BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18524.1
Length=3114
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479358 jgi|Araly1|479358|fgenesh2_kg.3__2059__AT3G18524.1 5145 0.0
> Ahg479358 jgi|Araly1|479358|fgenesh2_kg.3__2059__AT3G18524.1
Length=3101
Score = 5145 bits (2786), Expect = 0.0
Identities = 2999/3104 (97%), Gaps = 6/3104 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCCGCCGGTTGCCGCCAATCCGCTTTCCCGCCAAATTCGACACCATAAATTTCTTCTAG 60
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGCCGCCGGTTGCCGCCAATCCGTTTTCCCGCCAAATTCGACACCATAAATTTCTTCTAG 60
Query 61 TCGCTTTCGATTCCAGTTCCACTGAAAAACCACGAAAGAAG-AACATTTGCACCGTAGTT 119
|||||||| |||||||||||| || || ||||||||| || ||||||| ||||| |||
Sbjct 61 TCGCTTTCTATTCCAGTTCCATTGGAATTCCACGAAAG-AGTAACATTTACACCGGAGTC 119
Query 120 GCAGAAGGTAGGTGAAGGA-TTTAGCTTTCTCTATCTTCCAATGGAGGGTAATTTCGAGG 178
|||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 GCAGAACGTAGGCGAAGGATTTTTGCTTTCTCTATCTTCCAATGGAGGGCAATTTCGAGG 179
Query 179 AACAGAACAAGCTTCCGGAGCTGAAATTGGATGCAAAGCAAGCTCAAGGGTTTCTCTCGT 238
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 180 AACAGAACAAGCTTCCGGAGCTAAAATTGGATGCAAAGCAGGCTCAAGGGTTTCTCTCGT 239
Query 239 TCTACAAAACCCTACCAAATGATACGAGAGCTGTTAGATTCTTTGATCGCAAGGATTATT 298
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCTACAAAACCCTACCAAATGCTACGAGAGCTGTTAGATTCTTTGATCGCAAGGATTATT 299
Query 299 ATACAGCTCATGGTGAAAATTCAGTTTTCATTGCAAAGACTTATTATCATACAACCACTG 358
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATACAGCTCATGGTGAAAATTCAGTTTTCATCGCAAAGACTTATTATCATACAACCACTG 359
Query 359 CTCTACGTCAGCTCGGGAGTGGTTCAAATGCTCTTTCAAGCGTAAGCATTAGTAGGAACA 418
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTCTACGTCAGCTTGGGAGTGGATCAAATGCTCTTTCAAGTGTAAGCATTAGTAGGAACA 419
Query 419 TGTTCGAAACGATTGCTAGGGATCTTCTCCTGGAGCGTAATGATCATACTGTAGAACTTT 478
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 420 TGTTTGAAACGATTGCTAGGGATCTTCTCCTGGAGCGTAATGATCATACCGCAGAACTTT 479
Query 479 ATGAGGGAAGCGGATCGAATTGGAGACTTGTGAAAACAGGTTCTCCTGGAAACATTGGAA 538
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATGAGGGAAGTGGATCGAATTGGAGACTTGTGAAAACAGGTTCTCCTGGAAACATTGGAA 539
Query 539 GCTTTGAAGATGTTTTGTTTGCAAACAATGAAATGCAGGACACACCAGTTGTTGTCTCCA 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GCTTTGAAGATGTTTTGTTTGCAAACAATGAAATGCAGGACACACCAGTTGTTGTCTCCA 599
Query 599 TATTTCCAAGTTTTCACGATGGCAGATGCGTTATTGGGATGGCCTATGTTGATCTGACTA 658
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TATTTCCAAGTTTTCAGGATGGCAGATGCGTTATCGGTATGGCCTATGTTGATCTGACTA 659
Query 659 GGCGAGTTCTTGGACTAGCTGAGTTTCTTGATGATAGCCGCTTCACCAATCTGGAGTCTT 718
