BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20250.1
Length=3213
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg342166 jgi|Araly1|342166|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001929 4776 0.0
> Ahg342166 jgi|Araly1|342166|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001929
Length=2898
Score = 4776 bits (2586), Expect = 0.0
Identities = 2800/2902 (96%), Gaps = 20/2902 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 132 ATGACGACTACGCAGAGCGCTATGAGAATGGTTGAGGGTGATCATATAAAAAATTGGCAG 191
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACGACGACTCAGAGCGCTATGAGAATGGTTGAGGGTGATCATATAAAAAATTGGCAG 60
Query 192 GCTTCTAGTGATAGTGGGATCTTTGGTTCACTTGATATGGCTGTTGAAGATTTAGGATTC 251
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTTCTAGGGATAGTGGGATCTTTGGTTCACTTGATATGGCAGTTGAAGATTTAGGATT- 119
Query 252 CTT-ATGAAAAGAAATAGGTTGGATAGTGGTGATCAAACCGGTAAATTCCCTAGTAGAAG 310
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 120 CTTAATGAAAAGAAATAGGTTGGATAGTGGCGATCATACCGGGAAAATCCCTAGTAGGAG 179
Query 311 CGAAAGCGCGCCGCCTAGCATGGAAGGTTCCTTTGCAGCTCTTAGGAATCTCTTGAAACA 370
|| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CGGAAGTGCGCCGCCTAGCATGGAAGGTTCCGTTGCAGCTCTTAGGAATCTCTTGAAACA 239
Query 371 ACAAGAAGGTAGTAGCTCTGAAGTTTTAAGTAGGGCTATTGAGAATTATGACTCGGAAGA 430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ACAAGAAGGTAGTAGCTCTGAAGTTTTAAGTAGGGCTATTGAGAATTATGACTCGGAAGA 299
Query 431 AGAGATACGTAGTGATCCTGCTTATGTAGCTTACTATTTGTCGAACATCAACTTGAATCC 490
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGAGATACGTAGCGATCCTGCATATGTAGCTTACTATTTGTCGAACATCAACTTGAATCC 359
Query 491 GAGACTCCCTCCTCCGTTAATCTCACGGGAGAATCAGCACTTGTTGCGTCA--T---T-- 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 360 GAGACTCCCTCCTCCGTTAATCTCACGGGAGAATCAGCACTTGTTGCGTCATTTCGGTGG 419
Query 544 --TTGGTGATAATAATCAGAGTCCAACAACTTCTTGGGATAATATGGGGATAAGATCATC 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 420 GGTTGGTGATAATAATCAGAGTCCAACAACTTCTTGGGATAATATGGGGATAAGGTCCTC 479
Query 602 TTTGCATTCTTCTAGAACTGCTCTTTCAACTCATAGAGAGGAGCCCGAGGATGAGGCATC 661
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTTGCATTCTTCTAGAACTGCTCTTTCGACTCATAGAGAGGAGCCCGAGGATGAGGCATC 539
Query 662 ATC-GGGTGAACAACAATCTTATGCTTCTTTGGCTGGTCGTCGTAAGAGCATAGCTGATA 720
||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATCTGGG-GAACAACAAGCTTATGCTTCTTTGGCTGGTCGTCGTAAGAGCATAGCTGATA 598
Query 721 TGATTCAGGAAGATTTCCCTCTTACACTTTCTTCTGTGTTCAAGCGGCCTCATTCGGCAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TGATTCAGGAAGATTTCCCTCTTACACTTTCTTCTGTGTTCAAGCGGCCTCATTCGGCAG 658
Query 781 GAAATCGTCCAATAGCACAAGACATCCATGCCATTTCCTCTGATACATCTTCAGAACACG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 659 GAAATCGTCCAATAGCACAAGACATCCATGCCATTTCCTCTGATACATCTTCAGAAAACA 718
Query 841 CAAGAAGATTACCGGAGTCCGATATAAATTCGGTTAATCTGCTGAGGGAGACAGATTCTC 900
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CGAGAAGATTACCGGAGTCTGATATAAATTCGGTTAATCTGCTGAGGGAGACAGATTCTC 778
Query 901 TCTCCAGCGATGCTATTGCTAGTGAAGATCCCTTTACCACTGATTTGGCCTCACAAAGTT 960
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 779 TCTCCATCGATGCTATTGCTAGTGAAGATCCCTTTACCACTGATTTGGGCTCACAAAGTT 838
Query 961 TTACTAATGCACAGACA-GAGAGATTGAACGCGAGGCAAGCGAGCCATGAGGACAACAAT 1019
|||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTACTAATGTACAGA-ATGAGAGATTAAACGCGAGGCGAGCGAGCCATGAGGACAACAAT 897
