BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G17750.1
Length=3936
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479256 jgi|Araly1|479256|fgenesh2_kg.3__1957__AT3G17750.1 6154 0.0
> Ahg479256 jgi|Araly1|479256|fgenesh2_kg.3__1957__AT3G17750.1
Length=3894
Score = 6154 bits (3332), Expect = 0.0
Identities = 3734/3924 (95%), Gaps = 44/3924 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCATTATTATTTGCGCATTGGTGGCGTTGATAATGGGATGTCCAAGGAGGAGGGAAGCGC 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCATAATTATTTGCGCATTGGTGGCGTTGATAATGGGATGTCCAAGGAGGAGGGAAGCGC 60
Query 61 CGGGATTGCAGCATAAGCAAATTTATTAAGACGAAGAAGAAGAAGCTCCATTAGATTTTG 120
||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 CGGGATTGCAG---AAG-----------A-A-GAAGAAGAAGAAGCTCCATTTGATTTTG 104
Query 121 CAGAACAAATCAAAAGAACTTCAACAAGGAATATTGC---AAGAAATTGATTGAAGCTGC 177
||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 105 CAGAACAAAGC-AAAG-ACTTCAACAAGGAATAATGCAAGAAGAAATTGATTGAAGCTGC 162
Query 178 TCGAATTAGATCTGTTTTGTGAAAATTTGTTTCTAGAGATTTGGGGAAATGGAGGATTCG 237
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 163 TCGAATTAGATCTGTTTTGTGAAACTTTGTTTCTAGGGATTTGGGGAAATGGAGGACTCG 222
Query 238 AGCTCTATCGATTCGATTTTGGAATTTTTGCGGAAGAATCATTTTATGAGAGCTGAAGCT 297
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 223 AGCTCTATCGACTCGATTTTGGAGTTTTTGCGGAAGAATCGTTTTATGAGAGCTGAAGCT 282
Query 298 GCGTTGATTAGTGAGCTTTCTAAGAAACCAAGTTCAAATGGGTCTCTTCAAAAGCTTAAC 357
||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 283 GCGCTGATTAGTGAGCTTTCTAATAACCCAAGTTCAAATGGGTGTCTTCAAAAGCTTAAC 342
Query 358 TTTGAGGATAATTGTGTGAGCAAGTTGTTGGATAAGAAGAAGC-AAGGCGGGAGTAGCCA 416
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||
Sbjct 343 TTTGAGGATAATGGTGTGAGCAAGTTGTTGGATAAGACGAAGCAAAGG-GGCAGTAGCCA 401
Query 417 AGCATT-GGGTCTTCACAACGATAGTCACATTTCTGATGAATTGGTTGTGAAAGAGATAC 475
|||||| || | |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 402 AGCATTAGGCT-TTCAAAAGGACAGTCACATTTCTGATGAATTGGTTGTGAAAGAGATTC 460
Query 476 AATGTGGAGCTGCCAATAACTTACACGAGAGTAATCTTATGAATGATGTTTCTGTTCAGA 535
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 461 AATGTGGAGCTGCCAATAACTTACGCGAGAGTAATCTTATGAACGATGTTTCTGTTCAGA 520
Query 536 CACAAAGTGGTAATGCAGATTTTTGGGAGGAGAGATTCACGTTTGCTGAAGGATTTGAGG 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 521 CACAAAGTGGTAATGCAGATTTTTGGGAGGAGAGATTCATGTTTTCTGAAGGATTTGAGG 580
Query 596 ATACCGAGCTCGATTTACCTCCCTGGAACCATACCTCTACTGATATTGTAGCTGACTCTG 655
|||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 581 ATACCGGGCTTGATTTACCTCCCTGGAACCATAATTCTACCGATATTGTAGCTGACTCTG 640
Query 656 AGGAATACAGTATCAATCCAAGTAAAAGAGGCTTTGTGAATCCACGGAGTTCAAAGCAAT 715
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 641 AAGTATACAGTATCAATCCAAGTAAAAGAGGCTTTGTGAATCCACGGAGCTCAAAGCAAT 700
