BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G18860.1
Length=2590
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479402 jgi|Araly1|479402|fgenesh2_kg.3__2103__AT3G18860.1 3951 0.0
> Ahg479402 jgi|Araly1|479402|fgenesh2_kg.3__2103__AT3G18860.1
Length=2457
Score = 3951 bits (2139), Expect = 0.0
Identities = 2367/2476 (96%), Gaps = 20/2476 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 GTTTCTCCTTCCTCAAGTCACTTTTTGAGTCGCAGCAATTTGGCGTTTGGTATCTCTCAA 83
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1 GTTTCTCCTTCCTCAAGTCAC-TTTTGAGTCGCAACAATTTGGCGTTTGG--------AA 51
Query 84 TCTGCTGCTTCTCCTTCTCAGTCATGGTCATGGATATCGATTTCAACGAGTACAAGCTCA 143
||||||| || ||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 52 TCTGCTG---CT-CTT-TC--TCA--GTCATGGATATCGATTTTAACGAGTACAAGCTCA 102
Query 144 GGTGCGAGCTTCATGGCCACGATGATGATGTTCGTGGGATTTGTGTGTGTAATGATGAGA 203
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 103 GGTGCGAGCTTCTTGGCCACGATGATGATGTTCGTGGGATTTGTGTGTGTAGTGATGATA 162
Query 204 ATATAGCTACTTCATCAAGAGATAGGACCATAAGGGTTTGGTCACTGGATCCATCTGATA 263
|||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 163 ATATAGCTACTTCATCAAGAGACAGAACCATCAGGGTTTGGTCATTGGATCCATCAGATA 222
Query 264 AGCGCAAGTATACCTCCGAGAAAATTCTGCTGGGTCATACTAGCTTTGTTGGGCCACTTG 323
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 AGCGCAAGTATACCTCCTCTAAAATTCTGCTGGGGCATACTAGCTTTGTTGGGCCACTTG 282
Query 324 CATGGATCCCACCAACTGATGAATACCCTGAAGGAAGACTTGTCTCTGGGAGTATGGATA 383
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 283 CGTGGATTCCACCAACTGATGAATACCCTGAAGGAAGACTCGTCTCTGGGAGTATGGATA 342
Query 384 CTTTCGTTTTTGTTTGGAATCTGATGAATGGAGAGAATATTCAGACATTGAAGGGTCATC 443
||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 343 CTTCCGTGTTTGTTTGGAATCTGATAAATGGAGAGAATATTCAGACATTGAAAGGTCATC 402
Query 444 AGATGCAAGTCACTGGTGTTGCTATTGATAATGAGGACATAGTTTCATCTTCAGTTGATC 503
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 403 AGATGCAAGTCACTGGTGTTGCTATTGATAAAGAGGACATAGTGTCATCTTCAGTTGATC 462
Query 504 AAACCCTGAAACGATGGAGAAACGGTCAGCTTGTTGAATCTTGGGATGCACACCAGTCGC 563
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 463 AAACCCTCAAACGATGGAGAAACGGTCAGCTTGTTGAATCTTGGGAGGCACACAAGTCGC 522
Query 564 CTATCCAGGCAGTGATAAGGCTGCCATCTGGTGAGCTCGTTTCAGGTTCAAGTGACGCCA 623
|| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 CTGTCCAGGCAGTGATAAAGCTGCCATCTGGTCAGCTCGTTTCAGGTTCAAGTGACGCCA 582
Query 624 GTCTCAAACTCTGGAAGGGTAAAACGAGTCTGCAAACTCTTTCAGGGCATACAGATACTG 683
|||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 GTCTCAAACTCTGGAAAGGAAAAACAAGTCTGCAAACTCTTTCAGGGCATACAGATACTG 642
Query 684 TTAGAGGGTTAGCTGTGATGCCTGATTTAGGATTTCTTTCCGCATCACATGATGGTTCAA 743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 TTAGAGGGTTAGCTGTGATGCCTGATTTAGGATTTCTTTCCGCATCACATGATGGTTCAA 702
Query 744 TCAGGTTATGGGCACTAAGTGGCGAAGTTCTTCTTGAGATGGTTGGCCACACCTCCCTTG 803
