BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18290.1
Length=4414
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479327 jgi|Araly1|479327|fgenesh2_kg.3__2028__AT3G18290.1 7131 0.0
> Ahg479327 jgi|Araly1|479327|fgenesh2_kg.3__2028__AT3G18290.1
Length=4339
Score = 7131 bits (3861), Expect = 0.0
Identities = 4215/4379 (96%), Gaps = 51/4379 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 tttccagataaacattaataaaacgat-aaaaggcaaaaaataaaaaagaaaagaaagca 78
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTCCAGATAAACATTAATAAAACGATAAAAAGGC-AAAAA-AAAAAAGAAAAGAAAGCA 58
Query 79 aaagcaaaatcaaaaTCGATATATCAGACAACGCCTCGACCTTTCTTTCtttttttCCTT 138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||
Sbjct 59 AAAGCAAAATCAAAATCGATATATCAGACAACGCCTCGA-C---CTTTC------T--TT 106
Query 139 CTCATCGTCTCCGTTGAACAACACCACACAAACACCAGAAGAACACCAGATAATTCCCAT 198
||||||||||||||||||||||| | ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 107 CTCATCGTCTCCGTTGAACAACA-C-CAC--ACA-C-GAAGAAAACCAGATAATTCCCAT 160
Query 199 GGTGAACCGAGCTCAGATTTGAAAATTGAAGGTCGTAGACGAATCATAAGGAAAGAGAGA 258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||
Sbjct 161 GGTGAACCGAGCTCAGATTTGAAAATTGAAGGTCGTAGACGAATCACAAGGATATAGAGA 220
Query 259 AGTGGTTTGAGATTTCTTTTTTGACGGACGAAAACGGAGATAAGCTTTGGGGGAAATGGC 318
|||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 221 AGTGCTGTGAGATTTC-TTTTTCACGGACGAAAACGGAGATAAGCTTCGGGGGAAATGGC 279
Query 319 GACGCCGTTACCAGATTTTGAGACGGCGAGAGGCGGCGGAGCAGTGGCGtcttcttcaac 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 280 GACGCCGTTACCAGATTTTGAGACGGCGAGAGGCGGCGGAGGAGTGGCGTCTTCTTCAAC 339
Query 379 cacggttcttccgagttctgtgtcttcttcttcttcttcatctCGTCCGTTGCCTGTGGC 438
|||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 340 CACGGTGCTTACGAGTTCTGTGTC-TC--CCTCTTCTTCCTCTCGTCCGTTGCCTGTGGC 396
Query 439 GAATTCGTTCTCGGATGACGCGGAAGAGATTTCTCCGATCCTGATTTTCTTGTTCTTTCA 498
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 GAATTCGTTCTCGGAAGACGCGGAAGAGATTTCTCCGATCCTGATTTTCTTGTTCTTTCA 456
Query 499 TAAGGCAGTATGTAGTGAGCTTGAAGCTCTTCATAGATTGGCTCTTGAGTTTGCTACTGG 558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 457 TAAGGCAGTATGTAGTGAGCTTGAAGCTCTTCATAGATTGGCGCTGGAGTTTGCTACTGG 516
Query 559 TCACCATGTCGATCTCCGGCTGCTTCGTGAACGGTACCGGTTCTTGAGATCCATCTATAA 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 TCACCATGTCGATCTCCGGCTGCTTCGTGAACGGTACCGGTTCTTGAGATCCATCTATAA 576
Query 619 GCATCACTGCAATGCCGAAGACGAGGTGATATTTTCAGCTCTTGACATACGTGTGAAGAA 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 GCATCACTGCAATGCCGAAGACGAGGTGATATTTTCAGCTCTTGACATACGTGTGAAGAA 636
Query 679 TGTAGCGCAAACATATTCTCTTGAACACAAGGGGGAAAGCAATCTTTTCGATCATCTCTT 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 TGTAGCGCAAACATATTCTCTTGAACACAAGGGGGAAAGCAATCTTTTCGATCATCTCTT 696
Query 739 TGAGCTGCTGAATTCTGCCACGGAAACTGATGAAAGTTACCGAAGGGAGTTGGCTCGTTC 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 697 TGAGCTGCTGAATTCTGCCACGGAAACTGATGAAAGTTACCAAAGGGAGTTGGCTCGTTC 756
Query 799 TACCGGAGCACTTCAGACTTCTGTTAGCCAGCACTTGGCGAAAGAACAGAAACAGGTGTT 858
