BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G17360.1
Length=6462
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929588 jgi|Araly1|929588|scaffold_302045.1 9832 0.0
Ahg929589 jgi|Araly1|929589|scaffold_302046.1 108 6e-22
> Ahg929588 jgi|Araly1|929588|scaffold_302045.1
Length=6215
Score = 9832 bits (5324), Expect = 0.0
Identities = 5937/6232 (95%), Gaps = 45/6232 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCCCGAAACGTTCCGAGAATAGAGATGCCGGAATCGGAAGAAAACGAGTTCGCGAGC 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGTCCCGAAACGTTCCGAGAATCGAGATGCCGGAATCAGAAGAAAACGAGTTCGCGAGC 80
Query 61 TTGTCTTTGTTTTCGCCTTCAAGACCTCCTCTGAATTCGATACCGGATCCAAGTCAAATT 120
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TTGTCTTTGTTTTCGCCTTCAAGAGCTCCTCTGAATTCGATACCGGATCCAAGTCAAATT 140
Query 121 CAGAAGGCGAATCATCTACCCCATTTCGATTTGGTTCAGAAATTGGAAGGTACAAGAGCG 180
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 CAGAAGGCGAATCATCTACCCGATTTCGATTTGGTTCAGAAATTGGAAGGTACAAGAGCG 200
Query 181 CAGCATCAACGAACACTTGGTCCAGAGAAGAAATTTGAAGTTTTGGAAGGTAGAGCTGGA 240
||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 CAGCATCAACGAACACTGGGTCCGGAGAAGAGACTCGAAGTTTTGGAAGGTAGAGCTGGA 260
Query 241 AATTCGAGTGATTCGAACCCTAAGATTGTTAATCGTAATGGAAAATCTCGGTCGGAGCCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 AATTCGAGTGATTCGAACCCTAAGATTGTTAATCGTAATGGAAAATCTCGGTCGGAGCCA 320
Query 301 AACTCTGCGCAGAGTACGCCCACTAGGAACGGTGCTAGGGTTTCTCTTGGTGGTGGTTGT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 321 AACTCTGCGCAGAGTACGCCCACTAGGAACGGTGCTAGGGTTTCTCTTGGAGGGGGTTGT 380
Query 361 GCTACCGGCGCAAGATTTCTTCAGTCTTTCGGTGGAAGAGGAAGGATTCCGA-GGGGAGT 419
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 381 GCTACCGGCGCAAGAGTTGTTCAGTCTTTCGGTGGAAGAGGAAGGATTCCAAGGGGGA-T 439
Query 420 TTCTATTGCTGAGTCTGTTAGCTTCGCGGAAACAACTCCACATTTTGAACTCAATGAAGA 479
|||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 440 TTCTATGGCGGAGTCTGTTAGCTTTGCGGAAACAACTCCACATTTTGAGCTCAATGAAGA 499
Query 480 TCATTCGTTTTGGAAAGACCACAATGTGCAGGTTTTGATAAGGCTGAGACCATTAGGCAC 539
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||| | ||
Sbjct 500 TCATTCGTTTTGGAAAGAGCACAATGTCCAGGTTTTGATAAGGCTGCGGCCATTAAGTAC 559
Query 540 AATGGAAAGGGCTAATCAAGGATATGGTAAGTGTTTAAAACAAGAGAGTCCACAAACATT 599
|||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 560 AATGGAAAGGGCTAGTCAAGGACATGGTAGGTGTTTAAAACAGGAGAGTCCACAAACATT 619
Query 600 GGTCTGGTTAGGCCATCCAGAGGCCAGATTCACCTTTGACCACGTTGCCAGTGAGACAAT 659
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 620 GGTCTGGTTAGGCCATCCAGAGACCAGATTCACCTTTGACCATGTTGCCAGTGAGACAAT 679
Query 660 ATCTCAGGAAAAACTGTTTCGCGTTGCTGGACTGCCCATGGTGGAGAATTGCTTATCTGG 719
|||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 680 ATCTCAGGAAAAGTTATTTCACGTTGCTGGACTCCCCATGGTGGAGAATTGCTTGTCTGG 739
