BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16620.1
Length=3473
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479127 jgi|Araly1|479127|fgenesh2_kg.3__1828__AT3G16620.1 4156 0.0
Ahg480549 jgi|Araly1|480549|fgenesh2_kg.3__3250__AT2G16640.1 3193 0.0
> Ahg479127 jgi|Araly1|479127|fgenesh2_kg.3__1828__AT3G16620.1
Length=3377
Score = 4156 bits (2250), Expect = 0.0
Identities = 2481/2593 (96%), Gaps = 14/2593 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 894 TCAATCTAATAAGGAAATTGTAAAGCAGCAAGATAGCAGTGTAAATATAGGTCCAGAGAT 953
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 786 TCAATCTAATAAGGAAATTGAAAAGCAGCAAGACAGCAGCGTTAATATAGGTCCAGAGAT 845
Query 954 TAAGGAAAGCCAACATATGGAAAGAGAATCTGAGGTATTAAGTTCTGTTTCACCAACAGA 1013
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 846 TAAGGAAAGCCTACATGTGGAAAGAGAATCTGAGGTATTAAGTTCTGTCTCACCAACAGA 905
Query 1014 GTCTAGAAGTGATACTGCAGCATTACCACCTGCTCGCCCAGCAGGTCTTGGTCGTGCTGC 1073
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 GTCTAGAATTAATACTGCAGCATTACCACCTGCTCGCCCAGCAGGTCTTGGTCGTGCTGC 965
Query 1074 TCCACTTTTGGAACCTGCACCACGCGTTACACAACAGCCTCGTGTCAATGGAAATGTGTC 1133
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 966 TCCACTTTTGGAACCGGCACCACGCGTTCCACAACAGCCTCGTGTCAATGGCAATGTGTC 1025
Query 1134 TCACAATCAGCCTCAGCAAGCTGAAGACTCTACCACTGCAGAGACAGATGAGCATGATGA 1193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1026 TCACAATCAGCCTCAGCAAGCTGAAGACTCTACCACTGGAGAGACTGATGAGCATGATGA 1085
Query 1194 GACCCGTGAGAAGCTCCAGTTTATCAGGGTCAAATTTTTGAGGCTTTCACATAGATTAGG 1253
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 GACCCGTGAGAAGCTCCAGTTCATAAGGGTCAAATTTTTGAGGCTTTCACATAGATTAGG 1145
Query 1254 GCAAACTCCACATAATGTTGTTGTTGCTCAGGTTTTGTACAGGCTTGGATTGGCTGAACA 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 GCAAACTCCACATAATGTTGTTGTTGCTCAGGTTTTGTACAGGCTTGGATTGGCTGAACA 1205
Query 1314 GTTGAGGGGCAGAAACGGAAGCCGTGTTGGTGCCTTTAGTTTTGATCGTGCCAGTGCCAT 1373
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 GTTGAGGGGTAGAAACGGAAGCCGTGTTGGTGCCTTTAGTTTTGATCGTGCCAGTGCCAT 1265
Query 1374 GGCAGAACAGCTTGAGGCAGCTGCACAAGATCCCCTTGATTTTTCTTGTACGATTATGGT 1433
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 GGCAGAACAGCTTGAGGCAGCTGGACAGGATCCCCTTGATTTTTCTTGTACGATTATGGT 1325
Query 1434 GCTTGGTAAAAGTGGGGTTGGTAAAAGTGCAACCATCAATTCTATTTTTGATGAACTGAA 1493
||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1326 GCTCGGCAAAAGTGGGGTTGGTAAAAGTGCAACTATCAATTCTATTTTCGATGAACTGAA 1385
Query 1494 AATTAGTACTGATGCATTCCAGGTGGGGACAAAGAAGGTTCAGGATATTGAGGGTTTTGT 1553
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 AATTAGGACTGATGCATTCCAGATGGGGACAAAGAGGGTTCAGGATATTGAGGGTTTTGT 1445
