BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15980.5
Length=3356
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479052 jgi|Araly1|479052|fgenesh2_kg.3__1753__AT3G15980.3 5297 0.0
Ahg474357 jgi|Araly1|474357|fgenesh2_kg.1__4311__AT1G52360.1 3426 0.0
> Ahg479052 jgi|Araly1|479052|fgenesh2_kg.3__1753__AT3G15980.3
Length=3211
Score = 5297 bits (2868), Expect = 0.0
Identities = 3131/3251 (96%), Gaps = 46/3251 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 49 ATCTCCGCCGTATTAATACAAGCTCTCTGAACGCACTCTACGACGAGCCTAACGTCTTTC 108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCTCCGCCGTATTAATACAAGCTCTCTGAACGCACTCTACGACGAGCCTAACGTCTTTC 60
Query 109 TCCGATCGCCGGTTAGCAGATTCAAGCGAGATACGAGATCCGACGAGCAGATCTTCTGCT 168
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCGATCGCCGGTTAGCAGATTTAAGCGAAATACGAGATCCGACGAGCAGATCTTCTGCT 120
Query 169 TAATCTGTAAACATGCCTCTCAGACTAGATATCAAGAGAAAGTTTGCTCAACGATCAGAG 228
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGATCTGTAAACATGCCTCTCAGACTCGATATCAAGAGAAAATTTGCTCAACGATCAGAG 180
Query 229 AGAGTCAAATCTGTTGATCTGCATCCTACTGAACCATGGATTCTAGCAAGTTTGTATTCT 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 AGAGTCAAATCTGTTGATCTGCATCCTACTGAACCATGGATTCTAGCAAGTTTGTATGCT 240
Query 289 GGAACCGTGTGTATTTGGAACTACCAGACACAGACGATTACAAAATCCTTCGAGGTGACG 348
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGAACCGTGTGTATTTGGAACTACCAGACACAGACGATTACAAAATCCTTCGAGGTGACC 300
Query 349 GAATTGCCAGTTAGGTCGGCCAAGTTTATTCCGCGCAAGCAATGGGTTGTGGCTGGAGCG 408
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 GACTTGCCAGTTAGGTCAGCCAAGTTTATTCCGCGCAAGCAATGGGTTGTTGCTGGAGCG 360
Query 409 GATGATATGTACATCCGTGTATACAATTACAATACAATGGACAAGGTCAAAGTATTTGAG 468
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 GATGACATGCACATCCGTGTATACAATTACAATACGATGGACAAGGTCAGAGTATTTGAG 420
Query 469 GCTCATTCGGATTACATTAGGTGTGTAGCTGTCCATCCGACCCTTCCATATGTGCTGTCA 528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCTCATTCGGATTACATTAGGTGTGTAGCTGTCCATCCGACCCTTCCATATGTGCTGTCA 480
Query 529 TCTTCTGATGATATGCTCATAAAGCTTTGGGACTGGGAAAACGGTTGGGCTTGTACTCAG 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCTTCTGATGATATGCTCATAAAGCTTTGGGACTGGGAAAACGGTTGGGCTTGTACTCAG 540
Query 589 ATATTTGAGGGACATTCGCACTATGTGATGCAAGTGGTATTTAATCCAAAAGATACCAAC 648
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATATTTGAGGGGCATTCGCACTATGTGATGCAAGTGGTATTTAATCCAAAAGATACCAAC 600
Query 649 ACTTTTGCCAGTGCTTCGCTTGATCGTACCATAAAGATATGGAATCTTGGTTCCCCAGAC 708
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACTTTTGCCAGTGCATCGCTTGATCGTACCATAAAGATATGGAATCTTGGTTCCCCAGAC 660
Query 709 CCAAATTTTACACTGGATGCTCATCAGAAAGGAGTCAACTGTGTAGATTATTTCACAGGG 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCAAATTTTACACTGGATGCTCATCAGAAAGGAGTCAACTGTGTAGATTATTTCACAGGG 720