Query 720 TTACAACAGCTGTGTGTTTGCCTACGGTCAGACTGGTAGTGGCAAGACTTATACTATGAT 779
|||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 TTACAATAGTTGTGTGTTTGCCTATGGTCAGACTGGTAGTGGCAAGACTTATACTATGAT 799
Query 780 GGGAGAGATATCTGAGGCAGAGGGAAGCCTCGGTGAAGACTGCGGAGTTACTGCTCGTAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 GGGAGAGATATCTGAGGCAGAGGGAAGCCTCGGTGAAGACTGCGGAGTTACTGCTCGTAT 859
Query 840 TTTTGAGTATCTGTTCTCAAGAATTAAAATGGAAGAAGAGGAAAGGAGAGATGAAAATTT 899
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |
Sbjct 860 TTTTGAGTATCTATTCTCAAGAATTAAATTGGAAGAAGAGGGAAGGCGAGATGAAAAACT 919
Query 900 GAAGTTCAGTTGCAAATGTTCTTTTCTTGAGATATATAACGAGCAGATAACCGACCTCTT 959
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 920 GAAATTCAGTTGCAAATGTTCTTTTCTTGAGATATATAACGAACAGATAACTGACCTCTT 979
Query 960 GGAACCATCGTCAACCAATTTGCAACTTAGAGAAGACTTGGGGAAAGGAGTATATGTTGA 1019
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 980 GGAACCATCATCAACCAATTTGCAACTCAGAGAAGACTTGGGAAAAGGAGTATATGTTGA 1039
Query 1020 AAATCTTGTAGAACATAATGTGAGAACTGTTAGTGACGTTCTAAAGCTTCTACTACAGGG 1079
|||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 AAATCTTGTAGAGCACAATGTGAGAACTGTTAATGATGTTCTAAAGCTTCTACTACAGGG 1099
Query 1080 AGCAACTAACCGGAAGATTGCTGCAACCCGTATGAACAGTGAAAGCAGCAGATCCCACAG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 AGCAACTAACCGGAAGATTGCTGCAACCCGTATGAACAGTGAAAGCAGCAGATCCCACAG 1159
Query 1140 CGTTTTCACTTGTACAATTGAGAGTCTCTGGGAGAAAGATTCTCTAACTCGTTCAAGATT 1199
||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 CGTTTTCACATGTACAATCGAGAGCCTCTGGGAGACAGATTCTCTAACTCGTTCAAGATT 1219
Query 1200 TGCCAGACTAAACTTGGTCGATTTGGCTGGTTCTGAAAGGCAGAAAAGCTCAGGTGCGGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGCCAGACTAAACTTGGTCGATTTGGCTGGTTCTGAAAGGCAGAAAAGCTCAGGTGCGGA 1279
Query 1260 AGGGGATCGCCTAAAAGAAGCAGCAAACATTAACAAATCCTTATCAACTTTGGGCTTGGT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1280 AGGGGATCGCCTAAAAGAAGCAGCAAACATTAACAAATCCTTATCCACTTTGGGCTTAGT 1339
Query 1320 GATAATGTCTCTGGTGGATTTGGCACATGGGAAACATAGACATGTTCCCTATAGAGATTC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GATAATGTCTCTGGTGGATTTGGCACATGGGAAACATAGACATGTTCCCTATAGAGATTC 1399
Query 1380 TCGACTTACCTTTTTACTGCAGGATTCTCTAGGGGGTAACTCCAAAACAATGATAATAGC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TCGACTTACCTTTTTACTGCAGGATTCTCTAGGGGGTAACTCCAAAACAATGATAATAGC 1459
Query 1440 TAATGTCAGCCCATCTCTTTGCTCTACAAACGAAACCCTCAGCACCCTGAAGTTCGCGCA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TAATGTCAGCCCATCTCTTTGCTCTACAAACGAAACCCTCAGCACCCTGAAGTTCGCGCA 1519
Query 1500 ACGGGCAAAACTAATCCAGAATAATGCTAAAGTAAATGAAGATGCCTCTGGGGATGTTAC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 ACGGGCAAAACTAATCCAGAATAATGCTAAAGTCAATGAAGATGCCTCTGGGGATGTTAC 1579