Query 1554 TCAGGGAATTAAGGTACGGGTAATTGACACTCCCGGTCTCTTACCATCCTGGTCAGATCA 1613
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 TCAGGGAATCAAGGTACGGGTAATTGACACTCCCGGTCTCTTACCATCCTGGTCAGATCA 1505
Query 1614 ACACAAGAATGAGAAGATCCTGAAGTCTGTTAGGGCATTCATCAAGAAAAGTCCGCCTGA 1673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1506 ACACAAGAATGAGAAGATCCTGAAGTCTGTTAGGGCATTCATCAAGAAAAATCCGCCTGA 1565
Query 1674 CATTGTGTTATATCTTGATAGGTTGGATATGCAAAGCAGAGATTCTGGTGACATGCCTCT 1733
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CATTGTATTATATCTTGATAGGTTAGATATGCAAAGCAGAGATTCTGGTGACATGCCTCT 1625
Query 1734 CTTACGCACCATCACTGATGTTTTTGGACCATCAATATGGTTTAATGCCATTGTGGGTTT 1793
||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 CTTGCGCACCATTACTGATGTTTTTGGACCATCGATTTGGTTTAATGCCATTGTGGGTTT 1685
Query 1794 GACTCATGCCGCTTCGGCTCCACCAGATGGCCCAAATGGTACTGCTTCTAGCTATGACAT 1853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 GACTCATGCCGCTTCGGCTCCACCAGATGGCCCAAATGGGACTGCTTCTAGCTATGACAT 1745
Query 1854 GTTTGTGACACAACGTTCTCATGTCATCCAGCAGGCCATTCGCCAAGCAGCGGGAGATAT 1913
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 GTTTGTAACACAACGTTCTCATGTCATCCAGCAAGCCATTCGCCAAGCAGCGGGAGATAT 1805
Query 1914 GAGGCTCATGAACCCTGTTTCTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAATCGGGC 1973
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GAGGCTCATGAACCCAGTTTCTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAATCGGGC 1865
Query 1974 AGGCCAGAGAGTATTACCTAATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGTTATTACTCTCATT 2033
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1866 AGGACAGAGAGTATTACCTAATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGCTATTACTCTCATT 1925
Query 2034 TGCATCCAAGATTCTTGCCGAAGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATATTCCAGG 2093
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 TGCATCCAAGATTCTAGCCGAAGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATATTCCAGG 1985
Query 2094 GGGACAATTTGCAACTCGGTCCAAGGCTCCGCCACTACCATTGCTCCTCTCATCGCTTCT 2153
|| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 GGAACAATTTGCAGCTCGGTCCAAGGCTCCGCCATTACCATTGCTCCTCTCATCGCTTCT 2045
Query 2154 GCAATCAAGACCACAAGCTAAGCTTCCTGAGCAACAGTACGATGATGAAGACGATGAAGA 2213
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2046 GCAATCAAGACCACAAGCTAAGCTTCCTGAGCAGCAGTACGATGATGAAGAAGATGAAGA 2105
Query 2214 TGATTTAGACGAATCATCAGATTCTGAGGAAGAATCAGAGTATGATGAGCTTCCTCCCTT 2273
|||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 TGATTTGGACGAATCATCAGATTTTGACGAAGAATCAGAGTATGATGAGCTTCCTCCCTT 2165