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGCGAATTCTTGGACTAGCTGAGTTTCTTGATGATAGCCGCTTCACCAATCTGGAGTCTT 719
Query 719 CGTTGATTGCTCTAGGCGCAAAAGAATGCATTTTTCCAGCTGAATCCGGCAAATCCAATG 778
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 720 CGCTGATTGCTTTAGGCGCAAAAGAATGCATTTTTCCAGCTGAATCGGGCAAATCCAATG 779
Query 779 AATGCAAAAGCCTGTATGATTCCCTGGAGAGGTGTGCCGTGATGATAACAGAGAGGAAGA 838
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AATGCAAAAGCCTGTATGATTCTCTGGAGAGGTGTGCCGTGATGATAACAGAGAGGAAGA 839
Query 839 AACACGAGTTCAAAGGAAGAGATTTAGATTCAGATCTTAAGAGATTGGTGAAGGGGAATA 898
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AACACGAGTTCAAAGGACGAGATTTAGATTCAGATCTTAAGAGATTGGTGAAGGGGAATA 899
Query 899 TTGAGCCTGTTAGAGATTTGGTATCCGGGTTTGACCTTGCGACTCCTGCTCTAGGTGCAT 958
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTGAACCTGTTAGAGATTTGGTATCCGGGTTTGACCTTGCGACTCCTGCTCTAGGTGCAT 959
Query 959 TACTCTCGTTTTCTGAACTTCTCTCAAATGAGGATAACTATGGGAACTTCACAATCCGCA 1018
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 960 TACTCTCCTTTTCTGAACTTCTCTCAAATGAGGATAACTATGGGAACTTCACGATCCGCA 1019
Query 1019 GATATGATATTGGCGGATTCATGAGACTTGACTCTGCAGCTATGAGGGCTTTGAATGTGA 1078
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1020 GATATGATATTGGCGGATTCATGAGACTCGACTCTGCAGCTATGAGGGCGTTGAATGTGA 1079
Query 1079 TGGAGAGCAAAACTGATGCTAATAAGAATTTCAGTTTGTTTGGTCTCATGAACAGAACAT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGGAGAGCAAAACTGATGCTAATAAGAATTTCAGTTTGTTTGGTCTCATGAACAGAACAT 1139
Query 1139 GTACCGCAGGGATGGGTAAGAGACTGCTTCATATGTGGCTGAAGCAACCCCTCGTGGATT 1198
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1140 GCACCGCAGGGATGGGTAAGAGACTGCTTCATATGTGGCTGAAGCAACCTCTCGTGGATT 1199
Query 1199 TGAATGAGATTAAGACGAGATTAGATATAGTTCAGTGCTTTGTTGAAGAAGCTGGGTTAA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1200 TGAATGAGATTAAGACGAGATTAGATATAGTTCAGTGCTTTGTTGAAGAAGCTGGATTAA 1259
Query 1259 GGCAGGATCTTAGACAGCATCTGAAGCGAATCTCAGATGTTGAGAGGCTTTTGCGCAGTC 1318
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGCAAGATCTTAGACAGCATCTGAAGCGAATCTCAGATGTTGAGAGGCTTTTGCGCAGTC 1319
Query 1319 TCGAGAGAAGAAGAGGTGGGTTACAGCACATTATTAAACTCTATCAGTCAACTATAAGGC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCGAGAGAAGAAGAGGTGGGTTACAGCACATTATTAAACTCTATCAGTCAACTATAAGGC 1379
Query 1379 TTCCCTTCATCAAAACAGCTATGCAACAGTACACCGGAGAATTCGCATCACTCATCAGCG 1438
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |
Sbjct 1380 TTCCCTTCATCAAAACAGCTATGCAACGGTACACCGGAGAATTCTCACCACTCATCAGAG 1439
Query 1439 AGAGATACCTGAAAAAGCTTGAGGCTTTATCAGATCAAGATCACCTTGGAAAGTTCATCG 1498
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1440 AGAGATACTTGAAAAAGCTTGAGGCGTTATCAGATCAAGATCACCTCGGAAAGTTCATTG 1499
Query 1499 ATTTGGTTGAGTGCTCTGTAGATCTTGACCAGCTAGAAAATGGAGAATACATGATATCTT 1558
