BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16730.1
Length=2579
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929506 jgi|Araly1|929506|scaffold_301963.1 3391 0.0
Ahg913571 jgi|Araly1|913571|Al_scaffold_0001_3825 110 7e-23
> Ahg929506 jgi|Araly1|929506|scaffold_301963.1
Length=2093
Score = 3391 bits (1836), Expect = 0.0
Identities = 2009/2094 (96%), Gaps = 6/2094 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 284 TTCCGTGAGTCTTCACCGAGAATGACCAGTCACGGTGGCGG-GGAAGTCCGCGGCGAGAG 342
||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1 TTCCGTGAGCCTCCACCGAGAATGACGAGTCACGGTGGCGGTGG-AGTCCGCGGCGAGAG 59
Query 343 GATTCATACAGTACAGCCGGAGAGGGATTTGGTGGCTAATTGGGAAGTTGATTTGTCGGA 402
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GATTCATACAGTACAGCCGGAGAGAGATTTGGTGGCTAATTGGGAAGTTGATTTGTCGGA 119
Query 403 GAAGCTAGAAGAGTACCTCCTCAAAATTTGTTCCGGAGAAATCACTGGAAATGAAGAAGA 462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 GAAGCTAGAAGAGTACCTCCTCAAAATTTGTTCCGGAGAAATCACTGGGAATGAAGAAGA 179
Query 463 TGGGCAAATTCCTGTGAATTTCGCTGAAGCTGCTTTGCTGCTTCAGGGTTCGGTTCAGGT 522
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGAGCAAATTCCTGTGAATTTCGCTGAAGCTGCTTTGCTGCTTCAGGGTTCGGTTCAGGT 239
Query 523 TTACAGCAAGAAAGTTGAGTACTTGTATAATTTAGTTCTACGTACGTTGGAGTTTCTATC 582
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTACAGCAAGAAAGTTGAGTACTTGTACAATTTAGTTCTACGTACGTTGGAGTTTCTATC 299
Query 583 GAAGCAAAGAGACCAGGAACAGTCTAAAGGTACATCAAATGAGAATGAGGCAAGCTCCTC 642
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 300 GAAGCAAAGAGACCAGGAACAGTCCAAAGGTACATCAAACGAGGCTGAGGCAAGCTCCTC 359
Query 643 ACGTCAGGTTGATGAAGAAGAAAATGATCTCTTCTGGAATGTAGATGACATCCCAGTGGA 702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACGTCAGGTTGATGAAGAAGAAAATGATCTCTTCTGGAATGTAGATGACATCCCAGTGGA 419
Query 703 CACAAAGAATAGATTGGACAGTTCGGTTGGCGGAGATACTTGTCCAAGTCAATTTGTCAA 762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 420 CACAAAGAATAGATTGGACAGTTCGGTTGGCGGAGATACCTGCCCAAGTCAATTTGTTAA 479
Query 763 GCCTCCAGCGAATCTAGTTGTTCTTGAAGGTGACTGTTTGGATACTAGTGGTGACGGAGG 822
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GCCTCCGGCAAATCTAGTTGTTCTTGAAGGTGACTGTTTAGATACTAGTGGTGACGGAGG 539
Query 823 AGAATTGGAATCCTATCTGTTGGCAACTACACATCTCTACCGGGATTTTATACTATTAGA 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 540 AGAATTGGAATCCTATCTGTTGGCAACTACACATCTCTACCGGGATTTTATTCTATTAGA 599
Query 883 CCCATGTGATGCTGTAGCGGTGAATGAATTTTTAGGTGATAACTATGGTGGTAAAGGAAG 942
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 600 TCCATGTGATGCTGTAGCGGTGAATGAATTCTTAGGTGATGACTATGCTGGTAAAGGAAA 659
Query 943 GAACAGTGCCCACAGAGGCAGCTCAGTTCGTAAAAGCTTTCACTCATCTGTTGGACGTTC 1002