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 757 TACTGGAGCACTTCAGACTTCTGTTAGCCAGCACTTGGCAAAAGAACAGAAGCAGGTGTT 816
Query 859 CCCCTTACTTATTGAGAAATTCAAGTATGAGGAGCAAGCTTACATAGTCTGGCGGTTTCT 918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 CCCCTTACTTATTGAGAAATTCAAGTATGAGGAGCAAGCTTACATAGTCTGGCGGTTTCT 876
Query 919 CTGCAGTATTCCTGTGAATATGCTTGCTGTGTTCTTGCCATGGATTTCTTCTTCCATTTC 978
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 877 CTGCAGTATTCCTGTGAATATGCTTGCTGTGTTCCTGCCATGGATTTCTTCCTCCATTTC 936
Query 979 AGTAGATGAAAGCAAGGAGATGCAAACGTGCTTAAAGAAGATAGTTCCAGGCGAGAAGCT 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 AGTAGATGAAAGCAAGGAGATGCAAACGTGCTTAAAGAAGATAGTTCCAGGCGAGAAGCT 996
Query 1039 CCTTCAGCAGGTTATTTTCACCTGGCTGGGAGGGAAAAGCAATACCGTGGCTTCGTGTCG 1098
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 997 CCTTCAGCAGGTTATTTTCACCTGGTTGGGAGGGAAAAGCAATACTGTGGCTTCGTGTCG 1056
Query 1099 CATTGAAGATTCTATGTTCCAGTGCTGTCTAGATTCTTCTAGCAGCATGCTTCCTTGTAA 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 CATTGAAGATTCTATGTTCCAGTGCTGTCTAGATTCTTCTAGCAGCATGCTTCCTTGTAA 1116
Query 1159 AGCAAGTAGAGAACAGTGCGCATGTGAGGGTTCCAAGATTGGGAAGAGAAAGTACCCAGA 1218
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 AGCAAGTAGAGAACAGTGCGCATGTGAGGGGTCCAAGATTGGGAAGAGAAAGTACCCAGA 1176
Query 1219 GCTTACTAACTTTGGCTCATCTGATACTC---TGCACCCAGTTGATGAGATAAAGCTCTG 1275
||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GCTTACTAAGTTTGGTTCATCTGATACTCAGATGCACCCAGTTGATGAGATAAAGCTCTG 1236
Query 1276 GCACAAGTCAATCAACAAGGAGATGAAAGAAATAGCCGATGAGGCTAGGAAGATTCAGCT 1335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1237 GCACAAGTCAATCAACAAGGAGATGAAAGAAATAGCCGATGAGGCTAGGAAGATCCAGCT 1296
Query 1336 GTCTGGAGATTTTTCGGATTTATCGGCATTTGATGAACGCTTACAATATATTGCTGAAGT 1395
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 ATCTGGAGATTTTTCGGATTTATCTGCATTTGATGAACGCTTACAATATATTGCTGAAGT 1356
Query 1396 GTGCATCTTCCATAGTCTTGCAGAGGACAAGATCATATTTCCAGCTGTAGATGGAGAGTT 1455
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1357 GTGCATCTTCCACAGTCTTGCAGAGGACAAGATCATATTTCCAGCAGTAGATGGGGAGTT 1416
Query 1456 TTCATTTTCTGAAGAGCACGATGAAGAAGAAAATCAGTTTAACGAGTTTCGATGCTTAAT 1515
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 TTCATTTTCTGAGGAGCACAATGAAGAAGAAAATCAGTTTAACGAGTTTCGATGCTTAAT 1476
Query 1516 TGAAAATATCAAGAGTGCTGGAGCCTCTTCTACTTCCGCTGCCGAATTTTACACTAAGCT 1575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |
Sbjct 1477 TGAAAATATCAAGAGTGCTGGAGCCTCTTCTACTTCTGCTGCTGAATTTTACACCAAGTT 1536
Query 1576 GTGCTCACATGCTGATCAAATAATGGAAACTATTCAAAGACACTTCCATAACGAGGAAAT 1635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1537 GTGCTCACATGCTGATCAAATAATGGAAACTATTCAAAGACACTTCCACAACGAGGAAAT 1596
Query 1636 TCAGGTGCTACCCCTTGCACGAAAGAACTTCAGCTTCAAAAGACAACAAGAACTTCTCTA 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1597 TCAGGTGCTACCCCTTGCACGAAAGAACTTCAGCTTTAAAAAACAACAAGAACTTCTCTA 1656
