BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G19895.1
Length=2246
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929898 jgi|Araly1|929898|scaffold_302355.1 2865 0.0
> Ahg929898 jgi|Araly1|929898|scaffold_302355.1
Length=1708
Score = 2865 bits (1551), Expect = 0.0
Identities = 1655/1707 (97%), Gaps = 0/1707 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 326 TATGGTTGATTGGAGTGGCGATGCACCGGCAGGGCTCGTCTCCGATTACGCCTTCAAACT 385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2 TATGGTTGATTGGAGTGGCGATGCACCGGCAGGGCTCGTCTCCGATTACGCCTTCAAGCT 61
Query 386 ATAACGCCGCCGTTTCAATTGCTTCTGATGTACCTACTGGTTTAACCAAGTCTCCTTTAT 445
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 62 ATAACGTCGCCGTTTCAATTGCTTCTGATGTACCTACTGGCTTAACTAAGTCTCCTTTAT 121
Query 446 CTCACGCGATTCCAGTTTCGCCGATTTCTGCTGCTTACCCTTCCGGTGATCCTATTTTGA 505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 122 CTCACGCGATTCCAGTTTCGCCGATTTCTGCTGCTTACCCTTCCGGTGATCCAATGCTGA 181
Query 506 TGATGTCTGGGACTCCTCTCGCTAGGGTTCGATTATCTGAAATTTTGCCTTATGAAGGAG 565
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 182 TGATGTCTGGGACTCCTCTTGCTAGGGTTCGATTATCTGATATTTTGCCTTATGAAGGAG 241
Query 566 CTCCTTCTCCGGTGTATGCAAAAGCTGTGGAGGCTTTGTCTGTGTCTTTGATGAGGTATA 625
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 CTCCTTCTCCGGTGTATGCAAAAGCCGTGGAGGCTTTGTCTGTGTCTTTGATGAGGTATA 301
Query 626 ATGCGTCTGTGATCGAGATAGGGAGTGAAGACACTGCACTGATGCGATGTGGCCTTGAAG 685
|||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 302 ATGCGTCTGTGATCGAAATAGGGAGCGATGACACTGCACTGATGCGATGTGGACTTGAAG 361
Query 686 CTGCTCGTTTGTATTTTAGAACTAGAAGCCTTACTGTTTCTGGTAAAGGCAATCGTGGCC 745
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 CTGCTCGTTTGTATTTTAGAACTAGAAGCCTTAATGTTTCTGGTAAAGGCAATCGTGGCC 421
Query 746 TCTCTATGTATAGAGCCGGAAGGTCTGTTGAAGATTTAGATTCTTCACCTCCATGCATGG 805
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 TCTCTATGTATAGAGCTGGAAGATCTGTTGAAGATTTAGATTCTTCACCTCCATGCATGG 481
Query 806 CTGAGATTTTCAGGTGTTTGGGTAAAGTAGCACGAGCTGCTTTATCTGCAATAGCAAGGC 865
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CTGAGATTTTCCGGTGCTTGGGTAAAGTAGCACGAGCTGCTTTATCTGCAATAGCAAGGC 541
Query 866 ATCTACGTTTAAGAAGCGATGTTTTTAACCATATGCTTGATGACTTTCCACTAGCTCCGA 925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 ATCTACGTTTAAGAAGCGATGTTTTTAACCATATGCTCGATGACTTTCCACTAGCTCCGA 601
Query 926 ACGAGGTTTCCTCCTCGGTGCTACTGGCTTCCTATGCTCATGCATCGATACAAAATGGAA 985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 602 ACGAGGTTTCCTCCTCGGTGCTACTGGCTTCCTATGCTCATGCATCAATACAAAATGGAA 661
Query 986 AACATGCTTCTGGAGGTGGGAACCTATCTGCTAAGATTGAAGTTGAGAAGGGTTTGTTGA 1045
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 662 AACATGCTTCTGGAGGTGGGAATCTATCTGCTAAAATTGAAGTTGAAAAGGGTTTGTTGA 721
Query 1046 CACTGTTCTGCTCAGATGGCACTGGCATTCAGGTATGTGACCCAAATGGTCGTTGGTACA 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 CACTGTTCTGCTCAGATGGCACTGGCATTCAGGTATGTGACCCAAATGGTCGTTGGTACA 781
Query 1106 CAGCAGATAATGGATGTGGGGTGGGTGATCTCTTACTGATTACCGGCAAAGCGCTTAGTC 1165
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CAGCAGATAATGGGTGTGGGGTGGGTGATCTCTTATTGATTACCGGCAAAGCGCTTAGTC 841
