BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18060.1
Length=2223
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929672 jgi|Araly1|929672|scaffold_302129.1 3037 0.0
> Ahg929672 jgi|Araly1|929672|scaffold_302129.1
Length=1876
Score = 3037 bits (1644), Expect = 0.0
Identities = 1800/1877 (96%), Gaps = 4/1877 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 TCTCTGCAAAGT-C-CTCGGTTCTGATGGAGCTTTCAGAAACCTATGCTTGTGTTCCATC 142
|||||||||||| | |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 TCTCTGCAAAGTCCTCTCGATTTTGATGGAGCTTTCCGAAACCTATGCTTGCGTTCCATC 60
Query 143 GACGGAGAGAGGTAGAGGAATTC-TGATCTCTGGTAACTCGAAGTCCGATACCATCCTCT 201
||||||||||||| | |||| || ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 GACGGAGAGAGGTCGCGGAA-TCTTGATCTCCGGTGACTCGAAGTCCGACACCATCCTCT 119
Query 202 ACACTAATGGTCGATCCGTCGTGACTCTCGACCTTAACAATCCTTTAAAGGTCTCTATCT 261
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ACACTAATGGTCGATCCGTCGTGACTCTCGACCTCAACAATCCTTTAAAGGTCTCTATCT 179
Query 262 ATGGTGAGCACGCTTACCCAGCTACTGTGGCGCGATATTCTCCGAACGGAGAGTGGATCG 321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 180 ATGGTGAGCACGCTTACCCAGCTACTGTGGCGCGATATTCCCCGAACGGAGAGTGGATCG 239
Query 322 CGTCTGGTGATGTGTCGGGGACTGTTAGAATCTGGGGAGCTTACAACGATCATGTGTTGA 381
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CGTCGGGTGATGTGTCGGGGACTGTTAGAATCTGGGGGGCTTACAACGATCATGTGTTGA 299
Query 382 AGAATGAGTTTAAGGTTTTGGCTGGTCGGATCGATGATCTTCAGTGGTCTGCTGATGGGA 441
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 300 AGAAAGAGTTTAAGGTTTTGGCTGGTCGGATCGATGATCTTCAGTGGTCGGCTGATGGGA 359
Query 442 TGAGGATCGTTGCTTCTGGTGATGGCAAAGGCAAATCTCTTGTTCGTGCTTTCATGTGGG 501
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGAGGATCGTTGCTTCTGGTGATGGCAAAGGGAAATCTCTTGTTCGTGCTTTCATGTGGG 419
Query 502 ATTCAGGATCAAATGTGGGAGAGTTTGATGGTCATTCTAGGAGAGTTCTTAGCTGTGCTA 561
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 420 ATTCAGGATCAAATGTGGGAGAGTTTGATGGACATTCTAGGCGAGTTCTTAGCTGTGCTA 479
Query 562 TCAAGCCAACTAGGCCGTTCCGTATTGTAACTTGTGGGGAGGATTTTCTGGTGAATTTCT 621
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 480 TCAAGCCAACTAGACCGTTCCGTATTGTAACTTGTGGGGAAGATTTTCTGGTGAATTTTT 539
Query 622 ATGAAGGTCCTCCTTTTAAGTTCAAGCTCTCAAGCAGAGAGCATTCCAACTTTGTCAACT 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATGAAGGTCCTCCTTTTAAGTTCAAGCTCTCAAGCAGAGAGCATTCCAACTTTGTCAACT 599
Query 682 GTGTGAGGTTTGCACCAGATGGAAGTAAGTTCATTACTGTGAGTTCAGATAAGAAGGGAA 741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 600 GTGTGAGGTTTGCACCAGATGGAAGTAAGTTCATTACTGTGAGTTCAGATAAAAAGGGAA 659
Query 742 TCATATATGATGGAAAGACTTGTGAGATACTGGGAGAACTGTCTTCTGATGATGGGCATA 801
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCATATATGATGGAAAGACTTGTGAGATACTGGGAGAACTCTCTTCTGATGATGGGCATA 719
Query 802 AAGGTAGCATCTATGCAGTCAGCTGGAGTCCTGATGGTAAACAGGTGCTCACTGTTTCCG 861
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGGTAGCATCTATGCAGTTAGCTGGAGTCCTGATGGTCAACAGGTGCTCACTGTTTCCG 779
Query 862 CAGACAAGTCAGCCAAAATATGGGATATATCAGACAACGGTAGTGGATCATTGAATACAA 921
| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |
Sbjct 780 CCGACAAGTCAGCCAAAGTATGGGATATATCGGACAACGGTAGCGGAACATTGAAGACTA 839
Query 922 CATTGAACTGTCCTGGATCATCAGGTGGAGTAGACGATATGCTTGTTGGGTGTCTGTGGC 981
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CATTGAATTGTCCTGGATCATCAGGTGGAGTGGACGATATGCTTGTTGGGTGTCTGTGGC 899