Query 716 CAAGTCATGAAAAGGTTCCTGAACCTGGTAAAAGCAATAAAGTGGTTGTGGAAGACGTCT 775
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 701 CGAGTCATGAAAAGGTTCCTGAAACTGGTAAAAGCAATGAAGTGGTTGTGGAAGACATCT 760
Query 776 TCTCTTCTTTTGAGAAGATACGGACTGGAAGCTCTAGCCAGGTATCTCAGTATGACCA-T 834
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 761 TCTCTTCTTGTGAGAAGATACGGACTGGAAGCTCTAGCCAGGTATCTCAGTATGA-CAGT 819
Query 835 GGCAAAGCATGTCAATCTCTGGAAGTTGATAATAAGGTTGGGAACTCTGCAATACAAGAA 894
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 GGCAAAGCATGTCAATCTCTGGAAGTTGATAACAAGGTTGGGAACTCTGCAATACAAGAA 879
Query 895 GGATTCGTCACCACGTCATGGTCAAGAAGCGAAGAGAACATTGGTGCTTCACCAGACCAT 954
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 GGATTTGTCACCACGTCTTGGTCAAGAAGCGAAGAGAACATTGGTGCTTCACCAGACCAT 939
Query 955 TGGAAGGATTGTTCTGTTACAACTGTTTTTCCGTTGTCCAAAGGAAGCACGTCAACAAAA 1014
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 940 TGGAAGGATTGTTCTGTTACAACTGTTTTTCCATTGTCCAAGGGAAGCACGTCAACAGAA 999
Query 1015 GATAATGGTGTAGCCATTTTAGATAAATGGCAAGGAAAGAAACTGGTTGGCGCGAGTGAT 1074
|||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||
Sbjct 1000 GATAATAGTGTAGCCATTTTAGACAAAAGGCAAGGAAAGAAAAAGGTTGGCACCAGTGAT 1059
Query 1075 TCCAGGATTCTTATCAAGGAGCAGGAAGATGATGTGGCAACAGCGCTATACCTTGGGAAG 1134
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1060 TCCAGGATTCTTATTAAGGAGCAGGAAGATGATGTGGCAACAGCGCTATACCTTGGAAAG 1119
Query 1135 TCACAGTCTGGTTATGAACATAAGATTCCAAGCAGCTTAGCATTTTCGCTGGCTCATGAT 1194
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1120 TCACAGTCTGGTTATGAACATAATAATCTAAGCAGCTTAGCATTTTCGCTGCCTCATGAT 1179
Query 1195 GCTCCGAGGGAAGATTTACCTAGACTGCCACATGTAAAAATCAAGTCAGAGGATAAACTA 1254
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180 GGTCCGAGGGAAGACTTACCTAGACTGCCACATGTAAAAATCAAGTCAGAGGATAAACCG 1239
Query 1255 ATGAACTTTACTTGGGAAGAAAAACACGAGCGAGACATATTGGACGAGAAGCTGATTAAT 1314
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 ATGAACTTTACTTGGGAAGAAAAACATGAGCGAGACATATTGGACGAGAAGCTGATTAAT 1299
Query 1315 ACTGATAATGCTTTCC-TATTAGGCTCTTATCTAGATGTTCCTATTGGACAAGAAATAAA 1373
||||| ||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1300 ACTGAGAATTCTTTCCTTA-TCGGCTCTTATCTAGATGTTCCTATTGGACAAGAAATCAA 1358
Query 1374 TTCATCAGGTGGCAAAATGGCTGGTGGAGGAAACTGGTTGTCTGTAAGTCACGGAATAGC 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TTCATCAGGTGGCAAAATGGCTGGTGGAGGAAACTGGTTGTCTGTAAGTCACGGAATAGC 1418
Query 1434 AGACGATGCATCTGACTTGATTTTTGGCTTTGGCGATGGCTTAGGTGCTCTCAATGAACA 1493
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 AGACAATGCATCTGACTTGATTTTTGGCTTTGGCGATGGATTAGGTGCTCTCAATGAACA 1478
