BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G21540.1
Length=3022
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479673 jgi|Araly1|479673|fgenesh2_kg.3__2374__AT3G21540.1 4691 0.0
> Ahg479673 jgi|Araly1|479673|fgenesh2_kg.3__2374__AT3G21540.1
Length=2911
Score = 4691 bits (2540), Expect = 0.0
Identities = 2800/2924 (96%), Gaps = 23/2924 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGAAGGCTTACCAAAGATACGATGCAGCGACCTCTTTCGGTGTGATTTCATCTGTA 60
|||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGAAGGCTTACCTAAGATACGAGGCAGCGTCCTCTTTCGGTGTGATTTCATCTGTA 60
Query 61 GATTCGAACATAGCTTACGATTCGACGGGGAAGTATGTGCTTGCTCCGGCGTTGGAGAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATTCGAACATAGCTTACGATTCGACGGGGAAGCATGTACTTGCTCCGGCGTTGGAGAAA 120
Query 121 GTCGGAATATGGCACGTCCGGCAAGGTGTCTGCT-CCAAAACCCTAACTCCTTCCTCCTC 179
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GTCGGAATCTGGCACGTCCGTCAAGGTGTCTG-TACCAAAACCCTAAATCCTTCCTCCTC 179
Query 180 TCGCGGTGGACCATCTCTCGCCGTTACCTCTATAGCCTCCTCTGCTTCTAGCTTGGTGGC 239
|||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 180 TCGCGGCGGACCATCTCTCGCCGTTACTTCCATCGCCTCCTCTGCTTCTAGTTTGGTGGC 239
Query 240 AGTTGGGTATGCAGATGGGAGCATAAGAATATGGGATACTGAGAAAGGAACTTGTGAGGT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AGTTGGGTATGCAGATGGGAGCATAAGAATATGGGATTGTGAGAAAGGAACTTGTGAGGT 299
Query 300 TAATTTTAATAGCCATAAGGGGGCGGTGACTGCTTTGCGGTACAATAAGGTTGGATCGAT 359
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 TAATTTCAATAGTCATAAGGGGGCGGTGACTGCTTTGCGGTACAACAAGGTTGGATCGAT 359
Query 360 GCTTGCATCTGGAAGTAAAGATAATGATATTATCTTGTGGGATGTTGTTGGCGAATCAGG 419
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCTTGCGTCTGGAAGTAAAGATAATGATGTTATCTTGTGGGATGTTGTTGGCGAATCAGG 419
Query 420 TCTTTTTCGTCTCCGTGGGCACCGAGATCAGGTCACAGATCTTGTATTCTTGGATGGTGG 479
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCTTTTTCGTCTCCGTGGGCACCGTGATCAGGTCACAGATCTTGTATTCTTGGATGGTGG 479
Query 480 TAAGAAACTTGTAAGTTCATCTAAGGACAAGTTCTTGAGAGTCTGGGATCTTGAGACCCA 539
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TAAGAAACTTGTTAGTTCATCTAAGGACAAGTTCTTGAGAGTCTGGGATCTTGAGACCCA 539
Query 540 ACACTGTATGCAAATAGTTAGTGGTCATCATAGTGAAGTGTGGTCTGTTGATACTGATCC 599
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 540 ACACTGTATGCAAATAGTTAGCGGTCATCATAGTGAAGTGTGGTCTGTTGATGCTGATCC 599
Query 600 AGAGGAGAGATATGTTGTTACTGGGTCGGCTGATCAAGAACTTAGATTTTATGCTGTCAA 659
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGAGGAGAGATTTGTTGTTACTGGGTCGGCTGATCAAGAACTTAGATTTTATGCTGTCAA 659
Query 660 GGAATATTCGTCTAACGGATCATTGGTATCTGACTCAAATGCAAATGAAATCAAGGCCAG 719
|||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 660 GGAATACTCGTCTCATGGATCATTGGTATCCGATTCAAATGCAAATGAAATCAAGACCGG 719
Query 720 TGAAGAACATTCGACAGAGAACAAGTGGGAAATTCTAAAGCTGTTTGGGGAAATTCAGAG 779
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAAGAACATTTGACAGAGAACAAGTGGGAAATTTTAAAGCCGTTTGGGGAAATTCAGAG 779
Query 780 ACAAACTAAGGATAGAGTTGCGAGAGTTAGATTCAATGTTTCGGGAAAACTTCTGGCTTG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 ACAAACTAAGGATAGAGTTGCGAGAGTTAGATTCAATGTTTCGGGGAAACTTCTGGCTTG 839
Query 840 TCAAATGGCAGGTAAAACTA-TTGAAATATTCCGGGTTTTGGATGAAGCTGAGGCTAAGC 898
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCAAATGGCAGGTAAAAC-AGTTGAAATATTCCGGGTTTTGGATGAAGCTGAGGCTAAGA 898
Query 899 AGAAAGCAAAGCGTAGGCTTCGCAGAAAAGAGAAGAAGAGTTCCAAAGTGGGGGATGAAA 958