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATTTGGTTGAGTACTCTGTAGATCTTGACCAGCTTGAAAATGGAGAATACATGATATCTT 1559
Query 1559 CAAGCTACGACACCAAATTGGCATCTCTGAAAGATCAGAAAGAATTGCTGGAGCAGCAGA 1618
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CAAGCTACGACACCACATTGGCATCTCTGAAAGATCAGAAAGAATTGCTGGAGCAGCAGA 1619
Query 1619 TTCACGAATTGCACAAAAAGACAGCGATAGAACTTGATCTTCAGGTCGACAAGGCTCTTA 1678
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTCACGAATTGCACAAAAAGACGGCGATAGAACTCGATCTTCAGGTCGACAAGGCTCTTA 1679
Query 1679 AACTTGACAAAGCAGCGCAATTTGGGCATGTCTTCAGGATCACGAAGAAGGAAGAGCCAA 1738
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AACTTGACAAAGCAGCACAATTTGGGCATGTCTTCAGGATCACGAAGAAGGAAGAGCCAA 1739
Query 1739 AGATCAGGAAGAAGCTGACGACACAGTTTATAGTGCTGGAGACTCGCAAAGACGGAGTGA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AGATCAGGAAGAAGCTGACGACACAGTTTATAGTGCTAGAGACTCGCAAAGACGGAGTGA 1799
Query 1799 AGTTCACAAACACAAAGCTaaaaaaaCTGGGGGACCAGTACCAAAGTGTTGTGGATGATT 1858
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGTTCACAAACACAAAGCTTAAAAAACTGGGGGACCAGTACCAAAGTGTTGTGGATGATT 1859
Query 1859 ATAGGAGCTGTCAAAAGGAGCTCGTTGATCGTGTAGTTGAGACTGTTACCAGCTTCTCTG 1918
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1860 ATAAGAGCTGTCAGAAGGAGCTCGTTGATCGTGTAGTTCAGACTGTTACCAGCTTCTCCG 1919
Query 1919 AGGTATTTGAGGACTTAGCTGGGTTACTTTCTGAAATGGATGTTTTGTTAAGCTTTGCTG 1978
|||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1920 AGGTGTTTGAGGAGTTAGCTGGGTTGCTCTCTGAAATGGATGTTTTGTTAAGCTTCGCTG 1979
Query 1979 ATTTGGCTGCCAGTTGCCCTACTCCATACTGTAGGCCAGAAATCACCTCTTCGGATGCTG 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATTTGGCTGCCAGTTGCCCTACTCCATACTGTAGGCCAGAAGTCACCTCTTCGGATGCTG 2039
Query 2039 GAGATATTGTACTAGAAGGAAGCAGACATCCATGTGTAGAAGCTCAAGATTGGGTGAATT 2098
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GAGATATTGTATTAGAAGGAAGCAGACATCCATGCGTAGAAGCTCAAGATTGGGTGAATT 2099
Query 2099 TCATACCAAATGATTGCAGACTCATGAGAGGGAAGAGTTGGTTTCAAATAGTAACAGGGC 2158
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TTATACCAAATGATTGCAGACTCATGAGAGGGAAGAGTTGGTTTCAAATAGTAACAGGGC 2159
Query 2159 CTAACATGGGAGGGAAGTCCACTTTCATCCGCCAGGTTGGTGTGATTGTGCTGATGGCTC 2218
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CTAACATGGGAGGAAAGTCCACTTTCATTCGCCAGGTTGGTGTGATTGTGCTGATGGCTC 2219
Query 2219 AAGTTGGTTCCTTTGTTCCTTGTGATAAAGCATCAATTTCCATAAGAGACTGCATCTTTG 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2220 AAGTTGGTTCCTTTGTTCCTTGTGATAAAGCATCAATTTCCATCAGAGACTGCATCTTTG 2279
Query 2279 CCCGTGTAGGAGCAGGCGATTGCCAACTGCGTGGAGTGTCAACTTTTATGCAAGAAATGC 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CCCGTGTAGGAGCAGGCGATTGCCAACTGCGTGGAGTGTCTACTTTTATGCAAGAAATGC 2339
