BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G20780.1
Length=2212
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318827 jgi|Araly1|318827|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001843 2215 0.0
> Ahg318827 jgi|Araly1|318827|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001843
Length=2076
Score = 2215 bits (1199), Expect = 0.0
Identities = 1259/1289 (98%), Gaps = 0/1289 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 ATGGCGGGTGATGATTTAGTTGAAACGAAGAAGGGAAGCTCGAAGAACTCTAAGGACAGC 134
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 1 ATGGCGGGTGATGATTTGGCTGAAACGAAGAAGGGAAGCTCGAAGAACCCTAAGAATAGC 60
Query 135 AACGAGAGCAAGCTCAAGCAAAAATCTCCAGCTGAGTTTTTCGCGGAGAACAAGAACATT 194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACGAGAGCAAGCTCAAGCAAAAATCTCCAGCTGAGTTTTTCGCGGAGAACAAGAACATT 120
Query 195 GCTGGATTTGATAATCCAGGGAAGTCGCTTTATACTACAGTTAGAGAGCTTGTTGAAAAT 254
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTGGATTTGACAATCCAGGGAAGTCACTTTATACTACAGTTAGAGAGCTTGTTGAAAAT 180
Query 255 GCTCTTGATTCTGCAGAGTCTATTTCAGAGCTCCCTGAGGTTGAAGTAACTATCGAAGAG 314
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 GCTCTTGATTCTGCTGAGTCCATTTCAGAGCTCCCTGAGGTTGAAGTAACAATCGAAGAG 240
Query 315 ATTGTAAAATCTAAGTTCAACTCCATGATTGGTCTTATCGATCGGGAACGTGTTGACACA 374
||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATTGTAAAATCTAAGTTTAATTCCATGATTGGTCTAATCGATCGGGAACGTGTTGACACG 300
Query 375 CAGCTGTATGATGATTATGAGACAGAAAAGGCCCGTGGGAAAAGGTTAGCAAAGGAAGCT 434
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGCTGTATGATGACTATGAGACAGAAAAGGCCCGTGAGAAAAGGTTAGCAAAGGAAGCT 360
Query 435 CGAGCCAGTGAGATACAAGCTAAAAATTTGGCATCGGGAAAGAAAAACAAAGAGCCTGGA 494
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGTGCCAGTGAGATCCAAGCTAAAAATTTGGCATCGGGAAAGAAAAACAAAGAGCCTGGA 420
Query 495 GTATCGAAGGTTTTAAAGGCCCGTGGGGAAGCCTCATATTACAAAGTGACATGTAAGGAT 554
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 421 GTCTCAAAGGTTTTAAAGGCCCGTGGGGAAGCCTCATATTACAAGGTGACATGTAAGGAT 480
Query 555 AATGGTAAGGGGATGCCACATGATGACATTCCAAATATGTTTGGGAGAGTTTTATCCGGG 614
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AATGGTAAGGGGATGCCTCATGATGACATTCCAAATATGTTTGGGAGAGTTTTATCCGGG 540
Query 615 ACGAAGTATGGACTGAAGCAAACACGTGGAAAGTTTGGTCTGGGTGCAAAGATGGCCTTA 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACGAAGTATGGACTGAAGCAAACACGTGGAAAGTTTGGTCTGGGTGCAAAGATGGCCTTA 600
Query 675 ATCTGGTCCAAAATGAGTACAGGTCTCCCCATAGAGATCTCGTCATCTATGAAGAGCCAA 734
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTTGGTCCAAAATGAGTACAGGTCTCCCCATAGAGATCTCGTCATCTATGAAGAGCCAA 660
Query 735 AACTATGTTACTTTCTGCAGACTGGATATTGATATTCACAGGAACATTCCTCATATTCAT 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AACTATGTTACTTTCTGCAGACTGGATATTGATATTCACAGGAACATTCCTCATATTCAT 720
Query 795 CTGCACGAAAAGAAGGGCAACAAAGAGAAATGGCATGGGGCTGAAATACAGGTGGTTATC 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGCACGAAAAGAAGGGCAACAAAGAGAAATGGCATGGGGCTGAAATACAGGTGGTTATC 780
Query 855 GAAGGAAACTGGACAACATACAGATCAAAGATCTTGCACTATATGCGCCAAATGGCTGTC 914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAAGGAAACTGGACAACATACAGATCAAAGATCTTGCATTATATGCGCCAAATGGCTGTC 840
Query 915 ATTACTCCTTATGCGCAGTTTCTGTTTAGATTTATATCAGAGACACCAGAGAAAAATGTC 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTACTCCTTATGCGCAGTTTCTGTTTAGATTTATATCAGAGACACCAGAGAAAAATGTC 900
Query 975 ACTATTAAGTTTACTCGAAGAACGGATGTGATGCCCCCTATTCCTATCGAGACAAAGCAC 1034
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACTATTAAGTTTACTCGAAGAACTGATGTGATGCCTCCTATTCCTATCGAGACAAAGCAC 960
Query 1035 CATCCATCGTCAGTTGACTTGCTGCTTATCAAGCGCCTTATTACAGACACTTCCAAAAAG 1094
