BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G17205.1
Length=3717
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479191 jgi|Araly1|479191|fgenesh2_kg.3__1892__AT3G17205.1 5686 0.0
Ahg359773 jgi|Araly1|359773|fgenesh1_pg.C_scaffold_947000001 843 0.0
> Ahg479191 jgi|Araly1|479191|fgenesh2_kg.3__1892__AT3G17205.1
Length=3655
Score = 5686 bits (3079), Expect = 0.0
Identities = 3506/3701 (95%), Gaps = 73/3701 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CAGAAATTTTTGCTTCTGTTTGATTTTGTTTTTG----CCCCTTTGCACACATATCATCC 62
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||
Sbjct 3 CAGAAATTTTAGCTTCTGTTTGATTTTGTTTTTGTTTTTTCCTTTGCACGCAAATCATCC 62
Query 63 AAATTCGTTATCATTTTTCACCTTTGAAAGAATCTATCTCCTTGCTCTGT-TATCTCCAG 121
|||||| | | |||||| |||| ||| | | | ||| | |||||||||
Sbjct 63 AAATTC--T-TGATTTTT---CTTT------ATC-A-C-CTTTGAAGAATCTATCTCCAG 107
Query 122 TTCTAGGGCAT-ACGCCGATCACATCCCTAGCTCCTTTTGGCTCTAAT---A----ATAC 173
||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||
Sbjct 108 TTCTAGGGCATAACGCCGATCACATCCCTAGCTTCTTTTGGCTCCAATCGCAGCGGATAC 167
Query 174 AGTAATCTTAGGTTTTCGGGGAGTGAATCGTGTATTGGTATTCTAGTTTTAGCTCAAGAA 233
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 168 AGTAATCTTAGGTTTTCGGGCAGAGAATCGTGTATTGGTATTCTAGGTTTAGCTCAACAA 227
Query 234 CATGTTTTTCTCCGGCGATCCTTCGACTCGGAAGCGAGTTGATTTAGGTGGCCGGAGCAC 293
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 CATGTTTTTCTCCGGCGATCCGTCGACTCGGAAGCGAGTTGATTTAGGTGGCCGGAGCAC 287
Query 294 CAAGGAGAGAGATGCTCGGAAGCTTCTCGAGCAGACTAGAATGGAGCGTAATCGTCGGTT 353
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 288 CAAGGAAAGAGATGCTCGGAAGCTTCTGGAGCAGACTAGAATGGAGCGTAATCGTCGCTT 347
Query 354 ACTACAGAAGCAGCAGAACTCTGCTGCTCTCAAAATTCAGAAATTCTTTAGAGGTCGAAG 413
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 GCTACAGAAGCAGCAGAACTCTGCTGCTCTCAAAATTCAGAAATTCTTTAGAGGTCGAAG 407
Query 414 ATCAATGGCCATTGAGCGCTCGAAGGTGCGGCATGATTTCTGTGAAACCTATGGGAATAA 473
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 ATCAATGGCCAGTGAGCGCTCGAAGGTGCGGCATGATTTCTGTGAAACCTATGGGAATAA 467
Query 474 TTGCCAGAATGTTGATAGACATTGCTTTGAGCCAGGTTCAAGTTTCCTCCGGCAGTTTCT 533
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TTGCCAGAATGTCGATAGACATTGCTTTGAGCCAGGCTCAAGTTTCCTCCGGCAGTTTCT 527
Query 534 GttttttttCAAGGCACAAAACTCGGGAGATTTTGTGATACTTGTGGAGACTTGTCGTCT 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GTTTTTTTTCAAGGCACAAAACTCGGGAGATTTTGTGATACTTGTGGAGACTTGTCGTCT 587
Query 594 ACTGCAGAGTTTCGTTGACAGCAGTGGTGACATTGTCAGCCTTTTTTCTGGCTTGGACTA 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 ACTGCAGAGTTTCGTTGACAGCAGTGGTGACATTGTCAGCCTTTTTTCTGGCTTGGACTA 647
Query 654 TTCTTCTGAGCATAATTTGGTGGATTTTAGAGTAAAGAAACTTGCATTTACCTGTATCGA 713
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 648 TTCCTCTGAGCATAATTTGGTGGATTTTAGAGTAAAGAAACTTGCATTTACCTGTATTGA 707
Query 714 GGCGATACACCAGAATAGGAACCGTTTAAGGGATCAGCTCTTAGTTACTCCTGAAGAAGC 773
