BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G15990.1
Length=2257
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479055 jgi|Araly1|479055|fgenesh2_kg.3__1756__AT3G15990.1 3474 0.0
> Ahg479055 jgi|Araly1|479055|fgenesh2_kg.3__1756__AT3G15990.1
Length=2198
Score = 3474 bits (1881), Expect = 0.0
Identities = 2080/2176 (96%), Gaps = 13/2176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 ACCATGGGTCATGGCACTAACAGAGTAGAAGACATGGCGTCACCAAACAATGGAA-C-C- 148
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 25 ACCATGGGTCATGGCACGAACAGAGTAGAAGACATGTCGTCACCAAACAATGGAACCACA 84
Query 149 ---GCAGGAGAAACGGTCGTGGAGATACACAGCGTTTGTCTACCGCCGAAGAAAACAGCG 205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 85 GGAGCAGGAGAAACGGTCGTGGAGATACACAGCGTTTGTCTACCGCCAAAGAAAACAGCG 144
Query 206 TTTCAGAAACTGAAAAAACGCGTTGGGGACGTGTTCTTCCCTGATGATCCGTTACAGAGG 265
||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TTTCAGAAACTGAAAAAGCGCGTTGCGGATGTGTTCTTCCCTGATGATCCGTTACAGAGG 204
Query 266 TTTAGGAACCAAACATGGAGAAACAGAGTGATTCTAGGTCTTCAAAGCTTGTTCCCGATA 325
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 205 TTTAGGAACCAAACATGGAGAAACAGAGTGATTTTGGGTCTTCAAAGCTTGTTCCCAATA 264
Query 326 TTCACATGGGGTTCTCAGTACGATCTCAAGCTTCTTAGGTCCGATGTTATCTCTGGTCTC 385
|||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 265 TTCACATGGGTTTCTCAGTATGATCTCAAGCTTTTTAGGTCCGATGTTGTCTCTGGTCTC 324
Query 386 ACCATTGCCAGTCTCGCCATTCCTCAGGGAATCAGCTATGCAAAGCTAGCAAACTTACCA 445
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 ACCATTGCCAGTCTCGCCATCCCTCAGGGAATCAGCTATGCAAAGCTAGCAAACTTACCA 384
Query 446 CCTATAGTTGGTCTTTATTCAAGCTTTGTGCCACCACTGATATATGCAGTTCTTGGGAGT 505
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 385 CCCATAGTTGGTCTTTATTCAAGCTTTGTGCCACCACTTATATACGCAGTTCTTGGAAGT 444
Query 506 TCAAGACATCTTGCAGTTGGTCCTGTCTCAATAGCATCACTTGTGATGGGCTCAATGCTA 565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCAAGACATCTTGCAGTTGGTCCTGTCTCAATAGCATCACTTGTGATGGGCTCAATGCTA 504
Query 566 AGTGAAAGTGTTTCACCAACACAAGATTCAATTCTATATCTCAAATTGGCTTTCACTTCA 625
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 AGTGAAAGTGTTTCTCCAACACAAGATTCAATTCTATATCTCAAATTGGCTTTCACTTCA 564
Query 626 ACTTTCTTTGCTGGTGTCTTCCAAGCCTCCCTTGGCCTTCTTAGGCTAGGATTTATGATT 685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 565 ACTTTCTTTGCTGGTGTCTTCCAAGCCTCCCTTGGCCTTCTTAGGCTGGGATTTATGATT 624
Query 686 GACTTTTTGTCAAAGGCAACTTTGATTGGTTTCACTGCTGGTGCTGCAGTTATCGTGTCA 745
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 625 GACTTTTTGTCAAAGGCAACTTTGGTTGGTTTCACTGCTGGTGCTGCAGTGATTGTGTCA 684
Query 746 CTTCAACAACTTAAGGGTCTTCTTGGAATTGTTCATTTCACTGGCAAAATGCAAATTGTT 805
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 685 CTTCAACAACTTAAGGGTCTTCTTGGAATTGTTCATTTCACTGGCAAAATGCAATTTGTT 744
Query 806 CCTGTCATGTCTTCTGTTTTCAACCATAGATCTGAATGGTCTTGGGAAACTATTGTCATG 865
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 CCTGTCATGTCTTCTGTTTTCAACCACATATCTGAATGGTCTTGGGAAACTATTGTCATG 804
Query 866 GGGATTGGCTTCTTGAGCATTCTCTTAACCACAAGACACATTAGCATGAGGAAGCCAAAA 925
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 GGGGTTGGCTTCTTGAGCATTCTCTTAACCACAAGACACATTAGCATGAGGAAGCCAAAA 864
Query 926 CTGTTCTGGATATCTGCTGCATCACCTTTGGCATCGGTTATTATATCAACTCTGCTTGTA 985
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 865 CTTTTCTGGATATCAGCTGCATCACCTTTGGCATCAGTTATTATATCAACACTGCTTGTA 924
Query 986 TACCTCATTAGATCCAAGACTCATGCCATCTCTTTCATTGGACATCTACCAAAGGGTTTG 1045
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 TACCTCATTAGATCCAAGACTCAAGCAATCTCTTTCATTGGACATCTACCAAAGGGTTTG 984
Query 1046 AATCCACCTTCATTAAACATGTTGTACTTCAGTGGTGCTCATCTTGCTCTTGCCATCAAA 1105
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 AATCCACCTTCATTAAATATGTTGTACTTCAGTGGTGCTCATCTTGCTCTTGCCATCAAA 1044
Query 1106 ACCGGTATCATCACCGGGATTCTTTCTCTTACAGAAGGGATTGCTGTAGGGAGAACCTTT 1165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1045 ACCGGTATCATCACCGGGATTCTTTCTCTTACAGAAGGGATTGCTGTAGGGAGAACTTTT 1104
