BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20720.2
Length=3916
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318821 jgi|Araly1|318821|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001837 5818 0.0
> Ahg318821 jgi|Araly1|318821|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001837
Length=3600
Score = 5818 bits (3150), Expect = 0.0
Identities = 3454/3604 (96%), Gaps = 8/3604 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 66 ATGGAGTCGATACTTGCTCGAGCCTTGGAGTATACACTCAAGTATTGGCTCAAATCGTTT 125
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGTCGATACTGGCTCGAGCCTTAGAGTATACACTCAAGTATTGGCTCAAATCGTTT 60
Query 126 ACCAGAGATCAATTTAAGCTTCAAGGCCGTACCGCTCAGCTTTCTAATTTAGACATCAAT 185
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 ACCAGAGATCAGTTTAAGCTTCAAGGCCGTACCGCTCAGCTTTCTAATTTAGACATTAAT 120
Query 186 GGTGAGGCTATACATGCCAGTATGGGTTTGCCACCAGCTCTTAGTGTTACCACTGCCAAA 245
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GGTGAGGCTATACATGCTAGTATGGGTTTGCCACCTGCCCTTAGTGTGACCACTGCCAAA 180
Query 246 GTTGGGAAATTGGAAATCATGCTTCCGTATGTCAGTAATGTACAAACAGAACCCATAGTT 305
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||
Sbjct 181 GTTGGAAAATTGGAAATCATGCTTCCATATGTCAGTAATGTACAAACGGAACCCGTTGTT 240
Query 306 GTGCAAATCGATAAACTTGATCTTGTTCTTGAAGAAAATCCTGATGCCGATGTGACAAAG 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 GTGCAAATCGATAAACTTGATCTTGTTCTTGAAGAAAATCCTGATGCTGATGTGACAAAG 300
Query 366 GGTCCAAGCAGTAGTCAGTCTCCAACCGCCTCTGCAAAAAGTAATGGTTATGGATTCGCC 425
||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 301 GGTCCAAGCAGTAGTCAGTCTCCTACCG-C-C-GCAAAAAGTAACGGGTATGGATTTGCT 357
Query 426 GACAAGATTGCAGATGGAATGACTTTACAAGTTAAGGTGGTCAATCTTCTTCTTGAAACT 485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GACAAGATTGCAGATGGAATGACTTTACAAGTTAAGGTGGTCAATCTTCTTCTTGAAACT 417
Query 486 GGAGGTGGTGCCAACCGTGAAGGAGGGGCAGCCTGGGCTGCTCCGCTGGCATCTATTACA 545
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GGAGGTGGTGCCCACCGTGAAGGAGGGGCAGCCTGGGCTGCTCCGCTGGCATCTATTACA 477
Query 546 ATTCGTAACCTTGTTCTGTACACCACTAATGAGAGTTGGAAGGTTGTAAATCTGAAAGAA 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATTCGTAACCTTGTTCTGTACACCACTAATGAGAGTTGGAAGGTTGTAAATCTGAAAGAA 537
Query 606 GCAAGGGACTTCTCTACTAACACAGGATTTATTTATTTGTTTAAGAAACTTGAATGGGAA 665
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCAAGGGATTTCTCTACTAACACAGGATTTATTTATTTGTTTAAGAAACTTGAATGGGAA 597
Query 666 GCTTTATCAATTGATCTTCTACCACATCCTGATATGTTCACTGAAGCTAATTTAGCCCGG 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTTTATCAATTGATCTTCTACCACATCCTGATATGTTCACTGAAGCTAATTTAGCCCGG 657
Query 726 TCTGAAGAAGCAAATCTCAGAGATGAGGATGGTGCAAAACGAGTATTCTTTGGCGGAGAA 785
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 658 TCTGAAGAAGCAAATCTCAGAGATGATGATGGTGCAAAACGAGTATTCTTTGGTGGAGAA 717
Query 786 CGCTTTTTAGAAGGAATTTCTGGCCAAGCATATATCACGGTTCAGAGAACAGCACTAAAC 845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CGCTTTTTAGAAGGAATTTCTGGCCAAGCATATATCACAGTTCAGAGAACAGCACTAAAC 777
Query 846 AGTCCACTTGGGCTTGAAGTCCAGTTGCACATTCCAGAAGCTGTTTGTCCAGCCTTAAGT 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGTCCACTTGGGCTTGAAGTCCAGTTGCACATTCCAGAAGCTGTTTGTCCAGCCTTAAGT 837
