BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19210.1
Length=2849
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479436 jgi|Araly1|479436|fgenesh2_kg.3__2137__AT3G19210.1 4673 0.0
> Ahg479436 jgi|Araly1|479436|fgenesh2_kg.3__2137__AT3G19210.1
Length=2816
Score = 4673 bits (2530), Expect = 0.0
Identities = 2722/2817 (97%), Gaps = 3/2817 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 AGCGGAGCTCTGGGCTCGTAGGTGTAACGAAAATGGAGGAAGAAGATGAAGAGATCTTAT 90
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGCGGAGCTCTGGGCTCGTAGGTGTGTCGACAATGGAGGAAGAAGATGAAGAGATCTTAT 60
Query 91 CGTCTTCCGATTGCGACGATTCCAGCGATAGTTACAAGGATGATTCTCAAGATTCTGAAG 150
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 CGTCTTCCGATTGCGACGATTCTAGCGATAGCTACAAGGATGATTCTCAAGATTCGGAAG 120
Query 151 GAGAAAACGATAACCCTGAGTGCGAAGACCTTGCGGTGGTTTCTCTTTCATCCGACGCAG 210
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 GAGAAAACGAAAACCCTGACTGCGAAGACCTGGCGGTGGTTTCTCCTTCATCCGACGCAG 180
Query 211 ATCGGAAATCTAAGAACGTAAAGGATCTTCTGAGGGGCAATCTAGTTGTGCAACGGCAGC 270
||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCGGAAATCTAAGAACGTCAATGATCTTTTGAGGGGTAATCTAGTTGTGCAACGGCAGC 240
Query 271 CACTCCTTCCTCGGGTGCTTTCGGTGTCAGATGGAGCGGCAGTTTGTAGGAAG-CCTTTC 329
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 241 CACTCCTTCCTCGGGTGCTTTCGGTGTCAGAAGGAGCGGCAGTTTGTAGGAAGCCCTTT- 299
Query 330 AAACCTCCGTGTTCTCATGGTTATGATTCCACAGGACAACTTTCTCGTCGCCTTTCAGCT 389
|| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AAGCCTCCGTGTTCTCATGGTTATAATTCCACTGGAAAACTTTCTCGTCGCCTTTCAGCT 359
Query 390 CGAAAACGGTTTGTTCCTTGGGGTTCCTCAACTCCGGTTGTGGTTGCTTTACCTACTAAG 449
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CGAAAACGGTTTGTCCCTTGGGGTTCCTCAACTCCTGTTGTGGTTGCTTTACCTACTAAG 419
Query 450 CTGGAAGCATCAACCAATATTGAGAGAGATGAAGAAGAGGAAGTTGTTTGTCTACCACCT 509
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 420 CTAGAAGCATCAACCAATATTGAGAAAGATGAAGAAGAGGAAGTTGTTTGTCTGCCACCT 479
Query 510 GATATTGAACCTTTGGTATTGTGGCAATCTGAAGAAGATGGAATGAGCAATGTAACAACT 569
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GATATTGAACCCTTGATATTGTGGCAATCTGAAGAAGATGGAATGAGCAATGTAACAACA 539
Query 570 ATCATGGTGCATTCAGTGCTTGTCAAATTTCTTCGCCCTCATCAAAGAGAGGGTGTCCAG 629
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATCATGGTGCATTCATTGCTTGTCCAATTTCTTCGCCCTCATCAAAGAGAGGGTGTCCAG 599
Query 630 TTCATGTTCGATTGTGTTTCAGGATTACATGGTTCGGCAAATATAAATGGTTGCATTCTG 689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCATGTTCGATTGTGTTTCAGGATTACATGGTTCGGCAAATATAAATGGTTGCATTCTG 659
Query 690 GCTGATGACATGGGTTTAGGGAAGACATTACAGTCCATTACTTTACTATACACACTTCTT 749
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GCTGATGATATGGGTTTTGGGAAGACATTGCAGTCCATTACTTTACTATACACACTTCTT 719
Query 750 TGTCAAGGATTTGATGGGACGCCTATGGTTAAAAAGGCCATTATTGTTACACCAACGAGT 809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 720 TGTCAAGGATTTGATGGGACGCCTATGGTTAAAAAGGCCATTATTGTTACTCCAACGAGT 779
Query 810 CTTGTCAGTAACTGGGAAGCTGAAATTAAGAAATGGGTTGGAGACAGGATTCAGCTTATA 869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 780 CTTGTCAGTAACTGGGAAGCTGAAATTAAGAAATGGGTTGGAGACAGGATCCAGCTTATA 839
Query 870 GCCCTCTGTGAGAGCACCAGAGATGATGTTTTGTCTGGAATAGATAGTTTCACTCGACCA 929
