BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15880.2
Length=3975
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479043 jgi|Araly1|479043|fgenesh2_kg.3__1744__AT3G15880.2 6122 0.0
> Ahg479043 jgi|Araly1|479043|fgenesh2_kg.3__1744__AT3G15880.2
Length=3885
Score = 6122 bits (3315), Expect = 0.0
Identities = 3678/3850 (96%), Gaps = 37/3850 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 CCATAAATAGCCCCCACGtctctctctctctcttctccaaagtcttcttcttcttcttct 63
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 CCATAAATAGCCCCCACG--TCTCTCTCTCTCTTCTCCAAAG---TCTTCTTCTTCTTCT 55
Query 64 tcttcttcctcttcttcctctctgctttgtctctctccttcttcAAAGTCAAAATTCAAC 123
|| ||| ||| || | || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 TC--CTT-CTC-TC-TGCT-TC-G--TCGTCTCTCTCCTTCTTCAAAGTCAAAATTCAAC 106
Query 124 AGTGGTTCATGAGTGGTATTGTGATCGATCT-GTTA-CTTTCGGA-GAGCGAGCAATAAG 180
|| |||||||||||||||||||||||||| | | | | | | || || || |||
Sbjct 107 AGCGGTTCATGAGTGGTATTGTGATCGATTTGGAGAGC-AGC-AATAAG-AAG-AACAAG 162
Query 181 AAGAGGATATGTCGTCACTCAGCAGAGAACTCGTGTTTTTAATACTTCAGTTTCTCGATG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 163 -AGAGGATATGTCGTCACTCAGCAGAGAACTCGTGTTTTTGATACTTCAGTTTCTCGATG 221
Query 241 AAGAGAAATTCAAAGATACTGTTCACAGGTTGGAGAAAGAGTCTGGTTTTTTCTTCAACA 300
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 AAGAGAAATTCAAAGAGACTGTTCACAGGTTGGAGAAGGAGTCTGGTTTTTTCTTCAACA 281
Query 301 TGAGGTACTTTGAAGATAGTGTAACAGCTGGTGAATGGGATGATGTAGAGAAGTATCTTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 282 TGAGGTACTTTGAAGATAGTGTAACAGCTGGTGAATGGGATGATGTAGAGAAGTACCTTT 341
Query 361 CTGGATTCACTAAAGTTGATGATAATAGATACTCTATGAAAATATTTTTCGAGATTCGGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 342 CTGGATTCACTAAAGTTGATGATAATAGATACTCCATGAAGATATTTTTCGAGATTCGGA 401
Query 421 AGCAGAAGTACCTTGAAGCACTTGACAAGAAAGATCATGCCAAGGCGGTTGATATTCTTG 480
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 402 AGCAGAAATACCTTGAAGCACTTGACAAGAAAGATCATGCCAAGGCGGTTGAAATTCTTG 461
Query 481 TTAAGGAGTTGAAAGTGTTCTCGACATTCAACGAAGAGCTTTTTAAGGAGATTACCATGC 540
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 TTAAGGAGTTAAAAGTGTTCTCCACATTCAACGAAGAGCTTTTTAAGGAGATTACCATGC 521
Query 541 TTTTAACCTTGACTAACTTCAGGGAAAATGAGCAGCTTTCCAAGTATGGAGATACTAAGT 600
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 TTTTAACTTTAACAAACTTCAGGGAAAATGAGCAGCTTTCCAAGTATGGAGATACTAAGT 581
Query 601 CCGCAAGAGGTATCATGCTTGGGGAACTTAAAAAACTGATTGAAGCAAATCCTCTCTTCC 660
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 582 CCGCAAGAGGTATCATGCTGGGGGAACTTAAAAAACTGATTGAGGCAAATCCTCTCTTCC 641
Query 661 GAGACAAACTTCAATTTCCCAGTTTGAAGAATTCTAGATTGAGAACCTTAATAAATCAAA 720