Query 906 GAACCAGGGTTGCGTGCTCTTCTCCGCTTTCTAACTGGAATGTACTTATGCCTAAACCGA 965
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 838 GAACCAGGGTTGCGCGCTCTTCTCCGCTTTCTAACTGGAATGTACTTATGCCTTAACCGA 897
Query 966 GGAGATGTGGATCCAAAATCTCAGCAGTCTGCTGAAGCAGCTGGACGTTCTCTTGTCTCC 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 898 GGAGATGTGGATCCAAAATCTCAGCAGTCTGCCGAAGCAGCAGGACGTTCTCTTGTCTCC 957
Query 1026 GTTCTTGTGGATCATGTATTTCTTTGCATTAAAGATGCTGAATTCCAACTGGAACTGCTG 1085
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 958 GTTCTTGTGGACCATGTATTTCTTTGCATTAAAGATGCTGAATTTCAACTGGAACTACTA 1017
Query 1086 ATGCAATCACTCCTTTTTTCTCGGGCCTGTGTTTCAGACGGAGAATCAGCTAACTATTTA 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATGCAATCACTCCTTTTTTCTCGGGCCTGTGTTTCGGACGGAGAATCAGCTAACTATTTG 1077
Query 1146 ACTAAGATTTTGATTGGTGGGCTATTTTTAAGGGATGCTTTTTCGCGCTCTCCTTGTGCT 1205
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1078 ACTAAGATTTTGATTGTTGGGCTATTTTTAAGGGATGCCTTTTCGCGCGCTCCTTGTGCT 1137
Query 1206 CTAATCCAACCATCCATGAAAGCTGCTGCCGAAGACCTTGCAATTCCCGACTTTGCCAAG 1265
||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1138 CTAGTCCAACCATCCATGAAAACTGCTGCGGAAGACCTTGCAATTCCCGAATTTGCCAAG 1197
Query 1266 AACTTTTGCCCTCTCATATATCCATTGGACAGCGGCCCGTGGCAAATAGTTCAGGATGTA 1325
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AATTTTTGCCCTCTCATATATCCATTGGACAGCGGCCCATGGCAAATAGTTCAGGATGTA 1257
Query 1326 CCCTTGATCTCCCTACACTCTCTTCAGGTCAAGCCATCCCCAAAACCCCCACACTTTTTC 1385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1258 CCCTTGATCTCCCTACACTCTCTTCAGGTCAAGCCATCCCCAAAACCTCCACACTTTTTC 1317
Query 1386 TCAAAGACAGTTATCCAGTGCCAACCCCTCATGGTTCATCTTCAGGAAGAAGCTTGTTTA 1445
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCAAAGACAGTTATCCAGTGCCAACCACTCATGGTTCATCTTCAGGAAGAAGCTTGTTTA 1377
Query 1446 AGAATTTCTTCTTTTCTGGCTGATGGCATTGTTGTAAAT-CCTGGTGATGTTTTACCTGA 1504
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 1378 AGAATTTCATCTTTTCTGGCTGATGGCATTGTTGTAAATACC-GGTGATGTTTTGCCTGA 1436
Query 1505 TAACTCTGTTAACTCTCTTCTTTTCACCCTCAAAGAGTTAGATGTCTCTGTTCCATTAGA 1564
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TAACTCTGTTAACTCTCTTCTTTTCACGCTCAAGGAGTTAGATGTCTCTGTTCCATTAGA 1496
Query 1565 CATGAGTAATTTGCAAGATTCAGCAATTGAAGAAGACCTATCCGTAAAAAAGTCCTTCGT 1624
||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 1497 CATGAGTAACTTGGAAGATTCAGCAATCAAAGAAGACCTTTCCATAAAAAAGTCCTTCAT 1556
Query 1625 TGGAGCGAGGCTTCATATTGAAAACTTGTCTTTTGCGGAGTCACCTACCCTAAAAGTTCG 1684
||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 TGGGGCGAGGCTTCATATTGAGAATTTATCTTTTGCAGAGTCACCTACCCTTAAAGTTCG 1616
Query 1685 GCTACTAAACCTGGAGAAGGATCCTGCTTGCTTCTGTCTTTGGCCAGGACAGCCTATTGA 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GCTACTAAACCTGGAGAAGGATCCTGCTTGCTTCTGTCTTTGGCCAGGACAGCCTATTGA 1676
Query 1745 CGCCAGCCAAAAGAAATGGACAGCCGGAGCCTCACATTTTAGTTTGGCTTTAGAAACATC 1804
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1677 TGCCAGCCAAAAGAAATGGACAGCTGGAGCCTCACATTTTAGTTTGGCTTTGGAAACATC 1736
Query 1805 TCCCAACTCAACTCAACTTCAGAGTCCTCGTGGTCCGGAAATGGGTTTGTGGAATTGTGT 1864