Query 769 GGTGATAAACCCTATCTAATTACCGGCTCTGATGATCATACTGCTAAGGTATGGGACTAT 828
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGTGATAAACCCTACCTAATTACCGGCTCTGATGATCATACTGCTAAGGTATGGGACTAT 780
Query 829 CAAACCAAAAGTTGTGTCCAGACGCTAGATGGGCACACACACAATGTTTCTGCCGTATGT 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAAACCAAAAGTTGTGTCCAGACGCTAGATGGGCACACACACAATGTTTCTGCCGTATGT 840
Query 889 TTCCATCCAGAGCTTCCAATAATAATCACAGGTTCTGAGGATGGCACTGTTCGCATTTGG 948
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTCCACCCAGAACTTCCAATAATAATCACAGGTTCTGAGGATGGCACTGTTCGCATTTGG 900
Query 949 CACGCCACTACCTACAGGCTAGAAAACACATTAAATTATGGTCTCGAGAGAGTTTGGGCC 1008
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CACGCCACGACTTACAGGCTAGAAAACACATTGAATTATGGTCTCGAGAGAGTTTGGGCC 960
Query 1009 ATTGGTTACATCAAAAGTTCTCGGCGGGTTGTGATTGGATATGATGAAGGAACCATCATG 1068
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATTGGTTACATCAAAAGTTCGCGGCGGGTTGTGATTGGATATGATGAAGGAACCATCATG 1020
Query 1069 GTTAAACTTGGACGAGAAATTCCTGTCGCTAGCATGGACAGTAGCGGAAAAATCATATGG 1128
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTTAAGCTTGGACGAGAAATTCCTGTCGCTAGCATGGACAGTAGCGGAAAAATCATATGG 1080
Query 1129 GCTAAGCATAATGAAATTCAAACCGCAAACATCAAAAGTATTGGTGCAGGTTACGAGCTT 1188
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 1081 GCTAAGCATAATGAAATTCAAACTGCAAACATCAAAAGTATTGGTGC--G----G-G--- 1130
Query 1189 TCATCTCTCTACCTTAGGCTACTGATGGAGAAAGACTTCCCTTGTCTGTTAAAGAGTTGG 1248
| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 -------T-TA-C-GAGGTTACTGATGGAGAAAGACTTCCCTTGTCTGTTAAAGAGTTGG 1180
Query 1249 GGACCTGTGATCTTTATCCACAACTATTCTAACTCTCAGAGCTTGAAGCACAACCCTAAT 1308
||||||||||||||||| | | | | | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 GGACCTGTGATCTTTAT---C--C-A--C--A-----A-AGCTTGAAGCACAACCCTAAT 1224
Query 1309 GGGAGGTTTGTCGTAGTCTGCGGTGATGGAGAGTACATAATCTACACTGCTTTGGCGTGG 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1225 GGGAGGTTTGTCGTAGTCTGCGGTGATGGAGAGTACATAATCTACACAGCTTTGGCTTGG 1284
Query 1369 AGAAATAGATCTTTTGGGTCTGGCCTGGAATTTGTTTGGTCATCTGAGGGGGAATGTGCG 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1285 AGAAATAGATCTTTTGGGTCTGGCCTGGAATTTGTTTGGTCATCCGAGGGGGAATGTGCG 1344
Query 1429 GTTAGAGAAAGCTCATCAAAGATAAAGATATTCAGTAAAAATTTCCAGGAAAGGAAGAGT 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 GTTAGAGAAAGCTCATCAAAGATAAAGATATTCAGTAAAAATTTCCAGGAAAGGAAGAGT 1404
Query 1489 ATCCGGCCTACTTTCTCAGCTGAGAAGATTTTTGGAGGAACCTTGTTAGCAATGTGTTCG 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 ATCCGGCCTACTTTCTCAGCTGAGAAGATTTTTGGAGGAACCTTGTTAGCAATGTGTTCG 1464
Query 1549 AATGATTTCATCTGCTTCTATGATTGGGCCGAATGCAGGCTGATTCAACAAATTGATGTC 1608
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 AATGATTTCATCTGCTTCTATGATTGGGCTGAATGCAGGCTGATTCAACAAATTGATGTC 1524
