BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20630.1
Length=2684
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479589 jgi|Araly1|479589|fgenesh2_kg.3__2290__AT3G20630.1 4218 0.0
> Ahg479589 jgi|Araly1|479589|fgenesh2_kg.3__2290__AT3G20630.1
Length=2563
Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0
Identities = 2471/2563 (96%), Gaps = 5/2563 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 AAAACCCTATGGAGCTCCTCCGATCCAACTTGTCTAGGGTTCAGATCCCTGAACCTACTC 114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAACCCTATGGAGCTCCTCCGATCCAACTTGTCTAGGGTTCAGATCCCTGAACCTACTC 60
Query 115 ATCGCATCTACAAGCATGAGTGTTGCATCTCCTTCGATACTCCGAGATCCGAAGGAGGAT 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCGCATCTACAAGCATGAGTGTTGCATCTCCTTCGATACTCCGAGATCCGAAGGAGGAT 120
Query 175 TGTTCGTTGATATGAATAGTTTTCTTGCTTTCGGGAAGGATTATGTTTCTTGGAACTATG 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 TGTTCGTTGATATGAATAGTTTTCTTGCTTTCGGGAAGGATTATGTTTCTTGGAATTATG 180
Query 235 AGAAGACTGGAAACCCTGTTTATCTTCATATTAAGCAGACTAGGAAGTCTATTCCCGAGG 294
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 181 AGAAGACTGGAAACCCTGTTTATCTGCATATTAAGCAGACTACCAAGTCTGTTCCTGAGG 240
Query 295 ATCGGCCTCTCAAGAAACCGACTCTGCTCGCTATAGGTGTTGATGGAGGCTTTGATAACA 354
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 ATCGCCCTCTCAAGAAACCGACTCTGCTCGCTATAGGAGTTGATGGAGGATTTGATAACA 300
Query 355 ATGAGCCAGAGTACGAGGAGTCTTATAGCATAGTCATACTTCCGGATTTTGTTTCACTCC 414
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct 301 TTGAGCCTGAGTACGAGGAGTCGTATAGCATAGTCATTCTTCCGGATTTTGTGTCACTTC 360
Query 415 CGTTTCCTTCTGTTGAGCTACCAGAGAAGGTGAGGATTGCTGTCGATACTGTAGTGAATG 474
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CATTTCCTTCTGTTGAACTACCAGAGAAGGTGAGGATTGCTGTCGATACTGTAGTGAATG 420
Query 475 CCGTTGGTGCTGAGCGGAAAGAGCAAGTTGCAGCTTGGACAGCTGAGAAAAAGTTAATTA 534
|||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CCGTAGGTGCTGAGCGGAAAGAGCAGGTTGCTGCTTGGACAGCTGAGAAAAAGTTAGTTA 480
Query 535 GTGAACATGCATTGACACTGCAGCAAATCAAGAGTGGCATTGTCATTCCTCCCTCTGGTT 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGAACATGCATTGACACTGCAGCAAATCAAGAGTGGCATTGTCATTCCTCCCTCTGGTT 540
Query 595 GGAAATGTTCTAAGTGTGATAAGACGGAGAATCTCTGGCTTAATCTTACCGATGGAATGA 654
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGAAATGTGCCAAGTGTGATAAGACGGAGAATCTCTGGCTTAATCTTACCGATGGAATGA 600
Query 655 TTCTCTGTGGAAGAAAAAACTGGGATGGAACTGGTGGAAACAACCATGCTGTTGAGCACT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 TTCTCTGTGGAAGAAAAAACTGGGATGGAACTGGTGGAAACAACCATGCGGTTGAGCACT 660
Query 715 ACAAAGAGACAGCCTACCCTCTTGCTGTAAAGCTTGGAACTATCACTGCTGACTTAGAAG 774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 661 ACAAAGAGACAGCCTACCCTCTTGCTGTAAAGCTTGGAACTATCACAGCTGACTTAGAAG 720
Query 775 CAGCAGATGTTTATTCCTATCCGGAAGATGACAGTGTTTTGGACCCGCTCCTGGCTGAGC 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAGCAGATGTTTATTCCTATCCGGAAGATGACAGTGTTTTGGACCCGCTCCTGGCTGAGC 780