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 642 GAGACAAACTTCAGTTTCCCAGTTTGAAGAATTCAAGATTGAGAACCTTAATTAATCAAA 701
Query 721 GTTTGAACTGGCAACATCAGCTTTGCAAGAATCCTAGGCCTAACCCGGATATAAAAACAC 780
||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 GTTTGAACTGGCAGCATCAGCTTTGCAAGAACCCAAGGCCTAACCCGGATATAAAAACAC 761
Query 781 TATTTGTTGACCATACGTGTGGGCATCCCAATGGTGCACACACTCCTTCCCCTACAACTA 840
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 762 TCTTTGTTGACCATACGTGTGGGCATCCAAATGGTGCACACACT-C--CCCCTACAACTA 818
Query 841 ATCATTTAATGGGTTCAGTCCCTAAAGTTGGAGGCTTCCCACCATTAGGTGCTCACGGTC 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 819 ATCATTTAATGGGTTCAGTCCCTAAAGTTGGAGGCTTCCCACCATTAGGTGCTCACGGCC 878
Query 901 CATTTCAGCCAACACCAGCTCCTCTTACAACATCTCTTGCAGGATGGATGCCTAATCCAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 CATTTCAGCCAACACCAGCTCCTCTTACAACATCTCTTGCAGGATGGATGCCTAATCCAT 938
Query 961 CGGTACAACACCCTACTGTTTCCGCTGGGCCTATCGGCTTAGGTGCCCCCAACAGTGCTG 1020
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 CGGTACCACACCCTACTGTTTCCGCTGGGCCTATCGGCTTAGGTGCCCCCAACAGTGCTG 998
Query 1021 TGTCTATGTTAAAGCGTGAGCGTCCCAGGAGTCCTCCAACTAATAGCCTATCAATGGATT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TGTCTATGTTAAAGCGTGAGCGTCCCAGGAGTCCTCCAACTAATAGCCTATCAATGGATT 1058
Query 1081 ATCAGACGGCAGATTCTGAAAGTGTGTTGAAGAGACCCAGACCTTTTGGTATTTCAGATG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1059 ATCAGACGGCAGATTCTGAAAGTGTGTTGAAGAGACCCAGACCTTTTGGTATATCAGATG 1118
Query 1141 GGGTTAATAATCTTCCAGTCAATGTCTTGCCAGTCACATATCCAGGGCAAAGCCATGCTC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 GGGTTAATAATCTTCCAGTCAATGTCTTGCCAGTCACATATCCAGGGCAAAGCCATGCTC 1178
Query 1201 ATGCAACTTATTCTACTGATGACTTGCCCAAAAACGTTAGCAGGATTTTGAGTCAGGGTT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 ATGCAACTTATTCTACTGATGACTTGCCCAAAAATGTTAGCAGGATTTTGAGTCAGGGTT 1238
Query 1261 CTGCCATTAAGAGCATGGATTTTCATCCAGTACAGCAAACTATGCTCCTTGTTGGCACCA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 CTGCCATTAAGAGCATGGATTTTCATCCAGTACAGCAAACTATGCTCCTTGTTGGCACCA 1298
Query 1321 ATCTTGGTGATATTGCAATATGGGAGGTGGGTAGCAGGGAGAAGCTCGTTTCTAGAAGCT 1380
||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 ATCTTGGTGATATCGCAATATGGGAGGTGAGTAGCAGGGAGAAGCTCGTTTCTAGAAGCT 1358
Query 1381 TTAAAGTTTGGGATCTTGCTACTTGCACTGTGAACCTTCAGGCTTCACTTGCTAGCGAGT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TTAAAGTTTGGGATCTTGCTACTTGCACTGTGAATCTTCAGGCTTCACTTGCTAGCGAGT 1418
Query 1441 ATACTGCAGCAGTAAACCGAGTTGTTTGGAGTCCTGATGGAGGTCTACTGGGTGTCGCAT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1419 ATACTGCAGCAGTAAACCGAGTTGTTTGGAGTCCTGATGGAGGGCTACTGGGTGTCGCAT 1478
