BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19870.1
Length=3477
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754 4772 0.0
> Ahg318738 jgi|Araly1|318738|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001754
Length=3357
Score = 4772 bits (2584), Expect = 0.0
Identities = 2733/2807 (97%), Gaps = 2/2807 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 556 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACCACAATTGTCTACAATG 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 551 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACTACAATTGTCTACAATG 610
Query 616 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 670
Query 676 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATGAGAGTTCGATTATGAGTCAAGGTCAAGGGTTGGGGC 735
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 671 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATCAGAGTTTGATTATGAGTCATGGTCAAGGGTTGGGGC 730
Query 736 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTTA 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 731 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTCA 790
Query 796 CTTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCGTTGGAGT 855
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 791 CGTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCTTTGGAGT 850
Query 856 TACAGGCTTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 915
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 TACAGGCCTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 910
Query 916 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTATGTATTCTCGGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 975
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTGTGTATTCTCAGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 970
Query 976 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCAAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1035
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCCAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1030
Query 1036 GTTTGCTTGCGCTGCACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCATATGTTGAGTGGGGAGC 1095
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1031 GCTTGCTTGCGCTACACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCTTATGTTGAGTGGGGAGC 1090
Query 1096 TTGAGAAGAGGACATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1155
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 TTGAGAAGAGGAAATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1150
Query 1156 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATCTGCTGGTACAATGCTCTGTGAGTTCCAACG 1215
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1151 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATTTGCTGGTACAATGCTCTGTTAGTTCCAATG 1210
Query 1216 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAATCTGCTGGGGATTTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1275
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAGTCTGCTGGAGATCTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1270
Query 1276 CGGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1335
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 CTGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1330
Query 1336 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1390
Query 1396 GAATCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTGGTAGACATGACTT 1455
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1391 GAAGCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTAGTAGACATGACTT 1450
Query 1456 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTGGCTTTTATTGAGCGGTTGATTCACTGTC 1515
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1451 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTAGCTTTTATTGAGCGGTTGATACACTGTC 1510
Query 1516 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGATAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGACAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1570
Query 1576 AACTTAAGaaaaaaaaCTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGAATAGCCGAGA 1635
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1571 AACTTAAGAAAAACAATTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGGATAGCCGAGA 1630
Query 1636 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1690
Query 1696 TTGAGAAGCGCGGACTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1755
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 TTGAGAAGCGCGGGTTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1750
Query 1756 GCATCTGTCGAACATTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTCGGACTCTCTC 1815
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1751 GCATTTGTCGAACACTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTTGGACTCTCTC 1810
Query 1816 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1870
Query 1876 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCGG 1935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1871 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCCG 1930
Query 1936 CAGATGCTGTCACTCCATCAACCCATTCTTCTACATTTTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1995
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 CAGATGCTGTCTCTCCATCAACCCATTCTTCTACATTCTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1990
Query 1996 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2050
Query 2056 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2110
Query 2116 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2170
Query 2176 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2230
Query 2236 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2290
Query 2296 CTGATTTCAAACACATGCCAGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2355
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 CTGATTTCAAACACATGCCTGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2350
Query 2356 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAACTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTCG 2415
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2351 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAAGTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTTG 2410
Query 2416 ACTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACGGTGCTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCTTATGGCT 2475
| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2411 ATTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACCGTACTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCGTATGGCT 2470
Query 2476 CTATTCCCTCATGTCGCATACCTTTCCTTCTCGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2535
|||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 CTATTCACTCATGCCGCATACCTTTCCTTCTTGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2530
Query 2536 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATTGTCGTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2595
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATCGTCCTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2590
Query 2596 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2650
Query 2656 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGATGATTCAGGGAAAAC 2715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2651 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGGTGATTCAGGGAAAAC 2710
Query 2716 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATTGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACCGGACG 2775
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2711 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATCGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACTGGACG 2770
Query 2776 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2830
Query 2836 GTGGTTCTTCGTCCAGCACTGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAATGGCTG 2895
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2831 GTGGTTCTTCATCCAGCACCGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAACGGCTG 2890
Query 2896 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2891 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2950
Query 2956 AGGCCACTGAGCTTCGTTTAGCGCCCTTTGTGGTGGCTATCAGTGGAGAACAGCTTGTAA 3015
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2951 AGGCCACTGAGCTTCGCTTAGCGCCCTTTGTTGTGGCTATCAGCGGAGAACAGCTTGTAA 3010
Query 3016 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATTATTGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3075
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3011 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATCATCGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3070
Query 3076 AAGGGGATCACACAAATGCGGACCAGCCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3135
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3071 AAGGGGATCACGCAAATGCGGACCAGTCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3130
Query 3136 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGAAGTA 3195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3131 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGGAGCA 3190
Query 3196 GGGGGAAAATGGGAACGATAAAGATGCTGATGTTTCTGCCGCCAAGATATCATCTAATGT 3255
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||
Sbjct 3191 GAGGGAAAATGGGAAAGATAAAGATGCTGATGTTTCTTCCTCCGAGATATCATCTGATGT 3250
Query 3256 TTGAAATGGAAGTTGG-GCAAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3314
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3251 TTGAAATGGAAGTTGGTG-AAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3309
Query 3315 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGTAATA 3361
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3310 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGCAATA 3356
Score = 739 bits (400), Expect = 0.0
Identities = 447/470 (95%), Gaps = 2/470 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 87 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCAAGATTGGGAC 146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCATGATTGGGAC 60
Query 147 GTTCTCATCGACGACTTCCGCGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 206
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTTCTCATCGACGACTTCCGAGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 120
Query 207 CAGATTGATTCTCTGGTGGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAAAAAGACTTCCCTACA 266
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 121 CAGATTGATTCTCTGGTAGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAGAAAGACTTTCCTACG 180
Query 267 CCAGTGAAGCTCTCAATCCTAGTCTTTCTCGATGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAT 326
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCGGTGAAGCTCTCAATCCTTGTCTTTCTCGACGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAA 240
Query 327 TGTGGTAGCGATACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCG-GACGATCGTGCAATCTCC 385
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||
Sbjct 241 TGTGGTAACGACACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCGTG-CGATTGTACAATCTCC 299
Query 386 AACTGATGGATCGTCAGGATTGAAAGAGCAAGCTATGGTCTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 445
||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GACTGATGGATCTTCCGGATTTAAAGAGCAAGCTATGGTTTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 359
Query 446 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTGCTTCTTGCGCT 505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTACTTCTTGCGCT 419
Query 506 CGTTAATCGTCCTAACCACGGATTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 555
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CGTTAATCGTCCTAACCACGGCTTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 469
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131298626850
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5