Query 1609 ACCGTAAAGAATCTTTATTGGGCTGAAAGTGGTGATTTAGTAGCCATTGCTAGTGATACG 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1525 ACCGTAAAGAATCTTTATTGGGCTGAAAGTGGTGATTTAGTAGCCATTGCTAGTGATTCG 1584
Query 1669 TCATTCTACATCTTGAAGTACAATCGAGAGTTGGTTTCCTCGCATTTTGATAGTGGAAGA 1728
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1585 TCATTCTACATCTTGAAGTACAATCGCGACTTGGTTTCCTCACATTTTGATAGTGGAAGA 1644
Query 1729 CCAACTGATGAAGAGGGTGTTGAGGATGCTTTTGAGGTTCTCCACGAGAATGATGAACGT 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 CCAACTGATGAAGAGGGTGTTGAGGATGCTTTTGAGGTTCTCCACGAGAATGATGAACGT 1704
Query 1789 GTTAGGACCGGTATATGGGTTGGGGACTGCTTCATTTACAACAACTCTTCTTGGAAGCTT 1848
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 GTTAGGACAGGTATATGGGTTGGGGACTGCTTCATTTACAACAACTCTTCTTGGAAGCTT 1764
Query 1849 AACTATTGTGTTGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTGGACCGCCCAATGTATTTG 1908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1765 AACTATTGTGTTGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTAGACCGCCCAATGTATTTG 1824
Query 1909 TTAGGCTATATTGCCAACCAAAGCCGGGT-TTACTTGGTAGACAAAGAATTCAATGTCAT 1967
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 TTAGGCTATATTGCCAACCAAAGCCGGGTGTT-CTTGGTAGACAAAGAATTCAATGTCAT 1883
Query 1968 AGGATATACCCTGCTGCTTAGCCTGATTGAATACAAGACTCTTGTGATGCGAGGCGATTT 2027
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1884 AGGATATACCCTGCTGCTTAGCCTGATTGAATACAAGACTCTTGTGATGCGAGGGGATTT 1943
Query 2028 GGATAGAGCCAATCAAATTTTACCTACAATTCCTAAAGAGCAGCATAACAATGTTGCTCA 2087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 GGATAGAGCCAATCAAATTTTACCTACAATTCCTAAAGAGCAGCATAACAATGTTGCTCA 2003
Query 2088 TTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAATTGCGACAGATCCAGACTA 2147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2004 TTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAATTGTGACAGATCTAGACTA 2063
Query 2148 CAAATTTGATCTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGCAAAGGAAATTGCTGAAGA 2207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 CAAATTTGATCTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGCAAAGGAAATTGCTGAAGA 2123
Query 2208 AGTACAGAGCGAGTCTAAATGGAAGCAGTTAGGAGAGTTAGCCATGTCCTCGGGGAAGCT 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2124 AGTACAGAGCGAGTCTAAATGGAAGCAGTTAGGAGAGTTAGCCATGTCCTCTGGGAAGCT 2183
Query 2268 GCAATTGGCCGAGGATTGCATGAAGTACGCTATGGATTTGAGTGGTTTGTTACTACTATA 2327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 GCAATTGGCCGAGGATTGCATGAAGTACGCTATGGATTTGAGTGGTTTGTTACTACTATA 2243
Query 2328 TTCTTCTTTGGGAGATGCTGAAGGGGTGTCAAAACTTGCATGCCTTGCTAAGGAACAGGG 2387
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 TTCTTCTTTAGGAGATGCTGAAGGGGTGTCAAAACTTGCATGCCTTGCTAAGGAACAGGG 2303