Query 1560 AGCACTCCAACAGGAAATAAGAAAGTTAAAGGTCCAACTGACTTCTCTTCTGAAGAACCA 1619
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1580 AGCACTCCAACAGGAAATAAGAAACTTAAAGGTCCAACTGTCTTCTCTTTTGAAGAACCA 1639
Query 1620 TGACTCTTGTGGGGCTCTTTCAGACTGCATATCTTCTCTTGAAGAATCCAGATACTCTGG 1679
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TGACTCTTGTGGGGCTCTTTCAGACTGCGTATCTTCTCATGAAGAATCCAGATACTCTGG 1699
Query 1680 TACATGTAAAGTAGCAGGAGAAACAAGACAAGACAAGTGTCACTGTCAGGTGAAAAATAT 1739
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 CACATGTAAAGTAGCAGGCGAAACAAGACAAGACAAATGTCACTGTCAGGTGAAAAATAT 1759
Query 1740 GAACGATAATATGATTGGTGCTCTCAGAAGGGAAAAGATTGCTGAATCTGCCCTTCAGAA 1799
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1760 GAAAGATAATTTGATTGGTGCTCTCAGAAGGGAAAAGATTGCTGAAACTGCCCTTCAGAA 1819
Query 1800 GTCCGAGGCTGAGATTGAGCGTATAGATTGCTTGGTTAGAGACATGGAAGAAGATGCTAA 1859
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1820 GTCCGAGGCTGAGATTGAGCGTATAGACTGCTTGGTTAGAGACATGGAAGAAGATGCCAA 1879
Query 1860 GCGCATTAAAATAATGCTTAATCTTAGGGAAGAGAAAGTTGGAGAGATGGAATTCTGTAC 1919
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 GCGCATTAAAATAATGCTTAATCTTAGGGAGGAGAAAGTTGGAGAGATGGAATTCTGTAC 1939
Query 1920 GTCTGGTTCATTGATGACAAAAGAGTGTCTCATTGAAGAAAATAAAACTCTAAAAGGAGA 1979
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 GCCTGGTCCATTGATGACAAAAGAGTGTCTCATTGAAGAAAATAAAACTCTAAAAGGAGA 1999
Query 1980 GATCAAGCTTCTTCGCGACAGCATTGACAAGAATCCAGAGTTGACACGTTCAGCCTTGGA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2000 GATCAAGCTTCTTCGCGACAGCATTGACAAGAATCCAGAGTTGACACGTTCGGCCTTGGA 2059
Query 2040 GAACACCAAGCTCCGGGAGCAGCTACAACGATATCAGAAATTTTACGAGCATGGGGAACG 2099
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2060 GAACACCAAGCTCTGGGAGCAGCTACAACGATATCAGAACTTTTATGAGCATGGGGAACG 2119
Query 2100 AGAGGCATTACTTGCTGAGGTGACAGGACTACGTGACCAGCTTCTTGATGTTCTTGAAGC 2159
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 AGAGGCATTGGTTGCTGAGGTGACAAGACTACGTGACCAGCTTCTTGATGTTCTTGAAGC 2179
Query 2160 AAAAGATGAATCCTTTTCTAAACACGTTATGAAGGAGAACGAAATGGAAAAGGAATTCGA 2219
||||||||| |||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 AAAAGATGAGTCCTTTCCTAAACACG--A-GAA------CGAAATGGAAAAGGAATTCGA 2230
Query 2220 AGACTGCAGAAACATGAACTCTAGTTTGATCAGAGAACTAGATGAAATACAAGCAGGACT 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 AGACTGCAGAAACATGAACTCTAGTTTGATCAGAGAACTAGATGAAATACAAGCAGGACT 2290
Query 2280 TGGAAGATACTTGAATTTCGATCAAATACAATCCAACGTTGTTGCATCTTCCACCAGAGG 2339
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2291 TGGAAGACACTTGAATTTCGATCAAATACAATCCAACTTTGATGCATCTTCCACCAGTGG 2350
