BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G16060.1 Length=2546 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg929419 jgi|Araly1|929419|scaffold_301876.1 3428 0.0 Ahg952507 jgi|Araly1|952507|scaffold_81000004.1 220 3e-56 Ahg485469 jgi|Araly1|485469|fgenesh2_kg.5__1461__AT3G51150.1 54.7 3e-06 > Ahg929419 jgi|Araly1|929419|scaffold_301876.1 Length=2110 Score = 3428 bits (1856), Expect = 0.0 Identities = 2033/2116 (96%), Gaps = 21/2116 (1%) Strand=Plus/Plus Query 137 CTCCGATTCGAGCTAGAGTCAATAATGAGCGGAAGACAGAGATCTGTTGCAGCGGCGGTG 196 |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 CTCCGATTCGAGCTAGAGGC---AATGAACGGAAGACAGAGATCTGGCGCAGCGGCGGTG 57 Query 197 CATCACCAGAGGCAGCTCTCCGATAACCCTCTCGATATGTCTTCATCCAATGGCAGATGG 256 || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 58 CACCACCAGAGACAGCTTTCCGATAACCCTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCCGATGG 117 Query 257 CTTCAATCCACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATGATTATGGATACTATGCT 316 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 CTTCAATCTACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATGATTATGGATACTATGCT 177 Query 317 GGTGGGCAAGGAGGTGGTGGTCAAGCAGCAAGAGGATACCAGAATGCTC--AGA--G--- 369 ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | Sbjct 178 GGTGGACAAGGA---GGTGGTCAAGCAGCAAGAGGTTACCAGAATGCTCAGAGAGGGTTT 234 Query 370 -A-GGA---AACGAGTTCTTTGGGG---AACCAACTACTCCTCAATACGGTGCTCGTCCT 421 | ||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 235 AATGGAGGGAATGAGTTTTTTGGGGAACAACCAACTACTCCTCAATACGGTGCTCGTCCA 294 Query 422 ACCAACCAAAGGAAGAACAATGATGAATCTGAGTTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTGCAT 481 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 295 ACGAACCAAAGGAAGAACAATGATGAATCTGAGTTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTGCAT 354 Query 482 TCTTTTGATACTGAGCTTCTTCCTGAGATTCCAGTCTCTAACCAATTGGATGGTCCCTCA 541 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| Sbjct 355 TCTTTTGATACTGAGCTTCTTCCTGAGATTCCAGTCTCTAGCCAAGTAGATGGCCCCTCA 414 Query 542 CTTTTCAATCCTAGTCAAGGTCAAAGCTTTGATGACTTTGAAGCTTACAACAAGCAGCCT 601 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 CTTTTCAATCCTAGTCAAGGCCAAAGCTTTGATGACTTTGAAGCTTACAACAAGCAGCCT 474 Query 602 AACCGTAGTCGCGTGTTGGCTGAAAACTTGGCTGCTGAGAAGGAGAGGATGAATGCTGTT 661 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 AACCGTAGTCGCGTGTTGGCTGAAAACTTGGCTGCTGAGAAGGAGAGGATGAATGCTGTT 534 Query 662 GCAAAGATTAAAGTCGTTGTGCGTAAGCGACCACTTAACAAAAAGGAGTCGACAAAAAAC 721 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GCAAAGATTAAAGTCGTTGTGCGTAAGCGACCACTTAACAAAAAGGAGTCGACAAAAAAC 594 Query 722 GAGGAAGATATTGTTGACACCCATGCCAATTGCTTAACAGTTCATGAAACTAAACTTAAG 781 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 GAGGAAGACATTGTTGACACCCATGCCAATTGCTTAACAGTTCATGAAACTAAACTTAAG 654 Query 782 GTCGACTTAACAGCTTATGTTGAAAAGCATGAATTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAG 841 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 GTTGACTTAACAGCTTATGTTGAAAAGCATGAATTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAG 714 