||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 899 AGAAAGCAAAGCGCAGGCTTCACAGGAAAGAGAAGAAGACTTCCAAAGTGGGGGATGAAA 958
Query 959 ATTC-AACCGCTAATGGCGAAGCAAGTGCTAAAATTGAACTAGCTGATGCTGTTTCTAGT 1017
| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 959 A-TCTAACCGCTAATGGTGAAGCAAGTGCTAAAATTGAACAAGCTGATACTGTTTCTAGT 1017
Query 1018 CCTACTGTCCTTGATGT-TTTCAAGCTCTTACAAGTCATTAGAGCTGGGAGAAAAATCAG 1076
|||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1018 CCTACTGTCCCTGATGTGTTT-AAGCTTTTACAAGTCATTAGAGCTGGCAGAAAAATCAG 1076
Query 1077 CTCTTTCTCTTTCTGTCCGACAG-CTCCAAAAGAATCCTTAGGAACATTAGCTCTCTCTT 1135
|||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1077 CTCTTTCTCTTTTTGTCC-AGTGACTCCAAAAGAATCCTTAGGAACAGTAGCTCTCTCTT 1135
Query 1136 TGAACAATAACTCACTGGAATTCTATTCCCTTAAAAGCAGCGAAAACGCGAAAACTGTTA 1195
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1136 TGAACAATAACTCCCTGGAATTCTATTCCCTTAAGAGCAGCGAAAACGAGAAAACTGTTA 1195
Query 1196 CCATTGAACACCAAGGACATCGCTCTGATGTGAGGAGTGTTACCCTCAGTGAAGACAACA 1255
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CCATTGAACACCAAGGACATCGCTCTGACGTGAGGAGTGTTACCCTCAGTGAAGACAACA 1255
Query 1256 CCCTTTTGATGTCAACCAGTCACAGTGAAGTAAAAATTTGGAATCCCAGTACAGGTTCCT 1315
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CCCTTTTGATGTCAACCAGTCATAGTGAAGTGAAAATTTGGAATCCCAGTACAGGTTCCT 1315
Query 1316 GCCTCCGGACCATTGATTCAGGATATGGATTATGCAGTTTGATTGTTCCCCAAAACAAGT 1375
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1316 GTCTCCGGACCATTGATTCAGGATATGGATTATGCAGTTTGATTGTTCCTCAAAACAAGT 1375
Query 1376 ATGGTATTGTTGGAACCAAGAGTGGGGTACTTGAAATCATTGATATAGGGAGCGCTACCA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATGGTATTGTTGGAACCAAGAGTGGGGTACTCGAAATCATTGATATAGGGAGCGCTACCA 1435
Query 1436 AAGTGGAAGAAGTGAAGGCTCATGGTGGCACTATTTGGTCAATTACACCTATTCCAAACG 1495
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1436 AAGTGGAAGAAGTGGAGGCTCATGGTGGCACTATTTGGTCAATTACAGCTATTCCAAACG 1495
Query 1496 ATAGCGGGTTTGTCACAGTCAGTGCAGATCATGAAGTCAAATTCTGGGAATACCAAGTCA 1555
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1496 ATAATGGGTTTGTCACTGTCAGTGCAGATCATGAAGTCAAATTCTGGGACTACCAAGTCA 1555
Query 1556 AACAGAAATCTGGCAAGGCGACCAAGAAACTCACTGTTTCAAATGTTAAGTCCATGAAGA 1615
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AACAGAAATCTGGCAAGGCGACCAAGCAACTCACTGTTTCAAATGTTAAGTCCATGAAGA 1615
Query 1616 TGAATGACGATGTACTTGCTGTTGCTATCAGCCCGGATGCTAAACACATAGCAGTTGCAC 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1616 TGAATGACGATGTACTTGCTGTTGCTATCAGCCCTGATGCTAAACATATAGCAGTTGCAC 1675
Query 1676 TGCTTGATTCCACAGTGAAGGTTTTCTACATGGATTCCCTAAAATTCTACCTCTCCTTAT 1735
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1676 TGCTTGATTCCACAGTGAAGGTTTTCTACATGGATTCCCTAAAATTTTACCTCTCCTTAT 1735
Query 1736 ATGGCCACAAGTTGCCTGTGATGTGCATTGACATCTCATCAGATGGAGAGTTGATTGTTA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1736 ATGGCCACAAGTTGCCTGTGATGTGCATTGACATCTCATCAGATGGAGAGTTGATTGTAA 1795
Query 1796 CTGGTTCTCAGGACAAAAATTTGAAAATTTGGGGTTTGGATTTTGGTGATTGTCATAAGT 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 CTGGTTCTCAGGACAAAAATTTGAAAATTTGGGGTTTGGATTTTGGTGATTGTCATAAGT 1855
Query 1856 CTATCTTTGCTCATGGTGACAGTGTCATGGGTGTAAAATTTGTTCGGAATACCCATTATC 1915
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CTATCTTTGCTCATGGTGACAGTGTTATGGGTGTTAAATTTGTTCGGAATACCCATTATC 1915
Query 1916 TGTTCAGCATTGGGAAAGACCGCCTCGTCAAGTATTGGGATGCTGACAAATTCGAGC-AT 1974