Query 1166 GCATCTCTAAAGAACTATCAAGTTAATGGAAACAAAGAAATGATGGCTATAGGTTTTATG 1225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 GCATCTCTAAAGAACTATCAAGTTAATGGAAACAAAGAAATGATGGCTATAGGTTTTATG 1164
Query 1226 AACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTTACAACAGGGTCTTTCTCTCGATCTGCG 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 AACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTTACAACAGGGTCTTTCTCTCGATCTGCG 1224
Query 1286 GTAAACTATAATGCTGGAGCGAAAACAGCGGTTTCTAACATTGTGATGGCCTCTGCAGTT 1345
|||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1225 GTAAACTACAATGCAGGAGCGAAAACGGCGGTTTCTAACATTGTGATGGCCTCTGCTGTT 1284
Query 1346 CTAGTGACCCTTCTGTTTTTGATGCCACTCTTCTATTACACTCCTAATGTGATCCTAGCT 1405
|| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 CTTGTGACCCTTTTGTTTTTGATGCCACTTTTCTATTACACTCCTAATGTGATCCTAGCT 1344
Query 1406 GCTATCATCTTAACCGCGGTGATAGGCCTCATTGATTATCAAGCGGCTTACAAGCTTTGG 1465
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1345 GCTATCATATTAACCGCGGTGATTGGCCTCATTGATTATCAAGCCGCTTACAAGCTCTGG 1404
Query 1466 AAAGTTGACAAATTCGATTTCTTCACTTGCTTGTGTTCCTTCTTTGGCGTTCTCTTTGTT 1525
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1405 AAAGTTGACAAATTCGACTTCTTCACTTGCTTGTGTTCCTTCTTTGGCGTTCTCTTCGTT 1464
Query 1526 TCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGCAGTTTCAGTTATCAAGATCTTGTTGCAC 1585
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1465 TCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGGAGTTTCGGTTATCAAGATCCTGTTGCAT 1524
Query 1586 GTAACCAGGCCAAACACTTCAGAATTTGGGAATATCCCAGGGACTCAGATTTATCAGAGT 1645
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1525 GTAACCCGGCCAAACACTTCAGAATTTGGAAATATCCCAGGGACTCAGATATATCAGAGT 1584
Query 1646 CTTGGAAGATACAGAGAAGCTTCAAGAATCCCAGGCTTCCTAATCCTTGCTATTGAATCT 1705
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 CTTGGAAGATACAGAGAAGCCTCAAGAATCCCTGGCTTCCTAATCCTTGCTATTGAATCT 1644
Query 1706 CCTATATATTTCGCCAATAGCACTTATCTTCAAGACAGGATTTTGAGATGGGCCAGGGAA 1765
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 1645 CCTATATACTTCGCTAATAGCACTTACCTTCAAGATAGGATCTTGAGATGGACAAGGGAA 1704
Query 1766 GAGGAAAATCGGATAAAGGAGAACAATGGTACTACCTTGAAATGCATAATTCTTGACATG 1825
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 GAGGAAACTCGGATAAAGGAGATCAATGGTACTACCTTGAAATGCATAATTCTTGACATG 1764
Query 1826 ACAGCTGTGTCTGCGATAGACACAAGCGGGCTTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGAGGAGA 1885
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 ACAGCTGTCTCTGCGATAGACACAAGCGGGCTTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGAGGAGG 1824
Query 1886 CTCGAGAAGCAATCTCTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGACTGTGATGGAAAAG 1945
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 CTCGAGAAGCATTCACTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGACTGTGATGGAAAAG 1884
Query 1946 CTACACAAGTCCAAGATCATTGAGGCATTGGGTCTGAGTGGACTTTATCTAACAGTTGGT 2005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 CTACACAAGTCCAAGATCATTGAGGCATTGGGTCTGAGTGGACTTTATCTAACAGTTGGT 1944
Query 2006 GAAGCTGTGGCTGATCTCTCATCAACATGGAAAGCTAATGGCCAGCCTTGAAACAAAGCA 2065
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1945 GAAGCTGTGGCTGATCTCTCATCAACATGGAAAGCTCATGGCCAGCCATGAAACAAAGCA 2004
Query 2066 GT-CTCT-AA-T-CTAATAGAGAGACTGTTTCTGAAGATGGAGCAGCCTCTTGTGAAACA 2121
|| | || | ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2005 AAACTTTGAACTTCTAATGGAGAGACTGTCTCTAAAGATGGTGCAGCCTCTTGTGAAACA 2064
Query 2122 TTTTTGGTGCTAGCTGAAAACTCCTTGAGGGAGTTTCTGTTTTAATTGTAGAATAAA-TG 2180
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2065 TTTTTGGTGCTAGCTGTAAACTCCTT-AGGGAGTTTCTGTTTTAATTGTAGAATAAAATG 2123
Query 2181 TAATTTCATCTTTTAACAATTCGGTATGTATACATAATTTGGATATAAATAGCCTATGCA 2240
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2124 TAATTTCATCTTTTAACAAATCGGTATA-ATACATAATTTGGATATAAATAGCCTATGCA 2182
Query 2241 AAGCATTTATCTTCTC 2256
||||||| ||||||||
Sbjct 2183 AAGCATTCATCTTCTC 2198
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84979336595
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5