Query 1501 ATTCCAAGCATATTGTGCATATATATTCATATCATGGTGGCGAGGATTTACGGAATCATC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1479 ATTCCAAGCATATTGTGCATATATATTCATATCATGGTGGCGAAGATCTGCGGAATCATC 1538
Query 1561 TAGAGATTGATGCCCATGCTGGTAATGTCAACGATCTTGCTTTCTCCCAACCAAACCAGC 1620
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 TAGAGATTGATGCTCATGCTGGTAATGTCAATGATCTTGCTTTCTCCCAACCAAACCAGC 1598
Query 1621 AATTATGTGTTGTGACTTGTGGAGAAGACAAGACAATCAAGGTCTGGGATGCTGTTACCG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1599 AATTATGTGTTGTGACTTGTGGAGAAGACAAGACAATCAAGGTTTGGGATGCTGTTACCG 1658
Query 1681 GAAATAAATTGCACACTTTTGAAGGTCATGAGGCACCTGTTTATTCCGTGTGCCCACACC 1740
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1659 GAAATAAACTGCACACTTTTGAAGGTCATGAGGCACCTGTTTATTCTGTGTGCCCACACC 1718
Query 1741 AGAAAGAGAATATTCAGTTCATATTCTCAACTGCTGTTGATGGGAAAATAAAGGCTTGGT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 AGAAAGAGAATATTCAGTTCATATTCTCAACTGCTGTTGATGGGAAAATAAAGGCTTGGT 1778
Query 1801 TATATGACAACATGGGTTCTAGAGTGGATTATGATGCCCCCGGTCGATCTTGCACGTCGA 1860
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1779 TATATGACAACATGGGTTCTAGAGTAGATTATGATGCCCCCGGTCGATCTTGCACGGCAA 1838
Query 1861 TGGCATATTGTGCTGATGGGACTAGATTATTTTCTTGTGGTACTAGTAAGGAGGGGGAGT 1920
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1839 TGGCATATTGTGCTGACGGGACTAGATTATTCTCTTGTGGTACTAGTAAGGAGGGGGAAT 1898
Query 1921 CATTCATTGTTGAATGGAATGAAAGTGAAGGAGCTGTGAAGCGGACTTATCTTGGACTGG 1980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1899 CATTCATTGTTGAATGGAATGAAAGTGAAGGAGCTGTGAAGCGGACTTATCTTGGACTTG 1958
Query 1981 GGAAACGGTCTGTGGGGGTTGTCCAGTTCGACACCATGAAGAATAAATTTTTGGTAGCTG 2040
||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 GGAAACGTTCTGCGGGGGTTGTCCAGTTCGATACCATGAAGAATAAATTTTTGGTAGCTG 2018
Query 2041 GTGATGAATTCCAAGTCAAATTTTGGGATATGGATAGTGTTGATCTCTTGAGTTCAACGG 2100
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 GTGATGAGTTCCAAGTCAAATTTTGGGATATGGATAGTGTTGATCTCTTGAGTTCAACGG 2078
Query 2101 CTGCAGAAGGGGGTTTACCGTCTTCCCCTTGCTTAAGGATCAATAAAGAAGGAACTCTGC 2160
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 CTGCAGAAGGGGGTTTGCCGTCTTCCCCTTGCTTAAGGATCAATAAAGAAGGAACTCTGC 2138
Query 2161 TGGCCGTCTCAACTACTGATAACGGAATTAAGATTCTAGCGAATGCTGAAGGTTCCAGAA 2220
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 TGGCTGTCTCAACTACTGATAATGGAATTAAGATACTAGCGAATGCTGAAGGTTCCAGAC 2198
Query 2221 TTTTGCATTCCATGGCAAACCGTGGCCTTGATAGCTCTAGAGCTCCTCCTGGGTCAGTTG 2280
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 TTTTGCACTCCATGGCAAACCGTGGACTTGACAGCTCTAGAGCTCCTCCTGGGTCAGTTG 2258
Query 2281 CTAAGGGTCCTATTGTTGGCACATTTGGCACTCCAAATTCAAGCACTGGAATGAGTCTAT 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 CTAAGGGTCCTATTGTTGGCACATTTGGCACTTCAAGTTCAAGCACTGGAATGAGTCTAT 2318
