BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20050.1
Length=2082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479524 jgi|Araly1|479524|fgenesh2_kg.3__2225__AT3G20050.1 3079 0.0
Ahg902199 jgi|Araly1|902199|Al_scaffold_0004_2849 243 5e-63
Ahg317456 jgi|Araly1|317456|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000472 52.8 1e-05
> Ahg479524 jgi|Araly1|479524|fgenesh2_kg.3__2225__AT3G20050.1
Length=1772
Score = 3079 bits (1667), Expect = 0.0
Identities = 1737/1772 (98%), Gaps = 0/1772 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 CTCGAGAGCTCAGATCTCCGATCTAGAGCCTTTCGCTTCTCCTCTTCTGTTCATATAACA 130
|||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1 CTCGAGGGCTCAGATCTCCGATCTATAGCCTCTCGCTTCTCCTCTCCTGTTCATATAATA 60
Query 131 ACTGAATAATGTCGATCTCCGCCCAAAATCCGGATATTTCCGGCGATAGACAATCCGGCC 190
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACCGGATAATGTCGATCTCCGCCCAAAATCCGGATATTTCCGGCGATAGACAATCCGGCC 120
Query 191 AAGATGTTCGTACTCAGAACGTGATGGCTTGTCAAGCTGTTTCTAATATTGTTAAGACCT 250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 121 AAGATGTTCGTACTCAGAACGTGATGGCTTGTCAAGCTGTCTCTAATATTGTCAAGACCT 180
Query 251 CACTTGGTCCCGTCGGCCTCGACAAGATGTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACTATTA 310
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 CTCTTGGTCCCGTCGGACTCGACAAGATGTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACCATTA 240
Query 311 CAAATGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAGCACCCTGCTGCTAAGGTTC 370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAAATGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAACACCCTGCTGCTAAGGTTC 300
Query 371 TTGTCGAGTTAGCTGAACTTCAAGATAGAGAAGTCGGTGATGGGACTACATCTGTTGTTA 430
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGTCGAGTTAGCTGAACTACAAGATAGAGAAGTTGGTGATGGGACTACATCTGTTGTTA 360
Query 431 TTGTAGCTGCTGAGTTGTTGAAGAGGGCAAATGATTTGGTCAGGAACAAAATACATCCAA 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGTAGCTGCTGAGTTGTTGAAGAGGGCAAATGATTTGGTCAGGAACAAAATACATCCAA 420
Query 491 CATCAATTATCAGTGGATATAGGCTAGCAATGAGAGAATCTTGCAAATACATAGAAGAGA 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CATCAATTATCAGTGGATATAGGCTAGCAATGAGAGAATCTTGCAAATACATAGAAGAGA 480
Query 551 AGTTGGTGACCAAGGTCGAAAAGCTTGGGAAAGTTCCATTGATAAACTGTGCCAAAACCA 610
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGTTGGTGACGAAGGTTGAAAAGCTTGGGAAAGTTCCATTGATAAACTGTGCCAAAACCA 540
Query 611 GCATGTCCTCCAAACTGATATCTGGTGACAGCGACTTCTTTGCCAATTTGGTTGTGGAAG 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCATGTCCTCCAAACTGATATCTGGTGACAGCGACGTCTTTGCCAATTTGGTTGTGGAAG 600
Query 671 CCGTTCTTTCAGTAAAGATGACAAATCAGCGGGGAGAGATAAAATACCCTATCAAGGGCA 730
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CCGTTCTTTCAGTAAAGATGACAAATCAGCGGGGCGAGATAAAATACCCTATCAAGGGCA 660
Query 731 TTAATATTCTGAAAGCTCATGGACAAAGTGCAAGAGACAGCTATTTGTTAAATGGATATG 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTAATATTCTGAAAGCTCATGGACAAAGTGCAAGAGACAGCTATTTGTTAAATGGATATG 720
Query 791 CACTCAATACTGGTCGTGCTGCCCAAGGGATGCCATTACGAGTGTCCCCAGCAAAGATTG 850
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 721 CACTCAATACTGGTCGTGCTGCCCAAGGGATGCCATTACGAGTGTCTCCAGCAAAGATTG 780
Query 851 CTTGCCTTGACTTCAATCTGCAGAAGACAAAAATGCAGCTGGGTGTCCAAGTTGTTGTTA 910
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTGCCTTGACTTCAATCTGCAGAAAACAAAAATGCAGCTGGGTGTCCAAGTTGTTGTTA 840
Query 911 ATGACCCACGAGAACTTGAAAAGATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACAAAAGAGCGGA 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATGACCCACGAGAACTTGAAAAGATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACAAAAGAGCGGA 900
Query 971 TAGAGAAACTTCTCAAAGCTGGGGCCAATGTAATTCTGACCACAAAGGGGATTGACGACA 1030
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TAGAGAAACTTCTCAAAGCTGGGGCTAATGTAATTCTGACCACAAAGGGGATTGACGACA 960
Query 1031 TGGCACTTAAATACTTTGTAGAGGCAGGAGCTATTGCTGTTAGGCGTGTGCGCAAAGAAG 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGGCACTTAAATACTTTGTAGAGGCAGGAGCTATTGCTGTTAGGCGTGTGCGCAAAGAAG 1020
