BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19020.1
Length=3147
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479420 jgi|Araly1|479420|fgenesh2_kg.3__2121__AT3G19020.1 2656 0.0
> Ahg479420 jgi|Araly1|479420|fgenesh2_kg.3__2121__AT3G19020.1
Length=3046
Score = 2656 bits (1438), Expect = 0.0
Identities = 1707/1830 (93%), Gaps = 46/1830 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCATTATAGGCTTCCTCTCCACAACATTCATCTATTAAGCAAGCCATAGAGCCATTTCCA 60
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Sbjct 1 TCATTATAGGCTTTCTCTCCACAACATTCATCTATTAAGCAAGCCATAGAGCCATTTCCA 60
Query 61 AGTTTTTTCATCACCATGACCCGAAGAACAATGGAGAAGCCTTTTGGCTGCTTCCTTCTC 120
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Sbjct 61 AGGTTTTTCATCACCATGACCCGAAGAACAATGGAGAAGCCTTTTGGCTGCTTCCTTCTC 120
Query 121 CTC-TTTTGTTTCACCATCTCCAtttttttCTATTCCGCAGCGGCTCTCACCGATGAGGA 179
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Sbjct 121 CTCGTTTT-TTTCACCATCTCCATTTTCTTCTACTCCGCAGCAGCTCTCACCGATGAGGA 179
Query 180 AGCTTCTTTTCTTACAAGACGCCAACTTTTGGCATTATCAGAAAACGGAGATCTTCCCGA 239
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Sbjct 180 AGCTTCGTTTCTCACAAGACGCCAACTTTTGGCATTATCAGAAAACGGAGATCTTCCTGA 239
Query 240 CGACATCGAGTACGAAGTCGATTTAGACCTCAAATTTGCTAATAACAGACTTAAAAGGGC 299
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Sbjct 240 CGACATGGAGTATGAAGTCGATTTAGACCTCAAATTTGCTAATAACCGACTCAAAAGGGC 299
Query 300 TTACATTGCCCTTCAAGCTTGGAAAAAGGCATTCTACTCTGATCCGTTCAACACTGCGGC 359
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Sbjct 300 TTACATTGCCCTTCAAGCTTGGAAAAAGGCATTCTACTCCGATCCGTTCAACACTGCGGC 359
Query 360 TAATTGGGTTGGTCCAGACGTGTGTTCTTACAAAGGAGTTTTCTGTGCACCAGCACTTGA 419
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Sbjct 360 TAATTGGGTTGGTCCAGACGTGTGTTCTTACAAAGGAGTTTTCTGTGCACCAGCACTTGA 419
Query 420 CGACCCAAGCGTATTGGTTGTGGCGGGGATTGACCTTAACCATGCGGATATAGCCGGATA 479
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Sbjct 420 CGACCCAAGCGTATTGGTTGTGGCGGGTATTGACCTTAACCATGCGGATATAGCCGGATA 479
Query 480 CTTGCCGCCTGAGCTAGGTTTATTGACCGATGTCGCCTTGTTTCACGTTAATTCCAACAG 539
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Sbjct 480 CTTGCCACCTGAGCTAGGTTTATTGACAGATGTCGCCTTGTTTCACATTAACTCCAACAG 539
Query 540 GTTTTGCGGAGTTATTCCGAAAAGTCTTTCGAAGCTAACGTTAATGTATGAATTCGACGT 599
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Sbjct 540 GTTTTGCGGAGTTATTCCGAAAAGTCTTTCAAAGCTAACGTTAATGTACGAATTCGACGT 599
Query 600 CAGCAATAACCGTTTCGTTGGTCCGTTTCCGACAGTTGCTCTTTCTTGGCCGTCTTTGAA 659
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Sbjct 600 GAGCAATAACCGGTTCGTTGGTCCGTTTCCGACAGTTGCTCTTTCTTGGCCGTCTTTGAA 659
Query 660 ATTCCTTGACATAAGATACAATGATTTTGAAGGGAAACTACCACCAGAGATCTTTGATAA 719
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Sbjct 660 GTTCCTTGACATAAGATACAATGATTTTGAAGGGAAATTGCCACCAGAGATCTTTGATAA 719