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 TCAGATTATGGGCACTAAGTGGCGAAGTTCTTCTGGAGATGGTTGGCCACACCTCCCTTG 762
Query 804 TTTATTCAGTTGACGCACATTCGTCTGGCCTTATTGTTAGTGCCAGTGAAGATCGTCATG 863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 763 TTTATTCAGTTGACGCACATTCGTCTGGCCTTATTGTTAGTGGCAGTGAAGATCGCCATG 822
Query 864 CCAAGATATGGAAAGATGGAGTCTGCGTTCAGAGTTTGGAACACCCAGGCTGTATCTGGG 923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 823 CCAAGATATGGAAAGATGGAGTCTGCGTTCAGAGTTTGGAACACCCAGGCTGTGTCTGGG 882
Query 924 ATGCCAAGTTTTTGGAAACCGGAGATATTGTGACAGCATGTTCAGATGGAGTGGTTCGTG 983
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 ATGCCAAGTTTTTGGAAAGCGGAGATATTGTGACGGCATGTTCAGATGGAGTGGTTCGTG 942
Query 984 TTTGGACAGTACGTCATGATGCGATTGCAGATCAGATGGAGATTGATGCCTATGATTCCC 1043
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 TTTGGACAGTACGTCATGACGCGATTGCAGATCAGATGGAGATTGATGCCTATGATTCCC 1002
Query 1044 AAATTTCTCAATACAAACTAAGCAGGAAAAAGGTTGGCGGATTGAAACTTGACGAGCTGC 1103
|||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 AAATTTCTCAGTACAAGTTGAGCAGGAAAAAGGTTGGAGGATTGAAACTTGACGAGCTGC 1062
Query 1104 CAGGGCTTGATTCTTTGACGTCACCAGGTACCAGTGATGGCCAGACAAAAGTAGTAAGGG 1163
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 CAGGGCTTGATTCTCTCACGTCACCAGGTACCAGTGATGGCCAGACAAAAGTAGTAAGGG 1122
Query 1164 AAGGAGACAATGGTGTTGCTTATGCATGGAATATGAAAGAACAGAGATGGGACAAAATTG 1223
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 AAGGAGACAATGGGGTTGCTTATGCATGGAATATGAAAGAACAGAGATGGGACAAAATTG 1182
Query 1224 GTGAGGTTGTTGATGGCCCAGATGGTGTGGCTGATCGTCCAATTCACGAGGGAGTTCAAT 1283
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GTGAGGTTGTTGATGGCCCCGATGGTGTGGCTGATCGTCCAATTCACGAGGGAGTTCAAT 1242
Query 1284 ATGATTTTGTTTTCGATGTTGACATTGGTGATGGGGAACCTATCCGGAAGCTACCTTACA 1343
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1243 ATGATTTTGTTTTCGATGTCGACATTGGTGATGGGGAACCTATCCGGAAGCTGCCTTACA 1302
Query 1344 ATCGATCAGACAATCCTTATGATGCAGCTGACAAGTGGCTTCTAAAAGAGAATCTCCCCT 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1303 ATCGATCAGACAATCCTTATGATGCAGCTGACAAGTGGCTTCTCAAAGAGAATCTCCCCT 1362
Query 1404 TTGCATATCGGCAGCAAATTGTTGAATTTATATTACAAAATTCTGGGCAGAAAGACTTCA 1463
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TTGCATATCGGCAGCAGATTGTTGAATTTATATTACAAAATTCTGGGCAGAAAGACTTCA 1422
Query 1464 ACTTTAATCCATCTTTTCGTGATCCCTTCACCGGCGCAAATGCTTATGTGCCTGGGCAAG 1523
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 ACTTTAATCCATCTTTTCGTGATCCCTTCACTGGCGCAAATGCTTATGTGCCTGGGCAAG 1482
Query 1524 CATCTC-GTACAGCTGCAACTCCGGCAAAACCTTTATACAAGCACATTCCAAAAAGAGGT 1582
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1483 CATCTCAG-ACAGCTGCAACTCCGGCAAAACCTTTATACAAGCACATTCCAAAAAAAGGT 1541
Query 1583 GTGCTAGTTTTCGATGCTGCTCAATATGACGGGATTCTGAAAAAGATGACAGAGTTCAAT 1642
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 GTGCTAGTTTTCGATGTTGCTCAATATGATGGGATTCTTAAAAAGATGACAGAGTTCAAT 1601
Query 1643 ACTACTTTACGATCTGACGCAGTAAACAATGACAAGTCCCTGACCGAACTCGAAGTATCC 1702