Query 1091 ACATGCGTCATGTTGCCAAGGCGACAGGAGCGACTCTGGTCACCACTTTTGCTGACATGG 1150
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACATGCGCCATGTTGCCAAGGCGACAGGAGCGACTCTGGTCACCACTTTTGCTGACATGG 1080
Query 1151 AGGGCGAAGAAACATTTGATCCAGCTCACCTTGGATCTGCTGATGAGGTTGTTGAAGAGA 1210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 AGGGCGAAGAAACATTTGATCCAGCTCACCTTGGATCTGCTGATGAGGTTGTGGAAGAGA 1140
Query 1211 GAATCGCAGATGATGATGTTATATTGATAAAGGGAACCAAAACAAGTAGTGCGGTCTCGT 1270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1141 GAATCGCAGATGATGATGTTATATTGATAAAGGGAACCAAAACAAGCAGTGCGGTTTCGT 1200
Query 1271 TGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGACG 1330
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1201 TGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGATG 1260
Query 1331 CTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCAACACGGTGGTTGCGGGTGGAGGTGCAG 1390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCAACACGGTAGTTGCGGGTGGAGGTGCAG 1320
Query 1391 TTGAATCAGCATTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTTGCTACAACCTTGGGCTCTCGCGAAC 1450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTGAATCAGCATTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTTGCTACAACCTTGGGCTCTCGCGAAC 1380
Query 1451 AATTGGCCATCGCTGAATTTGCTGATGCGCTATTGATTATACCAAAGGTGCTTGCAGTAA 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AATTGGCCATCGCTGAATTTGCTGATGCGCTATTGATTATACCAAAGGTGCTTGCAGTAA 1440
Query 1511 ACGCTGCTAAGGATGCAACCGAATTGGTAGCTAAACTAAGAGCGTACCACCACACTGCAC 1570
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1441 ACGCTGCTAAGGATGCAACCGAGTTGGTAGCTAAACTAAGAGCGTACCACCACACCGCAC 1500
Query 1571 AAACCAAGGCTGATAAGAAGCACTATTCAAGCATGGGACTTGACCTCGTAAACGGAACCA 1630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1501 AAACCAAGGCTGATAAGAAGCACTATTCAAGCATGGGACTTGACCTTGTAAACGGAACCA 1560
Query 1631 TCCGCAACAATTTGGAAGCTGGAGTGATCGAACCAGCTATGAGCAAAGTGAAAATTATCC 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1561 TCCGCAACAATTTGGAAGCTGGAGTGATCGAACCAGCTATGAGCAAAGTCAAAATTATCC 1620
Query 1691 AGTTTGCAACAGAGGCAGCCATAACGATTCTACGAATTGACGACATGATCAAACTGGTGA 1750
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AGTTTGCAACAGAGGCAGCCATTACGATTCTACGAATTGACGACATGATCAAACTGGTGA 1680
Query 1751 AGGATGAGAGCCAAGGCGAAGAATAAGCAAAGCTCAGCTCCTCTTTATCCGCCTTATCAT 1810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1681 AGGATGAGAGCCAAGGCGAAGAATAAGCAAAGCTCAGCTCCTCTTTATCCGCCTTATCCT 1740
Query 1811 CCTTAGTGTGTGTTTTTGTCCGCATTTTCAGC 1842
||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1741 CCTTAGTGTGTGTTTTTGTCCGCGTTTTCAGC 1772
> Ahg902199 jgi|Araly1|902199|Al_scaffold_0004_2849
Length=375
Score = 243 bits (131), Expect = 5e-63
Identities = 198/229 (86%), Gaps = 10/229 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 139 ATGTCGATCTCCGCCCAAAATCCGGATATTTCCGGCGATAGACAATCCGGCCAAGATG-T 197
|||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1 ATGTCGATCTCCGCTCAAAATCCGGATATTTTCGGCGATAGACAATCCGGTCAAGATGAT 60
Query 198 TCGTACTCA-GAACGTGATGGCTTGTCAAGCTGTTTCTAATATTGTTAAGACCTCACTTG 256
| ||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 61 T-GTACTCAGGAA-GTGATGGCTTGCCAAGATGTTTCAAATATTGCTAAGACCTCACTCG 118
Query 257 GTCCCGTCGGCCTCGA-CAAGAT-GTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACTATTACAAA 314
|||| ||||| ||||| | ||| | | | ||||||||||||||| | ||| ||| |||
Sbjct 119 GTCCTGTCGGACTCGATC-GGATGGGT-GCGGATGATATTGGTGACGAGACCATT-GAAA 175
Query 315 -TGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAGCACCCTGCTGC 362
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 176 CTGACGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAACAGCCAGCTGC 224
> Ahg317456 jgi|Araly1|317456|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000472
Length=1626
Score = 52.8 bits (28), Expect = 1e-05
Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 399 AGAAGTCGGTGATGGGACTACATCTGTT 426
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 AGAAGTCGGTGATGGGACTACATCTGTT 288
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78313543720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5