BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19340.1
Length=1733
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg342068 jgi|Araly1|342068|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001831 1744 0.0
> Ahg342068 jgi|Araly1|342068|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001831
Length=1575
Score = 1744 bits (944), Expect = 0.0
Identities = 1046/1091 (96%), Gaps = 24/1091 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 156 ATGGCGGAACAACACAATAAGGAAGTGATTCGTCTTGAGCCCGAATCGGTCATCCCTATC 215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGAACAACACAATAAGGAAGTGATTCGTCTTGAGCCCGAATCTGTCATCCCTATC 60
Query 216 CTCAAACCTAAACTCATCATGACCTTGGCTAATCTCATTGAACATAGCAATGATAGACAA 275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCAAACCTAAACTCATCATGACCTTGGCTAATCTCATTGAACATAGCAATGATAGACAA 120
Query 276 GAGTTCCTTAAGCTATGTAAGAGAATTGAGTACACTGTTCGAGCTTGGTATCTTCTTCAA 335
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGTTCCTCAAGCTCTGTAAGAGAATTGAGTACACTGTTCGAGCTTGGTATCTTCTTCAA 180
Query 336 TTTGAAGATCTCATGCAACTATACTCTCTGTTTGATCCTGTACACGGTGCTCAGAAAATC 395
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGAAGATCTCATGCAACTCTACTCTCTGTTTGATCCTGTACACGGTGCTCAGAAAATC 240
Query 396 CAGCAGCAGAACTTAACTTCTCAAGAGATTGATGTCCTTGAACAAAATTTCCTAGCTTAC 455
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAGCAGCAGAACTTAACTTCTCAAGAAATTGATGTCCTTGAACAAAATTTCCTAGCTTAC 300
Query 456 TTGTTTCAGGTTATGGAGAAGAGCAACTTTAAAATAACAAGTAATGAAGAGATGGAAGTT 515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGTTTCAGGTTATGGAGAAGAGCAACTTTAAAATAACAAGTAATGAAGAGATGGAAGTT 360
Query 516 GCACACTCTGGGCAGTATCTTCTCAATCTTCCCATCAAAGTTGAT--G----AG------ 563
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 361 GCACACTCTGGGCAGTATCTTCTAAATCTTCCCATCAAAGTTGATGAGTCTAAGTTTTCT 420
Query 564 T-C----------T-AAGCTTGACAAGAAGCTGCTCAAGAGGTATTTTGAGGAGCATCCA 611
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGCTTTTGGTGGATGAAGCTTGACAAGAAGCTGCTCAAGAGGTATTTTGAGGAGCATCCA 480
Query 612 CATGAAAATATTCCAGATTTTTCTGATAAGTATGTCATCTTCAGACGTGGTATTGGATTG 671
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CATGAAAATCTTCCAGATTTTTCTGATAAGTATGTCATCTTCAGACGTGGTATTGGATTG 540
Query 672 GATAAAACCACAGATTATTTTTTCATGGAGAAATTGGATGTGATCATTTCACGTTTTTGG 731
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATAAAACCACTGATTATTTTTTCATGGAGAAATTGGATGTGATCATTTCACGTTTTTGG 600
Query 732 TCCTTTCTCATGAGAATCACCAGGTTAGAGAAATTACGCGCCAAAAGGTCAAGCAGTCTT 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 601 TCCTTTCTCATGAGAATCACCAGGTTAGAGAAATTACGCGCTAAGAGGTCAAACAGTCTT 660
Query 792 AACAAGAAAGATCCCAAAAAAGATGATGAGCCAAACCCTGACACAGATAATGATGAATTG 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AACAAGAAAGATCCCAAAAAAGATGATGAGCCAAACCCTGACACAGATAATGATGAATTG 720
Query 852 TATGTGGAGCGTATTCGCCTTGAGAATTCAAAGCTGAGCTTTAAGAGTTTTTTGAGCAAG 911