Query 2274 TAAGCGGTTGACTAAAGCAGAGATGACTAAGCTTAGCAAATCTCAGAAGAAGGAATATCT 2333
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 TAAGCGGTTGACTAAAGCCGAGATGGCTAAGCTTAGTAAATCTCAGAAGAAGGAATATCT 2225
Query 2334 CGATGAGATGGAGTATCGGGAGAAACTATTTATGAAGAGACAGATGAAAGAGGAAAGAAA 2393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 CGATGAGATGGAGTATCGGGAGAAACTATTTATGAAGAGGCAGATGAAAGAGGAAAGAAA 2285
Query 2394 GAGACGTAAGTTGTTGAAGAAATTTGCTGCTGAGATTAAAGATATGCCTAACGGGTATAG 2453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 GAGACGTAAGTTGTTGAAGAAATTTGCTGCTGAGATTAAAGATATGCCTAACGGGTATAG 2345
Query 2454 TGAAAATGTGGAAGAGGAGAGAAGTGAACCTGCATCTGTTCCAGTTCCAATGCCAGATTT 2513
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2346 TGAAAATGTGGAAGAGGAGAGAAGTGAACCTGCAGCTGTTCCAGTTCCCATGCCAGATTT 2405
Query 2514 ATCTCTACCTGCATCTTTTGACTCTGACAATCCTACTCATCGGTACCGGTACCTTGATAC 2573
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |
Sbjct 2406 ATCTCTACCTGCATCTTTTGACTCTGACAACCCTACTCACCGGTTCCGGTACCTTGATTC 2465
Query 2574 CTCCAATCAATGGCTTGTTAGGCCAGTGCTGGAAACTCATGGGTGGGATCATGATATTGG 2633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2466 CTCCAATCAATGGCTTGTTAGGCCAGTGCTGGAAACTCATGGGTGGGATCATGATATTGG 2525
Query 2634 TTATGAAGGTGTGAATGCGGAACGACTATTTGTTGTTAAAGACAAAATACCAGTATCTTT 2693
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2526 TTATGAAGGTGTGAATGCGGAACGACTGTTTGTTGTTAAAGACAAGATACCGGTATCTTT 2585
Query 2694 CTCTGGCCAAGTGACAAAGGACAAGAAGGATGCACATGTGCAGCTAGAATTGGCCAGCTC 2753
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2586 CTCTGGCCAAGTGACAAAAGACAAAAAGGATGCAAATGTACAGCTGGAATTGGCCAGCTC 2645
Query 2754 GGTTAAACATGGAGAAGGTAGATCAACTTCCCTAGGTTTTGACATGCAAAATGCTGGGAA 2813
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646 GGTTAAACATGGAGATGGTAGATCAACTTCCCTAGGTTTTGACATGCAAAATGCTGGGAA 2705
Query 2814 GGAATTAGCGTACACTATTCGAAGTGAAACAAGATTTAACAAGTTTAGGAAAAACAAAGC 2873
||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2706 GGAGTTGGCGTACACTGTTCGAAGTGAAACAAGATTTAACAATTTTAGGAAAAACAAAGC 2765
Query 2874 AGCAGCTGGTCTCTCTGTTACGCTCTTAGGTGATTCAGTTTCCGCGGGACTAAAAGTCGA 2933
|||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||
Sbjct 2766 AGCAGCTGGTCTCTCTGTAACACTCTTGGGTGATTCAGTGTCTGCGGGACTGAAAGTGGA 2825
Query 2934 AGATAAGTTGATTGCTAATAAACGGTTCAGGATGGTTATGTCAGGTGGAGCAATGACTAG 2993
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2826 AGATAAGTTGATTGCTAATAAACGGTTCAGAATGGTTATGTCAGGTGGAGCAATGACTAG 2885
Query 2994 TCGTGGAGATGTTGCTTATGGTGGTACTTTAGAAGCTCAGTTTCGAGATAAAGATTATCC 3053
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2886 TCGAGGAGATGTTGCTTATGGTGGTACTTTAGAAGCTCAGTTTCGAGATAAAGATTATCC 2945