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 AGCTATACACCAGAATAGGAACCGTTTAAGGGATCAGCTCTTAGTTACTCCTGAAGAAGC 767
Query 774 TAGCATTTCAACAGCTATCTTGATGGAGGCAGTTTCGTTGTTGCTAGATCCTAAGCTGCC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 TAGCATTTCAACAGCTATCTTGATGGAGGCAGTGTCGTTGTTGCTAGATCCTAAGCTGCC 827
Query 834 TTGGGTCTGCAAAATAGTTAGTTATCTACAAAAAAGA-AAAGTATTCAAACTGGTCCGAG 892
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 828 TTGGGTCTGCAAAATAGTTAGTTATCTAC-ATAAAGAGAACGTATTCAAACTGGTCCGAG 886
Query 893 AAATGGTCACTACGGCTAAGGAAAGCCCAAGAGGTAAGACTATGACCGGCAACATCCTTT 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 887 AAATGGTCACTACGGCTAAGGAAAGCCCAAGAGGTCAGACAATGACCGGCAGCATCCTTT 946
Query 953 CACTAGAAAGAGTATTGATACTGATAGTACCACATATTGGCCGTGAGCCATGTTGCTGCA 1012
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 CACTAGAAAGAGTCTTGACACTGATAGTACCACATATTGGCCGTGAGCCATGTTGCTGCC 1006
Query 1013 CTGTTGTTGATCCACGTTGGAGTTTCTCATCTATGATTCTTACAATACCTTTGATATGGA 1072
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 CTGTTGTTGATCCACGTTGTAGTTTCTCATCTATGATTCTTACAATACCTTTGATATGGA 1066
Query 1073 AGCTCTTCCCAAACTTGAAAGTGGTATTTGCCAACCCGAGTCTAAGTCAACACTACATTC 1132
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 AGCTCTTCCCAAATTTGAAAGTGGTCTTTGCCAACCCAAGTCTAAGTCAACACTACATTC 1126
Query 1133 ACCAGATGGCTTCCTGTATTCAAAAGGATACCTGTGTTCTCCCAATGGAAACAAGCCCAG 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 ACCAGATGGCTTCCTGTATTCAAAAGGATACCTGTGTTCTCCCAATGGAAACAAGCCCAG 1186
Query 1193 AATTCCCTGGTTATGCTTGCCTACTTGGTAACACGTTGGACACTGCAAACGTGGTGTTGT 1252
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1187 AATTCCCTGGTTATGCTTGCCTGCTTGGTAATACGTTGGACACTGCAAATGTGGTGTTGT 1246
Query 1253 CACAGCCTGAATGTTCATTGGACATGGCAATTGACATTGCATTAGTTGCAACTTTCTTTT 1312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1247 CACAGCCTGAATGTTCATTGGACATGGCAATTGACATTGCATTAGTTGCAACTTTCTTAT 1306
Query 1313 TGGAGACACTTCCTCCTGTGAAATCATCAGAAGGAGAAAGTAGACAAG-GCTCTTCTGAT 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||
Sbjct 1307 TGGAGACACTTCCTCCTGTGAAATCATCAGAAAGAGAAAGCAGAC-AGAGCTCTTCTGAT 1365
Query 1372 GAGGATGATATGTTGATTGACGATGTACCAGGATTAGTCTTGAATAAGGCTCTGGAGCAG 1431
|||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||
Sbjct 1366 GAGGATGATATGCTAATTGACGATGTACCAGAATTAGTCTTGAATAGGGCACTTGAGCAG 1425
Query 1432 CAGATAACCAATGCTATAGACTCACGCTTTCTTCTGCAGTTAACAAATGTTTTGTTCCGT 1491
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1426 CAGATAACCAATGCTATAGACTCACGTTTTCTTCTGCAGTTAACAAATGTTTTGTTCCAT 1485
Query 1492 CAAGTTTCGCTTGGTATGCAGTCATATGACGAAGATAAAGAAGCATTAGCTATTGGCACA 1551
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 CAAGTTTCGCTTGGTACGCAGTCATATGACGAAGATAAAGAAGCATTAGCTATTGGCACA 1545
Query 1552 GCCAGTTCTTTTCTGTATGCAGCATTCAACACTCTCCCTCTTGAGCGGATCATGACAATT 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GCCAGTTCTTTTCTGTATGCAGCATTCAACACTCTCCCTCTTGAGCGGATCATGACAATT 1605
Query 1612 TTGGCTTATAGAACAGAGCTTGTAGCTGTGTTGTGGAATTATATGAAACGATGCCATGAG 1671