Query 2341 CAATGGGTGAAAGAAGTGGACCAGTGGCATCTGTTACTGGATTGAATGGAGATAATCGCA 2400
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 CAATGGCTGAAAGAAGTGGACCAGTGGCATCTGTTACTGGATTGAATGGAGATAATCGCA 2378
Query 2401 GTCTGCCAGATGTCAAACCACGAATCGCTGATGATGCAGAGAAATCAAAGACTTGGAAGC 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 GTCTGCCAGATGTCAAACCACGAATCGCTGATGAGGCAGAGAAATCAAAGACTTGGAAGC 2438
Query 2461 TGACTGAGATCAGTGAACGTTCCCAGCTTCGTACTCTGCGGCTTCCTGACACCCTGCTAC 2520
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 TGACAGAGATCAGCGAACGTTCCCAGCTTCGTACTCTGCGGCTTCCTGACACCCTGCTAC 2498
Query 2521 CAGCAAGAGTTGTTAAGTTGATATATACAAATTCTGGAGGTGCTATATTGGCATTAGCAG 2580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2499 CAGCAAGAGTTGTTAAGTTGATATATACAAATTCTGGAGGTGCTGTATTAGCATTAGCAG 2558
Query 2581 AAAATGCTGCACATAAACTATGGAAATGGCAAAAGAGTGAGCGGAATCTTTTGGGAAAGG 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 AAAATGCTGCACATAAACTATGGAAATGGCAAAAGAGTGAGCGGAATCTTTTGGGAAAGG 2618
Query 2641 CAAACAGCAATGTCCCACCACAGCTTTGGCAGCCATCTAGTGGAGTATTAATGACAAATG 2700
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2619 CAAATAGCAATGTCCCACCACAGCTTTGGCAGCCATCTAGTGGAGTATTAATGACAAATG 2678
Query 2701 ATACACGTGAGGGAAACAAAGAGGATGTAGTTCCATGCTTTGCACTCTCAAAAAATGATT 2760
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 ACACACGCGAGGGAAACAAAGAGGATGTAGTTCCATGTTTTGCACTCTCAAAAAATGATT 2738
Query 2761 CTTATGTCATGTCAGCCTCTGGAGGAAAAATTTCCTTATTCAACATGATGACTTTTAAGA 2820
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 CTTATGTCATGTCAGCCTCAGGAGGAAAAATTTCCTTGTTCAACATGATGACTTTTAAGA 2798
Query 2821 CGATGACGACATTCATGGCTCCTCCTCCAGCAGCGACTTCCCTTGCCTTCCATCCTCAAG 2880
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2799 CGATGACGACATTCATGGCGCCTCCTCCAGCAGCGACTTCCCTTGCCTTCCATCCTCAAG 2858
Query 2881 ACAATAATATAATTGCTATCGGAATGGATGACTCTTCTATTCAAATCTACAATGTCAGAG 2940
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 ACAATAATATTATTGCTATCGGAATGGATGACTCGTCTATTCAAATCTACAATGTCAGAG 2918
Query 2941 TTGATGAGGTTAAAAGTAAATTGAAAGGTCATCAGAAGAGAGTGACTGGTTTAGCATTCT 3000
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2919 TCGATGAGGTTAAAAGTAAATTGAAAGGTCATCAGAAGAGAGTGACTGGATTAGCATTCT 2978
Query 3001 CAAACGTGCTAAATGTTCTTGTTTCCTCTGGTGCTGATTCTCAGCTTTGTGTATGGAGCA 3060
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2979 CAAACGTTCTAAATGTTCTTGTTTCCTCTGGTGCTGATTCTCAGCTTTGTGTATGGAGCA 3038
Query 3061 TGGATGGATGGGAAAAACAAGCTAGCAAACAGATACAAATTCCAAGCGGGCATTCACCAA 3120
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 3039 TGGATGGATGGGAAAAGCAAGCTAGCAAACAGATACAAATCCCAAGCGGGCATTCGCCAA 3098