Query 2388 GAAGAACAATGTTGCCTTTCTTTGCTTATTTACGCTGGGTAGATTGGAAGATTGTCTGCA 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 GAAGAACAATGTTGCCTTTCTTTGCTTATTTACGCTGGGTAGATTGGAAGATTGTCTGCA 2363
Query 2448 GTTATTGGTGGAGAGTAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTGATGGCACGTTCTTATCTTCC 2507
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 GTTATTGGTGGAGAGTAACCGGATACCTGAAGCTGCTCTGATGGCACGTTCTTATCTTCC 2423
Query 2508 AAGCAAAGTTTCGGAGATAGTAGCTCTATGGAGGGAAGATCTCAGCAAGGTTAATCCAAA 2567
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2424 GAGCAAAGTTTCGGAGATAGTAGCTCTTTGGAGGGAAGATCTCAGCAAGGTTAATTCAAA 2483
Query 2568 AGCAGCTGAATCTTTAGCTGATCCTGAAGAGTACTCAAATCTTTTTGAGGATTGGCAAGT 2627
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 AGCAGCAGAATCTTTAGCTGATCCTGAAGAGTACCCAAATCTTTTTGAGGATTGGCAAGT 2543
Query 2628 TGCTCTTTCTGTTGAAGCGAACACTGCAGAGACAAGGGGAGTTTATACCGCTGCAGAAAA 2687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2544 TGCTCTTTCTGTTGAAGCGAACACTGCAGAGACAAGGGGAGTTTATACTGCTGCAGAAAA 2603
Query 2688 TTATCCATCCCATGCCGATAAACCTTCCATTACCCTTGTGGAAGCCTTTAGAAACCTGCA 2747
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604 TTATCCATCCCATGCCGATAAATCTTCCATTACCCTCGTGGAAGCCTTTAGAAACCTGCA 2663
Query 2748 AGTTGAAGCAGAGGAATCACTTGAAAATGGAAACATCGATCACGAGGTAGCAGAAGAAAA 2807
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664 AGTTGAAGCAGAGGAATCACTTGAAAATGGAGTCATCGATCACGAGGTAGCAGAAGAAAA 2723
Query 2808 CGGTCATGTagagaatgaaggagatgaagaggaacaacaggaagaagaagtgaatgaaga 2867
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724 CGGTCATGTAGAGGACGAAGGAGATGAAGAGGAACAACAGGAAGAAGAAGTGAATGAAGA 2783
Query 2868 agagggagTTGTGGATGCAGACTCTACGGACGGTGCTGTACTTGTTAATGGAAGTGAGGG 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2784 AGAGGGAGTTGTGGATGCAGACTCTACGGACGGTGCTGTACTTGTTAATGGAAGTGAGGG 2843
Query 2928 TGAGGAAGAGTGGGGTACGAATAACAAAGGAAACCCATCAGCCTAATAAGCAAGTCAGTC 2987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 TGAGGAAGAGTGGGGTACGAATAACAAAGGAAACCCATCAGCCTAATAAGCAAGTCAGTC 2903
Query 2988 CAGGATCAATGTTGAATAGTCGAAATTTTGTCTCTGTGCTTACGCCACATCCCTAGCTAG 3047
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2904 CAGGATCAATGTTGAAAAGTCGAAATTTTGTCTCTGTGCTTACGCCGCATCC-TAGCTAG 2962
Query 3048 ATCCAGTAGCCGGCACCGATACTCCAAGCAGGAATCGATTCTTGGTGGATGGAGAGTATA 3107
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2963 ATCCAGTAGCCGGCACTGATACTTGAAGCAGGAATCGATTCTTGGTGGAGGGAGAATATA 3022
Query 3108 AAGACGAAGATGGGATTGGTGGATTAAGGAATTTGGTGTTGTGGTTTTTTCAACTAATGA 3167
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 3023 AAGAAGAAGATGGGATTGGTGGATTAAGGAATTTGGTGTTGTGGTTTT--CATCTAATGA 3080
Query 3168 TTGTGGTTTTCATCTGAAAGAG--TATATTATAACA-CA--GTAGAGAGTTATACAAATT 3222
||||||||||||||| |||||| |||||||||| | || ||||| ||| ||||||||