Query 3054 GCTTGGTCGGTTTTTATCAACTCTTGGACTCTCTGTGATGGATTGGCATGGCGATCTTGC 3113
||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2946 GCTAGGTCGGTTTTTGTCAACTCTTGGACTTTCTGTGATGGATTGGCATGGCGATCTTGC 3005
Query 3114 TATCGGAGGGAATATACAGTCTCAAGTACCCATTGGACGTTCCTCTAATCTCATTGCTCG 3173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3006 TATCGGAGGGAATATACAGTCTCAAGTACCCATTGGACGTTCCTCTAATCTAATTGCTCG 3065
Query 3174 TGCTAATCTGAATAACAGAGGAGCAGGGCAAGTAAGCATCCGCGTAAACAGCTCTGAGCA 3233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3066 TGCTAATCTGAATAACAGAGGAGCAGGGCAAGTAAGCATCCGCGTAAACAGCTCTGAGCA 3125
Query 3234 GCTTCAACTTGCTGTGGTTGCACTTGTTCCTCTGTTCAAGAAGCTTCTTACTTATTATT- 3292
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3126 GCTCCAACTTGCTGTTGTTGCACTTGTTCCTCTGTTCAAGAAGCTTCTTAGTTATTATTA 3185
Query 3293 --CCCCTGAGCAAATGCAATATGGACACTGATGAGTAA-CATTTAACTGttttgattttt 3349
|||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || | |||| ||||||
Sbjct 3186 TTCCCCAGAGCAAATGCAATATGGACACTGATGAATAAACATTCAATTATTTTTATTTTT 3245
Query 3350 tcttgaaacatgtttttcttttt-tta--gttg-t--cggaattcacttttgttttAAG- 3402
||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3246 TCTTGAAACATGTTTTT-TTTTTATTATTGTTGCTGTCGGAATTCACTTTTGTTTTAAGA 3304
Query 3403 -TCTTTGATGTTTGGTTGTAACATATGTCTGAAACTTAAAA-TCCATTATCCCAATGTTT 3460
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 3305 GTCTTTGATGTTTGGTTGTAACATATGACTGAAACTTAAAAGTCCATTATCTCAATGTTT 3364
Query 3461 CTAAGTCTTCTTG 3473
|| || |||||||
Sbjct 3365 CTGAGACTTCTTG 3377
Score = 508 bits (275), Expect = 8e-143
Identities = 576/710 (81%), Gaps = 65/710 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 52 ATGGGAGATGGGGCTGAGATTGT-AACCAGGTTATATGGGGATGAGAAGAAGCTTGCAGA 110
|||||| |||||||||||||||| | || |||| ||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1 ATGGGACATGGGGCTGAGATTGTGGA-CATGTTAGATGGGGAAGAGAAGAAGCTTG--TA 57
Query 111 GGATGGTAGAATTAGTGA-GTTG--GT-GGGATCTGATGAAG-T-GAAGGA--TAATGAA 162
|||| |||||||||||| | | || | || ||| || | | ||| | |||||
Sbjct 58 -GATGATAGAATTAGTGATGGGGAAGTAGAGA-AAAATG-AGTTGGTGGGATCTGATGAA 114
Query 163 GAAGAGGTCTTTGAGGAAGCAATTGGTTCGCAGGAGGGT-CTAAAACCTGAATCTCTCAA 221
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| | |
Sbjct 115 GAAGAGGTCTTTGAGGAAGCAATTGATTCGCAGGAGGGTGC-AAAACCTGAATCTTTTGA 173
Query 222 AACCGATGTGTTGCAAGAGGAT----T-TT--------C-CTTTAG-CTTCC-------A 259
| |||||| || || |||||| | || | | | || |||| |
Sbjct 174 AGCCGATGAGTGGCTCGAGGATAAAATCTTAGAGGAAACTCCTGAGAATTCCAAGGATGA 233
Query 260 --ATGATGAAGTGTGTGATTTGGAAGAAACAAGTAGAAATGAGAGAGGAGTAGAAAATTT 317
