BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G17760.1
Length=1605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929640 jgi|Araly1|929640|scaffold_302097.1 2460 0.0
> Ahg929640 jgi|Araly1|929640|scaffold_302097.1
Length=1524
Score = 2460 bits (1332), Expect = 0.0
Identities = 1448/1505 (96%), Gaps = 3/1505 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 TTCAGCATAACTCAAACACAATGGTACTCGCAACCAACTCTGACTCCGACGAGCATTTGC 79
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TTCAGAATAACTCAAACACAATGGTACTTGCAACCAACTCTGACTCCGAAGAGCATTTGC 60
Query 80 ATTCCACTTTTGCTTCTAGATATGTCCGTGCTGTTGTTCCCAGGTTCAAGATGCCTGACC 139
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTCCACTTTTGCTTCCAGATATGTCCGTGCTGTTGTTCCCAGGTTCAAGATGCCTGACC 120
Query 140 ATTGCATGCCCAAAGATGCTGCTTATCAAGTGATCAATGATGAGTTGATGCTTGATGGTA 199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 ATTGCATGCCCAAAGATGCTGCTTATCAAGTGATCAATGATGAGTTGATGCTTGATGGCA 180
Query 200 ATCCCAGGCTTAACCTAGCCTCCTTTGTCACCACTTGGATGGAACCTGAGTGTGACAAAC 259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCCCAGGCTTAACCTAGCCTCCTTTGTCACCACTTGGATGGAACCTGAGTGTGACAAAC 240
Query 260 TCATCATGGATTCTGTCAATAAGAACTATGTTGATATGGATGAATATCCTGTCACCACTG 319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 241 TCATCATGGATTCTGTCAATAAGAACTATGTTGATATGGATGAATACCCTGTCACTACCG 300
Query 320 AGCTCCAGAACCGGTGTGTAAATATGATAGCAAACTTGTTCCATGCTCCCGTTGGAGAAG 379
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGCTCCAGAACCGGTGTGTAAATATGATAGCTAACTTGTTCCATGCTCCCGTTGGAGAAG 360
Query 380 ACGAGGCTGCTATTGGGTGTGGAACTGTTGGTTCATCTGAGGCTATAATGCTTGCTGGTT 439
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCGAGGCTGCTATTGGGTGTGGAACTGTCGGTTCATCAGAGGCTATAATGCTTGCTGGTT 420
Query 440 TGGCTTTCAAAAGGAAATGGCAACATAGGAGAAAAGCTCAGGGTCTACCTATTGATAAGC 499
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 421 TAGCTTTCAAAAGGAAATGGCAACATAGGAGAAGAGCTCAGGGTCTATCTACTGATAAGC 480
Query 500 CTAACATTGTCACTGGAGCCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAGTTTGCAAGGTACTTTG 559
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 CTAACATTGTTACTGGAGCCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAATTTGCAAGGTACTTTG 540
Query 560 AGGTAGAGCTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTACTATGTTATGGATCCAGCTAAAG 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||
Sbjct 541 AGGTAGAGCTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTATTACGTGATGGACCCAGCTAAAG 600
Query 620 CTGTAGAGATGGTGGATGAGAATACCATCTGTGTTGCAGCAATTCTAGGATCCACACTTA 679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 CTGTAGAGATGGTGGATGAGAATACCATCTGTGTTGCAGCAATTCTAGGATCTACACTTA 660
Query 680 CTGGAGAGTTTGAGGACGTTAAGCAATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAAAACGCAGAGA 739
| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCGGAGAGTTTGAGGATGTGAAGCTATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAAAACGCAGAGA 720
Query 740 CAGGATGGGAAACTCCTATTCATGTTGATGCAGCCAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCC 799
| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CGGGTTGGGAAACTCCTATTCATGTTGATGCAGCAAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCC 780
Query 800 TCTACCCTGATCTTGAATGGGACTTTAGGCTTCCATGGGTGAAGAGTATTAACGTCAGTG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 781 TCTACCCTGATCTTGAATGGGACTTTAGGCTTCCATGGGTGAAGAGTATCAATGTCAGTG 840
Query 860 GTCACAAGTATGGACTTGTGTATGCAGGAGTTGGTTGGGTTGTCTGGAGAACAAAAGATG 919
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTCATAAGTATGGACTTGTGTATGCAGGAGTTGGTTGGATTGTCTGGAGAACAAAAGATG 900
Query 920 ATTTGCCAGAGGAACTTGTCTTCCACATCAACTACTTGGGAGCTGATCAACCCACTTTCA 979
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATTTGCCAGAGGAACTTGTCTTTCACATCAACTACTTAGGAGCTGATCAACCCACTTTCA 960
Query 980 CTCTCAACTTCTCAAAAGGGTCGAGCCAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATCCGAC 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTCTCAACTTCTCAAAAGGGTCGAGCCAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATCCGAC 1020
Query 1040 TAGGCTTTGAGGGATACAAGAACATAATGGAAAACTGCATGGATAACGCAAGGAGGCTAA 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TAGGCTTTGAGGGATACAAGAACATAATGGAAAACTGCATGGATAACGCAAGGAGGCTAA 1080
Query 1100 GAGAAGGAATAGAGATGACAGGGAAGTTCAACATTGTGTCCAAAGATATTGGCGTGCCAC 1159
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAGAAGGCATAGAGATGACAGGGAAGTTCCACATTCTGTCTAAAGATATTGGCGTGCCAC 1140
Query 1160 TAGTGGCATTCTCTCTCAAAGACAGTAGCAAGCACACGGTGTTTGAGATCGCAGAGTCTT 1219
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAGTAGCATTCTCACTCAAAGACAGTAGCAAACACACGGTGTTTGAGATCGCAGAGTCAC 1200
Query 1220 TGAGAAAATTCGGGTGGATCATACCGGCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTG 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGAGAAAATTCGGGTGGATCATACCGGCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTG 1260
Query 1280 CTGTGCTCAGAGTTGTGATAAGAGAAGACTTTAGCCGAGGCCTTGCAGATAGACTCATCA 1339
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTGTGCTCAGAGTTGTTATCAGAGAAGACTTTAGCCGAGGCCTTGCAGATAGACTCATCA 1320
Query 1340 CACATATCATTCAGGTGCTGAAAGAGATTGAAGGGCTTCCTAGCAGGATTGCACATCTTG 1399
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 1321 CACACATCATTCAGGTACTGAAAGAGATTGAAGGGCTTCCTAGCCGGATCGCGCATCTTG 1380
Query 1400 CTGCGGCTGCAGCGGTTAGTGGTGATGATGAAGAAGTTAAAGTGAAGACTGCCAAGATGT 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1381 CTGCGGCTGCAGCGGTTAGTGGTGATGATGAAG---TTAAAGTGAAGACTGCGAAGATGT 1437
Query 1460 CCTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGCCTTGTGGAACACAAGAGAAATATTGTCT 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CCTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGCCTTGTGGAACACAAGAGAAATATTGTCT 1497
Query 1520 GCTAA 1524
| |||
Sbjct 1498 GTTAA 1502
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60144496855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5