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 721 TATGTGGAGCGTATTCGCCTTGAGAATTCAAAATTGAGCGCTAAGAGTTTCTTGAGCAAG 780
Query 912 CTCACAATACAGGAGCCTACATTCGATAGAATGATTGTTGTTTATAGACGAGCTAGCTCT 971
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTCACAATACAAGAGCCTACATTCGATAGAATCATTGTTGTTTATAGACGAGCTAGCTCT 840
Query 972 AAAACAAATCTAGAACGAGGAATCTACGTTAAGCATTTCAAAAACATTCCTATGGCTGAC 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 AAAACAAATCTAGAACGAGGAATCTACGTTAAGCATTTCAAAAACATCCCTATGGCTGAC 900
Query 1032 ATGGAGATTGTGCTTCCTGAGAAAAGAAACCCTGGACTGACTCCAATGGATTGGGTCAAA 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGGAGATTGTGCTTCCTGAGAAAAGAAACCCTGGACTGACTCCAATGGATTGGGTCAAA 960
Query 1092 TTTCTAATATCTGCAGTAGTTGGTCTGGTAGCGGTGCTTACTTCGGTTGAGATGCCTAAA 1151
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTTCTGATATCTGCAGTAGTTGGTCTGGTAGCCGTGCTTACTTCGGTTGAGATGCCTAAA 1020
Query 1152 TCAGATCCATGGGTAATTATTGCCATTCTCTCCACAGTGCTTGGTTATTGTGCGAAAACA 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TCAGATCCATGGGTAATTATTGCCATTCTCTCCACAGTGCTTGGTTATTGTGCGAAAACA 1080
Query 1212 TACTTCACGTT 1222
|||||||||||
Sbjct 1081 TACTTCACGTT 1091
Score = 667 bits (361), Expect = 0.0
Identities = 392/407 (96%), Gaps = 2/407 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1214 CTTCACG-TTCCAGCAGAACATGGCTACGTATCAGAACTTGATAACTCAGTCAATGTATG 1272
||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 CTTCA-GTTTCCAGCAGAACATGGCTACATACCAGAACTTGATAACTCAGTCAATGTATG 1228
Query 1273 ATAAACAACTAGACAGCGGGAGGGGAACGCTACTACATTTGTGTGATGATGTGATTCAGC 1332
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1229 ATAAACAACTAGACAGCGGGAGGGGAACGCTGTTACATTTGTGTGATGACGTGATTCAGC 1288
Query 1333 AAGAAGTAAAAGAGGTAATGATTTGCTTCTACATACTAATGGAGCAGGGGAAAGCTACCT 1392
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 AAGAAGTAAAAGAGGTGATGATTTGCTTCTACATACTAATGGAGCAGGGGAAAGCTACCT 1348
Query 1393 TGGAGGATCTGGATTTGAGGTGCGAGGAACTGATAAAGGAAGAGTTTGGTGCGAGGTGTA 1452
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 TGGAGGATCTGGATCTGAGGTGCGAGGAACTGATAAAGGAAGAGTTTGGTGCGAGGTGTA 1408
Query 1453 ACTTTGATGTAGAAGATGCAGTCCAGAAGCTAGAGAAGTTGGGGATAGTTGCTCGGGACA 1512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1409 ACTTTGATGTAGAAGATGCAGTCCAGAAGCTAGAGAAGTTGGGGATTGTTGCTCGGGACA 1468
Query 1513 CTATTGGAAGGTACTACTGCATGGGGCTGAAGCGAGCCAACGAGATTATAGGGACTACCA 1572
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1469 CCATTGGCAGGTACTACTGCATGGGGCTGAAGCGAGCCAACGAAATTATAGGGACTACCA 1528
Query 1573 CGGAGGAGCTTGTCCTCAAGGCCAAACAGGGCGTCACACCTTCTTGA 1619
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1529 CGGAGGAGCTTGTCCTGAAGGCCAAACAGGGCGTCACCCCTTCTTGA 1575
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65020048215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5