||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||
Sbjct 234 GGATGATGAAGTGGGTGATTTGGAAGAAACAAGTAGCAACGAGAGGGGAGTAGAAACTTT 293
Query 318 AAAGGTTAATTATTCGGAGATTGGAGAGAGCCATGGTGAGGTTAACGAGCAATGTATAAC 377
||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| || |||
Sbjct 294 AAAAGTTAATTATTCGGTGGTGGGAGAGAGCCATGGTGAGGTTAAATTGCAACATACAAC 353
Query 378 TACGAAAGAGGCTGATTCTGATTTGGTGACTCTCAAAATGAATGATTATGATCACGGGGA 437
||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 354 TACTAAGGAGGCTGAATCTGATTTGGTGACTCCCAAAATGAATG---ATGATCAGGGGGA 410
Query 438 AGTAGCAGATGCAGAT-ATTTCTTATGGTAAAATGGCATCAAGCTTGGATGTGGTTGAGA 496
|||||||||||| | | ||||| | | | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 AGTAGCAGATGCTG-TAATTTC---T-G----A----ATCAAGCTTGGATGTGGTTGAGA 457
Query 497 ACAGTGAGAAAGCTACTTCCAATTTAGCTACTGAGGATGTGAATTTGGAAAACGGAAATA 556
|||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 458 ACAGTGAGGAAGCTACTTCCAATTTTGCGGCTGAGGATGTGAGTTTGGTAAACGGAAATA 517
Query 557 CACATTCTTCTTCAGAAAATGG-AGTAGTCTCTCCTGATGAGAATAAAGAACTGGTGGCG 615
||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| || | |||||||||||||||
Sbjct 518 CACATTCTTCTTCAGGAAATGGGA-TAGTCTCTCCTGA-GA-A-TAAAGAACTGGTGGCA 573
Query 616 GAAGTTATCTCAGTAAGTGCCTGTTCCGTGGAAACAGGGAGTAATGGTATTGACGACGAA 675
|||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||| |||||
Sbjct 574 GAAGTTGTCTCAGTAAGTGCCTGGTCCGAGGAAACAGGGAATGATGGTATTGAAAACGAA 633
Query 676 AAATGGGAGGAAGAAA-TTGATGTATCAGCTGGCATGGTAACAGAACAAA 724
| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||
Sbjct 634 ATATTGGAGGAA-AAAGTTGATGTATCCGCTGGCATGGGAACAGAAAAAA 682
> Ahg480549 jgi|Araly1|480549|fgenesh2_kg.3__3250__AT2G16640.1
Length=3873
Score = 3193 bits (1729), Expect = 0.0
Identities = 2214/2451 (90%), Gaps = 22/2451 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 894 TCAATCTAATAAGGAAATTGTA-AAGCAGC-AAGATAGCAGTGTAAATATAGGTCCAGAG 951
|||| ||||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||| |||||| ||| |||||||
Sbjct 1187 TCAACCTAATAAGGAACTTG-AGAAGCAGCAAAG-CAGCAGAGTAAATGTAGATCCAGAG 1244
Query 952 ATTAAGG-AAAGCCAACATATGGAAAGAGAATCTGAGGTATTAAGTTCTGTTTCACCAAC 1010
||||||| ||| | |||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1245 ATTAAGGAAAATTC-ACATGTGGAAACAGAAGCTGAGGTAGTAAGTTCTGTTTCACCAAC 1303
Query 1011 AGAGTCTAGAAGTGATACTGCAGCATTACCACCTGCTCGCCCAGCAGGTCTTGGTCGTGC 1070
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 AGAGTCTAGAAGTAATCCTGCAGCATTACCACCTGCTCGTCCAGCAGGTCTTGGTCGTGC 1363
Query 1071 TGCTCCACTTTTGGAACCTGCACCACGCGTTACACAACAGCCTCGTGTCAATGGAAATGT 1130
| |||| ||||||||||||||| |||| | | | |||||| ||| ||||||||| ||||