Query 1494 TTCAAATGAGTATTGGGACTCTGATGAATATGACGACGATGATGATGTTGGTTACATTAG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 TTCAAATGAGTATTGGGACTCTGATGAATATGACGACGATGATGATGTTGGTTACATTAG 1538
Query 1554 GCAACCAATTGAGGATGAGGCATGGTTTTTGGGTCACGAAGTCGACTATCCTAGTGATAA 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1539 GCAACCAATTGAGGATGAGGCATGGTTTTTGGGTCACGAAGTTGACTATCCTAGCGATAA 1598
Query 1614 TGAGAAAGGCACAGAGCACGGAAGTGTTCCTGATACGCAGGATAAAAGTCAAACCAAGAA 1673
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 TGAAAAAGGCACAGAGCGCGGAAGTGTTCCTGATACGCAGGATAAAAGTCAAACCAAGAA 1658
Query 1674 TGATGATGATCATTCATTTGCCGAGGAGGATTCTTATTTCTCCGGTGAGCAATATGTACT 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1659 TGATGATGATCATTCATTTGCCGAGGAGGATTCTTATTTCTCCGGTGAGCAATATGTGCT 1718
Query 1734 CGCTAAAGGCATTGAGCCAGTTACTGCTTCCAATGATCCGATGGGTCTCTCAATGACTGA 1793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 CGCTAAAGGCATTGAGCCAGTTACTGCTTCCAATGATCCGATGGGTCTCTCAATGACTGA 1778
Query 1794 AACATACAGCACGACCAAGCAAGCTGATTTGGTTGCTCGATATGACGGGCAATTGATGGA 1853
||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 AACATACAGCAGGACCAAGGAACCTGATTTGCTTGCTCGATATGACGGGCAATTGATGGA 1838
Query 1854 TGCAGAGGAGCTAAGTTTGATGGACACTGAACCTGTGTGGAAGGGATTTGTCAGCCATGA 1913
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 TGCAGAGGAGCTAAGTTTGATGCACACTGAACCTGTGTGGAAGGGATTTGTCAGCCATGA 1898
Query 1914 AAATGATGTAATTTTGTTGAAGAAAGGGAAAGTCGAGGACAACTCTGGTAGAA-TCTGTC 1972
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | || || | ||||
Sbjct 1899 AAATGATCTAATTTTGTTGAACAAAGGGAAAGTCGAGGATAACTGTAATA-AACTATGTC 1957
Query 1973 GGAAGGATATCCGCGCAGAAGATGATCGAAATGCTGCAGTTAGGTCAATTGGTGTAGGAA 2032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 CGAAGGATATCCGCGCAGAAGATGATCGAAATGCTGCAGTTAGGTCAATTGGTGTAGGAA 2017
Query 2033 TGAGCGATGATGTTGATGACAATGGGAGTATAATACCTGAATACTTTCCTGGAGAAGGTA 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018 TGAGCGATGATGTTGATGACAATGGGAGTATAATACCTGAATACTTTCCTGGAGAAGGTA 2077
Query 2093 GTGAATGGGATCTGGAGCTCCTTCCTTATCGCGGAGTTGGAGTTGCTGGTGTTAAGCCTC 2152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2078 GTGAATGGGATCTGGAGCTCCTTCCTTATCGCGGAGTTGGCGTTGCTGGTGTCAAGCCTC 2137
Query 2153 CACCTGGTAAAGGTGCGAGTATGCTGCTTAAAAACTTTGCA-GATGGTGGATTCTCATTT 2211
|||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||| |||
Sbjct 2138 CACCTGGTAAAGGTGCAACTATGCAGCTTAAAAACTTTGCAAG-TGGTGGTTTCTCCTTT 2196
Query 2212 CCCTCTCCAGTAGCTGATAGACAGAAGTCCCAGGATGATTCTGCAAACCCTGAATGGTCA 2271
|||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 CCCTCTCCAGTACCTGATAGACAGATGTCCCATGAAGATTCTGCAAACCCTGAATGGTCA 2256
Query 2272 AACCATTGCGATGCTGTTGTGAGAAATGAAAGTGATGAACCAAAGGGGCTAATCCAGTCC 2331
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||
Sbjct 2257 AACCATTGCAATGCTGTTGTGAGAAATGAAACTGATGAATCAAAGGGCCTAATCGAGTCC 2316
