BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15130.1
Length=2070
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318289 jgi|Araly1|318289|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001305 3162 0.0
> Ahg318289 jgi|Araly1|318289|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001305
Length=3405
Score = 3162 bits (1712), Expect = 0.0
Identities = 1883/1967 (96%), Gaps = 6/1967 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 103 TCTGGATCAGGG-TTGAATTTGATTACGAGCAACTATCTTATCGATATGTATTGTAAATG 161
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1192 TCTGGATC-GGGTTTGAATTTGATTACGAGCAACTATCTTATCGATATGTACTGTAAATG 1250
Query 162 CAGAGAACCGTTGATGGCTTACAAGGTGTTCGACAGTATGCCTGAGAGAAATGTTGTTTC 221
|||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 CAGAGAACAGTTGATAGCTTATAAGGTGTTCGACAGTATGCCTGAGAGAAATGTTGTTTC 1310
Query 222 ATGGTCGGCTCTAATGAGTGGACATGTACTTAATGGTGACCTTAA-GGGATCATTGTCTC 280
|||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||
Sbjct 1311 ATGGACGGCTCTAATGAGCGGTCATGTACTTAATGGTGACCTTAACGGG-TCCTTATCTC 1369
Query 281 TTTTCAGTGAAATGGGGCGTCAGGGTATTTACCCAAACGAGTTCACTTTCTCGACGAATC 340
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1370 TTTTCACTGAAATGGGGCGTCAGGGTATTTACCCAAACGAGTTTACTTTCTCGACGAATC 1429
Query 341 TAAAAGCTTGTGGTTTGCTTAACGCGCTTGAAAAGGGGTTGCAGATTCATGGGTTTTGTT 400
|||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 TAAAAGCTTGTGGTTTGCTTAATGCGCTAGAGAAGGGGTTGCAGATTCATGGGTTTTGTT 1489
Query 401 TGAAGATTGGTTTTGAAATGATGGTTGAAGTGGGCAATTCTTTGGTTGACATGTATTCAA 460
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1490 TGAAGATTGGTTTTGAAATGATGGTTGAGGTGGGTAATTCTTTGCTTGACATGTATTCAA 1549
Query 461 AATGTGGGAGAATCAATGAAGCTGAGAAAGTGTTTCGTCGGATTGTGGATAGGAGTTTGA 520
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||
Sbjct 1550 AATGTGGAAGAGTCAATGAAGCTGAGAAAGTGTTTCGTTGGATGGTGGGTAGGAGTCTGA 1609
Query 521 TAAGCTGGAATGCGATGATTGCTGGATTTGTACATGCGGGTTATGGTAGTAAAGCTTTGG 580
|||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1610 TAAGCTGGAACGCGATGATAGCTGGATATGTACATGCGGGTTATGGTAGTAGAGCTTTGG 1669
Query 581 ATACGTTTGGGATGATGCAAGAGGCAAATATAAAGGAAAGGCCAGACGAGTTCACTTTGA 640
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 CTACGTTTGGGATGATGCAAGAGGCAAAGATAAAGGAAAGGCCAGACGAGTTCACTTTGA 1729
Query 641 CTAGCTTGTTGAAGGCTTGCAGTAGTACTGGTATGATTTATGCAGGAAAACAGATACATG 700
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1730 CTAGCTTGTTGAAGGCTTGCAGTAGCACTGGTATGATTTATGCAGGAAAACAGATTCATG 1789
Query 701 GTTTTCTAGTTAGGAGTGGGTTCCATTGTCCAAGTTCCGCAACCATCACCGGTTCTCTTG 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1790 GTTTTCTAGTTAGGAGTGGGTTCCATTGTCCAAGTTCCGCAACCATCACTGGTTCTCTTG 1849
Query 761 TTGATTTGTATGTCAAGTGTGGATATCTCTTTAGTGCTCGGAAAGCTTTTGATCAAATTA 820
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1850 TCGATTTGTATGTCAAGTGTGGAAATCTCTTTAGTGCTCGGAAAGCTTTTGATCAAATCA 1909
Query 821 AGGAAAAGACAATGATCTCATGGAGTTCATTGATTCTTGGATATGCACAAGAGGGTGAAT 880
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1910 AGGAAAAGACAATGATCTCATGGAGTTCATTGATTCTTGGATATGCTCAAGAGGGTGACT 1969
Query 881 TCGTGGAGGCGATGGGTTTGTTTAAGCGACTACAGGAGCTAAACTCTCAGATTGACAGTT 940
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1970 TCGTGGGGGCGATGGGTTTGTTTAAGCGACTACAGGAGCTAAGCTCTCAGATTGACAGTT 2029
Query 941 TTGCTCTTTCTAGCATCATTGGAGTCTTTGCTGATTTTGCCCTCTTGCGGCAAGGGAAGC 1000
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2030 TTGTTCTTTCTAGCATCATTGGAGTCTTTGCTGATTTTGCCCTCTTGCAGCAAGGGAAGC 2089
Query 1001 AAATGCAAGCACTTGCTGTTAAACTTCCGTCTGGGTTAGAAACATCTGTTTTGAATTCAG 1060