Sbjct 3081 TTGTGGTTTTCATCTTAAAGAGAGTATATTATAAAAACAAAGTAGATTGTTTTACAAATT 3140
Query 3223 TTCTGCTTTAGATTTCAGCTCAAAATTACAAATTTCTGGTGCATATATAATTCTTTGGAA 3282
||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3141 TTCTGCTGTAGATTTCAGCTCATGTTTACAAAATTCTGGTGCATATATAATTCTTTGGAA 3200
Query 3283 GCCTTTATCAC 3293
|||||||||||
Sbjct 3201 GCCTTTATCAC 3211
> Ahg474357 jgi|Araly1|474357|fgenesh2_kg.1__4311__AT1G52360.1
Length=3337
Score = 3426 bits (1855), Expect = 0.0
Identities = 2606/2960 (88%), Gaps = 86/2960 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 106 TTCTCCGATCGCCGGTTAGCAGATTCAAGCGA-GATACGAGATCCG-ACG-AGCA-GA-T 160
|||| ||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||| | | ||| |
Sbjct 37 TTCTTCGATCTCCGATTTGCAGATTTAAGCGATAATACGAGATCCGAAGGTCGCACAAGC 96
Query 161 CTT-CT--GCTTAATCTGTAAAC-ATGCCTCTCAGACTAGATATCAAGAGAAAGTTTGCT 216
||| || ||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || |||
Sbjct 97 CTTCCTCCGCTTAATCTGT-AACTATGCCGCTCAGACTCGAGATCAAGAGAAAATTAGCT 155
Query 217 CAACGATCAGAGAGAGTCAAATCTGTTGATCTGCATCCTACTGAACCATGGATTCTAGCA 276
||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 156 CAAAGGTCCGAGAGAGTTAAATCTGTGGATCTGCATCCTACTGAACCATGGATTCTTGCA 215
Query 277 AGTTTGTATTCTGGAACCGTGTGTATTTGGAACTACCAGACACAGACGATTACAAAATCC 336
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 216 AGTTTGTATTCTGGAACCTTGTGTATTTGGAACTACCAGACACAGGTGATGGCAAAATCC 275
Query 337 TTCGAGGTGACGGAATTGCCAGTTAGGTCGGCCAAGTTTATTCCGCGCAAGCAATGGGTT 396
|| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||||
Sbjct 276 TTTGAGGTGACCGAATTACCAGTTCGGTCGGCCAAGTTTATAGCACGAAAGCAGTGGGTT 335
Query 397 GTGGCTGGAGCGGATGATATGTACATCCGTGTATACAATTACAATACAATGGACAAGGTC 456
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 336 GTGGCAGGAGCTGATGATATGTATATCCGTGTATACAATTACAATACCATGGACAAGGTT 395
Query 457 AAAGTATTTGAGGCTCATTCGGATTACATTAGGTGTGTAGCTGTCCATCCGACCCTTCCA 516
||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 396 AAAGTCTTTGAGGCTCATTCTGACTACATTAGGTGTGTGGCTGTTCATCCAACCCTTCCA 455
Query 517 TATGTGCTGTCATCTTCTGATGATATGCTCATAAAGCTTTGGGACTGGGAAAACGGTTGG 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 456 TATGTGCTGTCATCTTCTGATGATATGCTCATAAAGCTTTGGGACTGGGAAAAGGGTTGG 515
Query 577 GCTTGTACTCAGATATTTGAGGGACATTCGCACTATGTGATGCAAGTGGTATTTAATCCA 636
||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 516 GCTTGCACTCAGATATTCGAGGGACACTCGCACTATGTGATGCAAGTTACATTTAATCCA 575
Query 637 AAAGATACCAACACTTTTGCCAGTGCTTCGCTTGATCGTACCATAAAGATATGGAATCTT 696
||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 576 AAAGACACCAACACTTTTGCCAGTGCATCACTTGATCGTACCATAAAGATTTGGAATCTT 635
Query 697 GGTTCCCCAGACCCAAATTTTACACTGGATGCTCATCAGAAAGGAGTCAACTGTGTAGAT 756
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 636 GGTTCCCCAGACCCAAATTTTACATTGGATGCCCATCAGAAAGGGGTTAATTGTGTAGAT 695