||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 GAACAATGCTCACAGAGGTAGCTCAGTTCGTAAAAGTTTTCACTCATCTGTGGGACGTTC 719
Query 1003 TGGAGGAAGTGCTCGTAAGTCATCTGTGGGAAAGAATCAGGGCACCAATGTCCACTTGTC 1062
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 720 TGGAGGTAGTGCTCGTAAGTCATCTGTGGGAAAGAATCAGGGCACCAATGTCAACTTGTC 779
Query 1063 CCCAATATGTGGGAATGGTCCCAATGATCAAAATTGTGACCAAGGGTCTCAGCCTCCTGT 1122
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CCCAATATGTGGGAATGGTCCCAATGTTCAAAATTGTGACCAAGGGTCTCAGCCTCCTGT 839
Query 1123 TTTTGAAGACAATGATCATGGTTTTGACATGGATAATGAATATGGAGGAGCCATGGATTT 1182
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 840 TTTTGGAGACAATGATCATGGTTTTGACATGGATAATGAATATGGAGGAACCATGGATTT 899
Query 1183 TAGTGATACAGATGCTGACGAAGATGATCCGTGGAAGCCATTGAATCCCTATGAACCAGG 1242
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TAGTGATACAGATGCTGATGAAGATGATCCGTGGAAGCCATTGAATCCCTATGAACCAGG 959
Query 1243 GAAGTTGAAAGTGAAGCCTTTCaaaaaagtaaaaattttaaaaaaGATTGGATGGAGCAT 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 960 GAAGTTGAAAGTGAAGCCTTTCAAAAAAGTAAAAAATTTCAAAAAGATTGGCTGGAGCAT 1019
Query 1303 TACCAAGGACCATATGACTTCCATGTTCCCTCTCGCTAGACCAAACGGTCCCATCAGTTC 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1020 TACCAAGGACCATATGACTTCCATGTTCCCTCTCGCTAGACCAGACGGTCCCATCAGTTC 1079
Query 1363 AGAGCTTATTGAAATTTGGAAAATGCACGGTTGTGCTAGTAAAGACGAGCAAGCATCACA 1422
|||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1080 GGAGCTTATTGGAATTTGGAAGATACACGTTTGTGCTAGTAAAGGCGAGCAAGAATCACA 1139
Query 1423 AGACA-TCCCTTATTACGAGAAGCTTCGAGAGATGCTTGTGAATGGAGGAAACCAACCTT 1481
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGACATTCCC-TATTACGAGAAGCTTCGAGAGATGCTTGTGAATGGAGGAAACCAACCTT 1198
Query 1482 GTGGTGCTAACGGCAATTACAATGACAATGACAAGGATAACCATGATGAAGCCAATAATG 1541
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1199 GTGGTGCTAACGGCAATTACAAGGACAATGATAAGGATAACCATGAGGAAGCCAATAATG 1258
Query 1542 GCGACTTCCATGATTTTGGGGAGCATGATGGTGATGATGCAGAACATCCGTTCATGGATG 1601
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1259 GCGACTTCCATGATTGTGGAGAGCATGATGGTGATGATGCAGAACATCCCTTCATGGATG 1318
Query 1602 AAGATGTTCTCAATATGAATGATGGTGGAGCTGCCGAGTTTCACAACTACGATGGATTTG 1661
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1319 AAGATGTTCTCAATATGAATGATGGTGGAGCTGCTGAGTTTCACAACTATGATGGATTTG 1378
Query 1662 AAAACGGCGAATCAAATTGTCAAGAAAGCTTGGAAGATCTCTGCCGCTCACACCTGGATG 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AAAACGGCGAATCAAATTGTCAAGAAAGCTTGGAAGATCTCTGCCGCTCACACCTGGATG 1438
Query 1722 CTCTTCTCGCTAACATAGCTAAAAGTGAGAAGCAAACAGATCTGGCTGCTCGTGTTTCAA 1781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 CTCTTCTCGCTAACATAGCTAAAAGTGAGAAGCAAACAGATCTGGCTGCTCGGGTTTCAA 1498
