BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19190.1
Length=5990
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929807 jgi|Araly1|929807|scaffold_302264.1 7725 0.0
> Ahg929807 jgi|Araly1|929807|scaffold_302264.1
Length=5629
Score = 7725 bits (4183), Expect = 0.0
Identities = 4601/4805 (96%), Gaps = 19/4805 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 155 AACAAACAAACAAGATGGTGTTTCCGTGGAACATTGCTAAATCAGCGGAGGAAGCTTTTT 214
||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8 AAC-AACAAAGAAGATGGTTTTTCCCTGGAACATTGCTAAATCAGCGGAGGAAGCTTTTT 66
Query 215 CTAGATGGGCGGTGAAGAGGGTTGTCAAATTCCTGTTGAAGAAGAAATTGGGTAAACTCA 274
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 CTAGATGGGCGGTGAAGAGGGTCGTCAAATTCTTGTTGAAGAAGAAATTGGGTAAACTCA 126
Query 275 TACTTGGTGATATCGACCTTGATCAGCTCGATATTCAGCTTCGTGATGGCACTATTCAGC 334
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 127 TACTTGGTGATATCGACCTTGATCAGCTCGATATTCAGCTTCGTGATGGCTCTATTCAGC 186
Query 335 TCTCCGATCTTGCTATCAACGTTGACTATTTGAATGACAAGTTTGATGCTCCACT-CGTC 393
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 187 TCTCCGATCTTGCTATCAACGTTGACTATTTTAATGACAAGTTTGATGCTCCGCTAC-TC 245
Query 394 ATAAAAGAAGGCTCAATTGGATCTTTGTTAGTTAAAATGCCTTGGAAGACCAATGGTTGT 453
||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 246 ATAAAGGAAGGCTCAATTGGAGCTTTGGTAGTTAAAATGCCTTGGAAGACTAATGGTTGT 305
Query 454 CAAGTTGAGGTTGACGAGCTGGAGCTTGTTCTTGCACCACGTTTGGAGAGTAATAAATCA 513
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 306 CAAGTTGAGGTTGACGAGCTTGAGCTTGTTCTTGCACCACGTTTGGAGACTAATGCATCA 365
Query 514 TCTTCAAATGAAGCCAGCACCTCCGCCTCTACACGAGAAGATTTACATAATATACGTCTT 573
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 366 TCTTCAAATGAAGCCAGCACCTCCGCCTCTACCCGAGAAGATTCACATAATATACGTCTT 425
Query 574 GAAATAGGAAAGCATGAGAATGAGATGTTGATGAATGCTGCAAAATCTGCGTCTATCGAT 633
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 GAAAGAGGAAAGCATGAGAATGAGATGTTGTTGAACGCTGCAAAATCTGCGTCTATCGAT 485
Query 634 GTCCATGAAGGTGTTAAGACGGTTGCCAAGATAGTGAAATGGTTTCTTACTAGTTTTCAC 693
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 486 GTCCATGAAGGCGTTAAGACGGTTGCCAAGATAGTGAAATGGTTTCTTACAAGTTTTCAT 545
Query 694 GTCAAAATTAAGAATCTGATTATAGCATTTGATCCCGATTTTGGCAAAAAACAGTCTGAA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 546 GTCAAAATTAAGAATCTGATTATAGCATTTGATCCCGATTTTGGCCAAAAACTGAATGAA 605
Query 754 GCTGGTCCTCGACCAACATTGGTACTTAGAATGACAGAAATAGAGTGTGGAATTTCAGAG 813
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GCTGGTCCTCGGCCAACATTGGTACTTAGAATGACAGAAATAGAGTGTGGAATTTCAGAG 665
Query 814 GAGCAAGTTTCGGCTAATGAAGTTTCTCCTGATAATTTCCTTGGTATTAATCGACTTGCA 873
|| | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 666 GACCGAGTTTCGGCTGCTGATGTTTCTCCTGATAGTTTCCTTGGTACTAGTCGACTTGCA 725