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCCCAACTCAACTGAACTTCAGAGCCCTCGTGGTCCGGAAATGGGTTTGTGGAATTGTGT 1796
Query 1865 TGAAGGAAAAGACGTGTCTATAGAAGTTGCTATGGTATCTGCGGATGGAAAACCTCTGAT 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1797 TGAAGGAAAAGACGTGTCTATAGAAGTTGCTATGGTATCTGCGGATGGAAAGCCACTGAT 1856
Query 1925 AACAATTCCCCCTCCTGGTGGTATTGTTCGCATAGGAGTTGCTTGTGAGCAATATATTTC 1984
||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1857 AACAATTCCTCCTCCTGGTGGTATTGTACGCATTGGAGTTGCTTGTGAGCAATATATCTC 1916
Query 1985 ACGTGCTTCAGTGGAGCAGTTATTTTTTGTTCTGGACCTCTATTCTTACTTTGGTAAGGT 2044
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 GCGTGCTTCAGTGGAGCAGTTATTTTTTGTTCTGGACCTCTATTCTTACTTCGGTAAGGT 1976
Query 2045 GAGTGAAAAGATTTCAATTGTTAAAGAAAGCAAACGCCAGAATACTGTTTCTTTGACTGG 2104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CAGTGAAAAGATTTCAATTGTTAAAGAAAGCAAACGCCAGAATACTGTTTCTTTGACTGG 2036
Query 2105 AGGGTTGTTGGAGAAGGTTCCTAGTGATACTGCTGTAAAATTGGCTTTGAAGGATCTGCA 2164
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2037 AGGGTTGTTGGAGAAGGTTCCCAGTGATACTGCTGTAAAATTGGCTTTGAAGGATTTGCA 2096
Query 2165 GCTTAAGTTTCTTGAGTCCTCGTTTACTAGTACCCAGGACATGCCACTCGTTCAGTTTCT 2224
|||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GCTTAAGTTTCTGGAGTCTTCCTTTACTAGTACACAGGACATGCCACTCGTTCAGTTTCT 2156
Query 2225 TGGCAAAGATCTTTCTGTGAAGGTAACACATAGAACCCTTGGCGGCGCTATTGCAGTATC 2284
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 2157 TGGCAAAGATCTTTCTGTGAAGGTAACTCATAGAACCCTTGGTGGTGCTGTTGCAGTATC 2216
Query 2285 ATCCAACATATACTGGGAAAATATTGAGGTAGATTGTGTAGATACCGACGTAGAACATGA 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||
Sbjct 2217 CTCCAACATATACTGGGAAAATATTGAGGTAGATTGCGTAGATACCGACTTACAACATGA 2276
Query 2345 ACATGAGAATAGCTGGAACGGTCACTTAGTTAGCTGTAATGGGTCTACCCCACTGAGGCG 2404
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 ACATGAGAATAGCTGGAATGGTCACTTAGTTAGCTGTAATGGGTCTACCCCACTGAGGCG 2336
Query 2405 TGTCTTTTGGGTTGTCAACGGAAGACATGATGAGCATAGTGGCAGCACTCTTA---CACC 2461
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2337 CGTCTTTTGGGTTGTCAACGGCAGACATGATGGGCATAGTGGCAGCACTGTTATGACACC 2396
Query 2462 TTTTCTGGACATAAGCATAACACATGTGATTCCCCTCAGTGAAAAGGATATGGAGTGCCA 2521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2397 TTTTCTGGACATAAGCATAACACATGTGATTCCCCTCAGTGAAAAGGATATGGAATGCCA 2456
Query 2522 CAGTGTAAGCATCGTGGCTTGTATTTCAGGTGTACGCCTAGGAGGAGGAATGAGCTATGC 2581
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2457 CAGTGTAAGCATTGTGGCTTGTATTTCAGGTGTACGCCTAGGAGGTGGAATGAGCTATGC 2516
Query 2582 TGAAGCTCTCTTACACCGATTCGGAATTCTGAATCATGATGGTGGTCCAGGAGAGGGTCT 2641
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TGAAGCTCTATTACAACGATTCGGAATTCTGAATCTTGATGGTGGTCCAGGAGAGGGTCT 2576
Query 2642 GTCTAGAGGATTAGATCATTTATCTTCTGGACCTATGTCAAAACTTTTCAAAGCATCTAT 2701
||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2577 GTCTAGAGGATTAGAGCATTTATCTTCTGGACCTTTGTCAAAACTTTTCAAATCATCTAT 2636
Query 2702 AGTTGATGACAGGAAAAAGGATGGAACTCCAGGAAACTGGAATGGCGATGGTTTCCCACA 2761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2637 AGTTGATGACAGGAAAAAGGATGGAACTCCAGGAAACTGGAATGACGATGGTTTCCCACA 2696