Query 757 TATTTCACAGGGGGTGATAAACCCTATCTAATTACCGGCTCTGATGATCATACTGCTAAG 816
|||||||| || |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 696 TATTTCACTGGTGGTGATAAGCCCTATTTAATTACTGGCTCTGATGATCACACTGCTAAG 755
Query 817 GTATGGGACTATCAAACCAAAAGTTGTGTCCAGACGCTAGATGGGCACACACACAATGTT 876
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 756 GTCTGGGACTACCAAACAAAAAGTTGTGTCCAGACCCTGGAAGGGCACACACACAATGTA 815
Query 877 TCTGCCGTATGTTTCCATCCAGAGCTTCCAATAATAATCACAGGTTCTGAGGATGGCACT 936
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 816 TCTGCAGTATGTTTCCATCCAGAGCTTCCGATTATAATCACAGGTTCTGAAGATGGCACC 875
Query 937 GTTCGCATTTGGCACGCCACTACCTACAGGCTAGAAAACACATTAAATTATGGTCTCGAG 996
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 876 GTTCGCATTTGGCATGCAACTACATACAGGCTAGAGAACACATTGAATTATGGCCTCGAG 935
Query 997 AGAGTTTGGGCCATTGGTTACATCAAAAGTTCTCGGCGGGTTGTGATTGGATATGATGAA 1056
||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 936 AGAGTCTGGGCAATTGGTTACATTAAAAGTTCACGCCGGGTTGTGATCGGATATGATGAA 995
Query 1057 GGAACCATCATGGTTAAACTTGGACGAGAAATTCCTGTCGCTAGCATGGACAGTAGCGGA 1116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 996 GGAACCATCATGGTTAAACTTGGACGAGAAATTCCTGTCGCTAGCATGGACAATACCGGG 1055
Query 1117 AAAATCATATGGGCTAAGCATAATGAAATTCAAACCGCAAACATCAAAAGTATTGGTGCA 1176
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 AAAATCATCTGGGCTAAGCATAATGAAATTCAAACTGCAAACATCAAAAGTATTGGTGCA 1115
Query 1177 GGTTACGAGCTTTCATCTCTCTACCTTAGGCTACTGATGGAGAAAGACTT-CCCTTGTCT 1235
| ||||||| || | || | | || | || ||| | || |||||| |
Sbjct 1116 GATTACGAG-GTT-A---CT-GA---T-GG--A--GA--GAG---G--TTGCCCTTGAGT 1154
Query 1236 GTTAAAGAGTTGGGGACCTGTGATCTTTATCCACAACTATTCTAACTCTCAGAGCTTGAA 1295
|||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | | ||||||||
Sbjct 1155 GTTAAAGAGTTGGGGACCTGTGATCTTTAT---C--C-A--C--A-----A-AGCTTGAA 1198
Query 1296 GCACAACCCTAATGGGAGGTTTGTCGTAGTCTGCGGTGATGGAGAGTACATAATCTACAC 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||
Sbjct 1199 GCACAACCCTAATGGGAGGTTTGTCGTAGTCTGTGGTGACGGGGAATATATAATCTACAC 1258
Query 1356 TGCTTTGGCGTGGAGAAATAGATCTTTTGGGTCTGGCCTGGAATTTGTTTGGTCATCTGA 1415
|||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1259 GGCTTTGGCTTGGAGAAATAGGTCATTTGGTTCTGGACTGGAATTTGTTTGGTCGTCCGA 1318
Query 1416 GGGGGAATGTGCGGTTAGAGAAAGCTCATCAAAGA-TAAAGATATTCAGTAAAAATTTCC 1474
||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 1319 GGGAGAGTGTGCGGTTAGAGAAAGCTCATCAAAGATTAAA-ATATTTAGCAAAAATTTCC 1377
Query 1475 AGGAAAGGAAGAGTATCCGGCCTAC-TTTCTCAGCTGAGAAGATTTTTGGAGGAACCTTG 1533
|||||| || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 AGGAAAAGAGGAGTATCCGCCCTACGTTT-TCAGCTGAGAAGATCTTTGGAGGAACCTTG 1436
Query 1534 TTAGCAATGTGTTCGAA-TGATTTCATCTGCTTCTATGATTGGGCCGAATGCAGGCTGAT 1592
