BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G17310.2
Length=2641
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929581 jgi|Araly1|929581|scaffold_302038.1 3452 0.0
> Ahg929581 jgi|Araly1|929581|scaffold_302038.1
Length=2275
Score = 3452 bits (1869), Expect = 0.0
Identities = 2067/2163 (96%), Gaps = 11/2163 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 221 TGATATGCGTAGACGAAATGGAAGTGGAGGTTCCTCTAATCATGAAAGGAATGAGCAGAT 280
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 TGATTTGCGTAGACGAAATGGAAATGGAGGTTCCTCTAATCATGAAAGGAATGAGCAGAT 176
Query 281 ACTGTTTCCAAAACCAGAGACCTTGGACTTTGATTTGCCCTGCGACACCTCTTTCCCTCA 340
||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 177 ACTGTTTCCAAAACCAGAGACTTTGGACTATGAATTGCCCTGCGACACCTCTTACCCTCA 236
Query 341 GCAGATTGGTGACAATGCTGCTAGTTCTTCTGGAAGTAATGTTAAGTCATTGCTGATTGA 400
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 CCAGATTGGTGACAATGCTGCTAGTTCTTCTGGAAGCAATGTTAAGTCATTGCTGATTGA 296
Query 401 GATGGGATTTTGCCCAACTCTTGTTCAGAAAGCAATTGACGAAAATGGTCAAGATGATTT 460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
Sbjct 297 GATGGGATTTTGCCCAACTCTTGTTCAGAAAGCAATTGATGAAAATGGTGAAGATGATAT 356
Query 461 TGAGTTGCTATTAGAGATTCTCACTAAGAGTACTGAAACAGAACCTCCTGG-ACCTAGCT 519
||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 357 TGAATTTCTATTAGAGATTCTCACTAAGAGTACTGTAACAGAACAACCTGGAACC-AGCT 415
Query 520 TTCATGGGCTAATGGAACCCAAACCGGAACCTGATATTGAATACGAAACTGACCGTATAA 579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 416 TTCATGGGCTAATGGAACCCAAACCGGAACCTGATATTGAATACGAAACTGATGGTAGAA 475
Query 580 GGATTGCGTTACTAACTATGAAGTTTCCAGAAAATCTTGTTGACTTTGCACTGGATAGGC 639
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GGATTGCGTTACTAACAATGCAGTTTCCAGAAAATCTAGTTGACTTTGCACTGGATAGGC 535
Query 640 TTGGTAAAGACACACCAATTGATGAGATGGTGGACTTCATTGTTGCTGCTCAATTAGCTG 699
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TTGGTAAAGACGCGCCAATTGATGAGATGGTGGACTTCATTGTTGCTGCTCAATTAGCTG 595
Query 700 AAAAGTATGCGGAGGAATCCGAAGATTCACTTGATGGTGCTGAGATCAATGAAGAAGATG 759
||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 AAAAGTATGCGGAAGAATCTGAAGACTCACTTGATGGTGCTGAGATCAATGAAGAAGATG 655
Query 760 AAGATGTCACTCCAGTTACTGCTCGAGGACCTGAGGTTCCCAATGAACAATTGTTTGAAA 819
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 656 AAGATGTCACTCCAGTTACTGCTCGGGGACCTGAGGTTCCCAACGAACAGTTGTTTGAAA 715
Query 820 CAATGGACAAGACTTTGCGTTTACTGGAAATGGGATTCTCTAATGATGAAATTTCAATGG 879
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 716 CAATGGACAAGACTTTGCATTTACTGGAAATGGGATTCTCCAATGATGAAATTTCAATGG 775
Query 880 CAATTGAGAAGATAGGTACAAAAGGTCAGATTTCTGTCCTTGCTGAGTCAATTGTTACTG 939
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 CAATTGAGAAGATAGGTACAGAAGGTCAGATTTCTGTCCTTGCTGAGTCAATTGTTACTG 835
Query 940 GTGAATTTCCTGCGGAATGCCATGATGACCTTGAAGATATAGAAAAGAAAGTTTCAGCGG 999
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GTGAATTTCCTGCTGTATGCCATGATGACCTTGAAGATATAGAAAAGAAAGTTTCAGCGG 895
Query 1000 CTGCTCCTGCAGTGAATCGTACATGTCTTTCAAAGAGTTGGAGATTTGTTGGGGTTGGTG 1059
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 896 CGGCTCCTGCAGTGAATCGTACATGTCTTTCAAAGAGTTGGAGATTTGTTGGTGTTGGTG 955
Query 1060 CTCAGAAAGAGGATGGTGGTGGGGGTTCGTCGAGTGGCACTGCTAATATAAAACCAGATC 1119
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 CCCAGAAAGAGGATGGTGGTGGGGGTTCGTCAAGTGGCACTGCTAATATAAAACCAGATC 1015
Query 1120 CTGGTATTGAGTCTTTTCCTTTCCCTGCCACTGACAATGTGGGAGAGACCTCG-AGAGGT 1178
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1016 CTGGTATTGACTCTTTTCCTTTCCCTGCCACTGCCAATGTGGGAGAGACCTCGAAG-GGT 1074
Query 1179 AAGCGACCAAAAGATGAGGATGAGAATGCCTATCCAGAAGAATACACTGGCTACGATGAC 1238
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1075 AAGCGACCAAAAGATGAGGATGAGAATGCGTATCCAGAGGAATACGCTGACTACGATGAC 1134
Query 1239 AGAGGAAAACGGTTAAGGCCCGAAGATATGGGTGACTCAAGTTCGTTTATGGAAACCCCA 1298
