BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19820.1
Length=1940
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479500 jgi|Araly1|479500|fgenesh2_kg.3__2201__AT3G19820.2 3049 0.0
> Ahg479500 jgi|Araly1|479500|fgenesh2_kg.3__2201__AT3G19820.2
Length=2011
Score = 3049 bits (1651), Expect = 0.0
Identities = 1827/1911 (96%), Gaps = 15/1911 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 CAGTGAGGAGAGGAAATGTCGGATCTTCAGACACCGCTTGTGAGGCCCAAGAGGAAGAAG 81
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 CAGTGAGGAGAGGAAATGTCGGATCTTCAGACACCGCTTGTGAGGCCCAAGAGGAAGAAG 167
Query 82 ACTTGGGTTGATTACTTTGTCAAGTTCAGATGGATCATTGTCATCTTCATCGTCCTTCCA 141
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 ACTTGGGTTGATTACTTTGTCAAGTTCCGATGGATCATTGTCATCTTCATCGTCCTTCCA 227
Query 142 TTCTCAGCCACATTCTACTTCCTCATCTACCTCGGGGACATGTGGTCAGAGTCCAAGTCC 201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 228 TTCTCAGCCACATTCTACTTCCTCATCTACCTCGGGGACATGTGGTCTGAGTCCAAGTCC 287
Query 202 TTTGAGAAACGTCAGAAGGAACACGACGAGAATGTCAAGAAAGTCATCAAAAGGCTTAAG 261
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TATGAGAAACGCCAGAAGGAACACGACGAGAATGTCAAGAAAGTCATCAAAAGGCTTAAG 347
Query 262 GGTAGGGATGCTTCCAAGGACGGGCTTGTCTGCACTGCTCGTAAGCCCTGGATCGCTGTT 321
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 348 AATAGGGACGCTGCCAAGGACGGGCTTGTCTGCACTGCGCGTAAGCCGTGGATCGCTGTG 407
Query 322 GGAATGAGGAACGTTGACTACAAGAGAGCCCGGCATTTCGAGGTTGACTTGGGGGAGTTC 381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 408 GGAATGAGGAACGTTGACTACAAGAGAGCCCGGCATTTCGAGGTTGACTTGGGCGAGTTT 467
Query 382 CGTAACATCCTTGAGATCAACAAGGAGAAGATGACTGCTAGAGTGGAGCCTCTTGTTAAC 441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 468 CGTAACATCCTTGAGATCAACAAGGAGAAGATGACTGCTAGAGTGGAGCCTCTTGTCAAC 527
Query 442 ATGGGACAGATTTCCCGTGCTACCGTCCCAATGAACCTGTCTCTCGCTGTTGTTGCTGAG 501
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 ATGGGACAGATTTCCCGTGCCACCGTCCCAATGAACCTGTCTCTCGCTGTTGTTGCTGAG 587
Query 502 CTTGATGACCTTACCGTTGGTGGACTTATCAATGGATATGGTATTGAAGGAAGCTCTCAC 561
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 CTTGACGACCTTACCGTTGGTGGACTCATCAATGGATATGGTATTGAAGGAAGCTCTCAC 647
Query 562 ATCTACGGTTTGTTTGCTGATACCGTTGAGGCTTACGAGATTGTTCTTGCGGGTGGAGAG 621
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 648 ATCCACGGTTTGTTTGCGGATACCGTTGAGGCTTACGAGATCGTTCTTGCGGGTGGGGAA 707
Query 622 CTTGTCCGCGCCACAAGGGATAATGAGTATTCTGATCTTTACTACGCAATCCCGTGGTCG 681
|||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 708 CTTGTCCGTGCCACAAAGGATAATGAGTATTCCGATCTTTTCTACGCAATCCCGTGGTCG 767
Query 682 CAAGGAACTCTTGGACTCCTTGTAGCTGCTGAGATCAGGCTTATTAAAGTCAAGGAGTAC 741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 768 CAAGGAACTCTTGGACTCCTTGTAGCTGCTGAGATCAAGCTTATTAAAATCAAGGAGTAC 827
Query 742 ATGAGACTCACTTACATACCAGTCAAGGGTGATCTTCAAGCCTTAGCTCAAGGTTACATT 801
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 ATGAGACTCACTTACATACCAGTTAAGGGAGATCTTCAAGCCTTAGCTCAAGGTTACATT 887
Query 802 GATTCTTTTGCTCCCAAAGACGGTGACAAGTCGAAAATCCCGGATTTCGTCGAAGGCATG 861
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 GATTCTTTCGCTCCCAAAGATGGTGACAAGTCGAAAATCCCGGATTTCGTCGAAGGCATG 947
Query 862 GTTTACAATCCAACGGAAGGAGTGATGATGGTTGGAACATATGCATCTAAAGAAGAGGCA 921
|||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 948 GTTTACAACCCGACGGAAGGAGTGATGATGGTTGGGACATACGCATCGAAAGAAGAGGCG 1007
Query 922 AAGAAGAAAGGGAACAAAATCAACAATGTGGGATGGTGGTTCAAGCCGTGGTTCTACCAG 981
