BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16610.1
Length=1965
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318432 jgi|Araly1|318432|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001448 3007 0.0
Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1 65.8 1e-09
> Ahg318432 jgi|Araly1|318432|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001448
Length=1968
Score = 3007 bits (1628), Expect = 0.0
Identities = 1854/1965 (94%), Gaps = 8/1965 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTTCTAAGTCTTCTTGAAACCTGTATTCGCTCAAGGAATCTGGTCTTAGGTCAGGTC 60
|||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGTTTCTGAGACTTCTTGAATCCTGTATTCGATCAAGGAATCTGATCTTAGGTCAGATC 60
Query 61 ATTCATCAGCATCTTCTTAAACGCTCTCTTACGTTAAGTTCCTCTACAGTGCTCGTCAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 61 ATTCATCAGCATCTTCTTAAACGCTCTCTTACGTTGAGTTCCTCTACGGTGCTTGTCAAT 120
Query 121 TTAACACGTCTTTACGCATCATGCAATGAAGTGGAACTTGCACGCCATGTGTTCGATGAA 180
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTAACGCGTCTCTATGCATCATGCAATGAAGTGGAACTTGCACGCCATGTGTTCGATGAA 180
Query 181 ATTCCTCATCCAAGGATCAATCCTATTGCTTGGGATTTGATGATCAGAGCCTATGCT-TC 239
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 181 ATTCCTCATCCAAGGATCAATCCTATTGCGTGGGACTTGATGATCAGAGCCTATG-TATC 239
Query 240 GAATGATTTCGCGGAAAAAGCTTTGGATTTGTACTACAAGATGCTGAATTCTGGTGTTAG 299
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TAATGGTTTCGCGGAAAAAGCTTTGGATTTGTACTACAAGATGCTGAATTCTGGTGTTAG 299
Query 300 ACCCACGAAATATACGTACCCGTTTGTTTTGAAAGCATGTGCTGGTCTTCGAGCAATTGA 359
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ACCCACGAAATTTACGTACCCGTTTGTTCTGAAAGCATGTGCTGGTCTTCGAGCAATTGA 359
Query 360 CGATGGTAAGCTGATACATAGTCATGTGAATTGTAGCGACTTTGCAACTGATATGTATGT 419
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 360 AGATGGTAAGCTGATACATAGCCATGTGAAATGTAGCAACTTTGCAGCTGATATGTATGT 419
Query 420 ATGTACTGCTCTGGTTGATTTCTATGCTAAGTGTGGGGAACTTGAGATGGCTATAAAGGT 479
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 420 ATGTACTGCTCTGGTTGATTTTTATGCTAAATGTGGGGAGCTCGATATGGCTATAAAGGT 479
Query 480 GTTCGACGAAATGCCTAAGAGAGATATGGTTGCTTGGAATGCTATGATTTCTGGGTTTTC 539
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTTCGACGAAATGCCTAAGAGAGATATTGTCGCTTGGAATGCTATGATTTCTGGGTTTTC 539
Query 540 TTTACATTGCTGTTTAACTGATGTCATTGGATTGTTTTTGGATATGCGTAGAATCGATGG 599
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 540 TTTACATTGTTGTTTAACTGATGTCATTGGATTGTTTTTGGATATGCGTAGAAGCGATTG 599
Query 600 TCTGAGTCCTAATCTATCCACCATCGTTGGGATGTTTCCTGCACTAGGAAGGGCTGGTGC 659
||| || |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTCAGCCCTAATTTATCCACTATTGTTGGGATGTTTCCTGCACTAGGAAGGGCTGGTGC 659
Query 660 ATTGAGGGAAGGGAAAGCTGTTCATGGGTATTGCACAAGAATGGGTTTTAGCAATGATTT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTTGAGGGAAGGGAAAGCTGTTCATGGGTATTGCACACGAATGGGTTTTAGCAATGATTT 719
Query 720 AGTTGTTAAGACTGGGATCTTGGATGTATATGCCAAGAGCAAGTGCATTATCTATGCGAG 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGTTGTTAAGACTGGGATCTTGGATGTATATGCCAAAAGCAAGTGCATTATCTATGCGAG 779
Query 780 AAGAGTTTTCGATTTAGACTTTAAGAAGAATGAGGTAACCTGGAGTGCTATGATTGGAGG 839
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAGAGTTTTCGATTCAGACTTTAAGAAGAATGAGGTAACCTGGAGTGCTATGATTGGAGG 839
Query 840 CTACGTAGAAAACGAAATGATAAAGGAAGCTGGAGAAGTGTTTTTTCAGATGTTGGTTAA 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 840 CTACGTAGAAAACGAAATGATAAAGGAAGCTGGAGAAGTGTTTTTGCAGATGTTGGTTAA 899
Query 900 TG-ATAATGTGGCAATGGTGACGCCAGTTGCCATTGGGCTTATTCTGATGGGTTGTGCAA 958
|| | | | |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 900 TGCAGA-TATGGCGATGGTGACACCAGTGGCCATTGGGCTTATTCTGATGGGTTGTGCGA 958
Query 959 GGTTTGGAGATCT-AAGTGGAGGGCGATGTGTACATTGTTACGCGGTTAAAGCAGGCTTC 1017
||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 GGTTTGGAGATCTGAA-TGGAGGGCGATGCGTACATTGTTACGCGATTAAAGCAGGCTTC 1017