Query 1020 CTATCTGTTTTTGGTGCTTCTCCTCCATCCTCTGTTGCTTCAAGAATGAGGAGGAACCAA 1079
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTATCTGTTTTTGGTGCTTCTCCTCCGTCCTCTGTTGCTTCAAGAATGAGGAGGAACCAA 957
Query 1080 GAAGACCAACAATCTCAGGGAAGGAGAATGCCTCCACAATACACACCTTCATCGTATCAG 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GAAGACCAACAATCTCAGGGAAGGAGAATGCCTCTGCAATACACACCTTCATCGTATCAG 1017
Query 1140 GTTCAAGCTAGTTCGCCACAGCAAATGAGCTATCCGAGGATAGGTGGTACACAGGACATG 1199
||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1018 GTTCAGGCTAGTTCGCCACAACAAATGACCTATCCGAGGATGGGCGGTACACAGGACATG 1077
Query 1200 ATGCAGAGCTTACCAAAGATTGCAACTGGCGAGGTACATTCGACTTTCCAATCTCCTCAC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ATGCAGAGCTTACCAAAGATTGCAACTGGCGAGGTACATTCGACTTTCCAATCTCCTCAC 1137
Query 1260 GGTTTGGCACCGCCTCCTATGTATACATCAACAGCAGCATATATGACATCTCTGAGTCCA 1319
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1138 GGTTTGGCACCGCCTCCCATGTATACATCTACAGCAGGATATATGACATCTCTGAGCCCA 1197
Query 1320 TTTTACCATCAAAACTTTCAGTCCTCGGGTATGTTCGTCCCGCAATATAATTATGGTGGT 1379
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1198 TTTTACCATCAAAATTTTCAGTCCTCGGGTATGTACCTCCCGCAATATAATTATGGCAGT 1257
Query 1380 TACCCTCCTG-CTTCTGGTATTGTCCCTCAATATATGAGTGGATACCCATCTCATGAAGC 1438
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1258 TACCCTCCTGGCT-CTGGTATTGTCCCTCAATATATGAGTGGATACCCATCGCATGAAGC 1316
Query 1439 GACTGTTCCTATGCCATATGATATCTCATCTACTTCTTCGGGCTACAACAACCCTCGGCT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1317 AACTGTTCCTATGCCATATGATATCTCATCTACTTCTTTGGGCTACAACAACGCTCGGCT 1376
Query 1499 CCTGCCTGGAGTATCATCGAGTGGACAAAACATTCCTTCTCTTGTGGATCCTTTTCAGTT 1558
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GCTACCTGGAGTATCATCGAGTGGACAAAACATTCCTTCGCTTGTGGATCCTTTTCAGTT 1436
Query 1559 GCAATATTTTCAACAGGCTCAAGTGGACGCGTATGCTCCTCCGTTTCAGAGCAGCACTGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GCAATATTTTCAACAGGCTCAAGTGGACGCGTATGCTCCTCCGTTTCAGAGCAGCACTGA 1496
Query 1619 TTCTTTTGGGCAGAAAGACCAACAAGCTGTTGGCTATATGGCAAATCATGAACCTCTCAA 1678
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TTCTTTTGGGCAGAAAGACCAACAAGCTGCTGGCTATATGGCAAATCATGAACCTCTCAA 1556
Query 1679 CAGTCCATTGAGTCCGGGTTACGGGTTGCAAAGTCCGCGGCACATGGGAAACTATTTTGC 1738
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1557 CAGTCCATTGAGTCCGAGTTACGGGATGCAAAGTCCGCGGCACATGGGGAATTATTTTGC 1616
Query 1739 AGTGCCGCCTGGTGTAAGAGTAATGCCGCAGTATCCAGGATCACCTCTTGCTAGTCCGGT 1798
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AGTGCCACCTGGTGTAAGAGTCATGCCGCAGTATCCAGGATCACCTCTTGCTAGTCCGGT 1676
Query 1799 GATGCCATCCTCACCGGTTGGTGGAATGATGAGCCACTTTGGAAGACGAAGTGAAACAAG 1858
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GATGCCTTCCTCACCGGTTGGTGGAATGATGAGCCACTTTGGAAGACGAAGTGAAACAAG 1736
Query 1859 GTATCATCAACAAGGGCCAAGTAGAAACACTGGGATCTACCCTGGTGGATGGCAAGGGAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GTATCATCAACAAGGGCCAAGTAGAAACACTGGGATCTACCCTGGTGGATGGCAAGGGAA 1796
Query 1919 CAGAGGGGGAGCCAGCAGCATCGTTGATGATCTAAAAAGACATTCTTTTCTTGATGAACT 1978
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CAGAGGAGGAGCCAGCAGCATCGTTGATGATCTAAAAAGACATTCTTTTCTTGATGAACT 1856
Query 1979 TAAGTCTCCAAATGCTCGGAAACTCGAGCTTTCTGATATTGCAGGGCGTGTTGTTGAATT 2038
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1857 CAAGTCTCCAAACGCTCGGAAACTCGAGCTGTCTGATATTGCAGGGCGCGTTGTTGAATT 1916