Query 2340 AGCTGAGCAGGCAGAAACAATGCCAACTATAAGTGAAATCCAAGAGGAGGTGGCTATTTC 2399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 AGCTGAGCAGGCAGAAACAATGCCAACTATAAGTGAAACCCAAGAGGAGGTGGCTATTTC 2410
Query 2400 ACATAGTAAAAACTATGATAGAGGTGCACTAGTGAAGACAGATGAGGGGATAGACCGGTC 2459
| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 AGAGAGTAAAAACTATG---------CACTAGTGAAGACTGATGAGGGGATAGACCGGTC 2461
Query 2460 AATCCTGCAGTTCAAGTTAGGGAAGTTAATGAAGGACCTCGAGGAGGCCAGAACACTCAA 2519
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2462 AATCCTGCAGTTCAAGTTAGGGAAACTAATGAAGGACCTTGAGGAGGCCAGAACACTTAA 2521
Query 2520 TTGTAAATATGAAAAAGATCATAAGTCGCAGTTATCTCAACAAGAAGACATTGAAGTAGT 2579
|||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2522 TTGTCAATATGAAAAGGAGCATATGTCGCAGTTATCTCAACAGGAAGACATTGAAGTAGT 2581
Query 2580 CCGTGAGCAAGTCGAGACAGAAACTGCTAGAACCATTCTTGAGTTGCAGGAAGAGGTGAT 2639
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2582 CCGTGAGCAAGTTGAGACAGAAACTGCCAGAACCATTCTTGAGTTGCAGGAGGAGGTGAT 2641
Query 2640 TGCTCTCCAGTCTGAATTTCAAAGAAGAATCTGTAACTTGACCGAGGAAAATCAGTCGAT 2699
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2642 TGCTCTCCAGTCTGATTTTCAAAGAAGAATCTGTAACTTGACCGAGGAAAATCAATCGAT 2701
Query 2700 -AAAAGATACTATAACTGCTAGAGAGTCAGAAATAAGAGCACTTAACCAAGACTGGGAAA 2758
|||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 GAAAA-ATACTATTACTGCTAGAGAGGCAGAAATAAGAGCACTTAACCAAGACTGGGAAA 2760
Query 2759 AGGCTACCTTAGAACTGACTAATTTCATCGTCGCTGGGTCCAAATCCATCAAAAATGCCT 2818
||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2761 AGGGTACCTTAGAACTGACAAATTTCATCGTCGATGGGTCTAAATCCATCAAAAATGCCT 2820
Query 2819 CTACACAGATTGAAAGTATCATCTGTTCATTTCCACAAGTGAATGCGTGGATAGGTGATT 2878
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 CTACACAGATTGAAAGTATAATCTGTTCATTTCCACAAGTGAATGCGTGGATAGGTGATT 2880
Query 2879 ATGTTGAGAAGGCTGCAAAAAATTGTATAAAAAAGGAAGAAACAATTTTACTTCTACAGA 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2881 ATGTTGAGAAGGCTGCAAAAAATTGTATAAAAAAGGAAGAAACAATTTTGCTTCTACAGA 2940
Query 2939 AAAGCTTGGAAGATGCAAGGATATTAGTAGCAGAGATGAATTTGAAGCTGAATTCTTTAA 2998
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2941 AAAGCTTGGAAGATGCACGGATATTAGTAGCAGAGATGAATTTGAAGCTTAATTCCTTAA 3000
Query 2999 AGGGCGCAACAATTGCTCTCAACGAATTTCAACTGGGTGGCAATGCTGCAACGACTGAAG 3058
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3001 AGGGCGCAACAATTGCTCTCAACAAATTTCAACTGGGTGGCAATGCTGCAACCACTGAAG 3060
Query 3059 AGGCTTTCAACTTGAATAATGATGTAGACAGGATGAGCGATGAGGTAGACACGCTTGAGA 3118
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 AGGCTTTCAACTTGAATAATGATGTAGACAGGATGAGCAATGAGGTAGACACGCTTGAGA 3120
Query 3119 GTAACTTTAAAGCAAATCAATATTCTATTCTGAAAACAGAACGACATGCCGAAGCTGCTT 3178
|| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3121 GTGACTTAAAAGCAAAGCAGTATTCTATTCTGAAAACAGAACGACATGCTGAAGCTGCTT 3180