Query 1696 CCAAAGCCTGTGTATAATGCCATTGAGACTAATTGAACGAGTTTTGCCATGGTTGACGGC 1755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 CCAAAGCCTGTGTATAATGCCATTGAGACTAATTGAACGAGTTTTGCCATGGTTGACGGC 1716
Query 1756 ATCTTTAACAGAAGATGAAGCTAAGAATTTTCTGAAGAACTTGCAAGCTGGAGCACCTAA 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 ATCTTTAACAGAAGATGAAGCTAAGAATTTTCTGAAGAACTTGCAAGCTGGAGCACCTAA 1776
Query 1816 ATCGGATGTTGCTCTCGTTACTCTTTTCTCTGGTTGGGCTTGCAAAGGACGCAAAGCCGG 1875
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 ATCAGATGTTGCTCTCATTACTCTTTTCTCTGGTTGGGCATGCAAAGGACGCAAAGCCGG 1836
Query 1876 GGAATGCTTGTCTCCAAACGGGAATGGTTTATGCCCTGTGAAAACACTAAGCAACATTAA 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 GGAATGCTTGTCTCCAAACGGGAATGGTTTATGCCCTGTTAAAACACTAAGCAACATTAA 1896
Query 1936 AGAAGTCAACCTTCAGTCATGTAATGCTTGTGCGTCTGTTCCATGCACGAGTAGGAGTAC 1995
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 AGAAGTCAACCTTCAGTCATGTAATACTTGTGCGTCTGTTCCATGCACGAGTAGGAGTAC 1956
Query 1996 AAAATCGTGTTGCCAGCATCAAGATAAAAGGCCAGCTAAGCGAACTGCTGTATTGTCTTG 2055
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 AGAATCGTGTTGCCAGCATCAAGATAAAAGGCCAGCTAAGCGAACTGCTGTATTGTCTTG 2016
Query 2056 TGaaaaaaaaaCCACCCCTCACTCGACAGAAGTTGCAAATGGGTGCAAGCCATCTGGAAA 2115
|||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 TGAAAAAAAAACCACCACGCACTCGTCAGAAGTTGCAAATGGGTGCAAGCCATCTGGAAA 2076
Query 2116 TGGTAGGTCATGCTGTGTTCCGGATCTCGGAGTTAACAATAATTGTCTGGAACTTGGTTC 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 TGGTAGGTCATGCTGTGTTCCGGATCTCGGAGTTAACAATAATTGTCTGGAACTTGGTTC 2136
Query 2176 TCTTCCAGCAGCTAAAGCTATGAGATCTTCTTCGCTAAACTCTGCTGCACCCGCTCTTAA 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 TCTTCCAGCAGCTAAAGCTATGAGATCTTCTTCGCTAAACTCTGCTGCACCCGCTCTTAA 2196
Query 2236 TTCCAGCCTCTTTATTTGGGAAATGGATAGTAACAGCTTTGGTACTGGACATGCTGAGCG 2295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2197 TTCCAGCCTCTTTATTTGGGAAATGGATAGTAACAGCTTTGTTACTGGACATGCCGAGCG 2256
Query 2296 GCCAGTTGCTACAATATTCAAGTTTCACAAGGCCATAAGCAAAGATCTAGAGTTTCTTGA 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 GCCAGTTGCTACAATATTCAAGTTTCACAAGGCCATAAGCAAAGATCTAGAGTTTCTTGA 2316
Query 2356 TGTTGAATCTGGAAAGCTCATTGATTGCGATGGAACATTTATTCGTCAATTTATCGGTCG 2415
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2317 TGTTGAATCTAGAAAGCTCATTGATTGCGATGGGACATTTATTCGTCAATTTATCGGTCG 2376
Query 2416 ATTTCACCTACTCTGGGGTTTCTACAAGGCTCATAGTAATGCAGAAGATGACATCCTATT 2475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 ATTTCACCTACTCTGGGGTTTCTACAAGGCTCATAGTAATGCAGAAGATGACATCCTATT 2436
Query 2476 TCCAGCTCTAGAATCGAAGGAGACACTTCACAATGTCAGTCACTCTTACACGCTCGACCA 2535
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 TCCAGCTCTGGAATCGAAGGAGACGCTTCACAATGTCAGTCACTCTTACACGCTCGACCA 2496
Query 2536 TAAACAGGAGGAGAAGTTGTTTGGAGATATTTATAGTGTCCTTACCGAACTTTCAATTCT 2595
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2497 TAAACAGGAGGAGAAGTTGTTTGGTGATATTTATAGTGTCCTTACTGAACTTTCAATTCT 2556
Query 2596 TCATGAGAAGTTACAGAGTGATTCTATGATGGAGGACATAGCTCAAACTGACACTGTTCG 2655
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2557 TCATGAGAAGTTACAGAGTGATTCTGTGATGGGGGACATAGCTCAGACTGACACTGTTCA 2616
