BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18730.1
Length=4260
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929759 jgi|Araly1|929759|scaffold_302216.1 4468 0.0
> Ahg929759 jgi|Araly1|929759|scaffold_302216.1
Length=3929
Score = 4468 bits (2419), Expect = 0.0
Identities = 2675/2798 (96%), Gaps = 20/2798 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 AAGAACGGAGAAATCATCATCCGATGGGTCGATTAGATGTAGCTGCGGCGAAGAGAGCGT 151
||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 AAGAACGGA-AAA--ATCATCAGATGGGTCGACTAGATGTAGCTGCGGCGAAGAGAGCTT 57
Query 152 ACCGGAAAGCAGAAGAAGTGGGTGACCGGAGAGAACAGGCGAGGTGGGCTAACAATGTCG 211
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 58 ACCGGAAAGCAGCGGAAGTGGGTGACCGGAGGGAAGAAGCGAGGTGGGCCAACAATGTCG 117
Query 212 GCGATATCCTTAAGAATCATGGAGAGTACGTTGATGCTCTCAAGTGGTTTAGGATTGATT 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 118 GCGATATCCTTAAGAATCATGGAGAGTACGTTGATGCTCTCAAGTGGTTTAGGATCGATT 177
Query 272 ACGATATCTCCGTCAAGTATTTACCTGGGAAAGATTTGTTACCTACTTGTCAGTCTCTTG 331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ACGATATCTCCGTCAAGTATTTACCTGGGAAAGATTTGTTACCTACTTGTCAGTCTCTTG 237
Query 332 GCGAGATCTATCTCCGCCTCGAAAATTTCGAAGAAGCCTTGATTTATCAGAAGAAGCATT 391
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GCGAGATCTATCTCCGTCTCGAGGATTTCGAAGAAGCCTTGATTTATCAGAAGAAGCATT 297
Query 392 TACAGCTAGCTGAAGAAGCTAATGACACTGTGGAGAAGCAAAGAGCATGTACTCAACTTG 451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 298 TACAGCTAGCTGAAGAAGCTAATGACACTGTGGAGAAGCAACGAGCATGTACTCAACTTG 357
Query 452 GACGTACTTACCATGAAATGTTCTTGAAGTCTGAGGATGATTGTGAAGCCATTCAGAGTG 511
| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GTCGTACCTACCATGAGATATTCTTGAAGTCTGAGGATGATTGTGAAGCCATTCAGAGTG 417
Query 512 CTAAAAAGTACTTTAAGAAAGCCATGGAACTTGCACAGATTCTCAAGGAGAAACCACCTC 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CTAAAAAGTACTTTAAGAAAGCCATGGAACTTGCACAGATTCTCAAGGAGAAACCACCTC 477
Query 572 CTGGAGAATCTAGCGGATTCCTTGAGGAGTATATTAACGCACATAACAACATCGGTATGC 631
|||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CTGGTGAATCTAGAGGATTTCTTGAGGAATATATTAATGCACATAACAACATCGGTATGC 537
Query 632 TTGACCTTGATCTTGATAATCCTGAAGCAGCCCGTACTATTCTTAAGAAAGGGCTGCAGA 691
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 538 TTGACCTTGATCTTGATAATCCTGAAGCAGCCTGCAGTATTCTGAAGAAAGGGCTGCAGA 597
Query 692 TTTGCGATGAAGAGGAGGTGAGAGAGTATGATGCTGCTCGGAGTAGGCTTCATCATAACC 751
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TTTGCGATGAAGAGGAGGTGAGAGAATATGATGCTGCGCGGAGTAGGCTTCATCATAACC 657
Query 752 TTGGAAACGTTTTTATGGCGCTGAGAAGTTGGGATGAAGCAAAGAAACACATTGAGATGG 811
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 658 TTGGAAATGTTTTTATGGTGCTGAGAAGTTGGGATGAAGCAAAGAAACACATCGAGATGG 717
Query 812 ATATTAATATCTGTCATAAGATTAATCATGTCCAAGGAGAAGCGAAGGGGTATATCAATC 871