Query 720 AGATCTCGACGCCATCTTCTTGAACAACAATAGATTTGAGTCGACCATCCCCGAGACAAT 779
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Sbjct 720 AGATCTTGACGCCATCTTCTTGAACAACAATAGATTCGAGTCGACCATCCCCGAGACAAT 779
Query 780 TGGTAAATCAACAGCTTCCGTTGTAACCTTCGCACACAATAAATTTAGCGGTTGCATCCC 839
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Sbjct 780 TGGTAAATCAACTGCTTCCGTCGTGACCTTCGCACACAATAAATTCAGCGGTTGCATCCC 839
Query 840 AAAAACCATTGGCCAGATGAAGAACCTCAACGAGATTGTGTTTATTGGGAACAACCTAAG 899
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Sbjct 840 AAAAACCATTGGCCAGATGAAGAACCTCAACGAGATTGTTTTTATTGGGAACAACCTAAG 899
Query 900 TGGTTGCTTACCGAACGAAATCGGTTCGTTGAACAATGTGACTGTGTTTGATGCTAGCAG 959
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Sbjct 900 TGGTTGCTTACCGAACGAAATCGGTTCGTTGAACAATGTGACTGTGTTTGATGCTAGCAG 959
Query 960 CAATGGGTTCGTCGGAAGTTTGCCATCGACCTTGTCGGGCTTAGCCAACGTGGAACAAAT 1019
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Sbjct 960 CAATGGGTTCGTCGGAAGTTTACCATCGACCTTGTCGGGCTTAGCCAACGTGGAACAAAT 1019
Query 1020 GGATTTCTCGTACAATAAGTTCACCGGATTTGTCACAGACAATATCTGCAAGTTGCCCAA 1079
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Sbjct 1020 GGATTTCTCGTACAATAAGTTCACCGGATTTGTCACAGACAATATCTGCAAGTTGCCCAA 1079
Query 1080 ATTGTCAAACTTCACATTTTCTTACAATTTCTTCAATGGAGAAGCTCAAAGTTGTGTGCC 1139
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Sbjct 1080 ATTGTCGAACTTCACATTTTCTTACAATTTCTTCAATGGAGAAGCTCAAAGTTGTGTGCC 1139
Query 1140 TGGATCGAGCCAAGAGAAACAGTTTGATGACACGAGCAATTGCTTACAGAACAGACCAAA 1199
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Sbjct 1140 TGGGTCGATCCAAGAGAAACAATTTGATGACACGAGCAATTGCTTACAGAATAGACCAAA 1199
Query 1200 CCAGAAGTCGGCTAAAGAATGTTTGCCGGTGGTTAGCCGTCCTGTGGATTGCAGTAAAGA 1259
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Sbjct 1200 TCAAAAGTCGGCTAAAGAATGTTTGCCGGTGGTAAGCCGTCCTGTGGATTGCAGTAAAGA 1259
Query 1260 CAAGTGTGCCGGTGG--A-GG---TGGCGGTGGTTCAAACCCATCACCAAAACCAACACC 1313
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Sbjct 1260 CAAGTGTGCTGGTGGTGATGGAGGTGGCGGTGGTTCAAACCCATCACCAAAACCAACGCC 1319
Query 1314 AACACCAAAGGCACCGGAGCCTAAGAAAGAAATAAACCCACCAAACTTAGAAGAGCCATC 1373
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Sbjct 1320 AA-A-----GGCACCGGAGCCTAAGAAAGAAATTAACCCACCAAAATTAGAAGAGCCATC 1373
Query 1374 TAAGCCAAAACCAGAAGAATCTCCCAAACCACAACAGCCTAGTCCAAAGCCTGAGACACC 1433
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Sbjct 1374 TAAGCCAAAACCAGAAGAATCTCCCAAACCACAACAGCCTAGTCCAAAGCCTGAGACACC 1433
Query 1434 ATCACATGAGCCTTCTAACCCAAAGGAACCTAAGCCAGAGTCACCAAAACAGGAATCTCC 1493
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Sbjct 1434 ATCACATGAGCCTTCCAACCCAAAGGAACCTATGCCAGAGTCACCAAAACAGGAATCTCC 1493
Query 1494 AAAAACGGAACAGCCAAAACCTAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGCCTAAGCAAGA 1553
