BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18840.2
Length=2037
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479395 jgi|Araly1|479395|fgenesh2_kg.3__2096__AT3G18840.2 2892 0.0
> Ahg479395 jgi|Araly1|479395|fgenesh2_kg.3__2096__AT3G18840.2
Length=1842
Score = 2892 bits (1566), Expect = 0.0
Identities = 1753/1845 (95%), Gaps = 6/1845 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGTGCTTAAAGGATGGGTTTTTGCATCACATTCGCTCCATTAAATCTGGTTCAACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGTGCTTAAAGGATGGGTTTTTGCATCACATTCGCTCCATTAAAACTGGTTCAACC 60
Query 61 TTAACCGCAGTCTCCTCGAATCAACTTGTTAACCTATACTCAAAAAGTGGTTTATTGCGA 120
|| ||| || ||||||| || ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 61 TTGACCACAATCTCCTCAAACCAACTCGTTAACCTTTACTCAAAAAATGGCTTATTGCGG 120
Query 121 GAAGCACGGAACGTGTTCGACGAAATGCTTGAAAGAAACGTTTACTCATGGAACGCAGTG 180
||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 121 GAAGCACGGAATGTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAACGTTTACTCGTGGAACGCTGTG 180
Query 181 ATCGCAGCCTACGTAAAGTTCAACAACGTGAAGGAAGCGCGTGAATTGTTCGAAAGTGAT 240
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 181 ATTGCAGCTTACGTAAAGTTCAACAACGTAAAGGAAGCGCGTGAATTGTTCAAAAGGGAC 240
Query 241 AATTGTGAACGAGATTTAATTACGTACAACACTCTGCTTTCAGGGTTTGCCAAAACTGAT 300
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATTGTGAACGAGATTTGATTACGTACAACACTTTGCTTTCAGGGTTTGCCAAAACTGAT 300
Query 301 GGGTGTGAGAGTGAAGCTATTGAGATGTTTGGTGAGATGCATAGGAAGGAGAAGGATGAT 360
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GGGTGTGAGAGTGAAGCTATTAAGATGTTTGGTGAGATGCATAGAAAGGAGAAGGATGAG 360
Query 361 ATTTGGATAGATGATTTCACTGTCACTACTATGGTTAAACTTTCTGCAAAGTTAACCAAT 420
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 361 ATTTGGATAGATGATTTCAGTGTCACTACTATGGTTAAGCTTTCTGCGAAGTTAACCAAT 420
Query 421 GTGTTTTACGGCGAACAGTTGCATGGAGTTTTGGTGAAAACAGGGAATGATGGAACTAAG 480
|||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 421 GTGTTTTATGGCCAACAGTTGCATGGAGTTATGGTGAAAACAGGGAATGATGCAACTAAG 480
Query 481 TTTGCCGTTAGTTCTCTCATTCACATGTATTCGAAATGTGGGAAGTTTAAGGAAGTCTGT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 481 TTTGCCGTTAGTTCTCTCATTCACATGTATTCGAAATGTGGCAAGTTTAAGGAAGTTTGT 540
Query 541 AATATATTTAACGGATCGTGTGTTGAGTTTGTTGATAGTGTGGCTAGGAACGCAATGATT 600
||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AATGTCTTTAACGGGTCGTGTGTTGAGTTTGTTGATAGTGTGGCTAGGAACGCAATGATT 600
Query 601 GCAGCTTATTGCAGAGAAGGTGACATTGATAAAGCTTTGAGTGTATTCTGGAGAAATCCA 660
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 601 GCAGCTTATTGTAGAGAAGGTGACATTGATAAAGCTTTGAGTATATTCTGGAGAAATCCA 660
Query 661 GAACTGAATGATACAATTTCTTGGAATACATTGAT-TGCAGGGTATGCACAGAATGGTTA 719
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAATTGAATGATACAATTTCTTGGAATACATTGATCT-CAGGGTATGCACAGAATGGTTA 719
Query 720 TGAAGAAGAAGCTTTGAAGATGGCTGTTAGTATGGAGGAAAATGGGTTGAAATGGGACGA 779
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAAGAAGAAGCTTTGAAGATAGCTGTTAGTATGGAGGAAAGTGGGTTGAAATGGGACGA 779
Query 780 ACACAGTTTCG-GTGCTGTACTAAATGTTCTGAGTAGTTTAAAGAGCCTGAAGATTGGGA 838
||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 780 ACACACTTTCGCG-GCTGTACTAAATGTTCTGAGTAGTTTAAAGAGCCTGAAGATTGGAA 838
Query 839 AGGAAGTACATGCTAGGGTATTGAAGAATGGATCATATTCTAATAAATTTGTTAGCAGTG 898