Query 2339 TTGAAACCGCATCGATATTGAAAGGCGCTAGTGATAAGTCACTGATAATTATCGATGAAC 2398
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2340 TTGAAACCGCATCGATATTGAAAGGTGCTACTGATAAGTCACTGATAATTATTGATGAAC 2399
Query 2399 TTGGTCGTGGAACATCAACTTATGATGGTTTTGGTTTAGCTTGGGCTATATGTGAGCATC 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TTGGTCGTGGAACATCAACTTATGATGGTTTTGGTTTAGCTTGGGCTATATGTGAGCATC 2459
Query 2459 TGGTTCAAGTGAA-AAGAGCACCAACTCTGTTTGCTACTCACTTCCATGAACTTACTGCC 2517
||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TGGTTCAAGTGAAGAA-AGCACCAACTCTATTTGCTACTCACTTCCATGAACTTACTGCC 2518
Query 2518 TTGGCTCAAGCAAACTCTGAGGTCTCTGGTAACACTGTTGGTGTGGCAAACTTCCATGTC 2577
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TTGGCTCAAGCAAACTCTGAGGTCGCTGGTGACACCGTTGGTGTGGCAAACTTCCATGTC 2578
Query 2578 AGCGCTCACATTGACACTGAAAGCCGCAAACTCACCATGCTTTACAAGGTTGAACCAGGG 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AGCGCTCACATTGACACTGAAAGCCGCAAACTCACCATGCTTTACAAGGTTGAACCAGGG 2638
Query 2638 GCCTGTGACCAGAGCTTTGGGATTCATGTGGCGGAATTTGCCAACTTCCCTGAAAGCGTC 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GCCTGTGACCAGAGCTTTGGGATTCATGTGGCGGAATTTGCCAACTTCCCTGAAAGCGTA 2698
Query 2698 GTGGCCCTCGCAAGAGAGAAAGCTGCAGAGCTGGAAGATTTCTCTCCCTCCTCCATGATA 2757
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2699 GTGGCCCTCGCAAGAGAGAAAGCAGCAGAACTGGAAGATTTCTCTCAGTCTTCCATGATA 2758
Query 2758 ATCAACAATGAGGAGAGTGGGAAGAGAAAGAGCAGAGAAGATGATCCAGATGAAGTATCA 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 GTCAACAATGAGGAGAGTGGGAAGAGAAAGAGCAGAGAAGATGATCCAGATGAAGTATCA 2818
Query 2818 AGAGGGGCAGAGCGAGCTCACAAGTTTCTGAAAGAGTTTGCAGCGATACCACTTGATAAA 2877
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2819 AGAGGGGCAGCGCGAGCTCACAAGTTTCTGAAAGAGTTTGCAGCGATGCCACTTGATAAA 2878
Query 2878 ATGGAGCTTAAAGATTCACTTCAACGGGTTCGTGAGATGAAAGATGAGCTAGAGAAAGAT 2937
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 ATGGAGCTTAAAGATTCACTTCAACGGGTACGTGAGATGAAAGATGAGCTAGAGAAAGAT 2938
Query 2938 GCTGCAGACTGCCACTGGCTCAGGCAGTTTCTGTGAAGAACCCTTGACGttttttggttt 2997
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 GCTGCAGACTGCCACTGGCTCAGGCAGTTCCTGTGAAGAACCCTTGACGTTTTTTGGTTT 2998
Query 2998 ttggttttGTAAATAGCTTAAATCGGTTCTTGTAGTTGTGGTCGTTGCTTGGGATGAAAC 3057
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 T-GGTTTTGTAAATAGCCTAAATCGGTTCTTGTAGTTGTGGTCGTTGCTTGGGATGAAAC 3057
Query 3058 TAAATGAGGGCAAAAACATAATTCTACAATTTTTGTTAGTAAAG 3101
| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 3058 TTAATGAGGGCAAAAACGTTATTCTATAATTTTTGTAAGTAAAG 3101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117622676560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5