Query 3179 TAGCTGTTACAAAATGGCTTTCTGATTCTAGAGATCAACACCAAATGATGGAAAAAGTAC 3238
| ||||| | |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3181 TTGCTGTGAAAAAATGGCTTGCTGATTCTAGAAAGCAACACCAAATGCTGGAAAAAGTAC 3240
Query 3239 AAGATCAATCAGTTAAAGAATTTGGTACATTAAGTTCAATCTCTGCTTCTCTTAGTGCGG 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3241 AAGATCAATCAGTTAAAGAATTTGGTACATTAAGTTCAATCTCTGCTTCTCCTAGTGCGG 3300
Query 3299 AAGGGAATGCTGATATTAGTTTGTCAAGGGATGGACATCTAAGTGACGCAACATATCCAA 3358
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3301 AAGGGAATGCTGATATTAGTTTGTCAAAGGATGGATATCTAAGTGACGCAATATATCCAA 3360
Query 3359 AGGGTGATGAGCTTTCAACATCAAGCTCTGACTTTTCAAACTGTAGATGGCAACATGATT 3418
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3361 AGGGTGATGAGCTTTCAACATCAATCTCTGAGTTTTCAAACAGTAGATGGCAACATGATT 3420
Query 3419 GTGCACTGAACGTAAAGTGTCAAGGAGTTTCAAGTTCTGAATCTGACGCTCAAGAAAGTA 3478
||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3421 GTGTACTCAACGTAAAATGTCAAGGAGTTTCAAGTTCTGAATCTGACGCTCAAGAAAGTA 3480
Query 3479 ATAACAAGATTACATCAGCAGCTTTAATTGCTAAGAATGGTTCTGCACATTCTGTTTACT 3538
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 3481 ATAACAAGACTACATCAGCAGCTTTGATTGCTAAGAATGGGTCTGCACATTGTGTTTTCT 3540
Query 3539 GTGGAGAGGGGAGGCAGTCAGTTGAGAAGCCATTGACCATTATGATGGGGAGAGAAGAAA 3598
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 3541 GTGGAGAGGGGAGGCAGTCAGTAGAAAAGCCATTGACTATTATGATGGGGAGAGCAGAAA 3600
Query 3599 CAGAATACAAATGCAGTAAACCGCTTTCTTCTGGGGTATATATGGGTCTTATGCAGAGAA 3658
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3601 CAGAATACAAATGCAGTAATCCGCTTTCTTCTGAGGTATATATGGGTCTTATGCAGAGAA 3660
Query 3659 TGGATCCTGTTAGAACTTTCTTCGATCGATTTGAGGAAGTCAATGCTACCATGAAAGAAG 3718
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3661 TGGATCCTGTTAGAAGTTTCTTCGATCGATTTGAGGAAGTCAATGCTACCATGAAAGAAG 3720
Query 3719 CTGATCTCACAATATGTGAATTAGTAAAGGCCAATGAAAAATCAAATAGTGTTACTGAAA 3778
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 3721 CTGATCTGACAATATGTGAATTAGTAAAGGCCAATGAGAAATCAAATAATGTTACTGAAA 3780
Query 3779 TGTGGCTTCAAACCCATGAAGAGTTAATAAGT-AAGGaaaaaaaTTTGATGGATGATCTT 3837
||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3781 TGTGGCTTCAAACCCATGAAGAGCTAATG-GTTAAGGAAAAGTATCTGATGGATGATCTT 3839
Query 3838 GAACAGGTCAAGTCTATACTATCTGCTTGTGAAGAAGAAAAACAAGTCTTGCTAAATCAA 3897
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3840 GAACAGGTCAAGTCTACACTATCTGCATGTGAAGAAGAAAATCAAATCTTGCTAAATCAA 3899
Query 3898 ACACACACCACTTTGGCGGACATGGAAAATTCAGTGTCTTTGCTTGAAGAATATTTTCAG 3957
|||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3900 ACACACTCCACTCTGGCTGACATGGAAAATTCAGTGTCTTTGCTTGAAGAATATATACAG 3959
Query 3958 GAAATGAAAAGAGGAGTAGAAGAAACAGTAGAGGCTTTGTTTTCCCATGCCCGT-TTAGC 4016