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Sbjct 1494 AAAACCGGAACAACCAAAACCTAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGCCTAAGCAAGA 1553
Query 1554 GGCA-CCAAAACCAGAACAGCCAAAACCTAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGTC-T 1611
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Sbjct 1554 G-CAACCAAAACCAGAACAGCCAAAACCCAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTC-TCCT 1611
Query 1612 AAGCAAGAGCCACCAAAACCAGAAGAATCTCCTAAACCGGAACCTCCAAAACCAGAGGAG 1671
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Sbjct 1612 AAGCAAGAGCCACCAAAACCC-AAG---C-C-TGAGTC--A-CC---AAAAC-A-AG-AG 1656
Query 1672 TCACCTAAGCCTCAACCACCAAAGCAAGAGACA-C-CA-AAACCAGAGGAGTCACCTAAG 1728
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Sbjct 1657 TCGCCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCAGAAAAATCTCCTAAACCGGA--AC-CTCCTAAA 1713
Query 1729 CCTCA-ACCACCAAAGCAAGAGACACCAAAACCAGAGGAGTCACCTAAGCCTCAACCACC 1787
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Sbjct 1714 CCAGAGACG-CCAAAACCAGAGATGCCAAAACCAGAGGAGTCACCTGAGCCTCAACCACC 1772
Query 1788 AAAGCAAGAG-A-CC-CCAAA-ACCAGAGG 1813
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Sbjct 1773 AAAGCAAGAACAACCACCAAAGAC-AGAGG 1801
Score = 1206 bits (653), Expect = 0.0
Identities = 1074/1264 (85%), Gaps = 81/1264 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1536 AGAGTCGCCTAAGCAAGAGGCACCAAAACCAGAACAGCCAAAACCTAAGCCTGAGTCACC 1595
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Sbjct 1470 AGAGTCACCAAAACAGGAATCTCCAAAACCGGAACAACCAAAACCTAAGCCTGAGTCACC 1529
Query 1596 AAAACAAGAGTCGTCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCAG-A-AG---AATCTCCTAAACCG 1650
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Sbjct 1530 AAAACAAGAGTCGCCTAAGCAAGAGCAACCAAAACCAGAACAGCCAAAAC-CC-AAGCCT 1587
Query 1651 GAACCTCCAAAACCAGAGGAGTCACCTAAGCCTCAACCACC-AAA-GCAA----GAGACA 1704
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Sbjct 1588 GAGTCACCAAAA-CA-A-GAGTCTCCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCCAAGCCTGAGTCA 1644
Query 1705 CCAAAACCAGAGGAGTCACCTAAGCCTCAACCACC-AAAGCA-AGAGA-CACCAAAACCA 1761
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Sbjct 1645 CCAAAA-CA-A-GAGTCGCCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCAGAAAAATCTCCTAAACC- 1700
Query 1762 GAGGAGTCACCTAAGCCTCA-ACCACCAAAGCAAGAGACCCCAAAACCAGAGGAGTCACC 1820
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Sbjct 1701 --GGAACCTCCTAAACCAGAGA-CGCCAAAACCAGAGATGCCAAAACCAGAGGAGTCACC 1757
Query 1821 TAAGCCTCAACCACCAAAGCAAGAACAACCACCAAAGACAGAGGCACCAAAAATGGGGTC 1880
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 TGAGCCTCAACCACCAAAGCAAGAACAACCACCAAAGACAGAGGCACCAAAAATGGGGTC 1817
Query 1881 GCCTCCATTGGAATCACCGGTACCAAATGATCCTTACGATGCATCTCCGATTAAAAAACG 1940
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Sbjct 1818 GCCTCCATTGGAATCACCGGTACCAAATGATCCTTACGATGCATCTCCGATTAAAAAACG 1877