Query 2656 GACGGATATCGATAACGGTGACTGCAACAAGAAATACAATGAACTGGCTACAAAGCTACA 2715
||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 GACTGATATCGATAACAGTGACTGCAAGAAGAAGTACAATGAACTGGCTACAAAGCTACA 2676
Query 2716 GGGGATGTGCAAATCCATTAAAATCACTTTGGATCAGCACATTTTCTTGGAGGAACTGGA 2775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 AGGGATGTGCAAATCCATTAAAATCACTTTGGATCAGCATATTTTCTTGGAGGAACTGGA 2736
Query 2776 GCTTTGGCCTCTATTTGACAAACACTTCTCCATTCAAGAGCAAGACAAGATTGTGGGTCG 2835
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 GCTATGGCCTCTATTTGACAAACACTTCTCCATTCAGGAGCAAGACAAGATTGTGGGTCG 2796
Query 2836 TATAATCGGAACAACGGGTGCTGAAGTTCTTCAATCTATGTTACCATGGGTGACGTCTGC 2895
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 TATAATCGGAACAACGGGTGCTGAAGTTCTCCAATCTATGTTACCATGGGTGACGTCTGC 2856
Query 2896 CCTTTCTGAAGATGAGCAAAACAGAATGATGGATACCTGGAAGCAGGCAACCAAGAACAC 2955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 CCTTTCTGAAGATGAGCAAAACAGAATGATGGATACCTGGAAGCAGGCAACCAAGAACAC 2916
Query 2956 AATGTTCGATGAATGGCTTAATGAATGCTGGAAAGGATCACCCGACTCATCCTCAACAGA 3015
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2917 AATGTTTGATGAATGGCTTAATGAATGCTGGAAAGGATCACCTGACTCATCCTCAACAGA 2976
Query 3016 AACATCCAAACCTAGTCCACAGAAAGATAATGATCATCAAGAAATCTTGGACCAAAGTGG 3075
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2977 AACATCCAAACCTAGTTCACAGAAAGATAATGATCATCAAGAAATCTTGGACCAAACTGG 3036
Query 3076 TGAACTATTTAAGCCAGGGTGGAAAGATATTTTCCGCATGAACCAGAATGAACTAGAGGC 3135
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3037 TGAACTATTTAAGCCGGGGTGGAAAGATATTTTCCGCATGAATCAGAACGAACTAGAGGC 3096
Query 3136 TGAAATCAGGAAGGTCTATCAGGACTCAACACTTGATCCGAGGAGAAAAGATTATCTCGT 3195
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 TGAAATCAGGAAGGTTTATCAGGACTCAACACTTGATCCGAGGAGAAAAGATTATCTCGT 3156
Query 3196 ACAGAATTGGAGGACCAGTCGATGGATTGCGGCTCAGCAAAAGTTACCTAAGGAAGCAGA 3255
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3157 ACAAAATTGGAGGACCAGTCGATGGATTGCGGCTCAGCAAAAGTTACCAAAGGAAACAGA 3216
Query 3256 AACTGCAGTAAATGGTGATGTTGAACTTGGATGTTCCCCGTCTTTTCGGGATCCCGAGAA 3315
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3217 AACTGCATTAAATGGTGAAGTTGAACTTGGATGTTCCCCGTCTTTTCGAGATCCCGAGAA 3276
Query 3316 GCAGATATATGGATGCGAGCATTACAAGCGTAACTGCAAGCTTCGAGCTGCTTGTTGTGA 3375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3277 ACAGATATATGGATGCGAGCATTACAAGCGTAACTGCAAGCTTCGAGCTGCTTGTTGTGA 3336
Query 3376 TCAGTTGTTCACTTGTAGGTTTTGCCATGACAAAGTAAGCGACCACTCCATGGATAGAAA 3435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3337 TCAGTTGTTCACTTGTAGGTTTTGCCATGACAAAGTAAGCGACCACTCCATGGATAGAAA 3396
Query 3436 ATTGGTGACGGAAATGCTCTGTATGCGGTGCCTCAAGGTGCAACCTGTTGGTCCCATCTG 3495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3397 ATTGGTGACGGAAATGCTCTGTATGCGGTGCCTCAAGGTGCAACCTGTTGGTCCCATCTG 3456
Query 3496 CACAACACCTTCATGCGACGGATTCCCAATGGCAAAGCACTATTGCAGTATTTGCAAACT 3555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3457 CACAACACCTTCATGCGACGGATTCCCAATGGCAAAGCACTATTGCAGTATTTGCAAACT 3516
