BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G16785.1
Length=3865
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929511 jgi|Araly1|929511|scaffold_301968.1 5638 0.0
> Ahg929511 jgi|Araly1|929511|scaffold_301968.1
Length=3335
Score = 5638 bits (3053), Expect = 0.0
Identities = 3244/3337 (97%), Gaps = 9/3337 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 GTTTGAAGAGATCAGAGAAATGGCATCTGAGCAGTTGATGTCTCCCGCCAGTGGTGGT-- 286
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 GTTTGCAGAGATCAGA-AAATGGCATCTGAGCAGTTGATGTCTCCCGCCAGTGGTGGTGG 61
Query 287 -GGACGCTACTTTCAGATGCAGCCTGAGCAATTTCCTTCGATGGTCTCTTCGCTCTTCTC 345
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || ||
Sbjct 62 AGGACGCTACTTTCAGATGCAGCCTGAGCAGTTTCCTTCCATGGTCTCTTCGTTGTTTTC 121
Query 346 -TTTCGCGCCGGCTCCTACGCAGGAGACTAATCGTATTTTTGAAGAATTACCAAAAGCAG 404
||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 122 GTTT-GCGCCGGCTCCTACGCAGGAGTCTAATCGCATATTTGAAGAATTACCCAAAGCAG 180
Query 405 TGATCGTCTCTGTCTCTCGCCCTGATGCCGGCGATATTAGCCCTGTACTCTTGTCTTACA 464
| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTATCGTCTCTGTCTCTCGGCCTGATGCTGGCGATATTAGCCCTGTACTCTTGTCTTACA 240
Query 465 CCATTGAGTGCCAATACAAGCAGTTCAAGTGGCAGCTTGTGAAGAAAGCATCTCAAGTCT 524
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 CCATTGAGTGCCAATACAAGCAGTTCAAGTGGCAACTTGTGAAGAAAGCATCTCAAGTAT 300
Query 525 TTTATTTGCATTTTGCATTGAAGAAACGTGCTTTTATTGAAGAAATTCACGAGAAGCAGG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTTATTTGCATTTTGCATTGAAGAAACGTGCTTTTATTGAAGAAATTCACGAGAAGCAGG 360
Query 585 AACAGGTTAAAGAATGGCTTCAAAATCTAGGAATAGGGGATCATCCACCCGTTGTGCAAG 644
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 AACAGGTTAAAGAATGGCTTCAAAATCTAGGAATAGGGGATCATGCACCCGTTGTGCAAG 420
Query 645 ATGAAGATGCTGATGAAGTTCCGCTACATCAAGATGAAAGTGCCAAAAATAGAGATGTTC 704
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGAAGATGCTGATGAAGTTCCTCTACATCAAGATGAGAGTGCCAAAAATAGAGATGTTC 480
Query 705 CTTCGAGCGCTGCTTTGCCAGTCATTCGTCCTTTGGGAAGACAGCAGTCCATATCAGTTA 764
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 481 CCTCAAGCGCTGCTTTGCCAGTCATTCGTCCTTTGGGAAGACAGCAGTCCATATCAGTCA 540
Query 765 GAGGAAAGCATGCAATGCAAGAATATCTGAATCATTTTCTGGGGAATCTTGATATCGTCA 824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 541 GAGGAAAGCATGCAATGCAAGAATATCTGAATCATTTTCTAGGGAATCTTGATATTGTCA 600
Query 825 ATTCACGGGAGGTTTGCAGGTTTTTGGAGGTTTCGATGTTGTCATTCTCACCAGAGTATG 884
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTCACGGGAGGTTTGCAGGTTTTTGGAGGTCTCGATGTTGTCATTCTCACCAGAGTATG 660
Query 885 GGCCCAAATTGAAAGAAGACTATATCATGGTAAAACATCTACCGAAGTTTTCAAAGAGTG 944
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 661 GGCCCAAATTGAAAGAAGACTATATTATGGTAAAACATCTACCGAAATTTTCAAAGAGTG 720
Query 945 ATGATGATTCTAATAGATGTTGTGGGTGCTGTTGGTTCTGTTGCTGCAACGATAATTGGC 1004
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATGATGATTCTAATAGATGCTGTGGATGCTGTTGGTTCTGTTGCTGCAACGATAATTGGC 780