Query 1941 TCGTCCTCAACCACCATCACCCTCGACAGAAGAGACAAAGACAACGTCGCCACAATCTCC 2000
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Sbjct 1878 TCGTCCTCAACCACCGTCACCATCAACAGAAGAGACAAAGACACCGTCGCCACAATCTCC 1937
Query 2001 -TCCAGTACACTCTccaccaccaccaccaccGGTTCATTCCCCACCGCCGCCTGTATTTT 2059
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1938 AT-CAGTACACTCT------CCACCACCACCGGTTCATTCCCCACCGCCACCTGTATTTT 1990
Query 2060 CACCTCCTCCTCCGATGCATTctcctccaccaccggtttactcaccaccacctccagtac 2119
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Sbjct 1991 CACCTCCTCCTCCGGTGCATTCTCCTCCACCACCGGTTTACTCGCCACCACCTCCA-TCC 2049
Query 2120 actctcctccaccaccaccagtccactctcctccaccaccagtacattcaccaccaccac 2179
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Sbjct 2050 ACTCTCCT---CCTCCACCGGTACACTCTCCTCCTCCACCGGTTTACTCGCCACCACCTC 2106
Query 2180 cagtcca-t-t-ctcctcctccaccggtccattcaccaccaccaccagtccactctcctc 2236
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Sbjct 2107 CTGTATACTCTCCGCCACCACCACCAGTCCACTCTCCGCCTCCACCAGTCCACTCTCCTC 2166
Query 2237 ctccaccagtccactctcctcctccaccggtccagtcacctccaccaccaccagttttct 2296
||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 2167 CTCCACCGGTACACTCTCCTCCTCCACCGGTCCACTCTCCACCACCACCACCAGTTTTCT 2226
Query 2297 ctccaccaccgcctgcaccaatctactcacctcctcctccaccagtccactccccgcctc 2356
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Sbjct 2227 CTCCACCACCGCCTGCACCAATCTACTCTCCTCCTCCACCACCAGTCCACTCCCCGCCTC 2286
Query 2357 caccggtccactctccaccaccgccaccagtccactcaccacctcctcctgttcactcac 2416
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2287 CACCCGTGCACTCTCCACCACCGCCACCAGTCCACTCACCGCCTCCTCCTGTTCACTCAC 2346
Query 2417 cgcctcctccagttcactccccgccgcctccagtccattctccaccaccaccagtccact 2476
||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 2347 CGCCTCCTCCAGTACACTCTCCACCACCTCCAGTTCATTCT---------CCA--CCA-- 2393
Query 2477 ctccaccacctccgtcacctatctactctcctcctcctccaGTTTTCTCACCGCCACCGA 2536
|||||| || | | ||||||| || ||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2394 --CCACCA-----GT---C---C-ACTCTCCACCACCTCC--TTTTCTCACCGCCACCAA 2437
Query 2537 AACCTGTAACGCCTCTACCACCAGCAACATCGCCAATGGCAAACGCTCCAACACCTTCAT 2596
||||||||||||||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 2438 AACCTGTAACGCCTCTATCACCGGCAACAACACCAACGGCAAACGCTCCAACACC-T--T 2494
Query 2597 CATCAGAATCAGGAGAAATCTCAACACCGGTTCAAGCTCCGACCCCAGACTCTGAGGACA 2656
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 CATCAGAATCAGGAGAAATCTCATCACCGGTTCAAGCTCCGACCCCAGACTCTGAGGACA 2554
Query 2657 TCGAAGCACCATCAGATTCAAATCATTCACCAGTGTTCAAATCAAGTCCAGCTCCATCAC 2716
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2555 TCGAAGCACCATCAGAATCAAATCATTCACCAGTGTTCAAATCAAGTCCTGCTCCATCAC 2614
Query 2717 CAGATTCCGAGCCAGAAGTTGAAGCACCAG-TACCA-TCAAGCGAACCAGAAGTTGAAGC 2774
