BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G21380.1
Length=1662
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479659 jgi|Araly1|479659|fgenesh2_kg.3__2360__AT3G21380.1 2370 0.0
> Ahg479659 jgi|Araly1|479659|fgenesh2_kg.3__2360__AT3G21380.1
Length=1677
Score = 2370 bits (1283), Expect = 0.0
Identities = 1541/1659 (93%), Gaps = 44/1659 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACCACACCAACTCTCTCATCTCTTTTTGTCAA-C--a-aaaaaaaaaCACAGAAGTACAT 56
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ACCACACCAACTCTCTCATCTCTTTTTGTCAACCAAAGAAAAAAAAACACAGAGGTACAT 60
Query 57 ACAATGGCGGCCGCAACGATGTCTTGGGACGACGGGAAGCACATGAAGGTGAAGAGGGTG 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 61 ACAATGGCGGCCGCAACGATGTCTTGGGACGACGGGAAGCACATGAAGGTGAAAAGAGTG 120
Query 117 CAGATTACATATGAAGATGTTATCAACTCCATAGAGGCTGAATACGACGGAGACACTCAT 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAGATTACATATGAAGATGTTATCAACTCCATAGAGGCTGAATACGACGGAGACACTCAT 180
Query 177 AACCCTCACCATCACGGCACTCCTGGCAAGAAATCTGACGGCGTGAGCTTGAGCCCAGAC 236
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 AACCCTCACCGTCACGGCACTCCTGGCAAGAAATCTGACGGCGTGAGCTTGAGCCCTGAC 240
Query 237 GAGTACATAACAGATGTTACTGGCTACTACAAAACTACAGGGGCTGAAGATGCTATAGCA 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGTACATAACAGATGTTACTGGCTACTACAAAACTACGGGGGCTGAAGATGCTATAGCA 300
Query 297 GCATTGGCTTTTAAGACCAACAAAACTGAATATGGTCCTTACGGAAACAAAACAAGGAAC 356
|| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCCTTGGCTTTTAAGACCAATAAAACCGAATATGGTCCTTACGGAAACAAAACAAGGAAC 360
Query 357 CAATTCTCCATTCATGCTCCTAAAGATAATCAGATAGCTGGTTTCCAAGGAATTAGCAGC 416
||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 CAATTCTCCATTCATGCACCCAAAGATAATCAGATTGCTGGTTTTCAAGGAATTAGCAGC 420
Query 417 AATGTTCTCAACTCTATTGACGTCCACTTTGCTCCCTTACCTT---CCTCTTCGTCGTCA 473
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||
Sbjct 421 AATGTCCTCAACTCTATTGACGTCCACTTTGCTCCCTTACCTTCCCCCTCCTCCACGTCG 480
Query 474 TCGTCCAGTTTGAGTCAAGCCAACAAAGTTGATGCTCAAGGTGGGAAAGGAGGAACATCA 533
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCGTCCGGTTTGAGTCAAGCCAACAAAGTTGATGCTCAAGGTGGGAAAGGAGGAACATCA 540
Query 534 TGGGACGATGGTGCTCATGATCATGTAAGACGAGTGTACATTGGACAAGGTGATTCTGGT 593
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGGACGATGGTGCTCATGATCATGTAAGAAGAGTGTACACTGGACAAGGTGATTCTGGT 600
Query 594 GTCACTTATGTCAAGTTCGAGTACGAGAAGGACGATAAGAAGGAATCACGCGAACACGGA 653
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTCACTTATGTCAAGTTCGAGTACGAGAAGGACGGTAAGAAGGAATCACGCGAACACGGA 660
Query 654 AAGAAGACCCTT-CTAGGAGCAGAAGTGTTTGAGGTTGATCCAGACGACTACATCACATC 712
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAGAAGACC-TTGCTAGGAGCAGAAGTGTTTGAGGTTGATCCAGACGACTACATCACATC 719
Query 713 AGTGGAAGTGCAATCTGACAGGATATTTGGGCAAGACACGGAAGTTATCACCTCCTTAAT 772
|||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGTGGAGGTGCAATCCGACAAGATATTTGGGCAAGACACGGAAGTTATCACCTCCTTAAT 779
Query 773 CTTCAAAACATCCAAAGGGAAAT-TCTCACCGCCCTTTGGACTCGAGGGTTCACAGAAAT 831
