BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16060.1
Length=2546
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929419 jgi|Araly1|929419|scaffold_301876.1 3428 0.0
Ahg952507 jgi|Araly1|952507|scaffold_81000004.1 220 3e-56
Ahg485469 jgi|Araly1|485469|fgenesh2_kg.5__1461__AT3G51150.1 54.7 3e-06
> Ahg929419 jgi|Araly1|929419|scaffold_301876.1
Length=2110
Score = 3428 bits (1856), Expect = 0.0
Identities = 2033/2116 (96%), Gaps = 21/2116 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 137 CTCCGATTCGAGCTAGAGTCAATAATGAGCGGAAGACAGAGATCTGTTGCAGCGGCGGTG 196
|||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 CTCCGATTCGAGCTAGAGGC---AATGAACGGAAGACAGAGATCTGGCGCAGCGGCGGTG 57
Query 197 CATCACCAGAGGCAGCTCTCCGATAACCCTCTCGATATGTCTTCATCCAATGGCAGATGG 256
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 58 CACCACCAGAGACAGCTTTCCGATAACCCTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCCGATGG 117
Query 257 CTTCAATCCACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATGATTATGGATACTATGCT 316
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CTTCAATCTACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATGATTATGGATACTATGCT 177
Query 317 GGTGGGCAAGGAGGTGGTGGTCAAGCAGCAAGAGGATACCAGAATGCTC--AGA--G--- 369
||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 178 GGTGGACAAGGA---GGTGGTCAAGCAGCAAGAGGTTACCAGAATGCTCAGAGAGGGTTT 234
Query 370 -A-GGA---AACGAGTTCTTTGGGG---AACCAACTACTCCTCAATACGGTGCTCGTCCT 421
| ||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 AATGGAGGGAATGAGTTTTTTGGGGAACAACCAACTACTCCTCAATACGGTGCTCGTCCA 294
Query 422 ACCAACCAAAGGAAGAACAATGATGAATCTGAGTTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTGCAT 481
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 ACGAACCAAAGGAAGAACAATGATGAATCTGAGTTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTGCAT 354
Query 482 TCTTTTGATACTGAGCTTCTTCCTGAGATTCCAGTCTCTAACCAATTGGATGGTCCCTCA 541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||
Sbjct 355 TCTTTTGATACTGAGCTTCTTCCTGAGATTCCAGTCTCTAGCCAAGTAGATGGCCCCTCA 414
Query 542 CTTTTCAATCCTAGTCAAGGTCAAAGCTTTGATGACTTTGAAGCTTACAACAAGCAGCCT 601
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 CTTTTCAATCCTAGTCAAGGCCAAAGCTTTGATGACTTTGAAGCTTACAACAAGCAGCCT 474
Query 602 AACCGTAGTCGCGTGTTGGCTGAAAACTTGGCTGCTGAGAAGGAGAGGATGAATGCTGTT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AACCGTAGTCGCGTGTTGGCTGAAAACTTGGCTGCTGAGAAGGAGAGGATGAATGCTGTT 534
Query 662 GCAAAGATTAAAGTCGTTGTGCGTAAGCGACCACTTAACAAAAAGGAGTCGACAAAAAAC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GCAAAGATTAAAGTCGTTGTGCGTAAGCGACCACTTAACAAAAAGGAGTCGACAAAAAAC 594
Query 722 GAGGAAGATATTGTTGACACCCATGCCAATTGCTTAACAGTTCATGAAACTAAACTTAAG 781
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GAGGAAGACATTGTTGACACCCATGCCAATTGCTTAACAGTTCATGAAACTAAACTTAAG 654
Query 782 GTCGACTTAACAGCTTATGTTGAAAAGCATGAATTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAG 841
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GTTGACTTAACAGCTTATGTTGAAAAGCATGAATTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAG 714