Query 1782 CGTGGAAACAGAAAATTGAGCAAAACCTAGAAGAACAAGAGCTACACCCTCCTTTCGACA 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1499 CGTGGAAACAGAAAATTGAGCAAAACCTAGAAGAACAAGAGCTACACCCTCCTTTTGACA 1558
Query 1842 TTCAAGAATATGGAGATAGGATTATTAACAAACTGACTGTTGAAGAGAGCGGAAACGTCG 1901
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCAAGAATATGGAGAAAGGATTATTAACAAACTGACAGTTGAAGAGAGCGGAAACGTCG 1618
Query 1902 AGACCTTTACTGATCTTATGAAAGACCAAGAAAAGCACGAGGTAGCTCGGGCCTTCTCTG 1961
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGACCTTTACCGATCTTATGAAAGACCAAGAAAAGCACGAGGTAGCTCGGGCCTTCTCTG 1678
Query 1962 CGCTTCTCCAGTTGGTGAACAATGGAGACGTTGATCTGGAAAAACCTGGGAACTCCACAA 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CGCTTCTCCAGTTGGTGAACAATGGAGACGTTGATCTGGAAAAACCTGGGAACTCCACAA 1738
Query 2022 ACGAACCAATGTGTTATACAGCGGTTAAACCGTTCAGTGTTCGGTTGCTCAAAGTTCATA 2081
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1739 ACGAACCAATGTGTTATACAGCGGTTAAACCTTTCAGTGTTCGGTTGCTCAAAGATCATA 1798
Query 2082 ACAGGAAGAATGAGAAAAGAGGGATACATTTACCCCAAAAACGAGCTAAGTCCCCAATAA 2141
| || |||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1799 ATAGAAAGAATGAGAAAAGTGCGATGCATTTACCCCAGAAACGAGCTAAGTCTCCAATAA 1858
Query 2142 CCAAAGGCAAATCTCACGAGTCACCACCACCTAAGAAGCGAAACACATGTTCTGTCTCAA 2201
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CCAAAGGCAAATCTCACGAGTCACCACCACCAAAGAAGCCAAACACATGTTCTGTCTCAA 1918
Query 2202 GCCAGACTCGGAAAGTCTCGCTAAAGATCTCAAAGATCAACGGTGTTGGTGTAAGATGCA 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1919 GCCAGACTCGGAAAGTCTCGCTAAAGATCTCAAAGATCAACAGTGTTGGCACGAGATGCA 1978
Query 2262 CACCAAACAGTAAGAAGAGACGGAAAGG-TCGATCTGACGATGTAACTGAGGTAACTGAA 2320
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1979 CACCAAACAGTAAGAAGAGACG-AAAGGGTCGATCTGAAGATGTAGCTGAGGTAACTGAA 2037
Query 2321 GTTGCTTCAATCGAAAAATCTTTGGGGAAATTGTGACTACTCAAATTAGATTGT 2374
||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GTTTCTTCAATCGGAAAGTCTTTGGGGAAATTGTGACTACTCAAATTAGATTGT 2091
> Ahg913571 jgi|Araly1|913571|Al_scaffold_0001_3825
Length=378
Score = 110 bits (59), Expect = 7e-23
Identities = 81/92 (88%), Gaps = 0/92 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 328 AGTCCGCGGCGAGAGGATTCATACAGTACAGCCGGAGAGGGATTTGGTGGCTAATTGGGA 387
||| |||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 102 AGTTCGCGGCGAGAGGATCCACACGGTACAGCTGGAGAGGGATTCAATGACTAATTGGGA 43
Query 388 AGTTGATTTGTCGGAGAAGCTAGAAGAGTACC 419
|||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 42 AGTTGATTTGTCGGAGAATCTAGAAGAATACC 11
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97244395485
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5