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1916 TATTCAGCATTGGGAAAGACCGCCTCGTCAAGTATTGGGATGCTGACAAATTCGAGCTAT 1975
Query 1975 TTGTTAACGCTTGAAGGACATCATGCAGAGATTTGGTGCCTTGCTATCAGTAACCGTGGT 2034
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1976 T-GTTAACGCTTGAAGGACATCATGCAGAGATTTGGTGCCTTGCTGTCAGTAACCGTGGT 2034
Query 2035 GATTTTCTCGTAACAGGATCTCATGACCGCTCCATGCGTCGCTGGGATCGCTCTGAAGAA 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GATTTTCTCGTAACAGGATCTCATGACCGCTCTATGCGTCGCTGGGATCGCTCTGAAGAA 2094
Query 2095 CCTTTCTTCCTCGAGGAAGAGAAGGAAAAGAGGTTAGAAGAGCTTTTTGAGTCTGAGATT 2154
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CCTTTCTTCCTCGAGGTAGAGAAAGAAAAGAGGTTAGAAGAGCTTTTTGAGTCTGAGATT 2154
Query 2155 GATAATGCAGCAGATGACAGGCATGGACCCATGGAGGAAATTCCAGAGGAAGGTGTTGCA 2214
||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GATAATG-AG--GA---CAGGCATGGACCCATGGAGGAAATTCCAGAGGAAGGTGTTGCA 2208
Query 2215 GCA---TTAGCTGGCAAGAAGACGATAGATGTTCTATCAGCTGCTGATTCAATTATAGAT 2271
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 GCAGCATTAGCTGGCAAGAAGACGATAGATATTCTATCAGCTGCTGATTCAATTATAGAT 2268
Query 2272 GCTCTGGAAGTAGCAGAAGATGAAACA-AAGCGTCATGCTGCTTATGAGGAGGAGAAAAC 2330
||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 GCTCTGGAAGTAGCAGAAGATGAAA-AGAATCGTCATGCTGCTTATGAGGAGGAGAAAAC 2327
Query 2331 AAAGGGAAAAGTTCCTGAATACCTACCCAACGCTGTGATGTTCGGGCTTTCTCCGTCCGA 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2328 AAAGGGAAAAGTTCCTGAATACCTACCCAACGCTGTGATGTTCGGGCTTTCTCCGACCGA 2387
Query 2391 ATATGTTCTCAGGGCCATCTCAAATGTGAGAACAAATGATCTTGAGCAGACTTTGCTGGC 2450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TTATGTTCTCAGGGCCATCTCAAATGTGAGAACAAATGATCTTGAGCAGACTTTGCTGGC 2447
Query 2451 TCTACCATTCTCAGATTCTTTGAAGTTTCTTTGCTACATGAAAGACTGGAGTTTAATTCC 2510
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 TCTACCATTCTCAGAATCTTTGAAGTTTCTTTGCTACATGAAAGACTGGAGTTTAATTCC 2507
Query 2511 CGAAAAGGTAGAGTTGGTTAGCAGAATCGCAACCATTATATTACAGACACATCACAACCA 2570
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 CGAAAAGGTAGAGTTGGTTTCCAGAATCGCAACCATTATATTACAGACACATCACAACCA 2567
Query 2571 GTTGGTAACAACACCATCTGCCAGACCAATCTTAAGCGTTCTCAGGGACATTCTTTACTC 2630
||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2568 GTTGGTAACAACACCGTCTGCCAGACCAGTCTTAAGCGTTCTCAGGGATATTCTGTACTC 2627
Query 2631 AGAAATCAAGGCATGCAAAGATACAATCGGTTTCAATTTGGCCGCCATGGATCATGTCAA 2690
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 AAAAATCAAGGCATGCAAAGATACAATCGGGTTCAATTTGGCCGCCATGGATCATGTCAA 2687
Query 2691 GCAAATGATGGATGCAAGATCTGATGCTCCCTTCAAAGATGCAAAGGCCAAGCTATTGGA 2750
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2688 GCAAATGATGGATTCAAGATCTGATGCTCCCTTCAAAGATGCAAAGGCCAAGCTAATGGA 2747
Query 2751 GATAAGGTCACAGCAAGCAAAACGTATGGCATCACGAGGAGATACaaagatggagaaaaa 2810
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2748 GATAAGGTCACAGCAAGCTAAACGTATGGCATCACGAGCAGATACAAAGATGGAGAAAAA 2807
Query 2811 gagaaagaagaagcagaagaaattagaggaagGACAACATGGCCATGCTTTGTTCTGAGG 2870
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2808 GAGAAAGAAGAAGCAAAAGAAATTAGAGGAAGGACAACATGGCCATGCTTTGTTCTGAAG 2867
Query 2871 ATGTAACTTTTAAAGATGGTTAATTTAAATCCAATTTTGCCTGT 2914
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 ATGTATCTTTTATGGATGGTTAATTTAAATCCAATTTTGCCTGT 2911
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114118374020
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5