BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20290.1
Length=2008
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479552 jgi|Araly1|479552|fgenesh2_kg.3__2253__AT3G20290.1 3160 0.0
> Ahg479552 jgi|Araly1|479552|fgenesh2_kg.3__2253__AT3G20290.1
Length=1931
Score = 3160 bits (1711), Expect = 0.0
Identities = 1878/1952 (96%), Gaps = 37/1952 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATCTCACTTCAATATCTGCG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATTTCACTTCAATATCTGCA 60
Query 61 AATCCACAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGTTTGTTAATCGGTACATCTCTAGATTTTT 120
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | || | || ||||
Sbjct 61 AATCCTCAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGCTTG----T---TA-A--TC-----TTTT 105
Query 121 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCCAAGGAGAATCAAAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 106 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCAAAGGAGAATCAAAT 165
Query 181 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCTCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 240
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCGCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 225
Query 241 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGTCCGGAATTGAAGCAGATCTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 226 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGACCGGAGTTGAAGCAGATCTG 285
Query 301 GGCTATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGGTTTCAAAGAGTTTATTGTTGCCAT 360
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 286 GGCAATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGCTTTCAAAGACTTTATTGTTGCCAT 345
Query 361 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAGTTCTTATTAGCGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 346 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAATTCTTAATAGCGA 405
Query 421 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 406 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 465
Query 481 AAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 GAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 525
Query 541 CTCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 ATCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 585
Query 601 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 645
Query 661 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCAAA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 646 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCGAA 705
Query 721 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 765
Query 781 GCTTAAATC------T--A--C-TTAT-C---CAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825
||||||||| | | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 GCTTAAATCTAGTTATCCAGGCAATATGCAAACAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825
Query 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGCATTCCGGGGAACAC 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGTATTCCGGGGAACAC 885
Query 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945
Query 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005
Query 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAACAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAGCAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065
Query 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGTGATCTTATCCTCCTCCTATTTGACCCACACAA 1125
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGCGATCTTATCCTCCTCTTATTTGACCCACACAA 1125
Query 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185
Query 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGACCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGATCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245
Query 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCTCGTGTCTA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCCCGTGTCTA 1305
Query 1306 CATTGGTTCCTTCAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 CATTGGTTCGTTTAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365
Query 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCTAAGAAAGC 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCAAAGAAAGC 1425
Query 1426 TTGTGATCGTCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 TTGTGATCGCCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485
Query 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545
Query 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605
Query 1606 TAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 AAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665
Query 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725
Query 1726 CATCCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAAAAACCCTTATGATTAATATTTCTATCCCTCTTA 1785
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1726 CATTCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAGAAACCCTTATGATTAATATTTCCATCCCTCTTA 1785
Query 1786 TCTTCTGCGGTTGCTGTATAATCCAAAACTATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1845
||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TCT-CTGTGGTTGCTGTATAATCCTA---TATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1841
Query 1846 CTTGTGAGCGTTAATGCATATTTGTAT-CTTACAAGCCTTGTAGACAATAGAGACAAACA 1904
||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1842 CTTGTGAGCATTAATGCACATTTGTATTCTTACAAGACTTGTAGACAATAAAGACA--CA 1899
Query 1905 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1931
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75494865590
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5