Query 874 AACTGTGTGAAGTTTCAAGGAGCCGTTGTAGAGCTTTTAAATATGGATGATGATGATGAT 933
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 726 AACTGTGTGAAATTTCAAGGAGCCGTCGTAGAGCTTTTAAATAT-G--GATGATGATGAT 782
Query 934 GGCGACAAAACTTGTGATAAAAAGACATCAAATGATGTGACTTTGATCATGACAGGCGTA 993
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 783 GGCGACAAAACTTGTGGTAAAAAAACATCAAATGATGTGACTTTGATCATGACCGGCGAA 842
Query 994 GGAGGTGGCTTTTCAGGGAGTTTAAATTTTAGTATACCCTGGAAGAATGGTTCTTTAGAC 1053
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GGAGGTGGCTTTTCAGGGAGTTTGAATTTTAGTATACCCTGGAAGAATGGTTCTTTAGAC 902
Query 1054 ATTCGCAAGGTGGATGCTGATATTTCTATTGATCCTGTTGAAGTACGATTTCAACCGTCT 1113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 903 ATTCGCAAGGTGGATGCTGATATTTCTATTGATCCTGTTGAAGTACGACTTCAACCGTCT 962
Query 1114 ACAATTAGATGGTTCTTACAATTGTGGAAGACGTTCACAAGTTTTGGATCAGACTGTTTC 1173
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 963 ACAATTAGATGGTTCTTACAATTGTGGAAGACTTTCACAAGTTTCGGATCAGACTGTTGC 1022
Query 1174 CCCTCAGTTTCTCATTCTGATTTTTTGACGGATTCACCTACAATACCTACTAATGTAATG 1233
|| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CCATCAGTTTCTCATTCTGATTCATTGACAGATTCACCTACAATACCTACTAATGTAATG 1082
Query 1234 GTAACGCCTCCAGCTACACTATCCTTGTCAGGTGGCCAAGAATTGGAGCATGATACTACA 1293
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1083 GTAACGCCTCCAGCTACACTATCATTGTCAGGTGGCCAAGAATTGGAGCCTGATACTACA 1142
Query 1294 CCTAACTTACAGTTTATACCGGATTGGTTTCCGTCTTCGTTCAGCAAGAAAGAAGAGGAT 1353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CCTAACTTACAGTTTATACCGGATTGGTTTCCGTCTTCTTTCAGCAAGAAAGAAGAGGAT 1202
Query 1354 GGAGAAGTAGATATTGGGGCAAGTGTGGACCAGTTTTTTGAATGTTTTGATGCAATGAGG 1413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GGAGAAGTAGATATTGGGGCAAGTGTGGACCAGTTTTTTGAATGTTTTGATGCAATGAGG 1262
Query 1414 AGTTACCAATCAGCTTCTGGAAGCCAAGGAATGTGGAATTGGACATCTTCTGTTTTCACA 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1263 AGTTACCAATCAGCTTCTGGAAGCCAAGGAATGTGGAATTGGACATCTTCTGTCTTCACA 1322
Query 1474 GCAATAAATGCTGCATCTAGCCTTGCTTCGGGGTCTTTGCTTCTTCCTTCTGAACAACAA 1533
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GCAATCAATGCTGCATCTAGCCTTGCTTCTGGGTCTTTGCTTCTTCCTTCTGAACAACAA 1382
Query 1534 CATGTTGAAACAAGTTGTAAAGTATCCTTTGCTGGAGTTTCGGTGGTATTATTTTTCCAA 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 CATGTTGAAACAAGTTGTAAAGTATCCTTTGCTGGAGTTTCGGTGGTATTATTTTTCCAA 1442
Query 1594 GATGAAGTCAATTGGAAGGGTGTTTCAACGCGGATTCACTACTTGGGTGCCGAACTCAGA 1653
||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1443 GATGAAGACAATTGGAAGGATGTTTCCACGCGGATTCACTACTTGGGTGCAGAACTCAGA 1502
Query 1654 GATATTTCGGTCTCTTTTCAGGTATGCCTTCATGATCTGAGGTTAGAAGGAGAAGTGAAC 1713
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 GATATTTCGGTCTCTTTTCAGGTATGCCCTCATGATCTGAGGTTAGAAGGAGAAGTGAAC 1562
