BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20200.1
Length=2854
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479540 jgi|Araly1|479540|fgenesh2_kg.3__2241__AT3G20200.1 4252 0.0
> Ahg479540 jgi|Araly1|479540|fgenesh2_kg.3__2241__AT3G20200.1
Length=2797
Score = 4252 bits (2302), Expect = 0.0
Identities = 2670/2838 (94%), Gaps = 63/2838 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 AATTACTATGGCGGAGAATTCGCGGCTACGAGAGCTACGGAGACACAGATGATGAAagag 67
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 AATTACTATGGCGGAGAATTCGCGACTACGAGAGCTACGGAGACACAGATGAT------- 54
Query 68 agaaagagagagagagagagagagaATGTGAGGTTAAAATTATCCATTGTTGTTCTTCAG 127
|| | |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 -----GA-A-AGAGAGAGAGAGAG---G-CCGG----AATTATCCATTGTTGTTCTTCAG 99
Query 128 TGCACCACTGAATCGAAGTTTTCTAATTTGGAGAAAGAGGATTTCTCAAAACCCCTAATT 187
| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 100 TTCACCACTGAATCGAA-ATTTCTAATTTGGGGAAAGAGGATTTCTTGAAAGCCCTAATT 158
Query 188 TAGGAAGACCGCAGATTTCTTTAGTATTGAGAATGAGATTCTCC--G-AGA-AGATG--- 240
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||| |
Sbjct 159 TTGGAATACCGCAGATTTCTTTAGTATTGAGAATGAGATTTTCCAAGAAGACAGAGGCAA 218
Query 241 -GA----T-TAGTGAATCGAGAGGTTGATATCGTTAAATGCGGGGATTTTGCAATCTAGG 294
|| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 219 AGATTGTTCTAGTGAATCGAGAGATTGATATCGTTAAATGCGGGGA-TTTGCAATCTAGG 277
Query 295 GTTCTTAAGCATTGTAATCGATGAAGGCTCAAAAGGGAAGCTCGAAGAAGAAAGGTACGA 354
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 278 GTTCTTAAGCTTTGTAATCGATGAAGGCCCAAAAGGGAAGCTCGAAGAAGAAAAGTGCGA 337
Query 355 ATTCTGGGTTAGTCGCTGTAGCAGTGGATAACAATAAAGGAAGCCAACATGCTCTCAAAT 414
||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 338 ATTCTGGGTTAGTCGCTGTAGCAGTTGATAATAACAAAGGAAGCCAACATGCTCTCAAAT 397
Query 415 GGGCTGCTGATCATCTTGTCTCTAAAGGACAAACCATTATCCTCCTCCATGTTATCCTTA 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 GGGCTGCTGATCATCTTGTCTCTAAAGGACAAACCATTATCCTCCTCCATGTTATCCTTA 457
Query 475 GGTCATCCTCTGATTCAGGTGAGATTACTGCAGAGAAACATAAGCAAGCTGAAAATCTTT 534
| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 458 GATCACCCTCTGATTCAGGTGAGATTACTGCAGAAAAACATAAGCAAGCTGAGAATCTTT 517
Query 535 TTGTGACATTTCATTGCTACTGCAGTCGAAAAGAGATACAATGCCTTGATGTCACGCTTG 594
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 TCGTGACATTCCATTGCTACTGCAGTCGAAAAGAGATACAATGCCTTGATGTCACGCTTG 577
Query 595 AGGATGACAACATTGTCAAGTCCCTTGCGGAATATGTTTCCTCTGGTGTGATTGAGAATT 654
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 578 AGGATGACAACATTGTCAAGTCCCTTGCTGAATATGTTTCCTCTGGCGTGATTGAGAATT 637
Query 655 TGATTCTTGGTGCTCCTTCGAGGCATGGATTCATGAGGAAATTTAAGATTTCTGATACAC 714
|| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 TGGTTCTTGGTGCCCCTTCCAGGCATGGATTCATGAGGAAATTTAAGATTTCTGATACAC 697
Query 715 CGAGCAATGTAGCGAAAGCAGCACCTGATTTCTGTACAGTTTACGTTATTTCAAAAGGGA 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 CGAGCAATGTAGCGAAAGCAGCACCTGATTTCTGTACAGTTTACGTTATTTCAAAAGGGA 757
Query 775 AGATATCATCTGTCCGCCATGCCTCACGAGCTGCTCCATATCGGTCTCCGCTTATGGGTC 834
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 AGATATCATCTGTCCGCTATGCCTCACGAGCTGCCCCATATCGGTCTCCGCTTATGGGTC 817
Query 835 AGATTGAAAACCACTCTGAAATCATAAACTACGAAAAGTTCAGAAACACCATGAGCTTTA 894
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 818 AGATTGAAAACCACTCTGAAATCATTAACTACGAAAAGTTCAAAAACACCATGAGCTTTA 877