Query 842 GAAGTATCAAATGATGAGGTATATCGTGAGACTGTGGAGCCTGTAGTCCCCCTAATTTTT 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 715 GAAGTATCAAATGATGAGGTATATCGTGAGACTGTGGAGCCTGTAGTCCCCCTAATATTT 774 Query 902 CAGCGCATCAAAGCCACTTGCTTTGCATATGGGCAAACAGGTAGTGGTAAAACCTATACT 961 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 CAGCGCATCAAAGCCACTTGCTTTGCATATGGGCAAACAGGTAGTGGTAAAACCTATACT 834 Query 962 ATGAAGCCTTTGCCTCTTAAGGCTTCAAGGGACATCCTGCGGTTGATGCACCACACATAC 1021 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 835 ATGAAGCCTTTGCCTCTTAAGGCTTCAAGGGACATTTTGAGGTTGATGCACCACACATAC 894 Query 1022 AGAAATCAAGGGTTTCAGTTGTTTGTCAGCTTCTTTGAGATTTATGGAGGAAAGCTATAT 1081 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 895 AGAAACCAAGGGTTTCAGTTGTTTGTTAGCTTCTTTGAGATTTATGGAGGAAAGCTGTAT 954 Query 1082 GATCTCCTCAGTGAGAGGAAGAAGCTGTGCATGAGAGAGGATGGTAAGCAGCAAGTGTGC 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 GATCTCCTCAGTGAGAGGAAGAAGCTGTGCATGAGAGAGGATGGTAAGCAGCAAGTGTGC 1014 Query 1142 ATCGTTGGTTTACAAGAGTACAGAGTATCTGATACAGATGCTATTATGGAGCTTATTGAG 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 ATCGTTGGTTTACAAGAGTACAGAGTATCTGATACAGATGCTATTATGGAGCTTATTGAG 1074 Query 1202 AGAGGAAGTGCAACAAGAAGTACTGGAACCACTGGTGCAAATGAAGAATCCTCTCGTTCA 1261 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 AGAGGAAGTGCAACAAGAAGTACTGGAACCACTGGTGCAAATGAAGAATCCTCTCGTTCA 1134 Query 1262 CATGCTATACTACAGCTCGCGATaaaaaaaTCAGTAGAGGGAAATCAGTCAAAGCCCCCT 1321 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 CATGCTATACTACAGCTCGCAATCAAAAAATCAGTAGAGGGAAATCAGTCAAAGCCCCCT 1194 Query 1322 CGCCTTGTTGGCAAGCTTTCTTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTGGTGCAGATACA 1381 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 CGCCTCGTTGGCAAGCTTTCTTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTGGTGCAGATACA 1254 Query 1382 ACAGACAATGACAAGCAGACAAGATTGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTACTCGCC 1441 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 ACAGACAATGACAAGCAGACAAGATTGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTACTCGCC 1314 Query 1442 TTAAAGGAATGCATTAGAGCTCTGGATAATGACCAAGGTCATATCCCTTTTAGAGGCAGT 1501 |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1315 TTAAAGGAATGCATCAGAGCTCTGGATAATGATCAAGGTCACATCCCTTTTAGAGGCAGT 1374 Query 1502 AAGTTAACTGAAGTTCTCAGGGACTCCTTCATGGGAAATTCTCGTACTGTAATGATATCG 1561 |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 AAGTTAACCGAAGTTCTTAGGGACTCATTCATGGGAAATTCTCGTACTGTAATGATATCA 1434 Query 1562 TGCATATCTCCAAGCTCTGGATCATGTGAGCACACCCTGAACACCCTAAGATATGCGGAC 1621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 1435 TGCATATCTCCAAGCTCTGGATCATGTGAGCACACCCTTAACACCTTAAGATATGCGGAC 1494 Query 1622 AGGGTTAAGAGTCTCTCAAAGGGAAACGCCTCTAAGAAAGATGTATCTTCTTCGACCATG 1681 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1495 AGGGTTAAGAGTCTCTCAAAGGGAAACGCCTCTAAGAAAGATGTATCTTCTTCGTCCATG 1554 Query 1682 AACTTAAGGGAGTCCACGAAAATTCCTTTGTCTTCTGCACTTCCAACTCCATCTAACTTT 1741 ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1555 AACCTAAGGGAGTCCACAAAAATTCCTTTGTCTTCTGCACTTCCAACTCCATCTAACTAT 