Query 1714 AGCATGGAGATCGCCGATTATTGTCAAGGTGGAAATGTTGTTGACACTGCTAATGCTGAA 1773
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 AGCATGGAGATCGCCGATTATTTTCAAGCTGGAAATGTTGTTGACACTGCTAATGCTGAA 1622
Query 1774 TCTCAGACTTGTTTGATTAAGGATTTACAAGCCAAAGTTCAGACTAGTCTTCCTCCCTTT 1833
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 TCTCAGACTTGTTTGATTAAGGATTTACAAGCGAAAGTTCAGACTAGTCTTCCTCCCTTT 1682
Query 1834 GCCTCTTCTGATATGCATTCTGACTCTGAAAGATTAAGCGAGATAGTTTCTGATGGATTC 1893
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 GCCTCGTCTGATATGCATACTGACTCTGAAAGATTAAGCGAGATAGTTTCTGATGGATTT 1742
Query 1894 CTCTTTCGTAACAAGGGTTTCGCAGTCAAGACATTGTTGGTTATAGCTGCAGGGGGCAGT 1953
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 CTCTTTCGTAGCAAGGGTTTCGCAGTCAAGACATTGTTGGTTATAGCTGCAGGGGGCAGT 1802
Query 1954 GGATTTCAGTTTACTGTCAATTTCCAATCATCCAAAGCCAGCCATAGAGGATCAAACTCA 2013
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 GGATTTCAGTTTTTTGTCAATTTCCAATCATCCAAAGCCAGCCATAGAGGATCAAACTCA 1862
Query 2014 TTCTCATTGAGTTTACCCCCTACCACATTCTGGCTGAACCTTCATTCGGTAGAAATGTTG 2073
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1863 TTCTCGTTGAGTTTACCACCTACCACATTCTGGCTGAACCTTCATTCAGTAGAAATGTTG 1922
Query 2074 GTAAATCTTTTCAACGATGTATCAGAATCTATCCCCATAACCAGTCATGAAAGGAATCAG 2133
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1923 GTAGATCTTTTCAACGATGTATCCGAATCTATCCCCATATTCAGTCATGAAAGGAATCAG 1982
Query 2134 GTGGCATCCTCTTCTAAATCAGAAAGTTTGCGAGGTAGTGTGTCAATCTGCAATGCTCGA 2193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1983 GTGGCATCCTCTTCTAAATCAGAAAGTTTGCGAGGTAGTGTGTCAATCGGGAATGCTCGA 2042
Query 2194 GTGATTCTGTGGTTTCCTTTTGAGAGCATTTCAGAAAGGTTCTGCAACTCGCTTGGTCAG 2253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||
Sbjct 2043 GTGATTCTGTGGTTTCCTTTTGAGAGCATTTCAGAAAGGTTATGTAACTCGCTTGGTGAG 2102
Query 2254 CAATTTATCGTCGTCGATC-TATCTTCCTCTCCGCCATCTGATAAGGAAAGGGC-TAAGG 2311
|| ||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||
Sbjct 2103 CAGTTTATTGTTGTCGA-CTTATCTTCCTCTCCGCCATCTGACAAGGATA-GGCGTAAGG 2160
Query 2312 AAAGAAGTCCAGGAGAAATGCACTTTCCATCAGCTACTCGCTCTATATGCTTCAGTGTTG 2371
|| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2161 AAGGAAGTCCGGGAGAAATGTACTTTACATCGGCTACTCGCTCTATATGCTTCAGTGTCG 2220
Query 2372 GTGATGCTAGCATCTATTTGGTCACTTCTGACCTTAAAGATTCTGAAACAAATTCATATC 2431
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GTGATGCTAGCATCTATTTGGTTACTTCTGACCTTAAAGATTCTGAAACAAATTCATATC 2280
Query 2432 ATAGGCAGGTTGAATTCTCTGCGTATAATATTTTACATACCAACAATAAAACTAGGCACC 2491
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2281 ATAGGCAGGTTGAATTCTCTGCATATAATATTTTACATACCAACAATAAAACGAGGCACC 2340
Query 2492 AACTTTCAACAATTGGCATGTTTTGGCAAGATAGACCTACCGTTAGCCCTTGGTTAGTGG 2551
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AACTTTCAACCATTGGTATGTTTTGGCAAGATAGACCTACTGTTAGCCCTTGGTTAGTGG 2400