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 718 ATATTAATATCTGTCATAAGATCAATCATGTCCAAGGAGAAGCCAAGGGATATATCAATC 777
Query 872 TCGCTGAATTACACAACAAGACCCAAAAGTACATTGATGCTCTTTTATGTTATGGTAAAG 931
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 778 TAGCTGAATTACACAACAAGACCCAAAAGTACAATGATGCACTTTTATGTTATGGTAAAG 837
Query 932 CTTCTA-GTCTAGCGAAATCTATGCAAGACGAGAGTGCATTGGTTGAACAGATAGAGCAT 990
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 838 CTTCTACG-CTAGCGAAATCTATGCAAGACGAGAGTGCATTGGTTGAACAGATAGAGGAT 896
Query 991 AATACCAAGATAGTCAAGAAATCCATGAAAGTTATGGAAGAATTGAGAGAAGAAGAGCTT 1050
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AATATCAAGATAGTCAAGAAATCCATTAAAGTTATGGAAGAATTGAGAGAAGAAGAGCTT 956
Query 1051 ATGCTTAAGAAGTTGTCTGCAGAAATGACTGATGCCAAAGGCACTTCGGAGGAACGAAAG 1110
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ATGCTTAAGAAGTTGTCTACAGAAATGACTGATGCCAAAGGCACTTCGGAGGAACGAAAG 1016
Query 1111 TCTATGCTCCAAGTAAATGCTTGTCTTGGAAGTCTTATTGATAAATCTAGCATGGTATTC 1170
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TCTATGCTCCAAGTACATGCTTGTCTTGGACGTCTTATTGATAAATCTAGCATGGTATTC 1076
Query 1171 GCATGGCTGAAGCATCTTCAATATTCAAAAAGGAAGAAGAAAATATCAGATGAACTCTGT 1230
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GCATGGCTGAAGCATCTTCAATTTTCAAAAAGGAAGAAGAAAATATCAGATGAACTCTGT 1136
Query 1231 GACAAGGAAAAGCTGAGTGATGCCTTCATGATTGTTGGAGAATCTTACCAAAATCTCAGA 1290
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GACAAGGAAAAGCTTAGTGATGCCTTCTTGATTGTTGGAGAATCTTACCAAAATCTCAGA 1196
Query 1291 AATTTCAGAAAGTCCCTGAAGTGGTTC-ATAAGAAGTTATGAGGGACATGAAGCAATTGG 1349
||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1197 AATTTCAGAAAATCCCTGAAGTGGTTCAAT-AGAAGTTATGAGGGATATGAAGCAATCGG 1255
Query 1350 TAATCTGGAGGGTCAAGCACTAGCGAAGATTAATATTGGTAATGGTTTGGACTGTATTGG 1409
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TAATCTGGAGGGTCAAGCACTAGCGAAAATTAATATTGGTAATGGTTTGGACTGTATTGG 1315
Query 1410 GGAATGGACAGGAGCACTTCAGGCATATGAAGAGGGGTACAGAATTGCTTTGAAAGCTAA 1469
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GGAATGGACAGGAGCACTCCAGGCATATGAAGAGGGATACAGAATTGCTTTGAAAGCTAA 1375
Query 1470 TCTTCCTTCAATCCAGCTTTCTGCACTGGAAGATATACACTATATCCATATGATGAGATT 1529
|||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1376 TCTTCCTTCAATTCAGCTTACTGCACTGGATCATATGCACTATAGCCATATGATGAGATT 1435
Query 1530 TGGGAATGCTCAAAAAGCCAGTGAATTGAAGGA-AACAATACAAAATCTGAAGGAGTCAG 1588
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGGGAATGCTCAAAAAGCCAGGGAATTGAAGGACAA-AATACAAAATCTGAAGGAGTCAG 1494
Query 1589 AACATGCTGAGAAAGCCGAATGTAGTACACAAGATGAATGCTCTGAAACTGACTCAGAAG 1648
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1495 AACATACTGAGAAAGCCGAATGTAGTACACAAGATGAATGCTCTGAAACCGAGTCAGAAG 1554