||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1437 TTAGCTATGTGTTC-AAGTGATTTCATCTGCTTTTATGATTGGGCTGAATGTAGGCTGAT 1495
Query 1593 TCAACAAATTGATGTCACCGTAAAGAATCTTTATTGGGCTGAAAGTGGTGATTTAGTAGC 1652
||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1496 TCAACGTATTGACGTCACTGTAAAGAATCTATATTGGGCTGACAGTGGTGATTTAGTAGC 1555
Query 1653 CATTGCTAGTGATACGTCATTCTACATCTTGAAGTACAATCGAGAGTTGGTTTCCTCGCA 1712
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| ||
Sbjct 1556 CATTGCTAGTGACACATCATTCTACATCTTGAAATACAACCGCGACTTAGTTTCCTCACA 1615
Query 1713 TTTTGATAGTGGAAGACCAACTGATGAAGAGGGTGTTGAGGATGCTTTTGAGGTTCTCCA 1772
||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TTTTGATAGCGGAAGACCTACTGAGGAAGAAGGTGTTGAGGATGCTTTTGAGGTTCTCCA 1675
Query 1773 CGAGAATGATGAACGTGTTAGGACCGGTATATGGGTTGGGGACTGCTTCATTTACAACAA 1832
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1676 TGAAAATGATGAACGTGTTAGGACAGGTATATGGGTTGGTGACTGTTTCATTTACAACAA 1735
Query 1833 CTCTTCTTGGAAGCTTAACTATTGTGTTGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTGGA 1892
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CTCTTCCTGGAAGCTTAACTACTGTGTTGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTGGA 1795
Query 1893 CCGCCCAATGTATTTGTTAGGCTATATTGCCAAC-CAAAGCCGGGT-TTACTTGGTAGAC 1950
|||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 1796 CCGCCCAATGTATTTGTTGGGCTATCTTGC-AAGTCAAAGTCGGGTGTT-CTTGGTAGAC 1853
Query 1951 AAAGAATTCAATGTCATAGGATATACCCTGCTGCTTAGCCTGATTGAATACAAGACTCTT 2010
|||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1854 AAAGAATTCAATGTTATAGGATACACCTTGCTGCTAAGCCTGATTGAGTACAAGACTCTT 1913
Query 2011 GTGATGCGAGGCGATTTGGATAGAGCCAATCAAATTTTACCTACAATTCCTAAAGAGCAG 2070
|||||||| || ||||| || | ||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1914 GTGATGCGGGGTGATTTAGACAAAGCCAGTGAAATCTTACCTACAATTCCTAAAGATCAG 1973
Query 2071 CATAACAATGTTGCTCATTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAATT 2130
||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1974 CATAACAGTGTTGCTCATTTCTTGGAGTCACGGGGAATGATTGAAGATGCTCTGGAAATT 2033
Query 2131 GCGACAGATCCAGACTACAAATTTGA-TCTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGC 2189
|| |||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GCAACAGATCCTGACTACAGATTTGAGT-TGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGC 2092
Query 2190 AAAGGAAATTGCTGAAGAAGTACAGAGCGAGTCTAAATGGAAGCAGTTAGGAGAGTTAGC 2249
| ||||||| || | ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2093 ACAGGAAATCGCCGTGGAAGTACAGAGTGAATCTAAGTGGAAGCAATTAGGAGAGTTAGC 2152
Query 2250 CATGTCCTCGGGGAAGCTGCAATTGGCCGAGGATTGCATGAAGTACGCTATGGATTTGAG 2309
|||||| || || ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2153 CATGTCTTCTGGAAAGCTGCAAATGGCTGAGGAATGCATGAAGTATGCTATGGATTTGAG 2212