Query 2552 AGAGAGCTAAGATGTTGGCTACGCAGGAAGAATCTATTCAGACAGATAAATCTGGCGGGA 2611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2401 AGAGAGCTAAGATGTTGGCTACGCAGGAAGAATCTATTCAGACAGATAAATCTGGGGGGA 2460
Query 2612 GGGGCCTTGAGTTTGCTGCTGTTGCTACGCCCAAAGATCAAGACGACATCTACTCTCGAA 2671
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2461 GTGGCCTTGAGTTTGCTGCTGTTGCTACGCCCAAAGATCAAGAAGACATCTACTCTCGAA 2520
Query 2672 GCAGGAAAGAAATAATTTTGGCTTCTTCGTTCTGCCTTTATGTTCATTTGCTTCCACTTG 2731
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2521 CCAGGAAAGAAATAATTTTGGCTTCTTCATTCTGCCTTTATCTTCATTTGCTTCCACTTG 2580
Query 2732 CTATCCATTTAGATAGTTGGCAATACAGCAAATTATGTAATCTAATAGAAGAGGCAAAAA 2791
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2581 CTATCCGTTTAGATGGTTGGCAATACAGCAAATTATGTAATCTCGTAGAAGAGGCAAAAA 2640
Query 2792 ATTGGCTATCGCGTATGGCAGCCAATACAGCTGAGCAAACAGAGGAATCTGTTGTGTGTC 2851
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2641 TTTGGCTATCACGTATGGCAGCCAATACGGCTGAGCAAACAGGGGAATCTGTTGTGTGTC 2700
Query 2852 AAACGTCTCTCGTTGTTGACTGTGATTCTATTGACATATTGGTTAGGCCAGAACCTCGAA 2911
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2701 AAACGTCTCTCGTTGTTGAATGTGATTCTATTGACATTTTGGTTAGGCCAGAACCTCAAA 2760
Query 2912 TGGGCATaaaaaaaCAGCTTCAGACTGAGCTCCCTGGATCATGGATTCAGTTCAACCTGA 2971
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 TGGGCATAAAAATTCAGCTTCAGACTGAGCTTCCTGGATCATGGATTCAGTTCAACCTGA 2820
Query 2972 GGGTTCAGAAATTAAATCTTATGTCTGTCCCAAATCTTGGCAGTGTCTCTGGTGCTGATT 3031
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2821 GGGTTCAGAAATTAAATCTTATGTCTGTCTCAAATCTTGGCAGTATCTCTGGTGCTGATT 2880
Query 3032 TCTTTTGGTTAGCCCATGGGGAAGGTACATTATTGGGTTCTGTTACAGGTCTACCTGATC 3091
||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2881 TCTTTTGGTTAGCCCATGGGGAAGGCACCTTATGGGGTTCTGTTACAGGTCTAGCTGACC 2940
Query 3092 AGGAACTGTTATTACTCTCATGTAACAACTCTGCCATCAAGCGTGGTAATGGAGGAGGTT 3151
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 AGGAACTGCTATTACTCTCATGTAACAATTCTGCAATCAAGCGTGGTAATGGAGGAGGTT 3000
Query 3152 CAAATGCGTTGTCGTCAAGGTTCGCTGGCTTAGATTTTCTGCACTTACAGGAACCAGGAA 3211
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 CAAATGCATTGTCGTCAAGGTTCGCTGGCTTAGATTTTCTGCACTTACAGGAACCAGGAA 3060
Query 3212 TTTGTAACGATTATTTAGCAGTATCTGCCAGGGGCTGTACGATCTCGGCCGTAGGAGGAC 3271
||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 TTTGTTATGATTATGTAGCAGTATCTGCCAGGGGCTGTACGATCTCGGCCGTAGGAGGAC 3120
Query 3272 GCCTGGATTGGATAGAAGTGGCTACTTCTTTTTTCTCTTTTGAAGATGaaaaaaaaaCTC 3331
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||
Sbjct 3121 GCCTGGATTGGATAGAAGTGGTTACTTCTTTTTTCACATTTGAAGATGAAAAAAAATCTC 3180
Query 3332 AAGAGATCAACTCCAGCTCATCTAGCGGCTCCTCGTTTATTCTGAATTTTGTTGATGTTG 3391