Query 1649 GGCATGCGAATGTATCGAATGATAGGCCAAATGCATGTAGCTCACC-G-----CAAACAC 1702
|||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||
Sbjct 1555 GGCATGGGAATATATCAAATGATAGGCCAAATGCATGTGGCTCACCAGAACCCCAAACAC 1614
Query 1703 CAAATTCACTTAGATCAGAACGGTTAGCAGATCTGGATGAAGCAAATGATGATGTGCCAC 1762
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1615 CAAATTCACTTAGATCAGAACGGTTAGCAGATCTGGATGAAGCAAATGATGATGTGCCTC 1674
Query 1763 TAATTTCATTTCTCCAGCCTGGAAAACGTCTGTTCAAAAGGAAACAAGTTTCAGGAAAAC 1822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TAATTTCATTTCTCCAGCCTGGAAAACGTCTGTTCAAAAGGAAACAAGTTTCAGGAAAAC 1734
Query 1823 AAGATGCTGACACTGATCAGACGAAGAAAGATTTCTCTGTAGTAGCAGACTCTCAGCAGA 1882
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1735 AAGATGTTGACACTGATCAGACTAAGAAAGATTTCTCTATAGTAGTAGACTCTCAGCAGA 1794
Query 1883 CAGTTGCTGGTCGAAAGCGTATTCGAGTAATCCTCTCTGATGATGAAAGTGAGACCGAAT 1942
|||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1795 CAGTTGTTGGTCGCAAGCGTATTCGTGTAATCCTCTCTGATGATGAAAGTGAAACCGAAT 1854
Query 1943 ATGAGCTGGGATGCCCTAAAGACAGTTCTCACAAAGTTCTAAGGCAGAATGAAGAGGTTT 2002
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1855 ATGAGTTGGGATGCCCTAAAGACAGTTCTCACAAAGTTCTAAGGCAGAATGAGGAGGTTT 1914
Query 2003 CTGAGGAAAGTATGTATTTTGATGGTGCTATTAATTATACGGATAATCGTGCCATCCAAG 2062
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CTGACGAAAGTATGTATTTTGATGGTGCTGTTAATTATACGGATAATCGTGCCATCCAAG 1974
Query 2063 ATAATGTAGAAGAAGGTTCTTGCTCGTATACGCCTCTCCATCCTATTAAGGTGGCTCCAA 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1975 ATAATGTAGAAGAAGGTTCTTGCTCGTATACGCCTCTCCATCCCGTTAAGGTGGCTCCAA 2034
Query 2123 ATGTCAGCAATTGTAGATCTTTGAGTAATAATATAGCTGTTGAAACAACTGGTCGTCGTA 2182
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2035 ATGTCAGCAATTGTAGATCTTTGAGCAACAATATAGCTGTTGAAACAACTGGTTGTAGTA 2094
Query 2183 AAAAAGGATCTCAATGTGATGTTGGCGACTCCAACGGCACGTC-CTGCAAAACTGGAGCT 2241
||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2095 AAAGAGGATCTCGATGTGATGCTGGCGACTCCAACGGCACG-CACTGCAAAACTGGAGCT 2153
Query 2242 GCTCTCGTGAACTTCCACGCTTACTCaaaaactgaggatcgaaaaataaaaattgaaatt 2301
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2154 GCTCTCGTGAACTTCCACGCTTACTCAAAAACTGAGGATCAAAAAATAAAAATTGAAATT 2213
Query 2302 gaaaatGAACACATAGCTTTAGACTCCTGTTCTCACGATGATGAGTCTGTGAAGGTGGAA 2361
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 GAAAATGAACACATAGCTTTAAACTCCTGTTCTCACAATGATGAGTCTGTGAAGGTGGAA 2273
Query 2362 CTTACTTGCCTATACTATTTACAGCTTCCTGACGATGAGAAATCTAAAGGTCTGTTGCCG 2421
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2274 CTTACTTGCCTATACTATTTACAGCTTCCTGTCGATGAGAAAGCTAAAGGTCTGTTGCCG 2333
Query 2422 ATCATTCATCATTTGGAATATGGTGGAAGAGTTCTGAAACCATTGGAACTATATGCGATT 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2334 ATCATTCATCATTTGGAATATGGTGGAAGAGTTCTGAAACCATTGGATTTATATGCGACT 2393