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCCCTCTGTGAAAGCACCAGAGATGATGTTTTGTCTGGAATAGATAGTTTCACTCGACCA 899
Query 930 AGAAGCGCTTTGCAGGTACTTATCATTTCTTACGAGACATTCCGAATGCACTCATCCAAG 989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGAAGCGCTTTGCAGGTACTTATCATTTCTTACGAGACATTCCGAATGCACTCATCCAAG 959
Query 990 TTCTGCCAGAGTGAATCCTGTGATCTTCTAATATGCGATGAGGCTCATAGGTTGAAAAAT 1049
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTCTGCAAGAGTGAATCATGTGATCTTCTAATATGCGATGAGGCTCATAGGTTGAAAAAT 1019
Query 1050 GACCAGACACTTACAAACAGGGCTTTGGCTTCATTGACATGCAAACGTCGAGTTTTGTTG 1109
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1020 GACCAGACACTAACTAACAGGGCTTTGGCTTCATTGACATGCAAACGTCGGGTTTTGTTG 1079
Query 1110 TCTGGAACTCCCATGCAGAATGACTTGGAAGAGTTTTTTGCCATGGTCAACTTCACAAAT 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1080 TCTGGAACTCCCATGCAGAATGACTTGGAAGAGTTTTTTGCCATGGTCAACTTTACAAAT 1139
Query 1170 CCAGGGAGTTTAGGTGATGCTGCACACTTTCGCCATTATTATGAGGCACCTATTATATGT 1229
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1140 CCAGGGAGTTTAGGTGATGCTGCTCATTTTCGCCATTATTATGAGGCACCTATAATATGT 1199
Query 1230 GGAAGAGAACCTACAGCCACTGAGGAAGAGAAAAACTTAGCTGCTGACCGCTCCGCAGAA 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGAAGAGAACCTACAGCCACTGAGGAAGAGAAAAATTTAGCTGCTGACCGCTCCGCAGAA 1259
Query 1290 CTGAGTTCAAAAGTCAACCAGTTTATTTTGAGGAGAACCAATGCATTGCTCTCAAATCAC 1349
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTGAGTTCAAAAGTCAATCAGTTTATTTTGAGGAGAACCAATGCATTGCTCTCAAATCAC 1319
Query 1350 CTACCACCTAAGATAATTGAAGTAGTTTGTTGCAAGATGACTACTCTCCAGTCCACTTTG 1409
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TTACCACCCAAGATAATTGAAGTAGTTTGTTGCAAGATGACGACTCTCCAGTCCACTTTG 1379
Query 1410 TACAACCATTTTATTAGCTCGAAAAATCTTAAAAGGGCGCTTGCTGATAATGCAAAACAA 1469
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TACAACCATTTTATTAGCTCAAAAAATCTTAAAAGAGCACTTGCTGATAATGCAAAACAA 1439
Query 1470 ACCAAAGTTTTGGCTTATATAACAGCTCTTAAGAAGCTCTGCAATCATCCAAAGCTAATC 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACCAAAGTTTTGGCTTATATAACAGCTCTTAAGAAGCTCTGCAATCATCCAAAGCTAATC 1499
Query 1530 TACGACACAATAAAAAGCGGCAATCCTGGAACTGTTGGGTTTGAGAATTGCTTAGAGTTC 1589
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1500 TACGATACAATAAAAAGCGGCAGTCCTGGAACTGTTGGGTTCGAGAATTGCTTAGAGTTT 1559
Query 1590 TTCCCTGCAGAAATGTTCTCTGGGAGATCTGGAGCATGGACAGGGGGTGATGGTGCCTGG 1649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TTCCCTGCAGAAATGTTCTCTGGGAGATCTGGAGCATGGACTGGGGGTGATGGTGCCTGG 1619
Query 1650 GTCGAGCTCTCTGGGAAAATGCATGTTCTCTCCAGACTTTTGGCCAACCTACGTCGAAAA 1709
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GTCGAGCTCTCTGGGAAAATGCACGTTCTCTCCAGACTTTTGGCCAACCTACGTCGAAAA 1679
Query 1710 ACTGATGACCGCATAGTCCTTGTATCAAACTACACACAGACATTGGATCTTTTTGCTCAA 1769
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1680 ACCAATGACCGCATAGTCCTTGTATCAAACTACACACAGACGTTGGATCTTTTCGCTCAA 1739
Query 1770 CTCTGTCGTGAAAGAAGATATCCTTTTCTGAGGCTGGATGGATCAACAACAATCAGCAAG 1829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CTCTGTCGTGAAAGAAGATATCCTTTTCTGAGGCTGGATGGATCAACAACAATCAGCAAG 1799
Query 1830 AGGCAGAAGCTTGTTAACCGGTTGAACGACCCAACAAAGGATGAGTTTGCATTTCTCTTA 1889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGGCAGAAGCTTGTTAACCGGTTGAACGACCCAACAAAGGATGAGTTTGCATTTCTCTTA 1859
Query 1890 AGCAGCAAGGCGGGTGGCTGTGGATTAAATTTAATTGGTGCTAATCGACTTGTTTTGTTC 1949