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || | |||||
Sbjct 3960 GAAATGAAAAGAGGAGTAGAAGAAACATTAGAGGCATTGTTTTCCCATGTCC-TCTTAGC 4018
Query 4017 TGGAAAAGAGCTTCTCCAATTGATTTCCAACTCAAGACCATCACTTGAACAGATTGCATC 4076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4019 TGGAAAAGAGCTTCTCCAATTGATTTCCAACTCAAGACCATCACTTGAACAGATTGTATC 4078
Query 4077 TGAATTCATGGAGAGAGAGTTCACCATGTATGCAACATACCAATGCCACATTGGGAAACT 4136
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4079 TGAAACCATGGAAAGAGAGTTCACCATGTATGCAACATACCAATGCCACATTGGGAAACT 4138
Query 4137 GATCGATCAAATTTTGGATCAGAGAAAACAGGTTATCACTCCCAACCTTTCAGGCCAAGA 4196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4139 GATCGATCAAATTTTGGATCAGAGAAAACAGGTTATCACTCCCAACCTTTCAGGCCAA-- 4196
Query 4197 AACCAATCAGTCAGTGAAGATTAATGCCATTGGGTATAATGCCGAAGATGAAGTCACTAA 4256
| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4197 --C-A----GTCAGTGAAAATTAATGCCATTGGGTATAATGCCGAAGATGAAGTCACTGG 4249
Query 4257 AAAGCAAAGCAGAGAAGAGATTGTCACAGGCTTAGAAAATGATGAAGTTGTTCAGTCACA 4316
|||||||| || || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4250 AAAGCAAAACACAGCAGAGATCGTCACAGGTTTAGAAAATGATGAAGTTGTTCAGTCACA 4309
Query 4317 TGAAAGCCTATTATATGAGAACTTGTATCTGAAAAAGGAGCTTGAGAGAAAAGAAGCTTT 4376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 4310 TGAAAGCCTATTATATGAGAACTTGTATCTGAAAAAGGAGATTGAGAGAAAAGATGCTTT 4369
Query 4377 GTTTGAAGGCTTGCTTTTTGATTTTAGGCTACTTCAGGAATCAGCATCAAATAAAAGAGA 4436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4370 GTTTGAAGGCTTGCTTTTTGATTTTAGGCTACTTCAGGAATCAGCATCAAATAAAAGAGA 4429
Query 4437 TATCAAGAATGAAATGGATGAGCTGTTTGACGCATTATGCAAAGTACAGCTAGAGCTGGA 4496
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4430 TATCAAGAATGAAATGGATGAGCTGTTTGACGCACTATGCAAAGTACAGCTAGAGCTGGA 4489
Query 4497 ACTGAAAGCAAGTCAAGTTCATGAGCTTTTTGTTCATAACGAGAATCTTGAAAATTGCTC 4556
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4490 GCTGAAAGCAAGTCAAGTTCATGATCTTTTTGTTCATAATGAGAATCTTGAAAATTGCTC 4549
Query 4557 CATTGACTTGAAAACGGCGTTGTTCACGTCACAGTCAGATCTAGAGCAGGCTAAACAGAG 4616
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 4550 CATTGACTTAAAAACGGCTTTGTTCACGTCACAGTCAGATCTAGAGCAGGCCAAAGAGAG 4609
Query 4617 GATACAAATTCTTGCGGAGCAGAATGATGAGTTAAGGGCCCTTGTTAGTGATCTCTGTAA 4676
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 4610 GATACAAATTCTTGTGCAGCAGAATGATGAGTTAAGGGTCCTTGTTAGTGATCTATGTAC 4669
Query 4677 GGAAAAGGCT-GCAGCTGAGGAGGGATTGGACGAACAAAGGGATCTTGTCAATAGGTTGG 4735
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 4670 GGAAAAG-CTTGCAGCTGAGGAGGGATTGGACGAACAAAAAGATCTTGTCAAAAGGTTGG 4728
Query 4736 AAAAAGAAATCCTTCACTTGACTACTACAGCAGAGAAGCAATTGCTTTCTGCGGTCAAGT 4795
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4729 AAAAAGAAATCCTTCACTTGACTACTACATCAGAGAAGCAATTGCTTTCTGCGGTCAAGT 4788