Sbjct 1364 TTCTCCTCTTTTGGAACCTGCATCACGTGCTCCTCAACAGTCTCATGTCAATGGGAATGG 1423
Query 1131 GTCTCACAATCAGCCTCAGCAAGCTGAAGACTCTACCACTGCAGAGACAGATGAGCATGA 1190
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1424 GTCTCACAATCAGTCTCAGCAAGCTGAGGACTCTACCACTGTAGAGACTGATGAGCATGA 1483
Query 1191 TGAGACCCGTGAGAAGCTCCAGTTTATCAGGGTCAAATTTTTGAGGCTTTCACATAGATT 1250
|||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1484 TGAGACTCGTGAGAAGCTCCAGTTGATCAGGGTAAAATTTTTGAGGCTTGCACATAGACT 1543
Query 1251 AGGGCAAACTCCACATAATGTTGTTGTTGCTCAGGTTTTGTACAGGCTTGGATTGGCTGA 1310
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 AGGGCAAACCCCGCATAATGTTGTTGTTGCTCAGGTTTTATACAGGCTTGGATTGGCTGA 1603
Query 1311 ACAGTTGAGGGGCAGAAACGGAAGCCGTGTTGGTGCCTTTAGTTTTGATCGTGCCAGTGC 1370
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GCAGTTGAGGGGCAGAAATGGAAGCCGTGTTGGTGCTTTTAGTTTTGATCGTGCCAGTGC 1663
Query 1371 CATGGCAGAACAGCTTGAGGCAGCTGCACAAGATCCCCTTGATTTTTCTTGTACGATTAT 1430
||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 CATGGCAGAACAGCTTGAGGCTGCTGGACAGGATCCACTTGATTTTTCTTGTACGATTAT 1723
Query 1431 GGTGCTTGGTAAAAGTGGGGTTGGTAAAAGTGCAACCATCAATTCTATTTTTGATGAACT 1490
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1724 GGTTCTTGGTAAAAGTGGGGTTGGTAAAAGTGCAACGATCAATTCTATATTTGATGAAGT 1783
Query 1491 GAAAAT-TAGTACTGATGCATTCCAGGTGGGGACAAAGAAGGTTCAGGATATTGAGGGTT 1549
| |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||
Sbjct 1784 G-AAATCTTGTACTGATGCATTCCAGATGGGTACAAAGAGGGTTCAAGATGTTGAGGGTT 1842
Query 1550 TTGTTCAGGGAATTAAGGTACGGGTAATTGACACTCCCGGTCTCTTACCATCCTGGTCAG 1609
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1843 TGGTTCAGGGAATTAAGGTACGGGTGATTGACACTCCCGGTCTCTTACCTTCCTGGTCTG 1902
Query 1610 ATCAA-CACAAGAATGAGAAGATCCTGAAGTCTGTTAGGGCATTCATCAAGAA-AAGTCC 1667
||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1903 ATCAAGC-CAAGAATGAGAAGATCCTGAATTCTGTTAAGGCTTTCATCAAGAAGAA-TCC 1960
Query 1668 GCCTGACATTGTGTTATATCTTGATAGGTTGGATATGCAAAGCAGAGATTCTGGTGACAT 1727
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 ACCTGACATTGTACTATATCTTGATAGGTTGGATATGCAAAGCAGAGATTCTGGTGACAT 2020
Query 1728 GCCTCTCTTACGCACCATCACTGATGTTTTTGGACCATCAATATGGTTTAATGCCATTGT 1787
||||||| | |||||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2021 GCCTCTCCTGCGCACCATAAGTGATGTTTTTGGTCCATCGATTTGGTTTAATGCCATTGT 2080
Query 1788 GGGTTTGACTCATGCCGCTTCGGCTCCACCAGATGGCCCAAATGGTACTGCTTCTAGCTA 1847
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2081 GGGTTTGACTCATGCCGCTTCTGTTCCACCAGATGGCCCAAATGGCACTGCTTCTAGCTA 2140
Query 1848 TGACATGTTTGTGACACAACGTTCTCATGTCATCCAGCAGGCCATTCGCCAAGCAGCGGG 1907