Query 835 ATCTGGCCCATTTTGGAATTGACTTCTCGTCGATGCAGAAGACTGAAATGACAACTGCTG 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 781 ATCTGGCCCATTTTGGAATTGACTTCTCGTCGATGCAGAAGACTGAAATGACAACTGCCG 840
Query 895 AAAGAGAACTTGATCAAAATACAAATTTTGATTGGAACCGTATACAAGAGAGTGGAAAAG 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AAAGAGAACTTGATCAAAATACAAATTTTGATTGGAACCGTATACAAGAGAGTGGAAAAG 900
Query 955 AATTGGTGCCAGTTTTTGGACCTGGATATACCGGACTTGTCAATCTTGGGAACAGTTGCT 1014
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AATTGGTACCAGTTTTTGGACCGGGATATACCGGACTTCTCAATCTTGGGAACAGTTGCT 960
Query 1015 ACTTGGCAGCTACGATGCAGATTGTTTTCTCTACCCATTCATTTATTTCAAGATACTTTT 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACTTGGCAGCTACGATGCAGATTGTTTTCTCTACCCATTCATTTATTTCAAGATACTTTT 1020
Query 1075 CACATCAGAGCTTAAAGATGGCTTTTGAGATGGCTCCTGCTGATCCAACTTTGGACCTCA 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CACATCAGAGCTTAAAGATGGCTTTTGAGATGGCTCCTGCTGATCCAACTTTGGACCTCA 1080
Query 1135 ATATGCAATTAACAAAGCTTGGACACGGCTTACTATCTGGGAAGTACTCAATGCCTGCAA 1194
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1081 ATATGCAATTAACAAAGCTTGGACATGGTTTACTATCTGGGAAGTACTCTATTCCTGCAA 1140
Query 1195 CTCAGAAGGATGCTACAACTGGAGATCCTAGACAAGAAGGAATACCTCCTCGCATGTTCA 1254
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTCAGAAGGATGCTACAACTGGAGATGCTAGACAAGAAGGAATACCTCCTCGCATGTTCA 1200
Query 1255 AAAACGTAATTGCCGCGAGCCACGCAGAATTCTCTTCTATGAGACAGCAGGATGCTCTCG 1314
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAACGTAATTGCTGCAAGCCACTCAGAATTCTCTTCTATGAGACAGCAGGATGCTCTCG 1260
Query 1315 ACTTTTTCCTCCATCTGGTAGGCAAGGTTGAGCGTGCTAGCAACACGACACCAGATTTAG 1374
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGTTTTTCCTCCATTTGGTAGGCAAGGTTGAGCGTGCTAGCAACACGACACCAGATTTAG 1320
Query 1375 ACCCCTCGAGGAGCTTCAAGTTTGGAATAGAAGAGAAGATCCTTTGTCCGTCTGGAAAGG 1434
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 ACCCCTCGAGGAGTTTTAAGTTTGGAATAGAAGAGAAGATCCTTTGTCCATCTGGAAAGG 1380
Query 1435 TTGGATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCGCTACATGAGGCAA 1494
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1381 TTGGATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCACTGCATGAGGCAA 1440
Query 1495 CTAATAAAGATGAATTAGAAGCCTTTCACAAGCAAAAAGCAGGAAAAGGATTGGAAGAGA 1554
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1441 CTAATAGAGATGAATTAGAAGCCTTTAACAAGCAGAAAGCAGGAAAAGGATTGGAAGAAA 1500
Query 1555 ATGATATGAGGTCAAGTGATGAAATAGTACGCCCACGAGTTCCTTTAGAAGCCTGTCTAG 1614
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1501 ATGATATCAGGTCAAGTGATGAAATAGTACGCCCACGAGTTCCTTTAGAAGCTTGTCTAG 1560
Query 1615 CAAATTTTGCATCATCAGAGCCGATTGAAGACTACTATAGCTCTGCTTTGAAGGGAATGA 1674
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | ||
Sbjct 1561 CAAATTTTGCATCATCAGAGCCGATTGATGACTACTACAGCTCTGCTCTGAAGGGGAGGA 1620
Query 1675 CAACAGCTATCAAGACAACTGGTTTGACATCTTTCCCAGATTATTTGGTCTTGCACATGC 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CAACAGCTATCAAGACAACTGGTTTGACATCTTTCCCAGATTATTTGGTCTTGCACATGC 1680
Query 1735 GGAAATTTGTTATGGAGGAAGGCTGGGTGCCAAAGAAACTTGATGTATACATTGATGTTC 1794