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 ACTACTTTACGATCTGACTCAGTAAACAATGACAAGTCCCTGACCGAACTCGAAGTATCC 1661
Query 1703 AGAGTAGGCGCAATCGTTAATATACTGAAGGACACATCACACTACCACTCTACCAATTTT 1762
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 AGAGTAGGCGCAATCGTTAATATACTCAAGGACACATCACACTACCACTCTACCAATTTT 1721
Query 1763 GCTGACATGGATATTGCTTTGCTTTTGAAAGTGCTACAAGCATGGCCACCGGCAATGATG 1822
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1722 GCTGACATGGATATTGCTTTGCTTTTGAAAGTGCTACAAGCATGGCCACCTGCAATGATG 1781
Query 1823 TTTCCTGCTACTGATATAGTAAGGATGCTCGTTTTGCATCATCATGGAGCAAGTCTACTT 1882
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1782 TTTCCTGCTACTGATATAGTCAGGATGCTCGTTTTGCATCCTCATGGAGCAAGTCTACTT 1841
Query 1883 ATCAAGCATGTGGAAAACAACAATGACCTGCTTTTGGATTTGATAAAGAAAGTTACAGAA 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 ATCAAGCATGTGGAAAACAACAATGACCTGCTTTTGGATTTGATAAAGAAAGTTACAGAA 1901
Query 1943 GATTCTGCTCTTCCTGCAAATCTTTTAACGACTGTTCGTGTCCTTGTTAATCTATTCAAG 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1902 GATTCTGCTCTTCCTGCAAATCTTTTAACGACTGTTCGTGTCCTGGTTAATCTATTCAAG 1961
Query 2003 AATTCTTCATTTCATTACTGGCTACAGACGCATCATAGTCAAATTCTTGATGCCTTCTCA 2062
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 AATTCTTCCTTTCATTACTGGCTACAGACGCATCATAGTCAAATTCTTGATGCCTTCTCA 2021
Query 2063 AACTGTTATTCATCCCCAAATAAGAATCTGCAGTTGGCTTATTCGACGTTGCTTCTCAAT 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 AACTGTTATTCATCCCCAAATAAGAATCTGCAGTTGGCTTATTCGACGTTGCTTCTCAAT 2081
Query 2123 TATGCAGTGCTATTAATAGAAAAGAAGGATCAAGAAGGTCAAGCTCAAGTCCTTTCAGCA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TATGCAGTGCTATTAATAGAAAAGAAGGATCAAGAAGGTCAAGCTCAAGTCCTTTCAGCA 2141
Query 2183 GCTTTGCAGGTAGCAGAAGAAGAAGCTGCAGATGTTGATTCCAAGTTCCGGAGTCTGGTA 2242
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2142 GCTTTGCAGGTTGCAGAAGAGGAGGCTGCAGATGTTGATTCCAAGTTCCGGAGTTTGGTA 2201
Query 2243 GCAATTGGCTCACTGATGCTTGAAGGTCTCGTGAAGAAGATAGCGATAGATTTTGATGTA 2302
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2202 GCAATTGGGTCACTGATGCTTGAAGGTCTGGTGAAGAAGATAGCAATAGATTTTGATGTA 2261
Query 2303 GAGAGCATCGCAAAATCAGCGAAGGCGTCAAAGGAAGCCAAGATTGCAGAAGTTGGGGCC 2362
|||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 GAGAGCATTGCAAAATCAGCAAAGGCCTCAAAGGAAGCCAAGATTGCAGAAGTTGGGGCC 2321
Query 2363 GATATCGATCTTGTAATTCGTCAGTAACCTTAAAAGAGAGTCTGTGATCGAACCCGGGAT 2422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 2322 GATATCGATCTTGTAATTCGTCAGTAACCTTAAAAGAGAGTCTGAAATTAAACCCTAGAT 2381
Query 2423 TTGAATTTTCAATGATTCCCTCAAGAATTTTCATATGATTCAAAATCACTTTTCCTTGAA 2482
||| ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2382 TTGGATTTTGGATGATTCCCTCAACATTTTTCGTATGATTCAGAATCACTTTTCCTTGAA 2441
Query 2483 ATGCAATTCAACTTTT 2498
||||||||||| ||||
Sbjct 2442 ATGCAATTCAAATTTT 2457
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97663388180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5