Query 4796 CCATTAAAGAAAATTTGAAAAAGACCAGCGATGAGAAAGATCAGATTGTTGACGAAATAT 4855
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4789 CCATTGAAGAAAATTTGAAAAAGACCAGCGATGAGAAAGATCAGCTTGTTGACGAAATAT 4848
Query 4856 GTTCGTTAAATAATAAGCTTGAGTTGGCCTATGCTATAGCTGATGAAAAAGAAGCAATTG 4915
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4849 GTTCGTTGAATAATAAGCTTGAGTTGGCCTATGCTATAGCTGATGAAAAAGAAGCAATTG 4908
Query 4916 CCGTAGAGGCTCATCAGGAATCTGAAGCAAGTAAAATATATGCTGAACAAAAGGAAGAGG 4975
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4909 CCGTAGAGGCTCGTCAGGAATCTGAAGCAAGTAAAATATATGCTGAACAAAAGGAAGAGG 4968
Query 4976 AGGTCAAGATTCTAGAAATTTCTGTTGAGGAACTTGAGCGTACGATAAATATATTAGAAA 5035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4969 AGGTCAAGATTCTAGAAATTTCTGTTGAGGAACTTGAGCGTACGATAAATATATTAGAAA 5028
Query 5036 GACGGGTGTATGATATGGATGAAGAAGTAAAAAGGCATCGTACCACCCAAGATTCGTTAG 5095
|||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5029 GACGGGTGTACGATATGGATGAGGAAGTTAAAAGGCATCGTACCACCCAAGATTCGTTAG 5088
Query 5096 AGACAGAGCTGCAAGCTCTCAGACAGAGATTGTTTCGATTTGAAAACTTCACTGGCACTA 5155
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5089 AGACAGAGCTGCAAGCTCTCAGACAGAGATTGTTTAGATTTGAAACCTTCACTGGCACTG 5148
Query 5156 TGGTCACAACCAATGAAAGCACAGAGGAATATAAGAGTCACATATCCAGGTCGACAGGGC 5215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5149 TGGTCACAACCAATGAAAGCACAGAGGAATATAAGAGTCACATATCCAGGTCGACAGGGC 5208
Query 5216 TGCAAGGTGCGCATAGTCAGATACAAGTCCTACAGAAGGAAGTAGCAGAACAAACCAAAG 5275
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5209 TGCAAGGTGCGCATAGTCAAATACAAGTCCTCCAGAAGGAAGTAGCAGAACAAACCAAAG 5268
Query 5276 AGATTAAACAGCTAAAAGAGTACATCTCCGAGATCTTACTGCATTCTGAGGCCCAATCAT 5335
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5269 AGATTAAACAGCTAAAAGAGTACATCTCCGAAATCTTACTGCATTCTGAGGCCCAAGCAT 5328
Query 5336 CTGCTTACCAAGAGAAGTATAAGACTCTGGAGGTCATGATTCGAGACTTCAAACTAGAGG 5395
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 5329 CTGCTTACCAAGAGAAGTATAAAACTCTGGAGGTCATGATACGAGACTTCAAACTAGAAG 5388
Query 5396 ATTCAAGTTCGTCAGCTGCAGAGACCATATCACATAAAACTGAAAAAAGCTCAACAAGGA 5455
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |
Sbjct 5389 ACTCAAGTTCGTCAGCTGCAGAGACCATATCACATAAAACTGAGAGAAGCTCAATAAGAA 5448
Query 5456 GTAGAGGTTCAAGTTCACCCTT-CAGATGTATAGTTGGGTTGGTACAACAGATGAAACTG 5514
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5449 GTAGAGGTTCAAGTTCACCCTTTC-GATGTATAGTTGGGTTGGTACAACAGATGAAACTG 5507
Query 5515 GAGAAGGATCAGGAATTGACAATGGCAAGGGTTCGTGTTGAAGAATTGGAGTCATTGCTA 5574
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5508 GAGAAGGATCAGGAATTGACCATGGCAAGGGTTCGTGTTGAAGAATTGGAGTCACTGCTA 5567
Query 5575 GCTGTTAAACAGAAAGAGATTTGCACATTGAACACGAGGATAGCTGCAGCTGATAGCATG 5634