Query 1166 ATGCTACTGCAGGTCTCCGTCCAGCTGCCTCTTACAGAACTACTACCGATCATTTGTCTG 1225
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ACGCTACTGCAGGTCTCCGTCCAGCTGCCTCTTACAGAACTACTACCGATCATTTGTCTG 901
Query 1226 CCACTGACACTCGAGGAAGGGCATCATTAGCTTTTAGGCTTATGCCGAAAAGTAATGCTA 1285
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GCACTGACACTCGCGGAAGGGCATCATTAGCTTTTAGGCTTATGCCGAAAAGTAATGCTA 961
Query 1286 TATTAGATTGTTCCCCAATAGAAGCAGCCGGCCATGTAATTCCTCAAAGCTATGTGCCAG 1345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TATTAGATTGTTCCCCAATAGAAGCAGCCGGCCATGTAATTCCTCAAAGCTATGTGCCAG 1021
Query 1346 TATCTGTTAGTCAGTTTATGGATAACCTCTTAGCCGAGAATGACACTCTAGTTAATCCGC 1405
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TATCTGTTAGTCAGTTTATGGATAACCTCTTGGCCGAGAATGACACTCTAGTTAATCCGC 1081
Query 1406 CTGTGAAAACCAATGTTCCACGGGATGATGTTTGCAAAGAGCCTTCCTTAAGAAGTGTTC 1465
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 CTGTGAAAACAAATGTTCCGCGGGATGATGTTTGCAAAGAGCCTTCCTTAAGAAGTGTTC 1141
Query 1466 TCTCGGATCCAATTTCTGGTGCTTTTCTTGAAGATGCAATGGTTGTCTCTTGTGGACATT 1525
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1142 TCTCGGATCCAATTTCTGGGGCTTTTCTTGAAGATGCAATGGTTGTCTCTTGTGGACACT 1201
Query 1526 CATTTGGTGGCCTTATGCTTAGAAGAGTCCTTGAAATGTCTAGATGTACGCTCTGCAATA 1585
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 CATTTGGTGGCCTCATGCTTAGAAGAGTTCTTGAAATGTCTAGATGTACGCTCTGCAATG 1261
Query 1586 CAGAGATCGAGTCTGGGTCTCTGGTTCCTAACCATGCACTTAGAGCTGCCGCTTCAGCTA 1645
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1262 CAGAAATCGAGTCTGGGTCTCTGGTTCCTAACCATGCACTTAGGGCTGCCGCTTCAGCTA 1321
Query 1646 TCAAGCAACAGGATGATAAACGACTTTTCCACAACGCAGCCATGAGAAGGCGTAGAAAAG 1705
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1322 TAAAGCAACAGGATGATAAAAGACTTTTCCACAACGCAGCCATGAGGAGGCGTAGAAAAG 1381
Query 1706 AAATGAGTGATCAAATGGATGTGGAAAATGGAGATCCAGCTACGGATGATGGTATGCATC 1765
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1382 AAATGAGTGATCAAATGGATGTGGAAAATGGAGATCCAGCTACGGATGATGGGATGCATC 1441
Query 1766 GAGTGGTGCATTATCCATTTGCTGTAAATGAGAAAGTTCTTATCAAGGGAAACCGGCGAA 1825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1442 GAGTGGTGCATTATCCATTTGCTGTAAATGAGAAAGTGCTTATCAAGGGAAACCGAAGAA 1501
Query 1826 CTCCAGAAAAGTTTGTTGGAAAAGAAGCAATCGTGACATCTCAGTGTCTCAATGGCTGGT 1885
| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1502 CCCCGGAAAAGTTTGTTGGAAAAGAAGCAATTGTGACATCTCAATGTCTCAATGGCTGGT 1561
Query 1886 ATCTATTAAAGATTGTCGAAAGCGGAGACAATGTACGGCTGCAATACCGATCCCTAAAAA 1945
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 ATCTATTAAAGATTGTCGAAAGCGGAGACAATGTGCGGCTGCAATACCGATCCCTAAAAA 1621
Query 1946 AGATGGTGAACGATGACAGAGGAGGAGGCCTACAGGCTCAACCGGTTGAGAGCAATAGCT 2005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 AGATGGTGAACGATGACAGAGGAGGAGGCCTACAGGTTCAACCGGTTGAGAGCAATAGCT 1681
Query 2006 TGTAGAATGTAATCATATTTAACCCTT 2032
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TGTAGAATGTAATCATATTTAACCCTT 1708
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84560343900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5