Query 842 GAAGTATCAAATGATGAGGTATATCGTGAGACTGTGGAGCCTGTAGTCCCCCTAATTTTT 901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 715 GAAGTATCAAATGATGAGGTATATCGTGAGACTGTGGAGCCTGTAGTCCCCCTAATATTT 774
Query 902 CAGCGCATCAAAGCCACTTGCTTTGCATATGGGCAAACAGGTAGTGGTAAAACCTATACT 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CAGCGCATCAAAGCCACTTGCTTTGCATATGGGCAAACAGGTAGTGGTAAAACCTATACT 834
Query 962 ATGAAGCCTTTGCCTCTTAAGGCTTCAAGGGACATCCTGCGGTTGATGCACCACACATAC 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 835 ATGAAGCCTTTGCCTCTTAAGGCTTCAAGGGACATTTTGAGGTTGATGCACCACACATAC 894
Query 1022 AGAAATCAAGGGTTTCAGTTGTTTGTCAGCTTCTTTGAGATTTATGGAGGAAAGCTATAT 1081
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 895 AGAAACCAAGGGTTTCAGTTGTTTGTTAGCTTCTTTGAGATTTATGGAGGAAAGCTGTAT 954
Query 1082 GATCTCCTCAGTGAGAGGAAGAAGCTGTGCATGAGAGAGGATGGTAAGCAGCAAGTGTGC 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GATCTCCTCAGTGAGAGGAAGAAGCTGTGCATGAGAGAGGATGGTAAGCAGCAAGTGTGC 1014
Query 1142 ATCGTTGGTTTACAAGAGTACAGAGTATCTGATACAGATGCTATTATGGAGCTTATTGAG 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATCGTTGGTTTACAAGAGTACAGAGTATCTGATACAGATGCTATTATGGAGCTTATTGAG 1074
Query 1202 AGAGGAAGTGCAACAAGAAGTACTGGAACCACTGGTGCAAATGAAGAATCCTCTCGTTCA 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AGAGGAAGTGCAACAAGAAGTACTGGAACCACTGGTGCAAATGAAGAATCCTCTCGTTCA 1134
Query 1262 CATGCTATACTACAGCTCGCGATaaaaaaaTCAGTAGAGGGAAATCAGTCAAAGCCCCCT 1321
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 CATGCTATACTACAGCTCGCAATCAAAAAATCAGTAGAGGGAAATCAGTCAAAGCCCCCT 1194
Query 1322 CGCCTTGTTGGCAAGCTTTCTTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTGGTGCAGATACA 1381
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CGCCTCGTTGGCAAGCTTTCTTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTGGTGCAGATACA 1254
Query 1382 ACAGACAATGACAAGCAGACAAGATTGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTACTCGCC 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ACAGACAATGACAAGCAGACAAGATTGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTACTCGCC 1314
Query 1442 TTAAAGGAATGCATTAGAGCTCTGGATAATGACCAAGGTCATATCCCTTTTAGAGGCAGT 1501
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TTAAAGGAATGCATCAGAGCTCTGGATAATGATCAAGGTCACATCCCTTTTAGAGGCAGT 1374
Query 1502 AAGTTAACTGAAGTTCTCAGGGACTCCTTCATGGGAAATTCTCGTACTGTAATGATATCG 1561
|||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AAGTTAACCGAAGTTCTTAGGGACTCATTCATGGGAAATTCTCGTACTGTAATGATATCA 1434
Query 1562 TGCATATCTCCAAGCTCTGGATCATGTGAGCACACCCTGAACACCCTAAGATATGCGGAC 1621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1435 TGCATATCTCCAAGCTCTGGATCATGTGAGCACACCCTTAACACCTTAAGATATGCGGAC 1494
Query 1622 AGGGTTAAGAGTCTCTCAAAGGGAAACGCCTCTAAGAAAGATGTATCTTCTTCGACCATG 1681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1495 AGGGTTAAGAGTCTCTCAAAGGGAAACGCCTCTAAGAAAGATGTATCTTCTTCGTCCATG 1554
Query 1682 AACTTAAGGGAGTCCACGAAAATTCCTTTGTCTTCTGCACTTCCAACTCCATCTAACTTT 1741
