 CAACAGACGGTATACATGATGCAGTTTCTTCATTATCAGTGGAGCTTATTGCTGCTGTTA 5458
Query 5525 GAAAGTTCATCTCTGTGAAAAACAATGGTACCATGCAGGAAGCGAAGGTCAAAGATCATG 5584
||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5459 GAAAGTTCATCTCTGCGAAAAACAATGGTACTAAGCAGGAAGCGAAGGTCGAAGATCATG 5518
Query 5585 AGGAATGTCCAGAAAACGAAGCATGTTTTTGCAAACGCTTATCCGGTAATTTTCTTGCCT 5644
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5519 AGGAATGTCCAGAAAAGGAAGCATGTTCTTGCAAAAGCTTATCCGGTAATTTTCTTGCCT 5578
Query 5645 CTGTCGAA-TGTTGCAGTCATTCTGCTGAAATGCAAGGGAGCTTAGATGAGGGAAATACA 5703
| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5579 CGGT-GAAATGTTGCAGTCATTCTGCTGAATTGCAAGGGAGCTTAGATGAAGGAAATACA 5637
Query 5704 TATCGAAGACCTAAGACTTGGCTTGAACCAGTATTCGTTTTCAAAGATGGAATATTGGTT 5763
|||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5638 TATCCAAGCCCTAAGACTTGGCTTGAACCATTATTCGTTTTCAAAGATGGAATATTGGTT 5697
Query 5764 CCGGTGAGTACTGAAGATGACCGCTCTTTGCATTGTAAATATGATAGTTTCTGCCTTGGT 5823
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5698 CCGGTAAGTACTGAAGATGACCGCTCTTTGCATTGTAAATATGATAGATTCTGCCTTGGT 5757
Query 5824 TCTCTCATAGAGTTAATTGCAACTGAGATGAAGCCTTTTTGA 5865
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5758 TCTCTCATAGAGTTGATTGCAACTGAGATGAAGCCTTTTTGA 5799
Score = 1225 bits (663), Expect = 0.0
Identities = 750/793 (95%), Gaps = 2/793 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1030 GAAGATGAGAATAAGGAGATGGATGTAATTGTTTCGGAAAGTGGAAATGGCACTGGTATA 1089
|||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GAAGATGAGAATAAGGAGATGGGTGCAATGGTTTCGGAAAGTGGAAATGGCACTGGTATA 981
Query 1090 CTAGAAGGTGAGAATAAGAAGATGGAAGTAATGGTTTCGGGGAGTGGAAATGGCACTGGT 1149
||||||| |||||||||| | |||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 982 CTAGAAGATGAGAATAAGGATATGGGTGTAGGGGTTTCCGGAAGTGGAAATGGCACTGGT 1041
Query 1150 ATACGAGAAGATGATAGTGATTTTGCTGCTAAAGTTAAGAACAGAGAAGGAGATACTTTA 1209
|||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 ATACTAGAAGATGATAGCAATTTTGCTGCTGAAGTTAAGAACAGAGAAGGAGATACTTTA 1101
Query 1210 CATCCTGAACTACTTGGCGAAGCTAGCACCGAGATTAATGAGAGTTTGAAGCAGAATGAT 1269
||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1102 CATCCTGAACTACTTCGTGAAGCTAGCAACGAGGTTAATGAGAGTTTGGAGCAGAATGAT 1161
Query 1270 GATATCGGAGAGCAAGGTGTTTCTAGAACACCATCTAATAATAAGACCAAGGAACATAAT 1329
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1162 GACATCGGAGAGCAAGGTGTTTCTAGAACACCATCCAATAATAAGACCTTGGAACATAGT 1221
Query 1330 GAGTTTCTTGATAGAGGGGGTGAAAGTGTGGAAATGCCTGACGAGTTACCTATTCAGAAT 1389
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1222 GAGTTTCTTGATAGAGGGAGTGAAAGTGTGGAAATGCTTGACGAGTTACCTAATCAGAAT 1281
Query 1390 GAAACGTGCAAGAAGGCAGTTGACTCAGTTTCCACTTCATCAGATAGACTAGGTAAACCT 1449