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3181 AAGAGATGAACTCCAGCTCATCTAGCGGCTCCTCGTTTATTCTGAATTTGGTTGATGTTG 3240
Query 3392 GTCTAAGCTATGAGCCCCACCATGAGAATACAGATCATTTACGTCAAGCAAGTGA-TCCA 3450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3241 GTCTAAGCTATGAGCCCCACCATGAGAATACAGATCATTTACGTCAAGCAAGT-ATTCCA 3299
Query 3451 TGGGTTGCCTGTCTGGTAGCTGCATCTTCTTTTAGCCTTTCAAAGAAAAGTCTGGTTGAT 3510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3300 TGGGTTGCCTGTCTGGTAGCTGCATCTTCTTTTAGCCTTTCAAAGAAAAGTCTGGTTGAT 3359
Query 3511 TCCATAAGAAATGATTATAGAATCAGGATTCAAGATCTTGGGCTTCTTCTGTCCGTGGAT 3570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3360 TCCATAAGAAATGATTATAGAATCAGGATTCAAGATCTTGGGCTTCTTCTGTCCGTGGAT 3419
Query 3571 TTTGACCTTAGCAAGCTTGGTGGAACGTACAGTTCAGAGCATCTTCATGAGTCTGGCTAT 3630
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3420 TTTGACCTTAGCAAGCTTAATGGAACGTACAGTTCAGAGCATCTTCATGAGACTGGCTAT 3479
Query 3631 GTTAAAGTTGCTAATGATTCGCTTATTGAAGCAATTCTAAGGACTAACTCTGAAAATGGC 3690
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3480 GTTAAAGTTGCTAATGAGGCGCTTATTGAAGCAATTCTAAGGACTAACTCTGAAAATGGC 3539
Query 3691 CTTCTTTGGGAGTTAGAGTGTTCAAAATCTCACTTAGTAATTGAAACTTGCAGTGACACG 3750
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3540 CTTCTTTGGGAGTTAGAGTGTTCCAAATCTCACTTATTAATTGAAACTTGCAGTGACACG 3599
Query 3751 ACTTCTGGTTTGATTCGCTTGGCCACCCAGCTCCAACAGTTACTTGCTCCTGATTTGGAG 3810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3600 ACTTCTGGTTTGATTCGCTTGGCCACCCAGCTCCAACAGTTACTTGCTCCTGATTTGGAG 3659
Query 3811 GAATCAGCTGTGCACTTGCAGACTCGATGGGACAGCATTCAACAGGCAAATGCTAGGAAT 3870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3660 GAATCAGCTGTGCACTTGCAGACTCGATGGGACAGCATTCAGCAGGCAAATGCTAGGAAT 3719
Query 3871 GATTTAGATATCAGCGATAGACTCAGTAGCTCCGATTCAAGTGGAGAAATGAAATATTTA 3930
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3720 GATTTTGATATCAGCGATAGACTCAGTAGCTCCGATTCAAGTGGAGAAATGAAATATTTA 3779
Query 3931 AGATTAGAGTCAGAAAATGAAACTGGGGTCATTGGTTTGATGGACGAAATAAATGAAGAT 3990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3780 AGATTAGAGTCAGAAAATGAAACTGGGGTCATTGGTTTGATGGACGAAATAAATGAAGAT 3839
Query 3991 GCATTCCAATTTGATGTCAATCCGACATATCAGTCTGACTCTGTGGAATGTCAGAATAAC 4050
||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3840 GCATTTCAATTTGATGTCAATCTGACAGGTCAGTCTGACTCTGTGGAATGTCAGAATAAC 3899
Query 4051 TATATGTCACCTCATGGAATCTCTCATGGGCAGGCATATAATTGGGTACCAGCTACT--- 4107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3900 TATATGTCACCTCATGGAATCTCTCATGGGCAGGCATATAATTGGGTACCTGCTACTCCT 3959
Query 4108 GAGAAACTACCTTCTAATCAAAGTATTTGTGGGTCGTCATCCAGAATAAACTCAGAAAGC 4167
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 3960 GAGAAACTACCTTCTAATCACAGTATCTGTGGGTCATCATCTAGAATAAATTCAGAAAGC 4019