|||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2141 TGACATGTTTGTAACACAACGCTCTCACGTCATCCAGCAGGCTATTCGCCAAGCAGCTGG 2200
Query 1908 AGATATGAGGCTCATGAACCCTGTTTCTTTAGTTGAGAACCACTCTGCTTGCAGGACAAA 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2201 AGATATGAGGCTCATGAACCCTGTTTCTTTAGTTGAGAATCACTCAGCTTGCAGGACTAA 2260
Query 1968 TCGGGCAGGCCAGAGAGTATTACCTAATGGCCAAGTGTGGAAGCCTCATTTGTTATTACT 2027
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2261 TCGGGCAGGCCAGAGAGTATTACCAAATGGCCAAGTGTGGAAGCCACATTTGTTGTTACT 2320
Query 2028 CTCATTTGCATCCAAGATTCTTGCCGAAGCAAATGCTCTTCTGAAATTACAAGATAATAT 2087
|||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2321 CTCATTTGCATCTAAGATTCTAGCAGAAGCAAATGCTCTTTTGAAGTTACAAGATAATAT 2380
Query 2088 TCCAGGGGGACAATTTGCAACTCGGTCCAAGGCTCCGCCACTACCATTGCTCCTCTCATC 2147
||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 2381 TCCAGGGAGACCATTTGCAGCTCGTTCCAAGGCTCCGCCATTACCATTTCTCCTATCATC 2440
Query 2148 GCTTCTGCAATCAAGACCACAAGCTAAGCTTCCTGAGCAACAGTACGATGATGAAGACGA 2207
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2441 GCTTCTGCAATCAAGACCACAACCTAAGCTTCCTGAACAACAGTATGGTGATGAAGAAGA 2500
Query 2208 TGAAGATGATTTAGACGAATCATCAGATTCTGAGGAAGAATCAGAGTATGATGAGCTTCC 2267
|||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2501 TGAAGATGATTTGGACGAATCATCAGATTCAGACGAAGAATCAGAGTATGATCAGCTTCC 2560
Query 2268 TCCCTTTAAGCGGTTGACTAAAGCAGAGATGACTA-AGCTTAGCAAATCTCAGAAGAAGG 2326
|||||||||| | ||||||||||| | ||| ||| | ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2561 TCCCTTTAAGAGTTTGACTAAAGCTCAAATGGCTACA-CTTAGTAAATCTCAGAAGAAGC 2619
Query 2327 AATATCTCGATGAGATGGAGTATCGGGAGAAACTATTTATGAAGA-GACAGATGAAAGAG 2385
| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| | || |||||||||
Sbjct 2620 AGTATCTCGATGAAATGGAGTACCGGGAGAAACTATTAATGAAGAAG-CAAATGAAAGAG 2678
Query 2386 GAAAGAAAGAGACGTAAGTTGTTGAAGAAATTTGCTGCTGAGATTAAAGATATGCCTAAC 2445
||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
Sbjct 2679 GAAAGAAAGCGACGTAAGATGTTTAAGAAATTTGCTGCAGAGATTAAAGATTTGCCTGAT 2738
Query 2446 GGGTATAGTGAAAATGTGGAAGAGGAGAGAAGTGAACCTGCATCTGTTCCAGTTCCAATG 2505
|||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2739 GGGTTTAGTGAAAATGTGGAAGAGGAGAGTGGTGGACCTGCATCAGTTCCAGTTCCCATG 2798
Query 2506 CCAGATTTATCTCTACCTGCATCTTTTGACTCTGACAATCCTACTCATCGGTACCGGTAC 2565
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||
Sbjct 2799 CCAGATTTATCTCTACCTGCGTCTTTTGACTCTGATAACCCTACTCACCGCTACCGCTAC 2858
Query 2566 CTTGATACCTCCAATCAATGGCTTGTTAGGCCAGTGCTGGAAACTCATGGGTGGGATCAT 2625
|||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 CTTGATTCCTCCAATCAGTGGCTTGTTAGGCCCGTTCTGGAAACTCATGGGTGGGATCAT 2918
