BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G21300.1
Length=1912
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930087 jgi|Araly1|930087|scaffold_302544.1 2676 0.0
> Ahg930087 jgi|Araly1|930087|scaffold_302544.1
Length=1721
Score = 2676 bits (1449), Expect = 0.0
Identities = 1645/1738 (95%), Gaps = 20/1738 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 CCCGACTCGGGCTCCGTTTCAATGTTGGCCGCGACGCCTGCTCATGGACTCAGGTACGTG 71
||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCGACTCGAGCTCGGTTTCAATGTTGGCCACGACGCCTGTTCATGGACTCAGGTACGTA 60
Query 72 GTGGTGCCCACACGCTCATGGCTTCATAGGTTTCGATGCTGCTCGTCTTCTCTCGCTCCT 131
|| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 61 GT--T-CCCACACGCTCATGGCTTCATAGGTTTCGTTGCTGCTCCTCTTCTCTCGCTTCT 117
Query 132 CTCTCCCCTTCTGAATTCTCGGGCGGTAATAAAGCCCAGAAGAAGCTCAACGACGAGAAC 191
||||| |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 118 CTCTCTCCTTTTGAATCCTCCGGCGGTAATAAAACCCAGAAGAAGGTGAACGATGAG--- 174
Query 192 AACACCAACGTAAGCAATGAGAAAACGGCGCCGTATTATCCGAAACGAGGAG-AAACAGT 250
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 175 AACAGCAACGGAAGCAATGAGAAAACGGCGCCGTATTATCCGAAACGAGG-GCAAACAGT 233
Query 251 GGAGCTTGTGTGCGAGAGTTTAGGATTCAAAGGCAAAGGAATCTGTAAAGTTGATGGAAC 310
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 AGAGCTTGTGTGCGAGAGTTTAGGATTCAAAGGCAAAGGAATCTGTAAAGTTGATGGAAC 293
Query 311 TGGCTACGTCGTTATGTGTGACCGAGCTCTTCCCGGCGAACGTTTTCTTGGCCGTGTCAC 370
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 294 TGGCTTCGTCGTTATGTGTGACCGAGCTCTTCCCGGTGAACGTTTTCTCGGCCGTATCAC 353
Query 371 TCGCCGCAAAGGCAGCTATGCTGAAGTGACAAAAATGAAGACAATATCTCCACATAAGGA 430
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 354 TCGCCGTAAAGGCAGCTATGCTGAGGTGACAAAAATCAAGACGATATCTCCACATAAGGA 413
Query 431 CTTAGTAGAAGCTCCATGTGAGTATGCATCTTACTGTGGTGGTTGCAAAACTCAGAATCT 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 CTTAGTAGAAGCTCCATGTGAGTATGCATCTTACTGTGGTGGTTGCAAAACTCAGAATCT 473
Query 491 CTCTTATGAAGCTCAGCTTAGAGCTAAAGAAGAGCAAGTTCATGAGCTTATCAGACATGT 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 CTCTTATGAAGCTCAGCTTAGAGCTAAAGAAGAGCAAGTTCATGAGCTTATCAGACATGT 533
Query 551 TGGAAGGTTTTCTGATAACAATCCTGGCCTTGAGATTGTCTTGAAGCCTATTGTTGCTTG 610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 534 TGGAAGGTTTTCTGATAACAATCCTGGCCTTGAGATTGTGTTAAAGCCTATTGTTGCTTG 593
Query 611 CGATATTCAATTCCATTATCGGAATAAGATGGAGTTTTCATTTGGTCCACAAAGATGGCT 670
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 CGATATCCAATTCAATTATCGGAATAAGATGGAGTTTTCATTTGGTCCACAAAGATGGCT 653
Query 671 TCCGATTGAAATGTTAAACGAGA-GACAAGATGGTCCTAAGAACTTTGCATTGGGGCTCC 729
||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 654 TCCGATTGAAATGTTGCACGAGAAGG-AAGATGGTCCTAAGAACTTTGCATTGGGGTTAC 712
Query 730 ATGCACCTGGATTTTTTGATAAGGTTTTAAATGTTGATAAGTGCTTATTACAGAGCGAGC 789
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 713 ACGCACCTGGATTTTTTGATAAGGTTTTGAATGTCGATAAGTGCTTACTACAGAGCGAGC 772
Query 790 CAGGAAACTTGGTTCTTGCTGCTGTCCAAGATTGCTGGAGAGATCCTGAATTAAGTCTTT 849
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 773 CAGGAAACTTGGTTCTTGCTGCTGTTCAAGATTGCTGGAGAGATCCTGCATTAAGTCTTT 832