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TTGGCTTATAGGACCGAGCTTGTAGCTGTGTTGTGGAATTATATGAAACGATGCCATGAG 1665
Query 1672 AACCAGAAGTGGTCATCCATGCCTAAACTCCTAGCTTACCTTCCAGGGGATGCTCCCGGT 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1666 AACCAGAAGTGGTCATCCATGCCTAAACTCCTAGCTTACCTTCCAGGGGATGCTCCGGGT 1725
Query 1732 TGGCTGTTACCTCTGGTTGTTTTTTGTCCTGTTTATAAGCATATGCTTATGATAGTCGAC 1791
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 TGGCTATTACCTCTGGTTGTTTTTTGTCCTGTTTATAAGCATATGCTTATGATAGTCGAC 1785
Query 1792 AATGAGGAGTTTTATGAAAGAGAGAAGCCATTATCGCTACAAGATATCAGGTTGCTCATC 1851
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 AATGAGGAGTTTTATGAACGAGAGAAGCCATTATCGCTACAAGATATCAGGTTGCTCATC 1845
Query 1852 ATTATCCTTAAGCAGGCTTTATGGCAGTTACTGTGGGTGAATCCACTTACGCAACCTAAC 1911
||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 ATTATTCTTAAGCAAGCTTTATGGCAGTTACTATGGGTAAATCCACTTACGCAACCTAAC 1905
Query 1912 ACTGGGAAATCTGTCTCCAATGACCTCTCGAAGAAGAACCCTATTGAACTGATTCAGAAC 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1906 ACTGGGAAATCTGTCTCCAATGACCTCTCGAAGAAGAACCCTGTTGAATTGATTCAGAAC 1965
Query 1972 A-GGATGGGGATTGTAGTCTCTGAGTTACTTTCACAGTTGCAAGATTGGAACAACCGGAA 2030
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1966 AGGGTTGGGG-TTGTAGTCTCTGAGTTACTTTCACAGCTGCAAGATTGGAACAACCGGCA 2024
Query 2031 ACAATTCACTTCCTCAAGTGACTTCCAAGCAGATTCAGTCAATGAATATTTCATCTCTCA 2090
||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 ACAATTCACTTCCTCGAGTGACTTCCAAGCTGATACAGTCAATGAATATTTCATCTCTCA 2084
Query 2091 GGCCATAATGGAAGGAACGAGAGCCAACTACATACTGATGCAAGCTCCGTTCTTGATTCC 2150
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 GGCCATAGTGGAAGGAACGAGAGCCAACTACATACTGATGCAAGCTCCGTTCTTGATTCC 2144
Query 2151 GTTTACAAGCAGAGTCAAAATATTCACAACACAATTAGCAACGGCAAGGCAGAGTCATGG 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 GTTTACAAGCAGAGTCAAAATATTCACAACACAATTAGCAACGGCAAGGCAGAGTCATGG 2204
Query 2211 ATCGCAAGGAATTTTTGCTCGAAATCGGTTCAGAATACGAAGAGATCATATCTTGGAAGA 2270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 ATCGCAAGGAATTTTTGCTCGAAATCGGTTCAGAATACGAAGAGATCATATCTTGGAAGA 2264
Query 2271 TGCTTACAATCAAATGAGTGCGTTATCAGAGGATGATCTACGGAGCTCGATTCGTGTGAC 2330
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| |||||
Sbjct 2265 TGCTTACAATCAAATGAGTGCGTTGTCAGAGGATGATCTCCGGGGGTCGATTCGCGTGAC 2324
Query 2331 ATTTGTGAATGAACTCGGAGTTGAGGAAGCTGGTATTGATGGTGGTGGCATTTTCAAAGA 2390
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 ATTTGTCAATGAACTCGGAGTTGAGGAAGCTGGTATTGATGGTGGTGGCATTTTCAAAGA 2384
Query 2391 CTTCATGGAGAAAATTACCCGAGCAGCCTTTGATGTGCAATACGGGTTGTTTAAGGAGAC 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 CTTCATGGAGAAAATTACCCGAGCAGCCTTTGATGTGCAATACGGGTTGTTTAAGGAGAC 2444
Query 2451 CGCTGATCACATGCTTTATCCTAATCCTGGATCAGGAATGATACATGAACAGCATCTCCA 2510
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2445 GGCTGATCACATGCTTTATCCTAATCCTGGGTCAGGAATGATACATGACCAGCATCTCCA 2504
Query 2511 GTTCTTTCATTTTCTCGGCAGTCTCCTCGCAAAAGCTATGTTTGAAGGGATTCTTGTTGA 2570