Query 2626 GATATTGGTTATGAAGGTGTGAATGCGGAACGACTATTTGTTGTTAAAGACAAAATACCA 2685
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2919 GATATTGGTTATGAAGGTGTGAATGCAGAACGGCTCTTTGTTGTAAAAGACAAAATACCA 2978
Query 2686 GTATCTTTCTCTGGCCAAGTGACAAAGGACAAGAAGGATGCACATGTGCAGCTAGAATTG 2745
||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||
Sbjct 2979 ATATCTGTCTCAGGTCAAGTGACAAAGGACAAGAAGGATGCAAATGTGCAGCTGGAAATG 3038
Query 2746 GCCAGCTCGGTTAAACATGGAGAAGGTAGATCAACTTCCCTAGGTTTTGACATGCAAAAT 2805
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3039 GCCAGCTCGGTTAAACATGGAGAGGGTAAATCAACTTCCCTAGGTTTTGACATGCAAACT 3098
Query 2806 GCTGGGAAGGAATTAGCGTACACTATTCGAAGTGAAACAAGATTTAACAAGTTTAGGAAA 2865
| ||| |||||||| || || ||| ||||||| ||||| ||||||||||| || |||| |
Sbjct 3099 GTTGGAAAGGAATTGGCTTATACTCTTCGAAGCGAAACGAGATTTAACAACTTCAGGAGA 3158
Query 2866 AACAAAGCAGCAGCTGGTCTCTCTGTTACGCTCTTAGGTGATTCAGTTTCCGCGGGACTA 2925
|||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3159 AACAAAGCTGCAGCTGGTCTTTCTGTAACACTCTTGGGTGATTCAGTTTCTGCGGGGCTG 3218
Query 2926 AAAGTCGAAGATAAGTTGATTGCTAATAAACGGTTCAGGATGGTTATGTCAGGTGGAGCA 2985
||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3219 AAAGTTGAAGATAAGTTGATTGCTAGTAAATGGTTCAGAATGGTAATGTCTGGTGGAGCT 3278
Query 2986 ATGACTAGTCGTGGAGATGTTGCTTATGGTGGTACTTTAGAAGCTCAGTTTCGAGATAAA 3045
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3279 ATGACTAGTCGGGGAGATTTTGCTTATGGTGGTACTTTAGAAGCTCAGTTGAGAGATAAA 3338
Query 3046 GATTATCCGCTTGGTCGGTTTTT-ATCAACTCTTGGACTCTCTGTGATGGATTGGCATGG 3104
|||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 3339 GATTATCCGCTTGGCCGGTTTTTGA-CTACTCTTGGACTTTCTGTAATGGATTGGCACGG 3397
Query 3105 CGATCTTGCTATCGGAGGGAATATACAGTCTCAAGTACCCATTGGACGTTCCTCTAATCT 3164
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3398 TGATCTTGCTATCGGAGGGAACATACAGTCTCAGGTTCCCATTGGACGTTCCTCTAATTT 3457
Query 3165 CATTGCTCGTGCTAATCTGAATAACAGAGGAGCAGGGCAAGTAAGCATCCGCGTAAACAG 3224
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 3458 AATTGCTCGTGCTAATCTGAATAATAGAGGAGCAGGGCAAGTAAGTGTCCGTGTAAACAG 3517
Query 3225 CTCTGAGCAGCTTCAACTTGCTGTGGTTGCACTTGTTCCTCTGTTCAAGAAGCTTCTTAC 3284
||| |||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3518 CTCCGAGCAGCTCCAACTTGCTATGGTGGCAATTGTTCCTCTCTTCAAGAAGCTACTTAG 3577
Query 3285 TTATTATTCCCCTGAGCAAATGCAATATGGACACTGATGA-GTAACATTTA 3334
||||| || ||| | |||| |||||||||||| |||||| | ||||||||
Sbjct 3578 TTATTGTTACCC-G--CAAACGCAATATGGACAATGATGAAGAAACATTTA 3625
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131146396558
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5