Query 895 GAGATAGGGCTCCTCCCAGGTCTTCGACTGCTAGCTCCATTGAAGATTATGGAAAGTCAC 954
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 GAGATAGGGCTCCGGCCAGGTCTTCGACTGCTAGCTCCATTGAAGATTATGGAAAGTCAC 937
Query 955 CTATGGCAAGGACGTCAAATTACGCAAACTCATTCTTTGATTTGGAAGATTCCGAAAACG 1014
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 938 CTATGGCAAGGACATCAAATTATGCAAACTCATTCTTTGAGTTGGAAGACTCCGAAAACG 997
Query 1015 ACATATCATTTGTTTGCTCAGGCAGGCCAAGTACCGCAAGCTCAGGCCGGCCAAGTACAA 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 998 ACATATCATTTGTTTGCTCAGGCAGGCCAAGTACCACAAGCTCAGGCCGGCCAAGTACAA 1057
Query 1075 GTACCGGAAGGTCTGACATATCTTTTGTGAGCTCAGGCAGGCCGAGTACAAGCACCACTG 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1058 GTACCGGAAGGTCTGACATATCTTTTGTGAGCTCAGGCAGGCCGAGTACAAGCACCACCG 1117
Query 1135 GAAGCCCTTCCTTCATCTACGATTTTCCTGATTCTGGTTTAACTCCGAGAGAGTCGACGA 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1118 GAAGCCCTTCCTTCATCTACGATTTTCCTGATTCTGGTTTAACTCCGAGAAAGTCGACGA 1177
Query 1195 GCTCTGGACACTCTATGCGTCTAGGAATCAGGTTCAATGACACAAATATCCAACATGATT 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1178 GCTCTGGACACTCTATGCGTCTAGGAATCAGGTTCAATGACACCAATATCCAACATGATT 1237
Query 1255 TCTCATTCGTCTCACAAGATAGCGGTCGGTCATCTTGTTCTTGTTCACCACAAAACTTGG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 TCTCATTCGTCTCACAAGATAGCGGTCGGTCATCTTGTTCTTGTTCACCACAAAACTTGG 1297
Query 1315 AAGAAGTGGAAGCTGAGATGCGGAGATTGAAGCAGGAACTGAAACACGCAATTGACATGT 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 AAGAAGTGGAAGCTGAGATGCGGAGATTGAAGCAGGAACTGAAACACGCAATTGACATGT 1357
Query 1375 ATGGATCAGCTTGCAGAGAAGCACTAGCTGCAAAGCAAGAGGCGAAGGAGCTCCAACGTC 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1358 ATGGATCAGCTTGCAGAGAAGCACTAGCTGCAAAGCAAGAGGCGAAGGAGCTCCAACGTC 1417
Query 1435 AGAAAATTGAAGAGGAAGGGTGGGTGCAAGAAGGACAGTTATCAGAGAAATCTACAAAGT 1494
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 AGAAAATTGAAGAGGAAGGATGGGTGCAAGAAGGACAGTTATCAGAGAAATCTACAAAGT 1477
Query 1495 CCATAGTGGAAAAAGAGAGAGCACATAAAGCTGCGAAGGATGCTTCTGAAACAGCAGGCA 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1478 CCATAGTGGAAAAAGAGAGAGCACATAAAGCTGCCATGGAGGCTTCTGAAACAGCAGGCA 1537
Query 1555 AGATAGCAGAGCTCGAAACACAAAGAAGAGCTATAGAAGCTGCAGGTTCTTTCTCTGATT 1614
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1538 AGATAGCAGATCTCGAAACACAAAGAAGAGCCATAGAAGCTGCAGGCTCTTTCTCTGATT 1597
Query 1615 CCAGTTTAAGGTATCGAAGGTATGTCATTGGTGAGATTGAAGAAGCCACAAACTCATTCG 1674
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 CCAGTTTAAGGTATCGAAGGTATGTTATTGGTGAGATTGAAGAAGCCACAAACTCATTCG 1657
Query 1675 ACAAGGCTAATAAAATAGGCGAAGGCGGGTATGGTCCTGTCTATAAGGGTTATCTTGATC 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 ACAAGGCTAATAAAATAGGCGAAGGCGGGTATGGTCCTGTCTATAAGGGTTATCTTGATC 1717
Query 1735 ATACCCCTGTTGCTATTAAGGCTTTGAAAGCAGATGCAGTTCAAGGAAGATCTCAATTTC 1794
|||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 ATACCCCTGTTGCTATCAAGGTTTTGAGAGCAGATGCAGTTCAAGGAAGATCTCAATTTC 1777
Query 1795 AAAGAGAGGTAGAAGTTCTTAGCTGCATAAGACACCCACACATGGTACTACTAATTGGAG 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1778 AAAGAGAGGTAGAAGTTCTTAGCTGCATAAGACATCCACATATGGTGCTACTTATTGGTG 1837
Query 1855 CATGTCCAGAGTATGGAGTGCTTGTATATGAGTATATGGCCAAAGGGAGTTTAGCTGATA 1914