|||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2505 GTTCTTTCATTTTCTCGGCAGTCTTCTTGCAAAAGCAATGTTTGAAGGGATTCTAGTTGA 2564
Query 2571 TATACCATTTGCAACGTTTTTCCTCAGCAAACTGAAACAAAAGTACAACTATTTGAACGA 2630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 TATACCATTTGCAACGTTTTTCCTCAGCAAACTGAAACAAAAGTACAACTATTTGAACGA 2624
Query 2631 TTTGCCTTCTCTGGATCCTGAGTTGTATAGGCACCTTATATTTCTGAAGCGTTATAAGGG 2690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 TTTGCCTTCTCTGGATCCTGAGTTGTATAGGCACCTTATATTTCTGAAGCGTTATAAGGG 2684
Query 2691 TGATATCTCAGACTTGGAGCTTTACTTTGTTATTTTGAATAATGAATATGGAGAGAGGAC 2750
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 TGATATCTCAGATTTGGAGCTTTACTTTGTTATTTTGAATAATGAATATGGAGAGAGGAC 2744
Query 2751 AGAGGAAGAGCTACTTCCAGGGGGCCAAGACATGCGAGTTACAAATGAGAATGTTATAAC 2810
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 AGAGGAAGAGCTACTTCCAGGGGGACAAGACATGCGAGTTACAAATGAGAATGTTATAAC 2804
Query 2811 TTTCATTCATCTGGTTTCCAATCATCGGTTAAATTTTCAGATACGCCAGCAGAGTTCTCA 2870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TTTCATTCATCTGGTTTCCAATCATCGGTTAAATTTTCAGATACGCCAGCAGAGTTCTCA 2864
Query 2871 TTTCTTGAGGGGGTTTCAGCAACTCATTCCGAAAG-AATGGATCGACATGTTCAATGAAC 2929
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2865 TTTCTTGAGGGGGTTTCAGCAACTCATTCC-AAAGGAATGGATCGACATGTTCAATGAGC 2923
Query 2930 ATGAGCTTCAGGTTCTCATATCTGGTTCAGTTGATAGTTTGGATATAGACGACTTGCGAA 2989
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2924 ATGAGCTTCAGGTTCTCATATCTGGTTCAGTTGACAGTTTGGATATTGACGACTTGCGAA 2983
Query 2990 ACAACACTAATTATGCTGGAGGCTACCACGCGGGACATTATGTGATCGATATGTTCTGGG 3049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 ACAACACTAATTATGCTGGAGGCTACCACGCGGGACATTATGTGATCGATATGTTCTGGG 3043
Query 3050 AAGTTATGAAAAGCTTCTCAACTGAAAACCAGAAGAAGTTCTTAAAGTTTGTGACAGGCT 3109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3044 AAGTTATGAAAAGCTTCTCAACTGAAAACCAGAAGAAGTTCTTAAAGTTTGTGACGGGCT 3103
Query 3110 GCTCACGAGGACCACTGCTGGGTTTCAAATACTTGGAACCTGCATTCTGCATACAGAGGG 3169
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3104 GTTCTCGAGGACCACTGCTCGGTTTCAAATACTTGGAACCTGCATTCTGCATACAGAGGG 3163
Query 3170 CTGCCGGTAGTGCGAGTAATGAATCAGTTGATAGACTACCGACATCAGCCACTTGTATGA 3229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 CTGCCGGTAGTGCGAGTAATGAATCAGTTGATAGACTACCGACATCAGCCACTTGTATGA 3223
Query 3230 ATCTTCTTAAGCTTCCGCCCTATCAAAGCAAAGAGCTACTTGAGACCAAATTGATGTACG 3289
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3224 ATCTTCTTAAGCTTCCGCCTTATCAAAGCAAAGAGCTACTTGAGACGAAATTGATGTACG 3283
Query 3290 CCATAAGCGCAGAAGCGGGTTTTGATCTGAGCTGATGGAATAGCTTCCTGCCTTAAACAC 3349
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | ||| ||
Sbjct 3284 CCATAAGCGCAGAAGCGGGTTTTGATCTGAGCTGA-G------C--C-T---TAAAAGAC 3330
Query 3350 AGACTT-CAATGGCCCCAAATTGACACCCTTTTTTCTAGCATTCCTCG-TTATGGTATAA 3407
|||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 3331 AGACTTGCA-TGGCCCCAAATTGACACCCTTTTATCTAGCGTTCCTTGGTTATGGTATAA 3389