Query 4168 AGTCAAGTATTCCTAGAAAGAGAGAGCCTGCCTGAAATATTTGAAAACTATTGTTTGTCT 4227
||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4020 AGTAAAATATTCCTAGATAGAGAGAGCCTGCCTGAAATATTTGAAAACTATTGTTTGTCT 4079
Query 4228 GAGTTCCGTCCATCGTCAGAGGTACCTCAAGAAGGGGATTCGTCGGGGAGAGAATTGTTT 4287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 4080 GAGTTCCGTCCATCGTCAGAGGTACCTCAAGAAGGGGATTCATCAGGGAGAGAATTGTTT 4139
Query 4288 CCTGAGACTGATCTGAGGAGAGGAAATTCTGGGTGGTATGATGACGCGTCCTTAAGAATT 4347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4140 CCTGAGACTGATCTGAGGAGAGGAAATTCTGGGTGGTATGATGACGGGTCCTTAAGAATT 4199
Query 4348 GTAGAAGACCATGTGTCAGAAGCAACTGAGGAAGATCATGAGGAACACATTCTGGATGGA 4407
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4200 TTAGAAGACCATGTGTCAGAAGCAACTGAGGAAGATCATGAGGAACATATTCTGGATGGA 4259
Query 4408 GAATGTTCATCTTTTGGCCAGACGTCTTATTCTGCTGTAGCAGCTAATGGACGTATCCTT 4467
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4260 GATTTTTCATCTTTTGGCCAGACGTCTTATTCTGCTGTAGCAGCTAATGGACGTATCCTT 4319
Query 4468 CTGAAAAACATTGACCTCAAATGGAGAATTTACTCTGGCTCTGACTGGCATGATTCTAGA 4527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 4320 CTGAAAAACATTGACCTCAAATGGAGAATTTACTCTGGGTCTGATTGGCATGATTCTAGA 4379
Query 4528 AAGAAAGGTGAAAATTTTAAACATACAAAGGGCCGGGATACAACTTCGTGCCTTGAGCTG 4587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4380 AAGAAAGGTGAAAATTTTAAACATACAAAGGGCCGGGATACAACTTCGTGCCTTGAGCTG 4439
Query 4588 GAATTATCTGGGGTCCTTGGATATTACAACTCAAAAGATCACCCAAGAGACTCCTCTTCG 4647
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4440 GAGTTATCTAGGGTCCTTGGATATTACAACTCAAAAGATCACCCAAGAGATTCCTCTTCA 4499
Query 4648 TATGCATTCAAGTTGGAATTAAAAGCTGTCAGACCTGACCCTGAGACGCCACTCGAGGAA 4707
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4500 TATGCTTTCAAGTTGGAATTAAAAGCTGTCAGACCTGACCCTGAGACGCCACTTGAGGAA 4559
Query 4708 AACCGCTTCTTTGGAGCTAACAGCCTAGAAAAGCCTGTTGTTTCTATGGGAGACTCAGGT 4767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||
Sbjct 4560 AACCGCTTCTTTGGAGCTAACAGCCTAGAAAAGCCTGATGTTTCCATGCGAGACTCAGGT 4619
Query 4768 GGTTCAACGAT-GTCGGTTTCCGT-ACAAGGACATAATATCATAGAAGAAGCGCTTCTTC 4825
|||||||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4620 GGTTCAAC-ATTGTCGGTTTCTGTTA-AAGGACATAATATCATAGAAGAAGCGCTTCTTC 4677
Query 4826 CATATTTTCAGAAATTCGACATATGGCCTGTTAATGTTCGAGTTGATTACAGTCCCCATC 4885
||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4678 CATATTTCCAGAAATTTGACATATGGCCTGTTAGTGTTCGAGTTGATTACAGTCCCCATC 4737
Query 4886 ATGTTGATATAGCAGCACTAACAGGAGGGAAATATGCAGAGCTTGTGAACCTTGTACCCT 4945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4738 ATGTTGATATAGCAGCACTAACAGGAGGGAAATATGCAGAGCTTGTGAACCTTGTACCCT 4797
Query 4946 GGAAG 4950
|||||
Sbjct 4798 GGAAG 4802
Score = 1120 bits (606), Expect = 0.0