Query 1005 AAAAGGTGTGGGGGGTACTAAAGCCAGGTTTTCTCGCCTTATTGGAAGATCCATTTGATG 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAAAGGTGTGGGGGGTACTAAAGCCAGGTTTTCTCGCGTTATTGGAAGATCCATTTGATG 840
Query 1065 CGAAGCTATTAGATATAATTGTTTTTGATGTCCTACCAGTTTCTAATGGAAATGATGGTG 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGAAGCTATTAGATATAATTGTTTTTGATGTCCTGCCAGTTTCTAATGGAAATGATGGTG 900
Query 1125 TGGATATATCACTAGCAGTAGAACTGAAGGATCATAATCCTTTGCGGCATGCATTCAAGG 1184
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGGATGTATCACTAGCAGTAGAACTGAAGGATCATAATCCTTTGCGGCATGCATTCAAGG 960
Query 1185 TAACATCTGGAAACCGGAGTATAAGAATAAGGGCAAAGAATAGTGCAAAAGTTAAAGATT 1244
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TAACATCTGGAAACAGGAGTATAAGAATAAGGGCAAAGAGTAGTGCAAAAGTTAAAGATT 1020
Query 1245 GGGTGGCTTCTATTAACGATGCTGCTCTTAGACCTCCTGAGGGTTGGTGCCATCCCCATC 1304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 GGGTGGCTTCTATTAACGATGCTGCTCTTAGACCTCCTGAGGGTTGGTGTCATCCCCATC 1080
Query 1305 GCTTTGGCTCATATGCTCCGCCGAGGGGTTTGACGGATGACGGAAGTCAAGCCCAGTGGT 1364
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTTTGGCTCATATGCTCCACCGAGGGGTTTGACAGATGACGGAAGTCAAGCCCAGTGGT 1140
Query 1365 TTGTAGATGGTGGAGCAGCTTTTGCAGCCATTGCTGCAGCGATTGAAAATGCTAAATCTG 1424
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTGTAGATGGTGGGGCAGCTTTTGCAGCCATTGCTGCAGCGATTGAAAATGCTAAATCTG 1200
Query 1425 AGATTTTCATCTGTGGCTGGTGGGTGTGCCCAGAACTCTATCTTAGGCGTCCTTTTGACC 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1201 AGATTTTCATCTGTGGCTGGTGGGTGTGCCCAGAACTCTATCTTAGGCGCCCTTTTGACC 1260
Query 1485 CGCATACTTCATCCAGACTTGATAACT-TGTTGGAGAATAAAGCTAAGCAAGGAGTTCAG 1543
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CGCATACTTCATCCAGACTTGATAA-TATGTTGGAGAATAAAGCTAAGCAAGGAGTTCAG 1319
Query 1544 ATATACATCCTTATCTACAAGGAGGTTGCTCTTGCTTTAAAGATCAACAGTGTATATAGC 1603
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 ATATACATCCTTCTCTACAAGGAGGTTGCTCTTGCTTTAAAGATCAACAGTGTATATAGC 1379
Query 1604 AAACGCAGGCTTCTTGGCATTCATGAGAATGTGCGGGTACTTCGTTATCCTGATCATTTC 1663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAACGCAGGCTTCTTGGCATTCATGAGAATGTGCGGGTACTTCGTTATCCTGATCATTTC 1439
Query 1664 TCAAGTGGTGTCTACCTCTGGTCTCACCATGAAAAACTCGTCATCGTCGATAATCAGGTT 1723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TCAAGTGGTGTCTACCTCTGGTCTCACCATGAAAAACTCGTCATCGTCGATAATCAGGTT 1499
Query 1724 TGCTTTATCGGAGGGCTAGACTTGTGTTTTGGCCGATATGACACGTTTGAACATAAAGTT 1783
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGCTTTATTGGAGGGCTAGACTTGTGTTTTGGCCGGTATGACACGTTTGAACATAAAGTT 1559
Query 1784 GGAGATAACCCTTCTGTGACATGGCCTGGAAAGGACTATTACAACCCCAGAGAGTCTGAA 1843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGAGATAACCCTTCTGTGACATGGCCTGGAAAGGACTATTACAACCCCAGAGAGTCTGAA 1619
Query 1844 CCCAATACTTGGGAGGATGCTCTGAAAGATGAATTAGAGCGTAAAAAGCATCCACGGATG 1903