Query 3121 ATCCACTTGCTCATACACGCGTTCAGTTCCATCAAGACCAGATACATGTACTTGTTGTCC 3180
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 3099 ACCCACTTGCTCATACACGCGTTCAGTTCCATCAGGACCAGACACATGTGCTTGTTGTCC 3158
Query 3181 ATGCCAGCCAGTTAGCCATATATGAGGCTCCTAAATTAGAGAACATGAAGCAGTGGATAC 3240
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3159 ATGCCAGCCAGTTAGCCATATACGAGGCTCCTAAATTAGAGAGCATGAAGCAGTGGATAC 3218
Query 3241 CGAAAGAGTCAAGTGGTTCAGTCACAGATGCAGTATATTCATGTGATAGCCAGTCAATCT 3300
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3219 CGAAGGAGTCAAGTGGTTCAGTCACAGATGCTGTATATTCATGTGATAGCCAGTCAATAT 3278
Query 3301 ATGCAGCCTTTGATGATGGAAGTGTGAGTATCTTGACGGCAACAACATTGCAACTGAAGT 3360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3279 ATGCAGCCTTTGATGATGGAAGTGTGAGTATCTTGACGGCAACAACATTGCAACTGAAGT 3338
Query 3361 GCCGCATTGGTCCCAATTCATATTTGCCTTCAAACCCGAGCTCGAGAGTATATCCAGCCA 3420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3339 GCCGCATTGGTCCCAATTCATATTTGCCTTCAAACCCGAGCTCGAGAGTATATCCAGCCA 3398
Query 3421 CAGTTGCAGCACATCCGTCTGAACCAAACCAGTTTGCAGTTGGACTAACCGATGGTGGGG 3480
|| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3399 CAATCGCAGCACATCCATCTGAACCAAACCAATTTGCAGTTGGGCTAACCGATGGTGGGG 3458
Query 3481 TCCACGTGATCGAACCACCAGGTCCAGAAGGGAAGTGGGGAATATCCGCACCACCAGAAA 3540
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 3459 TCCACGTGATCGAACCGCCAGGTCCAGAGGGGAAGTGGGGAATGTCCCCACCACCAGAAA 3518
Query 3541 ACGGAGCAGGGCCAAGCGTCTCCTCAGCTCCCGGGTCAGATCAACAACCGAGTGATTCGT 3600
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |
Sbjct 3519 ACGGCGCAGGGCCAAGCGTCTCCTCAGCACCCGGGTCAGATCAACAACAGAGAAAGAAAT 3578
Query 3601 AGTTGGA-GATGGA-A-GCAGGAGGAGCAGAGATCAAACCAAAGCCTTTCCCTTCATT-T 3656
|| ||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| || |
Sbjct 3579 AG--GGATG-TGGAGATGCAGGAGGAGCAGAGATCAGACCAAAGCCATTCTCTTT-TTCT 3634
Query 3657 GAGTTTCAGTAGGTAACTTAACGTTAGTGGCCAAACCAATAGCTTCAAGAAATCTAATGA 3716
||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3635 GAGATTCAGTAGGTAACTTTACGTTGGTGGCCAAACCAATAGCTTCAAGAAACCTAATGA 3694
Query 3717 GACACCAAGTAATGTCGAGCTGCCACCATTCGAGTCCATGCCTGGCCGAGAACTCGAACG 3776
|| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3695 GATACCAAGTAACGTCGAGCTGCCACCACTCGAGTCCATGCCTGGCCGAGAACTCGAACG 3754
Query 3777 CATGATGATTGTTATGCCATCCCTCGCCAAGTGTTAAAATTGCTACCCACCTGATATATT 3836
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | || |
Sbjct 3755 CATGATGATTGTTATGCCATCCCTCGCCATGTGTTATCATGGCTACCCACCT-A-AT-T- 3810
Query 3837 CATCACCAAT 3846
||||||||||
Sbjct 3811 CATCACCAAT 3820
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150251298204
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5