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGAAGTTTGTTATGGAGGCAGGCTGGGTGCCAAAGAAACTTGATGTATACATTGATGTTC 1740
Query 1795 CGGATGTTATTGATATCAGCCACATGCGTAGCAAAGGACTCCAACCTGGGGAAGAACTGT 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1741 CGGATGTTATTGATATCAGCCACATGCGTAGCAAAGGACTCCAACCTGGGGAGGAACTGT 1800
Query 1855 TGCCAGATGGCGTTCCAGAAGAAGTGATGGAATCAGCGCAGCCCGTGGCAAATGAGGAGA 1914
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1801 TGCCAGATGGCGTTCCAGAAGAAGTGATTGAATCAGCGCAGCCTGTGGCAAATGAGGAGA 1860
Query 1915 TAGTTGCACAGCTAGTCTCAATGGGATTTAGCCAGCTTCACTGCCAGAAAGCTGCCATAA 1974
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TAGTTGCACAACTTGTCTCAATGGGATTTAGCCAGCTTCATTGCCAGAAAGCTGCCATAA 1920
Query 1975 ATACTTCCAATGCTGGGGTTGAAGAGGCAATGAACTGGTTACTTTCTCACATGGATGATC 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATACTTCCAATGCTGGGGTTGAAGAGGCAATGAACTGGTTACTTTCTCACATGGATGATC 1980
Query 2035 CAGACATCGATGCACCAATCTCCCACCAGACATCTGACATTGATCAATCAAGCGTTGATA 2094
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1981 CAGACATTGATGCACCGATCTCCCACCAGACATCTGACGTTGATCAATCAAGCCTTGATG 2040
Query 2095 CCTTACTCTCCTTTGGTTTTGCTGAAGATGTTGCTCGGAAGGCACTAAAAGCCTCGGGAG 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CCTTACTCTCCTTTGGTTTTGCTGAAGATGTTGCTCGAAAGGCACTAAAAGCCTCGGGAG 2100
Query 2155 GAGACATTGAGAAAGCAACAGACTGGGTATTCAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACA 2214
|||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GAGATATAGAGAAAGCAACAGATTGGATATTCAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACA 2160
Query 2215 TGGATGTATCCTCTAGCAATTCAGCGCAGACTCCGGCTCAAAGTGGATTACCAGATGGAG 2274
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TGGATGTTTCCTCTAGCAATTCAGCGCAGACTCCGGCTCAAAGTGGATTACCAGATGGAG 2220
Query 2275 GAGGGAAATACAAGCTGTTTGGAATAGTAAGTCACATGGGAACATCAGTGCACTGTGGTC 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAGGGAAATACAAGCTGTTTGGAATAGTAAGTCACATGGGAACATCAGTGCACTGTGGTC 2280
Query 2335 ATTACGTGGCTCACATATTGAAAGAAGGCCGCTGGGTAATTTTCAATGACGACAAAGTTG 2394
| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ACTACGTGGCGCACATATTGAAAGAAGGTCGTTGGGTTATTTTCAATGACGACAAAGTTG 2340
Query 2395 GTATCTCGACTGATCCTCCTAAAGACATGGGTTATGTCTACTTCTTTCAGCGGCTTGATT 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GTATCTCGACTGATCCTCCTAAAGACATGGGTTATGTCTACTTCTTTCAGCGGCTTGATT 2400
Query 2455 GATTCGATGGAGCCAGTTACAGAGACAAAAA----CTAATCC-ttttttttttAAATAGA 2509
||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 2401 GATTCGATGGAGCCAGTCACAAAGACAAAAAAAAACTAATCCCTTTTTTTTTTTCATAGA 2460
Query 2510 AACTTTTAAGGTCGATAGGGTTTTTAACATTTGGATTGAGGTGACCCATGTGACTAGTTT 2569
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2461 AACTTTTAAGGTCGATAGGGTTTTTAAGATTTGGATTGAGGTGACCCATGGGACTTGTTT 2520
Query 2570 CGGTTCCAAAATCTTACATGTGGATTAGTAAATTTGGTTCACT 2612
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 CGGTTCCAAAATCTTACTTGTGGATTAGTAAATTTGGTTCACT 2563
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101243871210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5