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CCCAATACTTGGGAGGATGCTCTGAAAGATGAATTAAACCGTAAAAAGCATCCACGGATG 1679
Query 1904 CCTTGGCATGATGTGCATTGTGCTTTATGGGGACCACCTTGCCGTGATGTGGCTAGGCAC 1963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1680 CCTTGGCATGATGTGCATTGTGCTTTATGGGGACCACCTTGCCGTGACGTGGCTAGGCAC 1739
Query 1964 TTTGTTCAACGCTGGAACTATGCTAAGAGAAACAAAGCACCATATGAGGATTCAATTCCG 2023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TTTGTTCAACGCTGGAACTATGCTAAGAGAAACAAAGCACCATATGAGGATTCAATTCCG 1799
Query 2024 CTTCTTATGCCTCAACATCACATGGTTATACCCCACTACATGGGAAGGCAAGAGGAGTCA 2083
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTTCTTATGCCTCAGCATCACATGGTAATACCCCACTACATGGGAAGGCAAGAGGAGTCA 1859
Query 2084 GACATTGAAAGCAAGAAAGAGGAAGACAGTATTAGAGGGATTAGAAGAGATGATTCATTT 2143
||| |||| ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GACCCTGAATCCAAGAAAGACGAAGAGAGCATTAAAGGGATTAGAAGAGATGATTCATTT 1919
Query 2144 TCTTCTAGATCATCTTTGCAGGACATTCCATTACTTTTGCCTCACGAACCAGTTGATCAG 2203
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1920 TCTTCTAGATCATCTTTGCAGGACATTCCATTACTTTTGCCTCAAGAACCCGTTGATCAG 1979
Query 2204 GATGGTTCGAGTGGGGGGCATAAAGAAAATGGAACAAACAACAGAAATGGTCCTTTCTCT 2263
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GATGGTTCGAGTAGGGGGCATAAAGAAAATGGAACAAACAATAGAAATGGTCCTTTCTCT 2039
Query 2264 TTCCGGAAATCAAAAATTGAACCAGTTGATGGAGATACTCCTATGAGGGGCTTTGTAGAT 2323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TTCCGGAAATCAAAAATTGAACCAGTTGATGGAGATACTCCTATGAGGGGCTTTGTAGAT 2099
Query 2324 GATCGTAATGGGCTAGATCTTCCAGTAGCAAAGCGTGGTTCTAATGCAATAGATTCAGAG 2383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GATCGTAATGGGCTAGATCTTCCAGTAGCAAAGCGTGGTTCTAATGCAATAGATTCAGAG 2159
Query 2384 TGGTGGGAAACACAAGATCATGATTATCAGGTTGGGTCGCCAGATGAGACTGGGCAAGTC 2443
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2160 TGGTGGGAAACACAAGAACATGATTATCAGGTTGGGTCGCCAGATGAGACAGGGCAAGTC 2219
Query 2444 GGTCCGAGAACTTCATGCCGCTGTCAGATTATACGAAGTGTCAGTCAGTGGTCTGCCGGT 2503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GGTCCGAGAACTTCATGCCGCTGTCAGATTATACGAAGTGTCAGTCAGTGGTCTGCCGGT 2279
Query 2504 ACAAGCCAAGTTGAAGAGAGTATCCATTCTGCTTACCGTTCTCTCATTGACAAAGCTGAA 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 ACAAGCCAAGTTGAAGAGAGTATCCATTCTGCTTACCGTTCTCTCATTGACAAAGCTGAA 2339
Query 2564 CATTTTATCTACATTGAGAATCAGTTTTTCATATCAGGCCTTTCTGGAGATGACACAGTA 2623
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2340 CATTTTATCTACATCGAGAATCAGTTTTTCATATCAGGCCTTTCTGGAGATGACACAATA 2399
Query 2624 AAGAACCGTGTCTTAGAAGCATTGTACAAGAGGATTTTGCGTGCCCATAACGAGAAGAAA 2683
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 AAGAACCGTGTCTTGGAAGCATTGTACAAGAGGATTTTGCGTGCCCATAACGAGAAGAAA 2459
Query 2684 ATTTTCAGGGTTGTTGTTGTTATACCTCTCCTCCCCGGTTTCCAGGGAGGTATTGACGAC 2743
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AGTTTCAGGGTTGTTGTTGTTATACCTCTTCTCCCAGGTTTCCAGGGAGGTATTGACGAC 2519