Query 2482 CTCAGGGACTCTTCTGAAAATGTTGTTATTGAAGCTTCCGTTGATGGCTGGGTTCACAAG 2541
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2394 CTCAGGGGCTCTTCTCAAAATGTTGTTATTGAAGCTTCCATTAATGGCTGGGTTCACAAG 2453
Query 2542 CGCCTGATGAAACTATACATGGACTGTTGCCAGTCGTTGTCAGAGAAACCCAGTATGAAA 2601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 CGCCTGATGAAACTATACATGGACTGTTGCCAGTCGTTGTCAGAGAAACCCAGTATGAAA 2513
Query 2602 TTGCTTAAGAAATTATATATTTCGGAGGTAGAAGATGATATCAATGTGTCAGAATGTGAA 2661
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 TTGCTTAAGAAATTATATATTTCGGAGGTAGAGGATGATATCAATGTGTCAGAATGTGAA 2573
Query 2662 CTGCAAGACATATCAGCTGCTCCATTATTGTGTGCCCTCCATGTCCACAATA---TTGCT 2718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2574 CTGCAAGACATATCAGCTGCTCCATTATTGTGTGCCCTCCATGTCCACAATACAGTTGCT 2633
Query 2719 ATGTTGGATCTCTCCCACAATATGCTAGGGAATGGAACAATGGAGAAATTGAAACAACTT 2778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 ATGTTGGATCTCTCCCACAATATGCTAGGGAATGGAACAATGGAGAAATTGAAACAACTC 2693
Query 2779 TTTGCCTCATCAAGCCAGATGTATGGTGCTTTAACTTTGGATTTGCACTGCAATCGATTT 2838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 TTTGCCTCATCAAGCCAGATGTATGGTGCTTTAACTTTGGATTTGCACTGCAATCGATTT 2753
Query 2839 GGTCCAACTGCTTTGTTTCAGATCTGTGAATGCCCTGT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 GGTCCAACTGCTTTGTTTCAGATCTGTGAATGCCCTGT 2791
Score = 1740 bits (942), Expect = 0.0
Identities = 1090/1157 (94%), Gaps = 27/1157 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2904 TGTGTCCAGGAATCGACTTACAGATGCTTGTGGATCATACCTCTCAACTATAGTGAAAAA 2963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789 TGTGTCCAGGAATCGACTTACAGATGCTTGTGGATCATACCTCTCAACTATAGTGAAAAA 2848
Query 2964 TTGCCGGGCACTTTACAGCTTGAATGTGGAACATTGTTCACTTACATCAAGAACAATCCA 3023
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2849 TTGCCGGGCACTTTACAGCTTGAATGTGGAACATTGTTCACTAACATCAAGAACAATCCA 2908
Query 3024 AAAGGTAGCTAATGCTTTGGATTCGAAGTCAGGACTTTCACAACTCTGTATAGGTTATAA 3083
||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2909 AAAAGTTGCTAATGCTTTGGATTCGGAGTCAGGACTTTCACAACTCTGTATAGGTTATAA 2968
Query 3084 TAATCCTGTTTCAGGGAGTAGTATTCAAAACCTCTTGGCTAAATTGGCTACTCTAAGCAG 3143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969 TAATCCTGTTTCAGGGAGTAGTATTCAAAACCTCTTGGCTAAATTGGCTACTCTAAGCAG 3028
Query 3144 CTTTGCAGAACTGAGCATGAATGGCATAAAGCTGAGCAGCCAAGTTGTTGATAGCCTTTA 3203
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3029 CTTTGCAGAACTGAGCATGAATGGCATAAAGCTGAGCAGCCAAGTTGTTGATAGCCTTTC 3088
Query 3204 TGCACTTGTTAAGACTCCATCTCTGTCAAAACTTTTGGTTGGCAGCAGTGGAATAGGAAC 3263
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3089 TGCACTTGTTAAGACTCCATCTCTGTCAAAACTATTGGTTGGCAGCAGTGGAATAGGAAC 3148
Query 3264 GGACGGGGCTATAAAAGTTACTGAATCTCTATGTTATCAGAAGGAAGAAACTGTGAAGCT 3323