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AAGAAGAAAGGAAACAAAATCAACAATGTGGGATGGTGGTTCAAGCCGTGGTTCTACCAG 1067
Query 982 CACGCGCAGACCGCCCTGAAAAAGGGACAGTTTGTTGAGTACATCCCAACTCGTGAATAC 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||
Sbjct 1068 CACGCGCAGACCGCCCTGAAAAAGGGACAGTTTGTTGAGTACATCCCGACTAGGGAATAC 1127
Query 1042 TACCACAGGCACACAAGGTGCTTGTACTGGGAAGGGAAGCTTATTCTTCCATTTGGTGAT 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TACCACAGGCACACAAGGTGCTTGTACTGGGAAGGGAAGCTTATTCTTCCATTTGGTGAT 1187
Query 1102 CAGTTCTGGTTTAGGTACCTCTTAGGTTGGTTGATGCCTCCAAAGGTCTCTCTTCTTAAG 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 CAGTTCTGGTTTAGGTACCTCTTAGGTTGGTTGATGCCTCCAAAGGTCTCTCTTCTTAAG 1247
Query 1162 GCCACTCAAGGTGAAGCTATCAGGAACTATTACCATGATATGCATGTTATTCAGGATATG 1221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1248 GCCACTCAAGGTGAAGCTATCAGGAACTATTACCATGATATGCATGTTATTCAGGACATG 1307
Query 1222 CTTGTTCCTCTTTACAAGGTTGGCGATGCACTCGAATGGGTCCACCGCGAAATGGAGGTG 1281
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1308 CTTGTTCCTCTTTACAAGGTTGGCGATGCCCTCGAATGGGTTCACCGCGAAATGGAGGTG 1367
Query 1282 TATCCAATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTTCAAGCAGCCAATCAAAGGCCAAATCTAC 1341
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1368 TATCCAATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTACAAGCAGCCAATCAAAGGCCAGATCTAT 1427
Query 1342 CCAGAGCCAGGCTTCGAGTACGAAAACAGACAAGGAGACACAGAAGATGCACAGATGTAC 1401
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 CCAGAACCAGGCTTTGAGTACGAAAACAGACAAGGAGACACAGAAGATGCACAGATGTAC 1487
Query 1402 ACTGATGTTGGAGTCTACTACGCACCTGG-CTGTGTCCTAAGAGGTGAAGAGTTTGATGG 1460
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 ACTGATGTTGGAGTCTACTACGCACCTGGACC-TGTCCTAAGAGGTGAAGAGTTTGATGG 1546
Query 1461 ATCAGAAGCAGTGCGTAGGATGGAGAAATGGCTGATAGAGAACCATGGATTCCAGCCTCA 1520
||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 ATCAGAAGCTGTACGTAAGATGGAGAAATGGCTGATTGAGAACCATGGATTCCAGCCTCA 1606
Query 1521 GTACGCGGTGTCTGAGCTCGACGAGAAGAGCTTCTGGAGAATGTTTAATGGTGAATTGTA 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 GTACGCGGTGTCTGAGCTCGACGAGAAGAGCTTCTGGAGAATGTTTAATGGTGAATTGTA 1666
Query 1581 TGAGGAGTGCCGCAAGAAGTATAGAGCTATTGGAACGTTCATGAGTGTTTACTACAAGTC 1640
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 TGAGGAGTGCCGCAAGAAGTATAGAGCTGTTGGAACGTTCATGAGTGTTTACTACAAGTC 1726
Query 1641 CAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAGAGAAGCCGAACAAGCTCATCTCGAAAC 1700
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 GAAGAAAGGAAGAAAGACTGAGAAAGAAGTTAGAGAAGCCGAACAAGCTCATCTCGAAAC 1786
Query 1701 TGCTTATGCCGAGGCAGATTAAGTAATAATAAGCCTTGGTTTGATGTAATGGCTCGGGAT 1760
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1787 TGCTTATGCCGAGGCAGATTAAGTAATAA---GCCTTGGTTTGATGAAATGGCTTGGGAT 1843
Query 1761 GATTATTGTTATTCCTAGTAGTGTCTGTTATGTTGTTGTTTCCTAATTTCAGTTTTAGTG 1820
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||
Sbjct 1844 TATTATTGTTATTGCTAGTAGTGTCTGTTATGTTGTT-T--CCTAATTTCAGTTCTAGTG 1900
Query 1821 TCTTGAAGACTCttgttgttgttgtttgcttctt-gttgttgtt-t-g----ACTCATTC 1873
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| |||
Sbjct 1901 TCTTGAAGACTATTGTTGTTGTTGTTTGCTTCTTTGTTGTTGTTGTTGTTTGACTTATTA 1960
Query 1874 TGGTTTGAGTGGATTTTAGAGTTTAAAACTTTTGGATTTGCCTATGAAATT 1924
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1961 TGGTTTGAGTGGAGTTTAGAGTTTAAAACTTTTGGATTTGCTTATGAGATT 2011
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72904728930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5