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AGCAGCAAGGCGGGTGGCTGTGGATTAAATTTAATCGGTGCTAATCGACTTGTTTTGTTC 1919
Query 1950 GATCCTGATTGGAATCCTGCCAATGATAAACAAGCTGCTGCTAGAGTTTGGAGGGATGGG 2009
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GATCCCGATTGGAATCCTGCCAATGATAAACAAGCTGCTGCTAGAGTTTGGAGGGATGGG 1979
Query 2010 CAAAAGAAAAGAGTATATGTCTACAGGTTTCTTAGTACTGGAACTATTGAAGAAAAGGTT 2069
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CAAAAGAAAAGAGTATATGTATACAGGTTTCTTAGTACTGGAACTATTGAAGAAAAGGTT 2039
Query 2070 TACCAGCGCCAGATGTCAAAAGAAGGGCTTCAAAAAGTTATTCAGCATGAACAGACGGAT 2129
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TACCAGCGCCAGATGTCAAAGGAAGGGCTTCAAAAAGTTATTCAGCATGAACAGACGGAT 2099
Query 2130 AACAGCACGAGACAGGGGAACTTACTTTCTACAGAGGATCTACGAGATTTATTTTCCTTC 2189
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2100 AACAACACGAGACAGGGGAACTTACTTTCTACAGAGGATCTACGAGATTTATTTTCTTTC 2159
Query 2190 CATGGGGATGTTAGGTCTGAAATCCATGAAAAGATGAGCTGCAGCAGGTGCCAAAATGAT 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2160 CATGGGGATGTTAGGTCTGAAATCCATGAAAAGATGAGCTGCAATAGGTGCCAAAATGAT 2219
Query 2250 GCCTCTGGTACTGAGAATATCGAAGAAGGGAATGAGAACAATGTAGATGACAATGCTTGC 2309
||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2220 TCCTCTGGTACTGAAAACATCGAAGAAGGAAATGAGAACAACGTAGGTGACAATGCTTGC 2279
Query 2310 CAGATTGACCAAGAAGACATAGGCGGATTTGCAAAAGATGCAGGATGCTTTAACTTGTTA 2369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CAGATTGACCAAGAAGACATAGGCGGATTTGCAAAAGATGCAGGATGCTTTAACTTGTTA 2339
Query 2370 AAAAACTCTGAGAGACAGGTGGGCACTCCATTGGAAGAAGATCTAGGAAGCTGGGGTCAT 2429
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 AAAAACTCTGAAAAACAGGTGGGCACTCCATTGGAAGAAGATCTAGGAAGCTGGGGTCAT 2399
Query 2430 CACTTTACCTCAAAATCCGTTCCAGATGCTATACTGCAAGCTTCAGCAGGTGACGAGGTG 2489
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2400 CACTTTACCTCAAAGTCTGTTCCGGATGCTATACTGCAAGCTTCAGCAGGTGATGAGGTT 2459
Query 2490 ACGTTTGTTTTCACAAACCAGGTAGATGGGAAGCTCGTTCCCATCGAATCAAATGTCAGT 2549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 ACGTTTGTTTTCACAAACCAGGTAGATGGGAAGCTCGTTCCCATCGAATCAAATGTCAGT 2519
Query 2550 CCAAAAACGGTGGAGTCCGAAGAGCACAATCGGAACCAACCTGTAAATAAGCGTGCCTTT 2609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CCAAAAACGGTGGAGTCCGAAGAGCACAATCGGAACCAAACTGTAAATAAGCGTGCCTTT 2579
Query 2610 AACAAACCACAACAAAGACCTCGGGAACCGCTGCAGCCGTTATCTCTCAACGAGACCACA 2669
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AACAAACCACAACAAAGACCTCGGGAACCGCTGCAACCGTTGTCTCTCAACGAGACCACA 2639
Query 2670 AAAAGAGTGAAGTTGTCTACTTATAAGCGTTTACATGGTAATAGTAACATTGATGATGCT 2729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAAAGAGTGAAGTTGTCTACTTATAAGCGTTTACATGGTACTAGTAACATTGATGATGCT 2699
Query 2730 CAGATTAAAATGTCTTTGCAAAGACCAAATCTAGTTTCTGTAAATCACGATGATGATTTT 2789
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 CAGATTAAAATGTCTTTGCAAAGACCAAATCAAGTTTCTGTAAATCACGATGATGATTTT 2759
Query 2790 GTATGAGATTAAAGTTTTTGAACCTTGAGACATT-TTATGCTAATTTTATGCACATT 2845
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||
Sbjct 2760 GTATGAGATTGAAGTTTTTGAACCTTGAGACATTATTATGCTAATTTTGTGGACATT 2816
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107528761635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5