Query 2310 TGGTTTGTTACTACTATATTCTTCTTTGGGAGATGCTGAAGGGGTGTCAAAACTTGCATG 2369
|||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2213 TGGTTTGTTACTGCTTTATTCTTCTCTGGGAGATGCTGAAGGTGTGGCAAAACTTGCAA- 2271
Query 2370 C-CTTGCTAAGGAACAGGGGAAGAACAATGTTGCCTTTCTTTGCTTATTTACGCTGGGTA 2428
| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||
Sbjct 2272 CACTTGCTAAAGAACAAGGGAAGAACAATGTCGCCTTTCTTTGCCTATTCATGCTGGGTA 2331
Query 2429 GATTGGAAGATTGTCTGCAGTTATTGGTGGAGAGTAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTGA 2488
| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 AACTGGAAGATTGTTTGCAGTTATTGGTGGAGAGCAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTGA 2391
Query 2489 TGGCACGTTCTTATCTTCCAAGCAAAGTTTCGGAGATAGTAGCTCTATGGAGGGAAGATC 2548
||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 2392 TGGCACGATCATATCTTCCGAGCAAAGTTTCTGAGATAGTAGCTCTTTGGAGGAAAGATC 2451
Query 2549 TCAGCAAGGTTAATCCAAAAGCAGCTGAATCTTTAGCTGATCCTGAAGAGTACTCAAATC 2608
|||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 2452 TCAGCAAGGTTAATTCAAAAGCAGCAGAATCTTTGGCTGATCCTGAGGAGTACCCAAATC 2511
Query 2609 TTTTTGAGGATTGGCAAGTTGCTCTTTCTGTTGAAGCGA-ACACTGCAGAGACAAGGGGA 2667
||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||||
Sbjct 2512 TTTTTGAAGATTGGCAAGTAGCTCTTTCTGTCGAAGCTAGAG-CTGTAGAGACAAGGGGA 2570
Query 2668 GTTTATACCGCTGCAGAAAATTATCC-ATCCCATGCCGATAAACCTTCCATTACCCTTGT 2726
||||| || | ||||||||||||||| | || |||| |||||| ||||||| ||||| ||
Sbjct 2571 GTTTACACAGGTGCAGAAAATTATCCTAGCC-ATGCTGATAAATCTTCCATGACCCTCGT 2629
Query 2727 GGAAGCCTTTAGAAACCTGCAAGTTGAAGCAGAGGAATCACTTGAAAATGGAAACATCGA 2786
||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2630 GGAAGCCTTCAGAAACTTGCAAGTTGAGGAAGAGGAATCACTTGAAAATGGAGATATCGA 2689
Query 2787 TCACGAGG---TAG---CAGAAGAAAACGGTCATGTaga--g-aatgaaggag-atgaag 2836
|||||||| ||| |||||||||| || ||| | | | ||||| |||| ||| ||
Sbjct 2690 TCACGAGGAGGTAGTAGCAGAAGAAAATGGAAATGAACAAAGGAATGA-GGAGGATGTAG 2748
Query 2837 aggaacaacaggaagaa---gaagt-gaatgaagaagagggagTTGTGGATGCAGACTCT 2892
||| || || |||||| |||| ||| |||||||| ||| |||| |||| |||||||
Sbjct 2749 AGGGGCACCATGAAGAAAAAGAAGCAGAA-GAAGAAGAAGGAATTGTTGATGGAGACTCT 2807
Query 2893 ACGGACGGTGCTGTACTTGTTAATGGAAGTGAGGGTGAGGAAGAGTGGGGTACGAATAAC 2952
||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2808 ACGGATGGAGCTGTACTTGTTAACGGAAGTGAGGCTGACGAAGAGTGGGGTACGAATAAT 2867
Query 2953 AAAGGAAACCCATCAGCCTAATAAGCAAGTCAGTCCAGGATCAATGTTGAATAGTC-GAA 3011
|||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||| |||| |||
Sbjct 2868 GAAGGAAACCCATCAGCCTAATA-GCAACTCGGTCAAGGC-CAATGTTGAAAAGTCTGAA 2925
Query 3012 ATTTT-GTCTCTGTGCTTAC 3030
||||| ||||||||||||||
Sbjct 2926 ATTTTTGTCTCTGTGCTTAC 2945
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126693660517
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5