|||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3149 GGACGGAGCTGTAAAAGTCACTGAATCTCTATGTTATCTGAAGGAAGAAACTGTGAAGCT 3208
Query 3324 CGACCTTTCATGTTGTGGACTAGCTTCCTCTTTCTTTATTAAGCTCAACCAAGATGTTAC 3383
||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3209 CGACCTTTCGTGTTGTGGACTAGCGTCCCCTTTCTTTATTAAGCTCAACCAAGATATTAC 3268
Query 3384 TCTAACCTCTAGCATTCTTGAGTTTAATGTTGGAGGAAATCCAATCACCGAAGAGGGAAT 3443
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3269 TCTAACTTCTAGCATTCTTGAGCTTAATGTTGGAGGAAATCCAATCACCGAAGAGGGAAT 3328
Query 3444 CAGTGCACTTGGGGAGCTGCTTAGGAATCCTTGTTCAAACATAAAAGTTCTTATTCTAAG 3503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329 CAGTGCACTTGGGGAGCTGCTTAGGAATCCTTGTTCAAACATAAAAGTTCTTATTCTAAA 3388
Query 3504 CAAGTGTCATCTGAAGCTCGCTGGGCTTCTATGCATAATTCAAGCACTTTCAGATAATAA 3563
|||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3389 CAAGTGTCATTTGAAGCTCGGTGGACTTGTATGCATAATTCAAGCACTTTCAGATAATAA 3448
Query 3564 GAATCTTGAAGAGCTTAATCTTTCTGACAATGCTAAGATAGAAGATGAGACTGTGTTTGG 3623
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3449 GAATCTTGAAGAGCTTAATCTTTCTGAGAATGCTAAGATAGA---TGAGACTGTGTTTGG 3505
Query 3624 CCAACCTGTGAAGGAAAGATCAGTAATGGTAGAGCAAGAACATGGAACATGTAAATCTGT 3683
|||||||||||||||| || | || | | || || || || |||||
Sbjct 3506 CCAACCTGTGAAGGAA----CA-T---GG-A-A-CA------TG-----TG-AA-TCTGT 3541
Query 3684 CACCTCAATGGACAAAGAACAAGAGCTATGTGAAACCAATATGGAGTGTGATGATCTCGA 3743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3542 AACCTCAATGGACAAAGAACAAGAGCTATGTGAAACCAATATGGAGTGTGATGATCTCGA 3601
Query 3744 AGTTGCAGACAGCGAAGATGAACAAATAGAGGAAGGAACTGCAACCTCGAGTAGTCTTAG 3803
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3602 AGTTGCAGACAGCGAAGATGAGCAAATAGAGGAACGAACTGCAACCTCCAGTAGTCTTAG 3661
Query 3804 TTTGCCACGCAAGAACCATATCGTGAAAGAGCTTTCTACCGCTCTTTCAATGGCTAACCA 3863
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3662 TTTACCACGCAAGAACCATATCGTGAAAGAGATTTCTATCGCTCTTGCAATGGCTAACCA 3721
Query 3864 GTTGAAGATTCTGGACTTAAGCAACAATGGGTTCTCAGTTGAAGCCTTGGAAACATTATA 3923
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 3722 GTTGCAGATTCTGGACCTAAGCAACAATGGGTTCTCAGTCGAAGGCTTGGAAACATTATA 3781
Query 3924 CATGTCATGGTCATCATCAAGCTCCCGAACTGGCATCGCCCAAAGGCATGTAAAAGAAGA 3983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3782 CATGTCATGGTCATCATCAAGCTCCCGAACTGGCATAGCTCAAAGGCATGTGAAAGATGA 3841
Query 3984 GACTGTCCATTTTTATGTCGAAGGAAAGATGTGTTGCGGAGTCAAATCATGCTGCAGAAA 4043
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3842 GATTGTCCATTTTTATGTGGAAGGAAAGATGTGTTGCGGAGTCAAATCATGCTGCAGAAA 3901
Query 4044 GGACTGAAGAAGATCTT 4060
|||||||||||||||||
Sbjct 3902 GGACTGAAGAAGATCTT 3918
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161097706509
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5