Identities = 628/639 (98%), Gaps = 0/639 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4949 AGGGGATTGAATTACAACTCAAACATGTGCATGCTGCTGGAATCTATGGCTGGGGAAATG 5008
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4834 AGGGGATTGAATTACAGCTCAAACATGTGCATGCTGCTGGAATCTATGGCTGGGGAAATG 4893
Query 5009 TATGTGAGACTATACTGGGAGAATGGTTGGAAGATGTATCTCAGAATCAGATTCATCAAC 5068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4894 TATGTGAGACTATACTGGGAGAATGGTTGGAAGATGTATCTCAGAATCAGATTCATCAAC 4953
Query 5069 TTTTAAAGGGGATCCCAACAGTAAGATCACTTTCTGCTCTTTATGCTGCTGCTCTAAAGC 5128
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4954 TGTTAAAGGGGATCCCAACAGTAAGATCACTTTCTGCTCTTTATGCTGCTGCTCTAAAGC 5013
Query 5129 TGGTCTCGTCACCTGTTGAAAGTTACAGGAAAGATCGAAGGCTAGTGAAGGGAGTCCAAA 5188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5014 TGGTCTCGTCACCTGTTGAAAGTTACAGGAAAGATCGAAGGCTAGTGAAGGGAGTCCAAA 5073
Query 5189 GAGGGACTGTAGCGTTTCTCAGAAGTATCTCACTGGAAGCTGTTGGACTCGGTGTTCACT 5248
|||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5074 GAGGTACTATAGCGTTTCTCAGAAGCATCTCACTGGAAGCTGTTGGACTCGGTGTTCACT 5133
Query 5249 TGGCAGCCGGGGCTCATGATATTTTATTGAGAGCAGAATATATATTTGCAAGTTCACCAT 5308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5134 TGGCAGCCGGGGCTCATGATATTTTATTGAGAGCAGAATATATATTTGCAAGTGCACCAT 5193
Query 5309 CATTGCCACAACCCCAAGGCAGAACGAAGACGAATGTCAGACATAATCAGCCTAGAAATG 5368
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 5194 CATTGCCACAACCCCAAGGCAAAACGAAGACGAATGTTAGACATAATCAGCCTAGAAACG 5253
Query 5369 CTAAGCAAGGCATGCTTAAGGCATGTGAGAGCATCGGTGATGGAATAGGAAAGACAGCTT 5428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5254 CTAAGCAAGGCATGCTTAAGGCATGTGAGAGCATCGGTGATGGAATAGGAAAGACAGCTT 5313
Query 5429 CTGCATTAGTCCGCACACCTTTGAAGAAGTATCAACGTGGAGACGGAGCTGGATCAGCAT 5488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5314 CTGCATTAGTCCGCACACCTTTGAAGAAGTATCAACGTGGAGACGGAGCTGGATCAGCAT 5373
Query 5489 TTGCAACTGTTGTTCAGGGAGTTCCAACAGCTGCTATAGCACCTGCTTCAGCTTGTGCTA 5548
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5374 TTGCAACAGTTGTTCAGGGAGTTCCAACAGCTGCTATAGCACCTGCTTCAGCTTGTGCTA 5433
Query 5549 GAGCTGTACATAGTGCTCTTGTTGGCATCAGAAATAGGT 5587
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5434 GAGCTGTACATAGTGCTCTAGTTGGCATCAGAAATAGGT 5472
Score = 122 bits (66), Expect = 2e-26
Identities = 76/81 (94%), Gaps = 0/81 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5590 ATTATTTCTCCTTTCAGTCTTGATCCTGAACATAAAAAGGAATCCATGGAAAAATACTTA 5649
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5549 ATTATCTCTACTTTCAGTCTTGATCCTGAACATAAAAAGGAATCCATGGAAAAGTACTTA 5608
Query 5650 GGCCCCGACAAACAAAGGAAG 5670
||||| || ||||||||||||
Sbjct 5609 GGCCCTGATAAACAAAGGAAG 5629
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 226937307799
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5