BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16290.1
Length=2747
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479081 jgi|Araly1|479081|fgenesh2_kg.3__1782__AT3G16290.1 4359 0.0
> Ahg479081 jgi|Araly1|479081|fgenesh2_kg.3__1782__AT3G16290.1
Length=2669
Score = 4359 bits (2360), Expect = 0.0
Identities = 2545/2636 (97%), Gaps = 6/2636 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTGCATTCTTCGTCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTACATTCGTCACCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60
Query 61 CGTCAGAGACTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCAAAACAATTCAGCTACGAAC 120
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
Sbjct 61 CGTCAGAGATTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCTAAACAATTCAGCT--G-A- 116
Query 121 GTTGTCCATGAAGATGGTGATGATAACGACAAAGCCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 180
||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 --TGTTCATGATGATGGTGATGAGAACGAAAAAGTCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 174
Query 181 GCAATACCAATCACACTCACTATAATCTCCGCTTCTCTAGCCAAACCGTCGTTCGCGGCT 240
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 175 GCAATACCAATCACTCTCACTGTAATCTCCGCTTCTCTAGCCCAACCGTCGTTTGCGGCG 234
Query 241 GCGAAGGTAACGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAGGCTTTGACACTTGAA 300
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 235 GCGAAGGTATCGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAAGCTTTGACACTTGAA 294
Query 301 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTTACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 360
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTCACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 354
Query 361 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 414
Query 421 TTGCGGCAAAAGGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTATTAAGGACT 480
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 415 TTGAGGCAAAAAGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTACTGAGGACT 474
Query 481 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 534
Query 541 GATGTACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 600
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GATGGACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 594
Query 601 TATTTAGGATTTTTGTGGAAAGTTCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 660
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TATTTAGGGTTTTTGTGGAAAGTCCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 654
Query 661 GAGTCTAAACGTGCTGCTGAGTTGAAGAGAATGAGGGAGGATTTCAAGAGGCAGAGGAAG 720
||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GAGTCGAAACGTGCTGCGGAGTTGAAGAAAATGAGGGAGGATTTCAAGAGGCAGAGGAAG 714
Query 721 GAGGAGATTGAGACGATGAAAGAGGAAAGAGTGATGATGGAAAAGACAATGAAGGCGCAG 780
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 715 GAGGAGATTGAGAGGATGAAAGAGGAAAGAGCGATGATGGAAAAGACTATGAAGGCGCAG 774
Query 781 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATACGAGGAGTCT 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 775 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATATGAGGAGTCT 834
Query 841 CTGCGTGAGGCGAGGAAAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGATTGGCTCAG 900
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 835 TTGCGTGAGGCGAGGAGAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGAATGGCTCAG 894
Query 901 GATCCTAATGTGGCTACTGCTCTTGGATTGGTATTCTTTTATATATTTTACCGTGTGGTG 960
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 895 GATCCTAATGTGGCTACAGCTCTTGGGTTGGTGTTCTTTTATATATTTTATCGTGTGGTG 954
Query 961 GTTCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1020
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GTGCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1014
Query 1021 GAAGCagatgagaggaagaaaatgagggagttggaaagggagatggagggaattgaggaa 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GAAGCAGATGAGAGGAAGAAAATGAGGGAGTTAGAAAGGGAGATGGAGGGAATTGAGGAA 1074
Query 1081 gaggatgaggaggttgaggaaggtacaggtgagaaAAATCCTTACTTACAGATGGCGATG 1140
|||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GAGGATGAGGAGCTTGAGGAAGGGACTGGTGAGAAAAATCCATACTTACAGATGGCGATG 1134
Query 1141 CAGTTCATGAAGTCAGGTGCACGTGTGAGACGAGCATCAAATAAGAGGTTACCTGAGTAT 1200
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1135 CAGTTCATGAAATCAGGTGCACGTGTTAGACGAGCATCAAATAAGAGGCTACCGGAGTAT 1194
Query 1201 CTTGAGAGAGGTGTGGATGTCAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1260
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CTCGAGAGAGGTGTGGATGTGAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1254
Query 1261 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGCAGGAGAGGGGTC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1255 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGTAGGAGAGGGGTC 1314
Query 1321 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1374
Query 1381 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCTCAGTTTGTG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1375 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCGCAGTTTGTG 1434
Query 1441 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTATACCAAGAAGCTAGAGAA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1435 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTGTACCAAGAAGCTAGAGAG 1494
Query 1501 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTGGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTAGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1554
Query 1561 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTACTTGTTTCTTTA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1555 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTCCTTGTTTCTTTA 1614
Query 1621 GATGGTTTTGAAGGAAGGGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1680
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GATGGTTTTGAAGGAAGAGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1674
Query 1681 CTCGATCCTGCGCTTGTGAGGCCTGGACGGTTCGACCGCAAAATCTTTATCCCTAAACCT 1740
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1675 CTCGATCCTGCACTTGTGAGGCCTGGAAGGTTCGACCGCAAAATTTTTATCCCTAAACCT 1734
Query 1741 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1794
Query 1801 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1854
Query 1861 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1914
Query 1921 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1974
Query 1981 AGCTTGGAGACATGGCGACAAGTTGCGATCAATGAAGCTGCAATGGCTGTTGTAGCAGTG 2040
|||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AGCTCGGAGATATGGCGACAAGTTGCTATCAATGAAGCTGCCATGGCTGTTGTAGCAGTG 2034
Query 2041 AACTTTCCTGATATGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2100
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AACTTTCCTGATCTGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2094
Query 2101 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGTCGA 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2095 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGCCGA 2154
Query 2161 CAATCCATCTTGGATCACATCACTGTTCAGTTAGCACCCCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2220
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CAATCCATCTTGGATCACATTACTGTTCAGTTAGCACCTCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2214
Query 2221 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCGGATAACGCAAGATCAGCT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCAGATAACGCAAGATCAGCT 2274
Query 2281 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2334
Query 2341 GTAGCTGATCGAATTAACGATATTGATGTGGAGGCATTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2400
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GTAGCTGATCGAATAAACGATATTGATCTGGAGGCGTTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2394
Query 2401 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGAAGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2460
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGACGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2454
Query 2461 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTAACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGG 2520
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTTACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGC 2514
Query 2521 TCCAGTAAACCAATGCCACCGAGTATCCTTGAACTTAGGAAGATCAAACGGCTTGAGCTA 2580
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2515 TCTATTAAACCAATGCCACCGAGCATCCTTGAACTAAGGAAGATCAAACGGCTTGAACTC 2574
Query 2581 GAAGAGATGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAGAAACAGTTCATAAGATGA 2636
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GAAGAGACGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAAAAACAGTTCATAAGATGA 2630
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103643556645
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5