||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 CTTCAAAACATCCAA-GGGAAAAATCTCACCACCCTTTGGACTCGAGGGTTCACAAAAAT 838
Query 832 ATGAACTCAAGGACAAGAATGGTGGTAAACTCGTTGGGTTCCATGGGCGAGTAGGCGGCG 891
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 839 ATGAACTCAAGGACAAGAATGGTGGCAAACTAGTTGGGTTCCATGGACGAGTAGGCG--- 895
Query 892 AACTTCTTAATGCTCTGGGAGCTTATTTCGCTCCTTCATCCGGTCGT-G--GTACCCCTT 948
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||
Sbjct 896 AACTTCTTCATGCTCTGGGAGCTTATTTCGCTCCTTCATCCGGTGGTAGTCGTACTCCTT 955
Query 949 CAGCCACTCAGCCACCTGGATCAGCTCAACCAACTGGATCAGCTGGTGCTAAGAAACTAG 1008
|||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 956 CAGCCACTCAGCCAGCTGGATCAGCTCAGTCAGCCGGATCAGCTGGTGCCAAGAAACTAG 1015
Query 1009 AAGCAAAAGGTGGTAACGTGGGAAATCCATGGGACGATGGTCCTCATGAAGGTGTGAGGA 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1016 AAGCAAAAGGTGGTAACGTGGGAAATCCATGGGACGATGGTCCTCATGATGGTGTGAGGA 1075
Query 1069 AAGTGTATATAGGTCAGGGTGATTCTGGTGTATCATACGTCAAGTTTGTCTACGACAAGG 1128
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1076 AAGTGTATATAGGTCAGGGCGATTCCGGTGTATCATACGTCAAGTTCGTCTACGACAAGG 1135
Query 1129 ACTCTAAGGAGGTCCCCGGAAATGATCATGGGAAAAGAACACTACTTGCACCTGAAGAGT 1188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 ACTCTAAGGAGGTCCCCGGAAATGATCATGGGAAAAGAACACTACTTGCACCTGAAGAGT 1195
Query 1189 TCCTTCTTGAATATCCAAACGAATATATAACATCGGTGGAGCTTAACTATGACAAAATAT 1248
|| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
Sbjct 1196 TCGTGCTTGAATATCCGAACGAACATATAACATCGGTGGAGATTAACTACGACAACATAT 1255
Query 1249 TTGGAACTGAAGGTGAAATCATAACGATGCTTAGGTTCACAACGAACAAGCGAACCTCTC 1308
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTGGAAATGAAGGTGAAATTATAACGATGCTTAGGTTCACTACTAACAAGCGAACCTCTC 1315
Query 1309 CACCTTTTGGACTTGAAGGTGCCAAAAGCGTCCTACTCAAAGAAGACGGCCACAAGATAG 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 1316 CACCTTTTGGACTTGAAGGTGCCAAAAGCGTCCTACTCAAAGAAGATGGCCACAAGGTCG 1375
Query 1369 TTGGCTTCCATGGCAAAGCGGGTGCTGACATAATTCACCAAGTTGGAGTCCATGTCAAGC 1428
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TTGGGTTCCATGGCAAAGCCGGTGCAGACATAATTCACCAAGTTGGAGTCCATGTCAAGC 1435
Query 1429 CTATTTCCAAGTGAAGTTTGTAATATTTTCTCAA-GTCCCGGTCTAATAAA-AA---TGA 1483
| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||| || |||
Sbjct 1436 CCATTTCCAAGTGAAGTTTTTAATCTTTTCTCAAAGTCTCAGTCTAATAAATAAAAATGA 1495
Query 1484 GCTATCAAAAAATCTCTGTTCTAGAAATTGTCATTGTACTTGTGTAAATGGTAA-TAAGG 1542
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1496 GCTAT-AAAAAAGCTCTGTTCTAGAAATTGTCATTGTACGTGTGTAAATGGTAAATAAGG 1554
Query 1543 TCTTTGACA-A-TATGC-TA-------CTTGTGTGTT-T--GT-TT-GTGTTTCAATGTC 1587
||||| || | | ||| || |||||||||| | || || |||||||||||||
Sbjct 1555 TCTTTCACGCACTTTGCCTATGTGTTACTTGTGTGTTGTTTGTGTTTGTGTTTCAATGTC 1614
Query 1588 TCCTTATACTGTACTGGATTGGAGTCTGTAACACTGTTT 1626
||||||| |||||| | | ||| |||||||||||||
Sbjct 1615 TCCTTATGTTGTACT---T-G-AGTTTGTAACACTGTTT 1648
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62315640820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5