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 AGAGGAAAACGGTTAAGACCCGAATATATGGGTGACTCAAGTTCGTTTATGGAAACCCCA 1194
Query 1299 TGGATGCAAGATGAGTGGAAAGATAACACATATGAATTTCCCAGTGTAATGCAGCCACGT 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TGGATGCAAGATGAGTGGAAAGATAACACATATGAATTTCCCAGTGTAATGCAGCCACGT 1254
Query 1359 TTGTCCCAGAGTCTTGGTC-CAAAAGTAGCCAGACGACCTTATTTCTTCTATGGACAGTT 1417
||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TTGTCCCAGAGTCTTGG-CGCAAATGTAGCCAAACGACCTTATTTCTTCTATGGACAGTT 1313
Query 1418 AGGTGAACTTTCTCCTAGCTGGTGGTCGAAGATCTCGGGTTTCTTGTTCGGAATTCACCC 1477
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 AGGTGAACTATCTCCTAGCTGGTGGTCGAAGATCTCGGGTTTCTTGTTCGGAATTCACCC 1373
Query 1478 CGAACATGTAGATACTCGGTTGTGTTCAGCGCTCCGTAGGACAGAAGGGTACCTGCACAA 1537
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CGAACATGTAGATACTCGGTTGTGTTCAGCGCTCCATAGGACAGAAGGGTACCTGCACAA 1433
Query 1538 TCTTCCCACTGTTAACAGGTTTAATACCCTCCCGAACCCTCGATTAACTATACAAGACGC 1597
||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1434 TCTTCCCACTGTTAACAGGTTCAATATCCTCCCAAAGCCTCGGTTAACTATACAAGACGC 1493
Query 1598 AATGCCACACATGAGGAGTTGGTGGCCACAATGGGATATCAGAAAGCATTTCAATAGCGG 1657
||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1494 AATGCCACAAATGAAGAGTTGGTGGCCGCAATGGGATATCAGAAAACATTTCAATAGCGG 1553
Query 1658 CACGTGTTCTAATATGAAAGATGCAACTCTTCTCTGTGAACGAATTGGTCGCCGTATAGC 1717
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1554 CACGTGTTCTAATAGGAAAGATGTAACTCTTCTCTGTGAACGAATTGGACGCCGTATAGC 1613
Query 1718 TGAATGCAAGGGAAAGCCTACTCAACAGGACCAGACTTTAATACTTCGACATTGTCACAC 1777
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1614 TGAATGCAGGGGAAAGCCTACTCAACAAGACCAGACTCTAATACTTCGGCATTGTCACAC 1673
Query 1778 CTCCAATCTCATTTGGATAGCACCAAACATCCTCTCACCCT-TGGAGCCTGAACATTTAG 1836
||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TTCCAATCTCATTTGGATTGCTCCAAACATCCTCTCA-CCTGTGGAGCCTGAACATTTAG 1732
Query 1837 AGTGCATTATGGGATATCCAATGAACCACACAAACATCGGTGGTGGAAGGTTGGCTGAAA 1896
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1733 AGTGCATTATGGGATATCCAACGAACCACACAAACATCGGTGGTGGAAGATTGGCTGAAA 1792
Query 1897 GATTGAAGTTGTTTGATTACTGCTTCCAAACAGACACATTGGGTTACCATCTCTCTGTAC 1956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GATTGAAGTTGTTTGATTACTGCTTCCAAACAGACACATTGGGTTACCATCTCTCTGTAC 1852
Query 1957 TCAAGTCTATGTTTCCCCAAGGTTTAACAGTTTTATCACTCTTTAGCGGGATTGGTGGTG 2016
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TCAAGTCTATGTTTCCCGAAGGTTTAACAGTTTTATCACTCTTTAGCGGGATTGGTGGTG 1912
Query 2017 CGGAAATTGCATTGGACCGTCTTGGAATCCATCTAAAAGGCGTAGTCTCTGTAGAGTCCT 2076
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 CGGAAATTGCATTGGACCGCCTTGGAATCCATCTAAAAGGCGTAGTCTCTGTAGAGTCCT 1972
Query 2077 GTGGATTGAGCCGTAACATACTGAAAAGATGGTGGCAGACTTCGGGACAAACCGGTGAGC 2136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1973 GTGGATTGAGCCGTAACATACTGAAAAGATGGTGGCAGACTTCTGGACAAACCGGTGAGC 2032
Query 2137 TAGTGCAAATTGAAGAAATCAAAAGCTTAACGGCAAAGAGGCTGGAGACTCTGATGCAGA 2196
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||
Sbjct 2033 TAGTGCAAATTGAAGAAATCAAAAGCTTAACGACAAAGAAGCTGGAAACTTTGGTGCAGA 2092
Query 2197 GATTTGGAGGATTTGACTTTGTCATTTGCCAGAACCCATCAACACCACTTGATCTCTCTA 2256
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 GATTTGGGGGATTTGACTTTGTCATTTGTCAGAACCCATCAACACCACTTGATCTCTCTA 2152
Query 2257 AAGAAATCTCAAATAGTGAAGCCTGTGAATTTGATTATACGTTGTTTAACGAGTTTGCTC 2316
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 AAGAAATCTCAAATAGCGAAGCCTGTGAATTTGATTATACGTTGTTTAACGAGTTTGCTC 2212
Query 2317 GTGTCACGAAACGTGTCAGAGATATGATGTAGTGAAGTTGACCAAGAGCCT--TT-ACGT 2373
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2213 GTGTCACGAAACGTGTCAGAGATATGATGGAGTTAAGTTGACCAAGAGCCTCCTTTACGT 2272
Query 2374 CCT 2376
|||
Sbjct 2273 CCT 2275
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99605990675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5