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5568 GCTGTTAAACAGAAAGAGGTTTGCACATTGAGCACGAGGATAGCTGCAGCTGATAGCATG 5627
Query 5635 ACTCATGATGTGATTCGGGATTTACTTGGTGTGAAAATGGATATAACCAGCTATGCTGAG 5694
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5628 ACTCATGATGTAATTCGGGATTTACTTGGTGTGAAAATGGATATAACCAGCTATGCTGAG 5687
Query 5695 TTGATTGACCAGCACCAGGTCCAAAGAGTGGTTGAAAAGGCTCAGCAACATGCTGAAGAG 5754
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||
Sbjct 5688 TTGATTGACCAGCACCAGGTCCAAAGATTGGTTGAAGAGACTCAGCAACACGCTGAAGAG 5747
Query 5755 ATCCTGTCCAAGGAGCAAGAAGTCATGAACCTGAAGAGACATATTGATTATCTAT-TTAA 5813
||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 5748 ATCCTGTCCAAGGAGCACGAAATCATCAACCTGAAGAGACATATTGATTGTCT-TGTTAA 5806
Query 5814 GGATAGAGAGAGTTGCATGTCAGAGTTGAACAAGAAAGATACAGATGTTCTTGCGACACA 5873
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5807 GGAAAGAGAGAGTTGCATGTCAGAGTTGAACAAGAAAGATACAGATGTTCTTGCGACACA 5866
Query 5874 GATATCATTAGACCAACTACAAGAGCGAGTTCAGTTGCTTTCTATGCAAAACGAAATGCT 5933
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5867 GATATCTTTGGACCAACTACAAGAGCGAGTTCAGTTGCTTTCTATGCAAAACGAAATGCT 5926
Query 5934 TAAGAATGACAAGAGCAATTTGCTGAGGAAGTTAGCTGAACTTGATCGAACAGTCCACAA 5993
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5927 TAAGAATGACAAGAGCAATTTGCTGAGGAAGTTAGCTGAACTTGATCGAACAGTCCACGA 5986
Query 5994 TGCACAGGCCAGTAACCATCGTG-TTCCACAGACAACAAAGGATACAGCGTCATTTAAAC 6052
||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5987 TGCACGGGCCAGTAACCATCGTGCTTC-ACAGACAACAAAGGATACAGTGTCATTTAAAC 6045
Query 6053 TTGCTGATACTGATTATACCAAGAGACTGGAAAACGCTCAGAAGCTTCTTTCCCATGCTA 6112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6046 TTGCTGATACTGATTATACCAAGAGACTGGAAAACGCTCAGAAGCTTCTTTCCCATGCTA 6105
Query 6113 ATAACGAATTGGCAAAGTATCGCAAAACGAGCAATAACCATCCATCTACAAGAACTCAAG 6172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6106 ATAACGAATTGGCAAAGTATCGCAAAACGAGCAATAACCATCCATCTACAAGAACTCAAG 6165
Query 6173 GACAGAGCTCTGGTACAAGATATCGGTAAAGAGttttttttttAAAGCTTCT 6224
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 6166 AACAGAGCTCTGGTACAAGATATCGGTAA-GAGTTTTTTTTT-AAAGCTTCT 6215
> Ahg929589 jgi|Araly1|929589|scaffold_302046.1
Length=346
Score = 108 bits (58), Expect = 6e-22
Identities = 73/79 (92%), Gaps = 6/79 (8%)
Strand=Plus/Minus
Query 6384 TGGTTAACTTTTTGTGTGTGAGTGTCTTAAATTGGAATTGTTGTGTATAAGAATGCATAT 6443
|||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 346 TGGTTAAC-TTTT-TGTGT--GTG--TTAAATTGGAATTGTTGTGTATAAGAATGCATAT 293
Query 6444 AACATGTTGCTGCAATTGG 6462
|||||||||||||||||||
Sbjct 292 AACATGTTGCTGCAATTGG 274
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 244900482255
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5