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 GAAACGTGCAAGAAGGCAGTTGTCTCAGTTTCCACTTCATCAGATAGACTAGGTAAACCT 1341
Query 1450 CTCTTCAAACAAACCAGACGCTGTGGTTTATGTGGAGTGGGTACTGATGGCAAACTTCCG 1509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1342 CTCTTCAAACAAACCAGACGCTGTGGTTTATGTGGAGTTGGTACTGATGGCAAACGCCCA 1401
Query 1510 AAGAAGTTGATGCAAGATAATGGTGACAGTGACGTAGAGGCACCTAGCGGGTCTTCATCT 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1402 AAGAAGTTGATGCAAGATAATGGTGACAGTGACGTAGAGGCACATAGCGGGTCTTCATCT 1461
Query 1570 TCAGAGGAGCAAAAGTATGACATATTGGATGGTTTTGGGGATGATCCTGGATGGCTTGGC 1629
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TCAGAGGAGCAAAACTATGACATATTGGATGGTTTTGGCGATGATCCTGGATGGCTTGGC 1521
Query 1630 CGTCTCTTGGGCCCTATAAACGATCGTTATGGAATTTCTGGAACTTGGGTTCATCAGAAC 1689
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CGTCTATTGGGCCCTATAAACGATCGTTATGGAATTTCTGGAACTTGGGTTCATCAGAAC 1581
Query 1690 TGTGCCGTATGGAGTCCCGAGGTTTATTTTGCTGGTGTAGGATGCTTAAAGAATATAAGG 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 TGTGCCGTATGGAGTCCCGAGGTTTATTTTGCTGGTGTAGGATGCTTAAAGAATATAAGG 1641
Query 1750 GCAGCACTTTTCAGAGGGAGGTCATTAAAATGCACTCGCTGTG-ATAGACCTGGGGCAAC 1808
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1642 GCGGCACTTTTCAGAGGGAGGTCATTAAAATGCACTCGCTGTGCA-AGACCTGGGGCAAC 1700
Query 1809 CACTGGCTGTCGG 1821
|| ||| ||||||
Sbjct 1701 CATTGGTTGTCGG 1713
Score = 782 bits (423), Expect = 0.0
Identities = 498/534 (93%), Gaps = 6/534 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 570 TTCGGAAGATGTGCAAAAGGAGTCTGATACCAGTAATTCGGAAGATGAGAGTGCTAGCGA 629
||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 TTCGGAAGATGGGGAAAAAGAGTCTGATACCAGTAATTCGGAAGATGAGAGTGCTAGCGA 584
Query 630 GTCAGAGGAATCAATGCAGGCTGACAGTGCAGCTAGAGA-GAAATACCAGGAGAAGAAGG 688
||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| | |||| |||||||
Sbjct 585 GTCCGAGGAATCAATGCAGGCTGACAGTGAAGATAGAGAGGAAGT-TGAGGAAAAGAAGG 643
Query 689 CTACCAAAAGATCCGtttttttAGAGAGTGAGAATGAAGCTGAAGTTGATAGAACGGAGA 748
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 644 CTACCAAAAGATCCGTTGTTTTAGAGAGTGAGAATGAAGCTGAAGTTGATGGAACAGAGA 703
Query 749 CTGAGAGCGAGGATGGAACAGACAGCACTGACAATGAGATTGATGATAGTGATGAAGAGG 808
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 CTGAGAGCGAGGATGGAACAGACAGTACTGACAATGAGATTGATGATAGTGATGAAGAGG 763
Query 809 GGGAAAGTGAGACACAATGTAGTGCAGAGAAGACAGGAAGTGAGACTGAAGCTAATGTGG 868
||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 GGGAAAGTGAGGCACAAAGTAGTGCAGATAAGACAGGAAGTGAGACTGAAGCTAATGTGG 823
Query 869 AGGAAATGAGAGCTGATACTAATGTTA-CAATGGAAGCAGTACAAAATGAAAGTCGGAAT 927
| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 ATGAAATGAGAGCTGATACTAATGTTAGC-ATGGAAGCAGTACAAAATGAAAGTCGGAAT 882
Query 928 CAAATGGAAGAATTGGAAAATGAGATTGAGATGGGAGTTGAAGATGAGAAGAAGGAGATG 987