||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2090 AAATGCAAGCACTCGTTGTGAAACTTCCATCTGGGTTAGAAACATCTGTTTCGAATTCAC 2149
Query 1061 TGGTGGACATGTATCTCAAGTGTGGATTAGTTGATGAGGCTGAGAAATGCTTT-GCCGAA 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2150 TGGTGGACATGTATCTCAAGTGTGGATTAGTTGATGAGGCTGAGAAATG-TTTCGCCGAA 2208
Query 1120 ATGCAGTTGAAAGATGTGATCTCCTGGACTGTAGTGATCACTGGTTATGGGAAGCACGGG 1179
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2209 ATGCAGTCGAAAGATGTGATCTCCTGGACTGTAATGATCACTGGCTACGGGAAGCACGGG 2268
Query 1180 CTTGGCAAAAAATCTGTTAGAATTTTTTACGAAATGTTGAGACATAACATTGAGCCTGAT 1239
|||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 CTTGGCAAAAAAGCTGTTAGTATTTTTAACAAAATGTTGAGACATAACATTGAGCCTGAT 2328
Query 1240 GAGGTATGCTATTTAGCTGTACTCTCAGCTTGTAGCCATTCTGGTATGATCAAAGAAGGT 1299
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 GAGGTATGCTATTTAGCTGTACTTTCTGCTTGTAGCCATTCTGGTATGATCAAAGAAGGT 2388
Query 1300 GAAGAACTTTTTTCGAAGTTACTAGAGACACATGGAATCAAACCTAGGGTAGAACACTAT 1359
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 GAAGAACTTTTTTCAAAGTTACTAGAGACACAGGGAATCAAACCTAGGGTAGAACACTAC 2448
Query 1360 GCATGTGTAGTTGATCTATTAGGAAGAGCTGGTCGTTTGAAGGAAGCTAAACATCTGATT 1419
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 GCATGTGTAGTTGATCTACTAGGACGAGCTGGTCGTTTGAAGGAAGCTAAACATCTGATT 2508
Query 1420 GATACAATGCCGATAAAACCAAATGTCGGAATATGGCAAACACTTCTTAGCCTCTGTCGA 1479
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 GACACAATGCCGATTAAACCAAATGTCGGAATATGGCAAACACTTCTTAGCCTCTGTCGA 2568
Query 1480 GTACATGGGGACATCGAATTAGGGAAAGAAGTGGGTAAGATTCTTTTAAGGATCGATGCA 1539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
Sbjct 2569 GTACATGGGGACATCGAATTAGGGAAAGAAGTGGGTAAGATTCTTTTGAGGATAGATGGA 2628
Query 1540 AAGAATCCTGCAAATTACGTGATGATGTCCAACCTTTATGGGCAAGCCGGTTATTGGAAC 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 AAGAATCCTGCAAATTACGTGATGATGTCCAACCTATATGGGCAAGCCGGTTATTGGAAC 2688
Query 1600 GAACAAGGGAACGCACGAGAGCTTGGGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGAAGCTGGTATG 1659
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2689 GAACAAGGGAACGCACGAGAGCTTGGGAGTATAAAAGGGTTGCAGAAAGAAGCTGGTATG 2748
Query 1660 AGCTGGGTCGAGATTGAGAGAGAGGTACATTTTTTCCGTAGTGGAGAGGATTCACATCCT 1719
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 AGCTGGGTCGAGATTGAGAGAGAGGTACATTTCTTCCGTAGTGGAGAGGATTCACATCCT 2808
Query 1720 CTGACACCTGTGATCCAAGAAACTTTGAAAGAAGCTGAAAGAAGACTGAGAGAAGAATTG 1779
||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 CTGACACTTGTAATCCAAGAAACTTTGAAAGAAGTTGAAAGAAGACTGAGAGAAGAATTG 2868
Query 1780 GGATATGTTTACGGCCTGAAACATGAGCTGCATGATATAGACGATGAGTCAAAGGAGGAG 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 GGATATGTTTACGGCCTGAAACATGAGCTGCATGATATAGACGATGAGTCAAAGGAGGAG 2928
Query 1840 AACCTTAGAGCTCACAGCGAAAAGCTAGCGATTGGTCTGGCATTGGCAACAGGCGGGTTA 1899
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 AACCTTAGAGCTCACAGTGAAAAGCTAGCAATTGGTCTGGCATTGGCAACAGGCGGGTTA 2988
Query 1900 AACCAGAAAGGAAAGACAATAAGAGTGTTCAAGAACTTGAGAGTATGCGTAGATTGTCAT 1959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2989 AACCAGAAAGGAAAGACAATAAGAGTGTTCAAGAACTTGAGGGTATGCGTAGATTGTCAT 3048
Query 1960 GAGTTCATCAAGGGGTTGTCTAAAATCACGAAGATAGCGTACGTTGTGAGAGATGCTGTT 2019
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 GAGTTCATCAAGGGGCTGTCTAAAATCACGAAGATAGCGTACGTTGTGAGAGATGCTGTT 3108
Query 2020 CGGTTTCACAGTTTTGAAGATGGTTGTTGTTCCTGTGGAGATTACTG 2066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 CGGTTTCACAGTTTTGAAGATGGTTGTTGTTCCTGTGGAGATTACTG 3155
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77856460780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5