1614 Query 1742 GATGATGACGTGAATGAGATGTGGACTGAAGAGAACGATGAATTTGATGCATCGGATTAT 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 GATGATGACGTGAATGAGATGTGGACTGAAGAGAACGATGAATTTGATGCATCGGATTAT 1674 Query 1802 GAGCAAGATAAACAAATGTGGAAGAAAAACGGGAAGCTAGAGCCATCCTATAACGGTATG 1861 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1675 GAGCAAGATAAACAAATGTGGAAGAAAAACGGGAAGCTAGAGCCATCCTATAACGGTATG 1734 Query 1862 GCACAGGAGAGAATCCCGAAACCTACTATTCAGATGAAGTCACGAGACATGCCAAGGCCC 1921 ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1735 GCACAGGAGAGAATCCCAAAACCTATTATTCAGATGAAGTCAAGAGACATGCCAAGGCCC 1794 Query 1922 GATATGAAGAAGTCAAACTCTGATGACAATCTAAATGCGCTTCTGCAGGAAGAAGAAGAC 1981 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 GATATGAAGAAGTCAAACTCCGATGACAATCTAAATGCACTTCTGCAGGAAGAAGAAGAC 1854 Query 1982 CTTGTGAATGCACACCGTAAACAAGTTGAGGATACCATGAACATAGTGAAAGAGGAGATG 2041 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1855 CTTGTGAATGCACACCGTAAACAAGTTGAGGATACGATGAACATTGTGAAAGAGGAGATG 1914 Query 2042 AACTTGCTGGTTGAGGCAGACCAACCCGGAAACCAGCTAGATGGTTACATTTCAAGACTG 2101 ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 AACTTACTGGTTGAAGCGGACCAACCTGGAAACCAGCTAGATGGTTACATTTCAAGACTG 1974 Query 2102 AACACAATTCTATCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTACAGAACCGTCTTGCTCAT 2161 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 AACACAATTCTATCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTACAGAACCGTCTTGCTCAT 2034 Query 2162 TTCCAGAAACGCCTTAGAGAGCACAATGTATTAGTCTCTACCACTGGGTACTGACCTATA 2221 |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 TTCCAGAAACGCCTTAGAGAGCACAACGTATTGGTATCTACCACTGGGTACTGACCTATA 2094 Query 2222 ACCACTCTCTCGAGTA 2237 | |||||||||||||| Sbjct 2095 ATCACTCTCTCGAGTA 2110 > Ahg952507 jgi|Araly1|952507|scaffold_81000004.1 Length=255 Score = 220 bits (119), Expect = 3e-56 Identities = 149/163 (91%), Gaps = 3/163 (2%) Strand=Plus/Plus Query 137 CTCCGATTCGAGCTAGAGTCAATAATGAGCGGAAGACAGAGATCTGTTGCAGCGGCGGTG 196 |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 CTCCGATTCGAGCTAGAGGC---AATGAACGGAAGACAGAGATCTGGCGCAGCGGCGGTG 57 Query 197 CATCACCAGAGGCAGCTCTCCGATAACCCTCTCGATATGTCTTCATCCAATGGCAGATGG 256 || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 58 CACCACCAGAGACAGCTTTCCGATAACCCTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCCGATGG 117 Query 257 CTTCAATCCACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATG 299 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 CTTCAATCTACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATG 160 > Ahg485469 jgi|Araly1|485469|fgenesh2_kg.5__1461__AT3G51150.1 Length=3470 Score = 54.7 bits (29), Expect = 3e-06 Identities = 29/29 (100%), Gaps = 0/29 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1342 TTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTG 1370 ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1068 TTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTG 1096 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95987417400 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5