Query 2039 CAG-C--GTCGATCAGCATGGCAGCCGGTTTATTCAACAGAAGTTGGAGCACTGCTCCGA 2095
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 CAGGCACGTCGATCAGCATGGCAGCCGGTTTATTCAACAGAAGTTGGAGCATTGCTCCGA 1976
Query 2096 TGAGGAGAAGGCATCTGTTTTCAGTGAGGTTCTTCCACAAGCTTCAAAATTGATGACTGA 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGAGGAGAAGGCATCTGTTTTCAGTGAGGTTCTTCCACAAGCTTCAAAATTGATGACTGA 2036
Query 2156 CGTTTTTGGAAATTATGTCATCCAAAAATTCATAGAACATGGAACTCCGGCACAGAGAGA 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2037 CGTTTTTGGAAATTATGTCATCCAAAAATTCATAGAACATGGAACTCCGGCCCAGAGAGA 2096
Query 2216 AGAACTTGTGAAGCAACTTGCTGGTCAGATGGTTTCACTAAGCTTACAAATGTATGGATG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 AGAACTTGTGAAGCAACTTGCTGGTCAGATGGTTTCACTAAGCTTACAAATGTATGGATG 2156
Query 2276 CCGTGTGATACAAAAGGCCCTTGAAGTGATAGATGTTGACCAAAAGACAGAACTAATTCG 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TCGTGTGATACAAAAGGCCCTTGAAGTGATAGATGTTGACCAAAAGACAGAACTAATTCG 2216
Query 2336 TGAGCTCGATGGGAATGTGCTGAAGTGTGTTAGAGATCAAAACGGAAATCATGTTATCCA 2395
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TGAGCTCGATGGAAATGTGCTGAAGTGTGTTAGAGATCAAAACGGAAATCATGTTATCCA 2276
Query 2396 AAAATGTATCGAGAGTATGCCTGCTGGTAGGATTGGATTCGTAATTGCTGCTTTCCGTGG 2455
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AAAGTGTATCGAGAGTATGCCTGCCGGTAGGATTGGATTCGTAATTGCTGCTTTCCGTGG 2336
Query 2456 TCAAGTCGCCACTCTTTCTACTCATCCTTATGGATGCCGAGTTATCCAGAGAATCTTGGA 2515
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TCAAGTCGCCACTCTTTCTACTCACCCTTATGGATGCCGAGTTATCCAGAGAATCTTGGA 2396
Query 2516 GCATTGCTCAGATGATGAGGAGACTCATTGTATAATAGATGAAATATTGGAATCTGCGTT 2575
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GCATTGTTCAGATGATGAGGAGACTCATTGTATAATCGATGAAATATTGGAATCTGCGTT 2456
Query 2576 TGCTCTTGCTCATGATCAGTATGGGAATTATGTCACTCAGCATGTCCTGGAGAGAGGGAA 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TGCTCTTGCTCATGATCAGTATGGGAATTATGTCACTCAGCATGTCCTGGAGAGAGGGAA 2516
Query 2636 GCCCGATGAAAGGAGACAGATCATTGAGAAGTTGACAGGGAATGTTGTTCAGATGAGTCA 2695
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GCCCGACGAAAGGAGACAGATCATTGAGAAGTTGACAGGGAATGTTGTTCAGATGAGTCA 2576
Query 2696 GCACAAATACGCATCTAACGTTGTAGAGAAGTGTTTGGAACACGCTGATAGTACCGAAAG 2755
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2577 GCACAAATACGCATCTAACGTTGTGGAGAAGTGTCTGGAACACGCTGATAGTACTGAGAG 2636
Query 2756 AGAGTTCCTGATTGAAGAGATAATGGGCAAATCCGAGGAAGACAATCACTTGCTAGCGAT 2815
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 AGAGTTCCTGATTGAAGAGATAATGGGAAAATCCGAGGAAGACAATCACTTGCTAGCGAT 2696
Query 2816 GATGAAGGATCAGTTTGCAAATTACGTGGTCCAGAAAGTCTTGGAGATCAGTAAAGATCA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 GATGAAGGATCAGTTTGCAAATTACGTGGTCCAGAAAGTCTTGGAGATCAGTAAAGATCA 2756
Query 2876 GCAAAGGGAGATTCTGGTGCAGAGGATGAAAATTCATCTCCAAAGTTTGCGGAAATACAC 2935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2757 GCAAAGGGAGATTCTGGTGCAGAGGATGAAAATTCATCTCCAGAGTTTGCGGAAATACAC 2816
Query 2936 ATACGGGAAACACATAGTAGCCCGATTCGAACAACTGTTTGGTGAAGAGAGTGAAGTCTC 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 ATACGGGAAACACATAGTAGCCCGATTCGAACAACTGTTTGGTGAAGAGAGTGAAGTCTC 2876
Query 2996 AGAAGAGGGAACAGAAGGTTAG 3017
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 AGAAGAGGGAACAGAAGGTTAG 2898
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121393610815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5