Query 2332 GATAGCATGATTGTCTCTTCGACAAAAAGATGCAGTGGCTCTTCTTCTGAAAGAAATTTA 2391
||||| ||| |||| |||| ||||||| || |||| |||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2317 GATAGTATGGTTGTTTCTTTGACAAAACGACGCAGCGGCTCTTCCTCTGAAAGAAATATA 2376
Query 2392 AGAGACATGGATGATGAAAAGGTTGCGAGTTCAAGAAATTCTTCCCCATCCGCACTCTCC 2451
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 ACAGACATGGATGATGAAAAGGTTGCAAGTTCAAGAAACTCTTCCCCATCCGCACTCTCC 2436
Query 2452 CATAGTTCTGATACTGGGAGAGAGCACAAAGAAGAAGATGAGGAAGAAACTAGTCATGGG 2511
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2437 CATAGTTCTGATACTGGGAGAGAGCACAAGGAAGAAGATGAGGAAGAAACTGGTCATGGG 2496
Query 2512 CCTGAAGAAGATCCTGGGACCTCGTTCGAGGATGAGGATGCCATCGTGGTCCAAGAGCAA 2571
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2497 CCGGAAGAAGATCCTGGGACCTCGTTCGAGGATGAGGATGCAATCGTGGTCCAAGAGCAA 2556
Query 2572 GTAAGACAGATTCAAGCCCAAGAGCAGGATTTTGAGACCTTCAACCTGAAGATTGTTCAC 2631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2557 GTAAGACAGATTCAAGCCCAAGAGCAGGATTTTGAGACCTTCAACCTGAAGATTGTTCAC 2616
Query 2632 AGGAAAAATAGGACTGGTTTTGAGGAGGATAAGAACTTCCATGTGGTTTTGAATTCTGTC 2691
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 AGGAAAAACAGGACTGGTTTTGAGGAGGATAAGAACTTCCATGTGGTTTTGAATTCTGTC 2676
Query 2692 ATTGCTGGTCGTTACCATGTCACTGAGCATCTTGGATCAGCAGCTTTTAGCAAAGCAATA 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 ATTGCTGGTCGTTACCATGTCACTGAGCATCTTGGATCAGCAGCTTTTAGCAAAGCAATA 2736
Query 2752 CAAGCACATGACCTCCACACCGGCATTGATGTTTGTGTAAAGATCATAAAGAACAACAAA 2811
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 CAAGCACATGACCTCCACACCGGCATTGATGTCTGTGTAAAGATCATAAAGAACAACAAA 2796
Query 2812 GACTTTTTTGATCAAAGCCTTGATGAGATCAAACTTCTCAAGTATGTCAACCAGCATGAT 2871
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 GACTTTTTTGACCAAAGCCTTGATGAAATCAAACTTCTCAAGTATGTCAACCAGCATGAT 2856
Query 2872 CCTGCTGACAAATATCATCTCCTTCGACTGTATGACTACTTCTACTTCCGGGAGCACCTG 2931
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 CCTGCTGACAAATACCATCTCCTTCGACTGTATGACTACTTCTACTTCCGGGAGCACCTG 2916
Query 2932 TTAATAGTATGTGAACTTCTCAAGGCAAACTTGTATGAGTTCCAAAAGTTTAATAGGGAA 2991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2917 TTAATAGTATGTGAACTTCTCAAGGCAAACTTGTATGAGTTCCAAAAGTTTAATAGGGAA 2976
Query 2992 TCAGGGGGAGAGGTTTATTTCACTATGCCAAGATTGCAGTCAATTACTATCCAGTGCTTG 3051
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 TCAGGTGGAGAGGTTTATTTCACTATGCCAAGATTGCAGTCAATTACTATCCAGTGCTTG 3036
Query 3052 GAAGCATTGAACTTTCTGCATGGTCTCGGCCTTATACACTGCGACTTAAAACCTGAAAAC 3111
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3037 GAAGCATTGAACTTTCTTCATGGTCTGGGCCTTATACACTGCGACTTAAAACCTGAAAAC 3096
Query 3112 ATACTAATCAAAAGCTACAGCAGATGCGAAATCAAAGTTATTGATCTGGGAAGTAGCTGT 3171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 ATACTAATCAAAAGCTACAGCAGATGCGAAATCAAAGTTATTGATCTGGGAAGTAGCTGT 3156