Query 2762 TTTGGGAAGGCCAGATGACATTGATGTCTCTGTTGAGTTAAGAGATTGGTTGTTTGCTTT 2821
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2697 TTTGAAAAGGCCAGATGACATTGATGTCTCTATTGAGTTAAGAGACTGGTTGTTTGCTTT 2756
Query 2822 GGAGGGCAGAGAAGGTGTTGGCACAAGAATTTTGAATAATGAAGATATTGGAAGAGAAGA 2881
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 GGAGGGCAGAGAAGGTGTTGGCACAGGAATTCTGAATAATGAAGATATTGGAAGAGAAGA 2816
Query 2882 GAGGTGTTGGCACACAAATTTCCGTACTTTCCGAGTAATAGCCAAGAGTACACCAAAGAA 2941
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2817 GAGGTGTTGGCACACTAATTTTCGTACTTTCCGAGTAATAGCCAAGAGTACACCGAAGAA 2876
Query 2942 CGTGGATTCAAATGGGACAGAAAACCAGTGTGATGCTCACAAGTATCCTGTGGACTCAAT 3001
|||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TGTGGATCCAAATGGGACAGAAAGCCAGTATGATGCTCACAAGTATCCTGTGGACTCAAT 2936
Query 3002 TATTGTCAGTGTCGAAGGTCTACAGACAGTGAAGCCTCAAATGCAGAAAGGGACCGATTC 3061
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 TATTGTCAGTGTCAAAGGTCTACAGACAGTGAAGCCTCAAATGCAGAAAGGGACCGATTC 2996
Query 3062 TTGTAATGGTTTGTCTACAAATGGAGTTCACGAAAACGGTCAAATGCATGGAGGGGTGAA 3121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2997 TTGTAATGGTTTGTCTACAAATGGAGTTCACGAAAACGGTCACATGCATGGAGGGGTAAA 3056
Query 3122 CATTGAAGCTAATATTGTGGCATCTGAAGACAAATCTGTTCATGATGACTTATTGAACTG 3181
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3057 CATTGAAGCTAATATTGTGGCATCCGAAGACAAATCTGTTCATGATGACTCATTGAACTG 3116
Query 3182 GGTGGCAGAAAGTCTGAAATTCTCTGTTAAGCAACCTGTTGAGGCAGTTGTAACAAAGGA 3241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 3117 GGTGGCAGAAAGTCTGAAATTCTCTGTTAAGCAACCTGTTGAGGCAATTGTTACAAAGGA 3176
Query 3242 TGAGCTGCAACATTTGACTTTCTTGTGCAAATCTGAAATTGACGCAATGGGAAGGATAGT 3301
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 TGAGCTGCAACATTTGACATTCTTGTGCAAATCTGAAGTTGACGCAATGGGAAGGATAGT 3236
Query 3302 CGCAGGGGTTTTACGTGTACTGAAGCTTGAAGAATCTATTGGCCAGGCGACTCTTAATCA 3361
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3237 CGCAGGGGTTTTACGTGTGCTGAAACTTGAAGAATCTATTGGCCAGGCAACTCTAAATCA 3296
Query 3362 ATTAAGCAACCTTGGAAGTGAAGGTTTTGACAAGATGTTCTCTCCAAAAGCAAGCAGAGC 3421
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 ACTAAGCAACCTTGGAAGTGAAGGTTTTGACAAAATGTTCTCTCCAAAAGCAAGCAGAGC 3356
Query 3422 AGGAAGTCCAAAAAGCTCACCTTTTGCTGCATCATTAGATTCAATGAGAGAAATTTCTTT 3481
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 3357 AGGAAGTCCGAAAAGCTCACCTTTTGCTGCATCATCAGATTCGATGAGAGAAATTACTTT 3416
Query 3482 ACGTGCAAACCTCGAATCTACCATTTCGTCCATCGAAGAAGCCTCAATGGAGTTAGAGGC 3541
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 ACGTACAAACCTCGAATCTACCATTTCGTCCATTGAAGAAGCCTCAATGGAGTTAGAGGC 3476
Query 3542 CAAGTGTTCAGCTCTAGTGTCTGATCTCAACGATTCAGAATCTTCAGCAAAACACGCCAA 3601
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3477 CAAGTGTTCAGCTCTAGTTTCTGATCTCAACGATTCAGAATATTCGGCAAAACACGCCAA 3536
Query 3602 CGAGCTCAAGCAGAAACTCGAGAGCTTGCAGAGCTTAATGGCTAAATTACGAACCCAAAT 3661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 CGAGCTCAAGCAGAAACTCGAGAGCTTGCAGAGCTTAATGGCTAAATTACGAACCCAAAT 3596
Query 3662 CTAA 3665
||||
Sbjct 3597 CTAA 3600
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148005901397
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5