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CACCCATCGTCAGTTGACTTGCTGCTTATCAAGCGCCTTATTACAGACACTTCCAAAAAG 1020
Query 1095 ACCCTTCTGCAGTTTCTTCAAAATGAATTTGTGAATATTAACAAAACCCTTGCAGCACGA 1154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1021 ACCCTTCTGCAGTTTCTTCAAAATGAATTTGTGAATATTAACAAAACCCTTGCAACACGA 1080
Query 1155 TTAATTGGGGAAATGGGACCTGATTTCGGGCCTAGCATGGCTGTCAAATCTGTGACATCT 1214
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAATTGGGGAAATGGGACCTGATTTCGGCCCTAGCATGGCTGTCAAATCTGTGACATCT 1140
Query 1215 CAGCAAATGGTACGCATACATCAGTTATTCCGCCAAGCTAAATTCGACGACCCTAGTGGT 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CAGCAAATGGTACGCATACATCAGTTATTCCGCCAAGCTAAATTCGACGACCCTAGTGGT 1200
Query 1275 GATTGTCTTAGCCCAGCAGGAGAATACAATCTTCGTCTAGGGATTATTAAGGAGCTACAT 1334
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1201 GATTGTCTTAGCCCAGCAGGAGAATACAATCTTCGTCTAGGGATTATTAAGGAGCTGCAT 1260
Query 1335 CCAGATATGGTGGCAACGTATTCCGGCAG 1363
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CCAGATATGGTGGCAACGTATTCCGGCAG 1289
Score = 1216 bits (658), Expect = 0.0
Identities = 705/726 (97%), Gaps = 9/726 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1362 AGTGCTCAGGTCTTCGAAGGTCATCCTTTCATTGTTGAAGCTGGTGTTAGTTTGGGTGGA 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 AGTGCTCAGGTCTTCGAAGGTCATCCTTTCATTGTTGAAGCTGGTGTTAGTTTGGGTGGA 1419
Query 1422 AGAGACGTGAAACAGGGGATCAACATATTCCGTTTTGCAAACCGTATTCCTCTCCTTTTT 1481
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 AGAGA--T-------GGGATCAACATATTCCGTTTTGCAAACCGTATTCCTCTCCTTTTT 1470
Query 1482 GAACAAGGAGCTGATGTTGTCACCAGGACGGCCTTAAAAAGAATCAATTGGAATAGTTAT 1541
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 GAACAAGGAGCTGATGTTGTCACCAGGACTGCCTTAAAAAGAATCAATTGGAATAGTTAT 1530
Query 1542 AAGATCAACCAGACGCAAGATAAAATAGGAGTATTTGTGAGCATAGTGAGTACAAAAATT 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 AAGATCAACCAGACGCAAGATAAAATAGGAGTATTTGTGAGCATAGTGAGTACAAAAATT 1590
Query 1602 CCATTCAAAGGGACAGGGAAAGAGTACATAGGAGATGACATCAGTGAGATAGCTACTGCA 1661
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1591 CCATTCAAAGGGACAGGGAAAGAGTACATAGGAGATGACATCAGTGAGATTGCTACTGCA 1650
Query 1662 GTCAAGTCTGCAATTCAACAATGCTGCATCCAACTGAAATCCAAAATAGTCAAGAGACTG 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 GTCAAGTCTGCAATTCAACAATGCTGCATCCAACTGAAATCCAAAATAGTCAAGAGACTG 1710
Query 1722 CAAGCCCGTGAACAACAAGAGCGAAAACGCAGTTTGAGCAGATACATCCCCGATGCAACG 1781
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 CAAGCCCGTGAACAACAAGAGCGAAAACGTAGTTTGAGCAGATACATCCCCGATGCAACG 1770
Query 1782 GGGGCAGTGTACGAGGTTCTAAAACAAATGACAGAAGAACATAAAACAAAGAGAAAACGT 1841
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1771 GGGGCAGTGTACGAGGTTTTAAAACAAATGACAGAAGAACATACAACAAAGAGAAAACGT 1830
Query 1842 TACGGAGAGGAAGACATAGTTATGCTTGATAAAGTATCTAAACAGATAATCACAAAAGAA 1901
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1831 TACGGAGAGGAAGACACAGTTATGCTTAATAAAGTATCTAAACATATAATCACAAAAGAA 1890
Query 1902 ACATTGAAAGAAAAGCTAGCTGAGCATGTAGAACAGGTGGACTACGAGATGGCATTAGAG 1961
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 ACATTGAAAGAAAAGCTTGCTGAGCATGTAGAACAGGTGGACTACGAGATGGCATTAGAG 1950
Query 1962 TATGCAACACAAAGTGGAGTAAGTGAAGAACCCAGAGAAAATATATATCTCCAACACTTA 2021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1951 TATGCAACACAAAGTGGAGTAAGTGAAGAACCCAGAGAGAATATATATCTCCAACACTTG 2010
Query 2022 GATCCCAACAAATCCAACTTCATAGATCTTCATAGTCCAACTTTTGTCTTCAGGCTCATG 2081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2011 GATCCCAACAAATCCAACTTCATAGATCTTCATAGTCCAAATTTTGTCTTCAGGCTCATG 2070
Query 2082 TTGTAA 2087
||||||
Sbjct 2071 TTGTAA 2076
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83265275570
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5