Query 850 CACCATATGATTGTCGTTCACATGTTGGGTTTCTTAAACATTTGATGCTGAGAACTGGAA 909
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 CACCATATAATTGTCGTTCACATGTTGGATTTCTTAAACATTTGATGCTGAGAACTGGAA 892
Query 910 GGAATGTGGAGACTGGTTCACTAGAACTTATGGTCAATTTTGTGACATCGTCTTATAAGC 969
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GGAATGTGGAGACTGGTTCACAAGAACTTATGGTCAATTTTGTGACATCGTCTTATAAGC 952
Query 970 CAGAGCTGTTGAAACCCCTGGTTGATAGGATTTCATCAATTCCTCAAGTGGTAAGCATTA 1029
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 953 CAGAGCTGTTGAAGCCCCTGGTTGATAGGATTTCATCAATTCCTCAAGTGGTAAGCATCA 1012
Query 1030 TGAATAATGTAAATTCTTCGGTAGGAAACACATCCGTTGGCGAAAAGGAATATACTCTTT 1089
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1013 TGAATAATGTAAATTCTTCGGTAGGAAATACATCCGTTGGCGAAAAGGAATACACTCTTT 1072
Query 1090 ATGGGAAGGATACAATCACAGAGGTCTTAAGAGGGCTTACATTTCAAATTTCAGCCAACT 1149
| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ACGGGAAAGATACAATCACAGAGGTCTTAAGAGGCCTTACATTTCAAATTTCAGCCAACT 1132
Query 1150 CTTTCTTTCAGACTAACACTCATCAGGCTGAAGTTTTATATAAGCTTATTGAGGAATCTG 1209
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1133 CTTTCTTTCAGACTAACACTTATCAGGCTGAAGTTTTATATAAGCTTATTGAGGAATCCG 1192
Query 1210 CTGGACTTAAAGGAGATGGCTCAGAAGTCGTGCTCGATCTTTTCTGTGGAACTGGTACCA 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 CTGGACTTAAAGGAGATGGCTCAGAAGTCGTGCTCGACCTTTTCTGTGGAACTGGTACCA 1252
Query 1270 TAGGCCTTACACTTGCCAGAAGGGCGAAACACGTGTATGGTTATGAAGTAGTACCACAAG 1329
|||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TAGGTCTTACACTTGCCAGAAGGGCGAAACACATATATGGTTATGAAGTAGTACCACAAG 1312
Query 1330 CAATAACAGATGCACACAAGAATGCCCAAATAAACGGCATAGAGAATGCAACATTCATCC 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CAATAACAGATGCACACAAGAATGCCCAAATAAACGGCATAGAGAATGCAACATTCATCC 1372
Query 1390 AAGGGGATCTAAACAAAATAGGAGAAGATTTTGGGAACAATTTCCCTAAGCCTGATATCG 1449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1373 AAGGGGATCTAAACAAAATAGGAGAAGATTTTGGGAACAATTTCCCTAAGCCTGATATTG 1432
Query 1450 TTATTTCTGATCCCAATCGACCTGGTATGCACATGAAGTTGATCAAGTTTCTGCTAAAGC 1509
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1433 TTATTTCTGATCCTAATCGACCTGGTATGCACATGAAGTTGATTAAGTTTCTGCTAAAGC 1492
Query 1510 TTAAATCTCCACGGATCATTTATGTTTCCTGTAATCCTGCAACCTGCGCCAGGGATCTCG 1569
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1493 TTAAATCTCCACGAATCATTTACGTTTCCTGTAATCCTGCAACCTGCGCTAGGGATCTTG 1552
Query 1570 ATTACCTCTGTCACGGCGTGGAGGAGAAGAATCTAAAAGGTTGCTACAAACTGATGAGTG 1629
| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1553 ACTACCTTTGTCATGGCGTGGAGGAGAAGAATCTCAAAGGTTGCTACAAGCTGATGAGTG 1612
Query 1630 TTCAGCCAGTGGATATGTTCCCTCACACTCCTCACATCGAATGTGTCTGCTTGTTAGAGC 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1613 TTCAGCCAGTGGATATGTTCCCTCACACTCCTCACATTGAATGTGTCTGCTTGCTAGAGC 1672
Query 1690 TTGCTTGAGCTCTATTGTCACCATGGCTGCTTCATTTGGTCTCTAATCAGATGAGAGA 1747
||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TTGCTTG---T-----G--ACCATGGCTGCTTCATTTGATCTCTAATCAGATGAGAGA 1720
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71838202070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5