|||||||||||||| || | | | || | | ||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2615 CAGATTCCGAGCCA-AA-TC-ACTCCCCGGCT-CCAGTTTC-CGAACCAGAAGTTGAAGC 2669
Query 2775 ACCA 2778
||||
Sbjct 2670 ACCA 2673
Score = 608 bits (329), Expect = 7e-173
Identities = 387/413 (94%), Gaps = 12/413 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2716 CCAGATTCCGAGCCAGAAGTTGAAGCACCAGTACCATCAAGCGAACCAGAAGTTGAAGCA 2775
|||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 CCAGTTTCCGAACCAGAAGTTGAAGCACCAGTTCCATCAAGCGAACCAGAAGTTGAAGCA 2703
Query 2776 CCAAAACAATCAGAAGCCAC-CCCTTCGTCATC-ACCGCCATCTTCAAATCCATCACCAG 2833
||| ||||||||| |||||| ||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2704 CCAGAACAATCAGCAGCCACACCC-TCGTCACCGA-CGCCATCTTCAAATCCATCACCAG 2761
Query 2834 ATGTAACTGCACCACCATCGGAAGACAACGACGACGGCGATAATTTCATCCTCCCACCAA 2893
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 ATGTAACTGCACCACCATCGGAAGACAACGACGGCGGCGATAATTTCATCCTCCCACCAA 2821
Query 2894 ACATTGGACACCAATATGCATCGCCACCACCACCGATGTTCCCAGGCTACTGAACCATAC 2953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2822 ACATTGGACACCAATATGCATCGCCACCACCACCGATGTTCCCAGGCTACTGAACCAAAC 2881
Query 2954 ATTTTTAATATTTTACATTTTGGTCCAACATTTTTCCGGTTAACGCAATTTGTAACAAAC 3013
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2882 ATTTTTAATATTT-ACATTTTGGTCCAAAATTTTTCCGGTTAACCCAATTTGTAACAAG- 2939
Query 3014 aaaaaaaaaGATACATTTATAATTTGACCATTTGTAATCTGTAAGTAGATGATTTTTAGA 3073
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 AAAAAAA----TACATTTATAATTTGACCATT-GTAATCTGTAAGTAGATGATTTTTAGA 2994
Query 3074 AGTGAATATTTTCAAAATTAACCATTAACATATCTGTAATTCTAAGTTTTATA 3126
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2995 AGTGAATATTTTCAAA-TTAACCGTTAACATATCTGTAACTCTATGTTTTATA 3046
Score = 126 bits (68), Expect = 9e-28
Identities = 160/204 (78%), Gaps = 7/204 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1460 AACCTAAGCCAGAGTCACCAAAACAGGAATCTCCAAAAAC-GGA-ACAGCCAAAACCTAA 1517
|||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || | || || |||||||| ||
Sbjct 1577 AACCCAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCTCC-TAAGCAAGAGCCA-CCAAAACCCAA 1634
Query 1518 GCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGCCTAAGCAAGAGGCACCAAAACCAGAACAGCCAAA 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 1635 GCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGCCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCAGAAAAATCT-- 1692
Query 1578 ACCTAAGCCTGAGTCACCAAAACAAGAGTCGTCTAAGCAAGAGCCACCAAAACCAGAAGA 1637
||||| || || | || |||| |||| || | || | |||| ||||||||||| ||
Sbjct 1693 -CCTAAACCGGAACCTCCTAAACCAGAGACGCCAAAACCAGAGATGCCAAAACCAGAGGA 1751
Query 1638 ATCTCCTAAACCGGAACCTCCAAA 1661
|| ||| | || |||| |||||
Sbjct 1752 GTCACCTGAGCCTCAACCACCAAA 1775
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118879654645
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5