Query 3408 ACCGGGTAACCTGTAGACTGAGGCAGGCTTGTTGGCTCTAAGCATCTAAGAGACGGATCT 3467
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3390 ACCGGTTA-CCTGTAGACTGAGGCAGGCTTGTTGGCTCTAAGCATCTAAGAGACGGATCT 3448
Query 3468 AGAAGGAGAACATGTAGTAGAGATTACTTGACTAATGGGTTTCATTTGCAGCTCT-CGGG 3526
|||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3449 AGAAGGGGAACATGTACTAGAGATTACTTAACTAATGGGTTTCATTTGCAGC-CTACGGG 3507
Query 3527 TATTCGCTTTCAAAAAGTGTGAC-aaaa-aaa-aaaaaGTGATTACAGGGAAGTCTTTAT 3583
|||||||||| ||||| |||| | |||| ||| ||||| | | |||| | || |
Sbjct 3508 TATTCGCTTTAAAAAA-TGTGTCCAAAACAAAGAAAAA---A--A-AGGGT-GA-TT-AC 3557
Query 3584 TTGGAAGCTCCTGAGAGTTAGTCTTGGGTTAAAAATTCAATAAAAGAAATGGTAAATAAG 3643
||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3558 GGGGAAG-TCTT-AGAGTTAGTATTGGGTTAAAAATTCAATAAAATAAATGGTAAATAAG 3615
Query 3644 ACTGGTCTCAAGA--GGAACTTAAATGCTGTAAATTATTTT 3682
|| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 3616 ACAGGTCTCAAGTTTGGAACTCAAATGCTGTAAATT-TTTT 3655
> Ahg359773 jgi|Araly1|359773|fgenesh1_pg.C_scaffold_947000001
Length=495
Score = 843 bits (456), Expect = 0.0
Identities = 484/497 (97%), Gaps = 4/497 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 418 ATGGCCATTGAGCGCTCGAAGGTGCGGCATGATTTCTGTGAAACCTATGGGAATAATTGC 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCCATTGAGCGCTCGAAGGTGCGGCATGATTTCTGTGAAACCTATGGGAATAATTGC 60
Query 478 CAGAATGTTGATAGACATTGCTTTGAGCCAGGTTCAAGTTTCCTCCGGCAGTTTCTGttt 537
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAGAATGTCGATAGACATTGCTTTGAGCCAGGCTCAAGTTTCCTCCGGCAGTTTCTGTTT 120
Query 538 tttttCAAGGCACAAAACTCGGGAGATTTTGTGATACTTGTGGAGACTTGTCGTCTACTG 597
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTTTCAAGGCACAAAACTCGGGAGATTTTTTGATACTTGTGGAGACTTGTCGTCTACTG 180
Query 598 CAGAGTTTCGTTGACAGCAGTGGTGACATTGTCAGCCTTTTTTCTGGCTTGGACTATT-C 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 CAGAGTTTCGTTGACAGCAGTGGTGACATTGTCAGCCTTTTTTCTGGCTTGGACTATTCC 240
Query 657 TTCTGAGCATAATTTGGTGGATTTTAGAGTAAAGAAACTTGCATTTACCTGTATCGAGGC 716
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 TT-TAAGCATAATTTGGTGGATTTTAGAGTAAAGAAACTTGCATTTACCTGTATCGAAGC 299
Query 717 GATACACCAGAATAGGAACCGTTTAAGGGATCAGCTCTTAGTTACTCCTGAAGAAGCTAG 776
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TATACACCAGAATAGGAACCGTTTAAGGGATCAGCTCTTAGTTACTCCTGAAGAAGCTAG 359
Query 777 CATTTCAACAGCTATCTTGATGGAGGCAGTTTCGTTGTTGCTAGATCCTAAGCTGCCTTG 836
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CATTTCAACAGCTATCTTGATGGAGGCAGTGTCGTTGTTGCTAGATCCTAAGCTGCCTTG 419
Query 837 GGTCTGCAAAATAGTTAGTTATCTACAAAAA-AGAAAAGTATTCAAACTGGTCCGAGAAA 895
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGTCTGCAAAATAGTTAGTTATCTACATAAAGAGAAC-GTATTCAAACTGGTCCGAGAAA 478
Query 896 TGGTCACTACGGCTAAG 912
|||||||||||||||||
Sbjct 479 TGGTCACTACGGCTAAG 495
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140432444370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5