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 883 CAAATGGAAGAATTGGAAAATGAGATTGAGATGGGAGTTGAAGATGAGAATAAGGAGATG 942
Query 988 AGTGTGATTGTTTCGGAAAGTGGAAATGGCACTGGTATACGAGAAGATGAGAATAAGGAG 1047
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 943 GGTGCAATGGTTTCGGAAAGTGGAAATGGCACTGGTATACTAGAAGATGAGAATAAGGAT 1002
Query 1048 ATGGATGTAATTGTTTC-GGAAAGTGGAAATGGCACTGGTATACTAGAAGGTGA 1100
|||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1003 ATGGGTGTAGGGGTTTCCGGAA-GTGGAAATGGCACTGGTATACTAGAAGATGA 1055
Score = 749 bits (405), Expect = 0.0
Identities = 521/573 (91%), Gaps = 23/573 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 AAAGAATCATTCGGGTTCTCCTTCTGGGAAGAAAAGTAAGAAGCTTGCTGCAATATGTGA 83
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6 AAAGAATCATTCGGGTTCTCCTTCTGGGAAGAAGAGTAAGAAGCTTGCTGCAATATGTGA 65
Query 84 GGAGGAATACAAGAAAAATCATGGAGAGTCCCAGGACAGAGATGGTGGGTCTGGGTTAGC 143
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 GGAGGAATACAAAAAAAACCATGGAGAGTCGCAGGGCAGAGATGGTGGGTCTGGGTTAGC 125
Query 144 TTGTGCTGACTCTGAACTTCGGCGGAGCTCTAGGGTCAGGAAGATTCCGTCCATCCTGGA 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 126 TTGTGCTGACTCTGAACTTCGGCGGAGCTCTAGGGTCAGGAAGATACCGTCCATCCTGGA 185
Query 204 TGCTTCTCCTCCGCCACCAAAGAAAAGGCAGCG-TTT--T--A-A--T--A-A-GAGTTC 251
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | | | | ||||||
Sbjct 186 CGCTTCTCCTCCGCCTCCAAAGAAAAGGCAGCGTTTTAATAAACACGTAGATAGGAGTTC 245
Query 252 CAGTAGTATAGAGAAAGGGAAGA-GAAATGAGGATGGA-GATTCGGATGCCCCGGATGGT 309
|||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||
Sbjct 246 TAGTAGTATAGAGAAAGGGAA-ACGAAATGAGGAT-GAGGATGAGGATACCCTGGATGGT 303
Query 310 TGGAAATCCAGGTTGAGGTCAAGGAGGAAGAAGAACGTTGGTTTCCAAGCGAGTGGGAGA 369
|||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 304 TGGAAATCCAGGTTGAGGTCAA--A-GAGGAAGAACGTTGGTTCCCAAGCGAGTGGGAGA 360
Query 370 CAGAGACGTGTGGTAAAGGGGAAAAGGAAGCTCGTTTTCAGAAACCGTGCCTGTGAGTTG 429
|||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAGAGACGTGTGGTCAAGGGAAAAAGAAAGCTTGTTTTCAGAAACCGTGCCTGTGAGTTG 420
Query 430 AGTGAAAAAGCAGAGGCAAGTGACAGGGAAGAGGAAA-AAGGAGC-CCTTAAAGGTGGGA 487
||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 421 AGTGACAAAGCAGTGGAAAGTGACAGGGAAGAGGAAAGAAG-AGCTCCT-AAAGGTGGGG 478
Query 488 AGCTGAATAAAGCAAAAAAGCCAGTGGATGTTAAGGAATCAGAAAGTTCGGAAGATGGGG 547
||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 479 GGCTGATTAAAACAAAAAAGCCAGTAGATGTTAAGGAATCGGAAAGTTCGGAAGATGGGG 538
Query 548 GAAAAGAGTCTGATACCAGTAATTCGGAAGATG 580
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AAAAAGAGTCTGATACCAGTAATTCGGAAGATG 571
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 226785077507
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5