Query 1018 ATCTTAGACTTAACTGTTCAAAACACCATAATTTCATTTTATGCTAAGTATGGAAGCTTA 1077
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 1018 ATCTTAGACTTAACTGTTGGAAACACCGTAATTTCATTCTACGCCAAGTATGGAAGCTTA 1077
Query 1078 TGTGATGCTTTTAGGCAGTTTAGTGAGATTGGCTTGAAAGATGTTATTTCATATAATTCT 1137
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1078 TGTGATGCTTTTAGGCAGTTTACTGAGATTGGCTTGAAAGACATTGTTTCATATAATTCT 1137
Query 1138 CTCATCACTGGGTGTGTAGTGAACTGTCGCCCAGAAGAGAGTTTTCGTCTATTTCATGAG 1197
|| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CTTATCTCTGGGTGTGTGGAGAACTGTCGTGCAGAAGAGAGTTTTCGTCTATTTCATGAG 1197
Query 1198 ATGAGAA-CATCTGGAATTCGTCCTGATATTACAACATTGCTTGGTGTCTTAACCGCTTG 1256
|||| || |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1198 ATGA-AATCATCCGGAATTCGGCCCGATATTACAACATTGCTTGGTATCTTAACCGCTTG 1256
Query 1257 CTCTCACTTGGCTGCTTTGGGACACGGTTCTAGTTGCCACGGGTATTGTGTTGTTCATGG 1316
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1257 CTCTAACTTGGCTGCTTTGGGACACGGTTCTAGTTTCCACGGGTATTGTGTTGTTAATGG 1316
Query 1317 CTATGCAGTTAACACAAGCATTTGTAATGCACTGATGGATATGTACACAAAGTGTGGAAA 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TTATGCAGTTAACACAAGCATTTGTAATGCACTGATGGATATGTACACAAAGTGTGGAAA 1376
Query 1377 ACTTGATGTAGCCAAGAGAGTTTTCGACACAATGCATAAGCGGGATATAGTTTCGTGGAA 1436
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ACTTTATGTAGCCAAGAGAGTTTTCGACACAATGCATAAGCGGGATATAGTTTCGTGGAA 1436
Query 1437 CACAATGCTGTTCGGATTCGGAATTCATGGTCTTGGCAAAGAAGCTCTTTCTCTGTTCAA 1496
|||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CACAATGCTGTTTGGATTTGGAATCCATGGGCTTGGCAAAGAAGCTCTTTCTCTGTTCAA 1496
Query 1497 CAGTATGCAGGAAACAGGTGTGAACCCAGACGAGGTGACTCTTCTTGCTATTTTGTCTGC 1556
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1497 CAGTATGCAGGACACAGGTGTGCACCCAGACGAGGTGACTCTTCTTGCGATTTTGTCTGC 1556
Query 1557 TTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGGGAAACAACTGTTCAACTCCATGTCTCGAGG 1616
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1557 ATGTAGCCATTCAGGACTTGTAGATGAAGGGAAACAACTGTTCAACTCTATGTCTCGAGG 1616
Query 1617 AGATTTCAACGTCATCCCAAGAATAGACCATTACAATTGCATGACTGATCTTCTAGCCCG 1676
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1617 AGATTTCAACGTCATACCAAGATTAGACCATTACAATTGCATGACTGATCTCCTAGCCCG 1676
Query 1677 TGCCGGATACTTGGATGAAGCTTATGATTTTGTAAACAAGATGCCATTTGAGCCCGATAT 1736
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGCCGGATACTTGGATGAAGCTTATGATTTCGTCAACAAGATGCCATTTGAGCCCGATAT 1736
Query 1737 TCGCGTGTTGGGTACACTTCTCTCTGCTTGTTGGACGTACAAGAATGCGGAACTTGGGAA 1796
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1737 TCGCGTGTTGGGTACACTTCTATCTGCTTGTTGGACGTACAAGAATGTGGAACTTGGGAA 1796
Query 1797 TGAAGTGTCGAAAAAGATGCAGAGTCTTGGTGAAACAACAGAAAGCTTAGTTCTTCTATC 1856
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TGAAGTGTCGAAAAAGATGCAGAGTCTTGGAGAAACAACAGAAAGCTTAGTTCTTCTATC 1856
Query 1857 CAACACCTACTCAGCTGCTGAGAGATGGGAAGATGCAGCTAGAATTAGAATGATACAGAA 1916
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 1857 CAACACCTATTCAGCTGCTGAGAGATGGGAAGATGCAGCAAAAATTAGAATGACACAGAA 1916
Query 1917 GAAAAGAGGGCTTCTCAAGACTCCGGGTTATAGCTGGGTCGATGT 1961
||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1917 GAAGAGCGGGCTTCTCAAGACTCCCGGCTATAGCTGGGTCGATGT 1961
> Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1
Length=2658
Score = 65.8 bits (35), Expect = 1e-09
Identities = 37/38 (97%), Gaps = 0/38 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1549 TTGTCTGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGG 1586
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 TTGTATGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGG 1876
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73856985055
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5