Query 982 AGAACGATCATATTGTCACTGTTTCTCTAGGTGGCACAATCAGCATATTCTCAGCAAGCG 1041
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGAACGATCATATTGTCACTGTTTCTCTAGGTGGTACAATCAGCATATTCTCAGCAAGCG 959
Query 1042 ATCTGGATAAATCCCCCTTTCAGTTTTCGGGACACATGAAGAACGTCTCTTCCTTAGCTG 1101
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATCTTGATAAATCCCCCTTTCAGTTTTCGGGGCACATGAAGAACGTCTCTTCCTTAGCTG 1019
Query 1102 TGCTTAAAGGAAACGCTGATTACATATTATCCGGTAGTTATGATGGACTGATATGTAAAT 1161
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGCTTAAAGGAGCCGCTGACTACATATTATCCGGTAGTTATGATGGACTGATATGTAAAT 1079
Query 1162 GGATGCTAGGCCGTGGTTTTTGCGGTAAATTGCAGCGGACACAAAACTCTCAAATAAAGT 1221
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGATGCTAGGCCGTGGTTTTTGCGGTAAATTGCACCGGACACAAAACTCTCAAATAAAGT 1139
Query 1222 GCTTTGCTGCCCATGAAGAAGAGATCGTGACCTCTGGATATGACAATAAGATATCCAGGA 1281
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCTTTGCTGCTCATGAAGAAGAGATCGTGACCTCTGGATATGACAATAAGATATCCAGGA 1199
Query 1282 TCTCCTATAAAGATGATCAATGCACAAATGAAGAGTCTATCGACATTGGAAATCAACCAA 1341
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 TTTCCTATAAAGACGATCAATGCACAAACGAAGAGTCTGTCGACATTGGAAACCAACCAA 1259
Query 1342 AGGATCTAAGCCTTGCACCACTCTCACCCGATCTCCTTCTGGTGACCTTTGAGTCAGGAG 1401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 AGGATCTAAGCCTTGCACCACTCTCACCCGATCTCCTTCTGGTGACATTTGAGTCAGGAG 1319
Query 1402 TTGTGTTTCTTCGTGATGGGAAAGTAGTGTCAACCATCAACCTTGGGTTCATTGTCACTG 1461
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1320 TTGTGTTTCTCCGTGATGGGAAAGTAGTGTCAACCATCAACCTTGGATTCACTGTCACTG 1379
Query 1462 CTTTGGCAGTAACACCTGATGGAACCGAAGCTGTCATCGGTGGCCAAGACGGTAAACTCC 1521
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CTTTGGCAGTAACACCTGATGGAACCGAAGCCATCATCGGTGGCCAAGACGGTAAACTCC 1439
Query 1522 ATTTGTATTCTATTAATGGTGACTCCCTCACCGAGGAAGCAGTTCTCGAGAGACACAGAG 1581
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1440 ATCTGTATTCTATTAATGGCGACTCCCTCACCGAGGAAGCAGTTCTCGAGAAACACAGAG 1499
Query 1582 GCGCCATCAGCGTCATACGTTACTCTCCAGATTTGTCTATGTTTGCATCAGCTGATTTGA 1641
|||||||||| || |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1500 GCGCCATCAGTGTTATACGTTACTCTCCGGATCTCTCTATGTTTGCATCAGGTGATTTGA 1559
Query 1642 ACAGAGAAGCAGTTGTGTGGGACAGAGTCTCCAGAGAGATGAAACTCAAGAACATGTTGT 1701
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1560 ACAGAGAAGCAGTTGTGTGGGACAGAGTCTCCAAAGAGATGAAACTCAAGAATATGCTGT 1619
Query 1702 ACCATAGCGCCCGCATAAACTGCTTAGCTTGGTCTCCAAACAGCACTATGGTTGCCACAG 1761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1620 ACCATAGCGCCCGCATAAACTGCTTAGCTTGGTCTCCAAACAGCACTATGGTTGCTACAG 1679
Query 1762 GATCCTTGGACACGTGTGTGATTGTGTATGAAGTGGACAAACCTGCTTCGTCACGCATGA 1821
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1680 GATCCTTAGACACCTGTGTGATTGTGTATGAAGTGGACAAACCTGCTGCTTCACGCATGA 1739
Query 1822 CAATAAAAGGAGCTCACTTAGGTGGAGTATATGGTCTGGGTTTTGCTGATGATTCCCATG 1881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CAATAAAAGGAGCTCACTTAGGTGGAGTATATGGTCTGGGTTTTGCTGATGATTCCCATG 1799
Query 1882 TAGTGAGTTCTGGTGAAGATGCTTGTATCCGCGTCTGGAGCTTTACTCCTCAATAAGACT 1941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1800 TAGTGAGTTCTGGTGAAGATGCTTGTATCCGCGTCTGGAGCTTAACTCCGCAATAAGACT 1859
Query 1942 TGACGTAAATTATAAAG 1958
||| |||||||||||||
Sbjct 1860 TGAGGTAAATTATAAAG 1876
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83684268265
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5