|||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 AGGAAGTACATGCTCGGTTATTGAAGAACGGATCATATTCTAATAAATTTGTAAGCAGTG 898
Query 899 GAATTGTTGATGTTTATTGCAAGTGTGGAAATATGAAGTATGCAGAGTCTGCTCATTTGT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAATTGTTGATGTTTATTGCAAGTGTGGAAATATGAAGTATGCAGAGTCTGCTCATTTGT 958
Query 959 TATATGGTTTTGGAAACTTGTATTCAGCTTCTTCAATGATCGTGGGCTACTCGTCTCAGG 1018
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TATATGGTTTTGGAAACTTGTATTCAACTTCTTCAATGATCGTGGGCTACTCGTCTCAGG 1018
Query 1019 GGAAGATGGTGGAAGCGAAAAGGTTATTTGATTCTTTATCTGAAAAGAATCTAGTGGTCT 1078
||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GGAAGATGGGGGAGGCGAAAAGGTTGTTTGATTCTTTATCTGAAAAGAATCTAGTGGTCT 1078
Query 1079 GGACTGCAATGTTTTTGGGATATCTTAATTTACGTCAACCTGATTCTGTGCTT-GAGCTT 1137
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1079 GGACTGCCATGTTCTTGGGATATCTTAATTTACGTCAACCTGATTCTGT-TTTGGAACTT 1137
Query 1138 GCTCGTGCGTTTATAGCCAATGAGACTAATACTCCTGATTCTTTGGTCATGGTCAGCGTC 1197
||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCTCGTGATTTTATAGCCAATGAGACCAATGTTCCTGATTCTTTGGTCATGGTCAGCGTC 1197
Query 1198 CTTGGTGCATGCTCTTTACAAGCTTATATGGAACCGGGGAAGGAGATTCACGGTCACAGC 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CTTGGTGCATGCTCTTTACAAGCTTATATGGAACCAGGGAAGGAGATTCACGGTCACAGC 1257
Query 1258 TTGAGAACAGGCATTTTAATGGATAAAAAACTTGTTACTGCATTTGTTGACATGTATTCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TTGAGAACAGGCATTTTAATGGATAAAAAACTTGTTACTGCATTTGTTGACATGTATTCA 1317
Query 1318 AAATGTGGAAATGTTGAGTATGCTGAAAGGATCTTTGACAGTAGCTTCGAGAGAGACACA 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AAATGTGGAAATGTTGAGTATGCTGAAAGGATCTTTGACATTAGCTTCGAGAGAGACACA 1377
Query 1378 GTTATGTACAACGCAATGATAGCTGGTTGTGCTCATCATGGTCATGAAGCCAAATCTTTC 1437
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1378 GTTATGTACAACGCAATGATAGCTGGTTATGCTCATCATGGCCATGAAGCCAAATCTTTT 1437
Query 1438 CAGCACTTTGAAGACATGACTGAGGGTGGATTCAAGCCAGATGAAATCACGTTTATGGCC 1497
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CAGCTCTTTGAAGACATGACTGAGGGTGGATTCAAGCCAGATGAAATCACGTTTATGGCC 1497
Query 1498 CTCCTATCAGCTTGTCGTCACCGCGGCTTAGTTCTAGAAGGTGAGAAATACTTCAAGTCG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1498 CTCCTATCAGCTTGTCGTCACCGCGGCTTAGTTCTAGCAGGTGAGAAATACTTTAAGTCG 1557
Query 1558 ATGATAGAGGCTTACAACATATCTCCCGAGACTGGTCACTATACCTGCATGATAGATTTG 1617
||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATGATAGAGGCTTACAACATATCCCCCGAGGCAGGTCACTATACCTGCATGATAGATTTG 1617
Query 1618 TATGGAAAGGCCTATAGGTTAGACAAAGCCATAGAGCTTATGGAAGGTATTGATCAAGTT 1677
|||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TATGGAAAGGCCAATAGATTGGACAAAGCCATAGAACTTATGGAAGGTATTGATCAAGTT 1677
Query 1678 GAAAAAGATGCCGTTATTCTTGGAGCATTTTTAAATGCTTGTAGCTGGAATAAGAATACA 1737
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1678 GAAAAAGATGCTGTTATTCTTGGAGCGTTTTTAAATGCTTGTAGTTGGAATAAGAATACA 1737
Query 1738 GAGCTTGTGAAGGAAGTCGAAGAGAAATTGTTAGTCATTGAAGGATCTAACGGGTCTCGC 1797
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 GAGCTTGTGAAGGAAGTAGAAGAGAAATTGTTAGCCATTGAAGGATCTAACGGGTCTCGC 1797
Query 1798 TATATTCAAATAGCTAACGCTTATGCCTCCTCTGGTAGATGGGAT 1842
||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1798 TATATCCAACTAGCTAACGCTTATGCCTCGTCTGGTAGATGGGAT 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76599482695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5