Query 3556 TTTTGATGATGAAAGGGCCGTTTACCACTGTCCATTCTGCAACCTTTGCCGGGTCGGGGA 3615
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3517 TTTTGATGATGAAAGGGCTGTTTACCACTGTCCATTCTGCAACCTTTGCCGGGTCGGGGA 3576
Query 3616 AGGACTAGGAATCGATTTTTTCCATTGCATGACATGTAACTGTTGCCTAGGGATGAAATT 3675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3577 AGGACTAGGAATCGATTTTTTCCATTGCATGACATGTAACTGTTGCCTGGGGATGAAACT 3636
Query 3676 AGTAAACCACAAGTGCCTCGAGAAGAGCCTCGAGACAAATTGCCCCATCTGCTGCGAATT 3735
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3637 AGTAAACCACAAGTGCCTCGAGAAGAGCCTCGAGACAAATTGTCCCATTTGCTGCGAATT 3696
Query 3736 TCTTTTCACATCGAGTGAAGCAGTTAGAGCCTTACCATGTGGTCACTACATGCACTCAGC 3795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3697 TCTTTTCACATCGAGTGAAGCAGTTAGAGCCTTACCATGTGGTCACTACATGCACTCAGC 3756
Query 3796 TTGCTTCCAGGCTTACACTTGCAGTCACTACACATGTCCAATCTGTGGAAAATCATTAGG 3855
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3757 TTGCTTCCAGGCTTACACTTGCAGCCACTACACATGTCCAATCTGTGGAAAATCATTAGG 3816
Query 3856 AGATATGGCTGTTTATTTTGGTATGCTTGATGCACTGTTAGCTGCAGAAGAACTTCCAGA 3915
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3817 AGATATGGCTGTTTATTTCGGTATGCTTGATGCACTGTTAGCTGCAGAAGAACTTCCAGA 3876
Query 3916 GGAATACAAAAATCGCTGTCAGGACATTCTATGTAATGATTGTGAACGCAAAGGAACTAC 3975
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3877 GGAATATAAAAATCGCTGTCAGGACATTCTATGTAATGATTGTGAACGCAAAGGAACTAC 3936
Query 3976 ACGGTTCCATTGGTTGTACCATAAATGTGGTAGCTGTGGTTCTTACAATACCCGGGTGAT 4035
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3937 ACGGTTCCATTGGTTGTACCATAAATGCGGGAGCTGTGGTTCTTACAATACCCGTGTGAT 3996
Query 4036 CAAGTCCGAAACAATCCCCCCGGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACACCAAGAGGTTTC 4095
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3997 CAAGTCCGAAACAACCCCCCCAGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACACTAAGAGGTTTC 4056
Query 4096 ACTCACTTGTTACTCTCtttttttctttccttttttcgggttttACCCTCTGTTTCGCAC 4155
|||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 4057 ACTCACTTTTTACTCTC-------CTTT--TTTTT--GGGTTTTACTTTCTGTTTAGCAC 4105
Query 4156 AACAATGTGAAGAAGCCCGTTGATAGAttttttttttGTATAGTCTCTGAGATATTAAGA 4215
|||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4106 AACAATTTGAAGAAGCCCGTTGGTAGATTTTTATTT-GTATAGTCTCTGAGATATTAAGA 4164
Query 4216 TTTTGAAGAGTCTTTATTTAGGTTACCTT-----ACTATACATTTTGGCTTGAACAAAGC 4270
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4165 TTTTGAAGAGTCTTTATTTAGGTTACCTTTCCTTACTATACATTTTGGCTTGGACAAAGC 4224
Query 4271 CAAAAAATTTCGTTTGTTTCTGGAACATCCCATACCGTCATCCTC-TT-TCTTCCACATA 4328
|||||| | |||||||||||||||||||||||||| | || || || |||||| ||||
Sbjct 4225 CAAAAA-T--CGTTTGTTTCTGGAACATCCCATACCATT-TCGTCCTTCTCTTCCTCATA 4280
Query 4329 ATCCGCTATTTGTTTTTGCATTAAGCTGAGACTTTTTCTTTGAAGAGTGTAAATAGTTA 4387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4281 ATCCGCTATTTGTTTTTGCATTAAGCTGAGACTTTTTCTTTGAAGAGTGTAAATAGTTA 4339
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166958572751
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5