Query 3172 TTTGAGACAGATCATCTTTGCTCCTATGTCCAGTCTAGATCCTACCGTGCTCCAGAAGTC 3231
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3157 TTTGAGACAGATCATCTTTGCTCCTATGTTCAGTCTAGATCCTACCGTGCTCCAGAAGTC 3216
Query 3232 ATTCTTGGGCTTCCATATGATAAAAAGATAGATATCTGGTCACTTGGCTGCATTTTGGCA 3291
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3217 ATTCTTGGGCTTCCATATGATAAGAAGATAGATATCTGGTCACTTGGCTGCATTTTGGCT 3276
Query 3292 GAACTATGTACCGGCAATGTTCTTTTCCAAAATGATTCTCCGGCTACTTTACTTGCAAGG 3351
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3277 GAACTGTGTACCGGCAATGTTCTTTTCCAAAATGATTCTCCGGCAACTTTGCTTGCAAGG 3336
Query 3352 GTCATCGGTATAATCGGATCAATTGACCAAGAAATGCTTGCCAAAGGACGTGATACATGC 3411
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3337 GTCATCGGTATAATCGGATCCATTGACCAAGAAATGCTTGCCAAAGGACGTGATACATGC 3396
Query 3412 AAGTACTTCACCAAAAATCATTTACTATATGAGAGGAACCAGGAGAGTAACAATTTGGAG 3471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3397 AAGTACTTCACCAAAAATCATTTACTATATGAGAGGAACCAGGAGAGTAACAATTTGGAG 3456
Query 3472 TACCTAATACCGAAAAAGTCATCGCT-AAGGCGTAGACTACCAATGGGTGACCAAGGCTT 3530
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3457 TACCTAATACCGAAAAAGTCATCGCTTAAG-CGTAGACTGCCAATGGGTGACCAAGGCTT 3515
Query 3531 CATAGACTTTGTGGCATACTTGCTCCAAGTTGATCCAAAGAAACGCCCGTCTGCATTTGA 3590
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3516 CATAGACTTTGTGGCATACTTGCTCCAAGTTGATCCAAAGAAACGCCCTTCTGCATCTGA 3575
Query 3591 AGCTCTTAAGCATCCTTGGTTGACTTATCCCTACGAACCCATATCTGCC-TGATTCTGT- 3648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||
Sbjct 3576 AGCTCTTAAGCATCCTTGGTTGACTTATCCCTACGAACCCATATCT-CCGTGATTCGGTC 3634
Query 3649 AGGTGCAACAAAAGCAGAATGGATGAGAGCTAGTCAAGGAAGAAGATGATGGTTTGTTTT 3708
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3635 AGA-GCAACAAAAGCAGAATGGATGAGAGCTAGTCAAGGAAGAAGATGATGGTTTGCTTT 3693
Query 3709 TCAGACATTGTTTTTTGTTGAAAAGTCTGCTGAGAGTGAAATCTTTCAGACCTTGTTGTA 3768
|| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3694 TCCCACATT-TTTTTTGTTGAAAAGTCTGCTAAGAGGGAAATCTTTCAGACCTTGTTGTA 3752
Query 3769 TATTAATTTGATGTGTGACTATTGCTCATTTGGTCTCAGCATTTTGTTTCACTGGTAGCT 3828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3753 TATTAATTTGATGTGTGACTATTGCTCATTTGGTCTCAGCATTTTGTTTCACTGGTAGCT 3812
Query 3829 TGTGAAATATAGTCCCTTCTTCGATTTTGCTTTT-GCCACATGCTTTGGGTATTTGATTA 3887
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 3813 TGTGAAATATAGTCCCTTCTTCGATTTTGATTTTTGCCAAATGCTTTGGGT-TT-GATTA 3870
Query 3888 TAT-GATTGTAGCCGGTGATATTT 3910
||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3871 TATTGATTGTAGCCGGTGATATTT 3894
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148767052857
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5