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1555 AACCTAAGGGAGTCCACAAAAATTCCTTTGTCTTCTGCACTTCCAACTCCATCTAACTAT 1614
Query 1742 GATGATGACGTGAATGAGATGTGGACTGAAGAGAACGATGAATTTGATGCATCGGATTAT 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GATGATGACGTGAATGAGATGTGGACTGAAGAGAACGATGAATTTGATGCATCGGATTAT 1674
Query 1802 GAGCAAGATAAACAAATGTGGAAGAAAAACGGGAAGCTAGAGCCATCCTATAACGGTATG 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GAGCAAGATAAACAAATGTGGAAGAAAAACGGGAAGCTAGAGCCATCCTATAACGGTATG 1734
Query 1862 GCACAGGAGAGAATCCCGAAACCTACTATTCAGATGAAGTCACGAGACATGCCAAGGCCC 1921
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1735 GCACAGGAGAGAATCCCAAAACCTATTATTCAGATGAAGTCAAGAGACATGCCAAGGCCC 1794
Query 1922 GATATGAAGAAGTCAAACTCTGATGACAATCTAAATGCGCTTCTGCAGGAAGAAGAAGAC 1981
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GATATGAAGAAGTCAAACTCCGATGACAATCTAAATGCACTTCTGCAGGAAGAAGAAGAC 1854
Query 1982 CTTGTGAATGCACACCGTAAACAAGTTGAGGATACCATGAACATAGTGAAAGAGGAGATG 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1855 CTTGTGAATGCACACCGTAAACAAGTTGAGGATACGATGAACATTGTGAAAGAGGAGATG 1914
Query 2042 AACTTGCTGGTTGAGGCAGACCAACCCGGAAACCAGCTAGATGGTTACATTTCAAGACTG 2101
||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AACTTACTGGTTGAAGCGGACCAACCTGGAAACCAGCTAGATGGTTACATTTCAAGACTG 1974
Query 2102 AACACAATTCTATCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTACAGAACCGTCTTGCTCAT 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AACACAATTCTATCTCAGAAGGCTGCAGGTATACTCCAACTACAGAACCGTCTTGCTCAT 2034
Query 2162 TTCCAGAAACGCCTTAGAGAGCACAATGTATTAGTCTCTACCACTGGGTACTGACCTATA 2221
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TTCCAGAAACGCCTTAGAGAGCACAACGTATTGGTATCTACCACTGGGTACTGACCTATA 2094
Query 2222 ACCACTCTCTCGAGTA 2237
| ||||||||||||||
Sbjct 2095 ATCACTCTCTCGAGTA 2110
> Ahg952507 jgi|Araly1|952507|scaffold_81000004.1
Length=255
Score = 220 bits (119), Expect = 3e-56
Identities = 149/163 (91%), Gaps = 3/163 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 137 CTCCGATTCGAGCTAGAGTCAATAATGAGCGGAAGACAGAGATCTGTTGCAGCGGCGGTG 196
|||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 CTCCGATTCGAGCTAGAGGC---AATGAACGGAAGACAGAGATCTGGCGCAGCGGCGGTG 57
Query 197 CATCACCAGAGGCAGCTCTCCGATAACCCTCTCGATATGTCTTCATCCAATGGCAGATGG 256
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 58 CACCACCAGAGACAGCTTTCCGATAACCCTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCCGATGG 117
Query 257 CTTCAATCCACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATG 299
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CTTCAATCTACTGGTCTTCAGCATTTTCAGTCATCCGCCAATG 160
> Ahg485469 jgi|Araly1|485469|fgenesh2_kg.5__1461__AT3G51150.1
Length=3470
Score = 54.7 bits (29), Expect = 3e-06
Identities = 29/29 (100%), Gaps = 0/29 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1342 TTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTG 1370
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TTTCATTGATCTTGCTGGAAGTGAACGTG 1096
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95987417400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5