Query 2744 AGTGGTGCAGCATCTGTTAGAGCCATAATGCATTGGCAGTATCGAACCATATACAGAGGA 2803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGTGGTGCAGCATCTGTTAGAGCCATAATGCATTGGCAGTATCGAACCATATACAGAGGA 2579
Query 2804 CATAACTCAATATTGACTAATCTTTACAATACTATTGGCGTAAAGGCTCATGATTATATT 2863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2580 CATAACTCAATATTGACTAATCTTTACAATACTATTGGCGCAAAGGCTCATGATTATATT 2639
Query 2864 TCCTTCTATGGCCTTAGGGCATATGGTAAACTTTCTGAGGATGGACCTGTCGCCACTAGT 2923
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2640 TCCTTCTATGGCCTTAGGGCATATGGTAAACTTTCTGAGGATGGACCTGTAGCCACTAGT 2699
Query 2924 CAGGTGTATGTTCACAGTAAAATCATGATAGTTGATGACCGTGCTGCATTGATTGGATCT 2983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2700 CAGGTGTATGTTCACAGTAAAATCATGATAGTTGATGACCGTGCCGCATTGATTGGATCT 2759
Query 2984 GCCAATATTAACGACCGGAGTTTGCTTGGCTCAAGAGATTCTGAGATTGGAGTACTAATC 3043
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2760 GCCAATATCAACGACCGGAGTTTACTTGGCTCAAGGGATTCTGAGATTGGGGTACTAATA 2819
Query 3044 GAAGACACAGAGTTAGTAGATTCTCGCATGGCAGGAAAACCATGGAAGGCTGGAAAATTT 3103
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 GAAGACACAGAGTTCGTAGATTCTCGCATGGCAGGAAAACCATGGAAGGCTGGAAAATTT 2879
Query 3104 TCTTCAAGTCTTAGGCTCTCTTTGTGGTCCGAACACCTTGGACTTCGTACTGGAGAGATC 3163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 TCTTCAAGTCTTAGGCTCTCTTTGTGGTCCGAACACCTTGGACTTCGTACTGGAGAGATC 2939
Query 3164 GACCAGATTATTGATCCCGTCTCTGATTCAACCTACAAGGAGATATGGATGGCAACCGCA 3223
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 GACCAGATTATTGATCCAGTCTCTGATTCAACCTACAAGGAGATATGGATGGCAACCGCA 2999
Query 3224 AAGACAAACACAATGATATACCAGGATGTCTTCTCTTGTGTGCCCAATGATCTCATCCAT 3283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 AAGACAAACACAATGATATACCAGGATGTCTTCTCTTGTGTGCCCAATGATCTCATCCAT 3059
Query 3284 TCAAGAATGGCCTTCAGACAAAGCCTATCGTATTGGAAAGAGAAGCTGGGACACACAACG 3343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3060 TCAAGAATGGCCTTCAGACAAAGCCTATCGTATTGGAAAGAGAAACTGGGACACACAACG 3119
Query 3344 ATCGATTTGGGAATAGCACCAGAGAAGCTGGAGTCTTACCACAATGGAGACATCAAGAGA 3403
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 ATCGATTTGGGAATAGCACCCGAGCAGCTGGAGTCTTACCACAATGGAGACATCAAGAGA 3179
Query 3404 AGCGATCCAATGGACAGACTAAAGGCGATAAAAGGACATCTCGTCTCTTTCCCTTTAGAT 3463
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 AGCGATCCAATGGACAGACTAAAGTCGATAAAGGGACATCTCGTCTCTTTCCCTTTAGAT 3239
Query 3464 TTCATGTGCAAAGAAGATCTAAGACCGGTCTTCAATGAGAGTGAATACTACGCCTCCCCT 3523
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 TTCATGTGTAAAGAAGATCTAAGACCGGTATTCAATGAGAGTGAATACTACGCCTCCCCT 3299
Query 3524 CAAGTCTTCCATTGAGATCATTACATCAATTCTTGAC 3560
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3300 CAAGTCTTCCATTGAGATCAG-ACATCAATTCTTGAC 3335
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146064965174
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5