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1838 CATGTCCAGAGTATGGAGTGCTTGTTTATGAGTATATGGCCAAAGGTAGTTTAGCTGATA 1897
Query 1915 GGCTCTATAAGTATGGAAACACACCACCACTCTCGTGGGAGCTCAGGTTCCGAATTGCAG 1974
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 GGCTCTACAAGTATGGAAACACGCCACCGCTCTCGTGGGAGCTCAGGTTCCGAATTGCAG 1957
Query 1975 CCGAAGTTGCGACGGGTCTGCTCTTCCTACACCAGACGAAACCCGAGCCTATAGTGCACC 2034
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 CCGAAGTTGCGACGGGTCTGCTCTTCCTTCACCAGACAAAACCCGAGCCTATAGTGCACC 2017
Query 2035 GTGATCTTAAACCCGGAAACATTTTGATTGACCAGAACTACGTAAGCAAAATAGGGGACG 2094
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2018 GTGATCTGAAACCTGGAAACATTTTGATTGACCAGAACTACGTAAGCAAAATAGGGGATG 2077
Query 2095 TTGGATTAGCCAAACTAGTGCCTGCAGTTGCTGAAAACGTCACGCAGTGCCACGTGTCAT 2154
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 TTGGATTAGCTAAACTGGTGCCTGCAGTTGCTGAAAACGTCACGCAGTGCCACGTGTCAT 2137
Query 2155 CAACCGCTGGGACTTTCTGTTACATTGACCCTGAGTACCAACAAACTGGAATGCTAGGTG 2214
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2138 CAACCGCTGGGACATTCTGTTACATTGACCCTGAGTACCAACAAACTGGAATGCTCGGTG 2197
Query 2215 TGAAATCTGATGTCTACTCTTTTGGTATCTTGCTTCTCGAACTGCTCACAGCGAAAAGGC 2274
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 TGAAATCTGATGTATACTCTTTCGGTATCTTGCTTCTCGAACTGCTCACAGCGAAAAGGC 2257
Query 2275 CGACGGGTTTGGCTTATACCGTTGAGCAAGCAATGGAGCAAGGGAAATTCAAGGATATGT 2334
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2258 CGACGGGTTTGGCTTATACCGTTGAGCAAGCGATGGAGCAAGGGAAATTCAAGGACATGT 2317
Query 2335 TAGACCCAGCAGTGCCTAACTGGCCGGTGGAAGAAGCTATGTCTTTGGCAAAGATTGCTC 2394
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||| |
Sbjct 2318 TAGACCCAGCAGTGCCTAATTGGCCTGTGGAAGAAGCTTTGTCTCTAGCAAAGATTGCAC 2377
Query 2395 TTAAATGTGCACAGCTGAGAAGGAAAGACCGACCAGACCTCGGAAAAGAGGTTTTACCAG 2454
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2378 TTAAATGTGCACAGCTGAGAAGGAAAGACAGACCAGACCTCGGAAAGGAGGTTTTACCAG 2437
Query 2455 AGCT-CAATAAATTGAGAGCTCGTGCAGATACGAATATGGAATGGATGATGTTCAACTTA 2513
|||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 AGCTACA-TAGACTGAGAGCTCGTGCAGATACGAATATGGAATGGATGATGTTCAACTTA 2496
Query 2514 AGTAGAGGTCGTCTAACACCAAATCATAGCCAAGTGTCCTTGCCACCAGTTGATGAACTA 2573
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 AGCAGAGGACGTCTAACACCAAATCATAGCCAAGTTTCCTTGCCACCAGTTGATGAACTA 2556
Query 2574 AGTGTATGCTCGGATAAG-TCTTATACACATTCAAGCACTGTATCCGACACAGAGAAGAA 2632
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2557 AGTGTATGCTCGGATA-GCTCTTATACACATTCAAGCACTTTATCCGACACAGAGAAGAA 2615
Query 2633 CTCAGACCAAAACGAAGAGGATTAGCATATTTTGTGTGTTGAAGGAAATGGAGTGAGACC 2692
||||||||||||||||||||||||| || | | || || || || | ||
Sbjct 2616 CTCAGACCAAAACGAAGAGGATTAG-AT-----G-GAGT-GA-GGCCATTCT-T-AGT-- 2662
Query 2693 ATTG-TTAAAGCTTATGTAATTGTGAATATTG----TTGTAT-GTATGTATGTATATAAT 2746
||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| |||
Sbjct 2663 -TTGGTTAA-GCTTATGTAATTGTGAATATTGACCCTTGTATAGT-TGTATGTATAAAAT 2719
Query 2747 TCGTAAAGGAAGAAAATAACTGAAGGAAAAAGTTGAGTAGGTTTGTTATAATATCTCTGC 2806
||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 TCGTAAATGAAGAAAAAAAATGAAGGAAAAAGTTGAGTAGGTTTGTTATAATATCTCTGC 2779
Query 2807 AAAGACGCAAACTCtttt 2824
||||||||||||||||||
Sbjct 2780 AAAGACGCAAACTCTTTT 2797
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107719212860
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5