BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G22150.1
Length=2985
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479727 jgi|Araly1|479727|fgenesh2_kg.3__2428__AT3G22150.1 4030 0.0
> Ahg479727 jgi|Araly1|479727|fgenesh2_kg.3__2428__AT3G22150.1
Length=2550
Score = 4030 bits (2182), Expect = 0.0
Identities = 2439/2561 (95%), Gaps = 25/2561 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATAACATAGAGAGATAGAGAGAAGAAAACAGAGCCAATAAAGGCtcttcctttttcttc 60
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1 GATAACATAGAGAGATAGATTGAAGAAAACAGAGCCAATAAAGGCTCTTCC----T-TT- 54
Query 61 ttcttcttcttcttcatcttctCAATGGCTGGATCAGCTCTACCTCTACCACCTCCTCCA 120
|||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 55 TTCTTCATCATC-TC--CTTCTCAATGGCCGGATCAGCTCTACCTCTCCCTCCGCCTCCA 111
Query 121 CCACTATCATTACAATCTCCGTCACAAAATCAAACCCGTCATTCTTCTACCTTTTCTCCA 180
|||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 CCACTATCATTACAGTCTCCGTCGCAGAATCAAACCCGTCATTCTTCTACCTTTTCTCCA 171
Query 181 CCAACCCTTACTCCTCAAACACCTTCTATCCGTTCCCGTCTTAGCAAAATCTGTCAAGAT 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 172 CCAACCCTCACTCCTCAAACACCTTCTATCCGTTCCCGTCTCAGTAAAATCTGTCAAGAT 231
Query 241 GGAAACCCACAACTTGCACGCCAATTGTTCGACGCAATTCCTAAACCAACTACTGTTCTT 300
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 232 GGAAATCCACAACTTGCACGCCAACTGTTCGACGCAATTCCTAAACCAACCACTGTTCTT 291
Query 301 TGGAACACTATCATCATCGGGTTTATTTGTAATAATCTACCACACGAAGCTCTTCTTTTC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TGGAACACTATCATCATCGGGTTTATTTGTAATAATCTACCACACGAAGCTCTTCTTTTC 351
Query 361 TATTCCCGGATGAAAAAGACGGCACCTTTTACTAATTGTGATGCTTATACTTACTCTTCT 420
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 TATTCCCGGATGAAAAAGACGGCACCTTTCACTAAATGTGATGCTTATACTTACTCTTCT 411
Query 421 ACACTCAAGGCGTGTGCTGAGACTAAGAATTTGAAAGCTGGTAAAGCTGTGCATTGTCAT 480
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 412 ACACTCAAGGCGTGTGCTGAGACGAAGAATTTGAAAGCTGGTAAAGCGGTGCATTGTCAT 471
Query 481 TTGATCCGTTGTTTACAGAATTCAAGCAGAGTTGTGCATAATTCTTTGATGAATATGTAT 540
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 TTGATCCGTTGTTTACAGAATTCAAGCAGGGTTGTGCATAATTCTTTGATGAATATGTAT 531
Query 541 GTTTCTTGTTTGAATGCTCC-----------T-GATTGTTTTGAGTATGATGTTGTGCGT 588
|||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 532 GTTTCTTGCTTGAATGGTCCTGGAAGTGAATTGGATTGTTTTGAGTATGATGTGGTGCGT 591
Query 589 AAAGTTTTCGATAATATGCGTAGGAAGAATGTTGTCGCTTGGAATACTTTGATTTCTTGG 648
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 592 AAAGTTTTCGATAATATGCGTAGGAAGAACGTTGTGGCTTGGAATACGTTGATTTCTTGG 651
Query 649 TATGTGAAAACAGGGAGAAATGCTGAAGCTTGTAGGCAATTTGGGATAATGATGAGAATG 708
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TATGTGAAAACAGGGAGAAATGCTGAAGCGTGTAGGCAATTTGGGATAATGATGAGAATG 711
Query 709 GAGGTAAAACCGAGCCCGGTTAGCTTTGTTAATGTTTTTCCTGCGGTGTCGATTTCGAGA 768
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |
Sbjct 712 GAGATAAAACCGAGCCCGGTTAGCTTTGTCAATGTTTTTCCTGCGGTGGCGACTTCTAAA 771
Query 769 AGCATTAAGAAAGCTAACGTTTTTTATGGTTTGATGCTTAAATTGGGAGATGAATATGTG 828
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 772 AGTATTAAGAAAGCTAACGTTTTTTATGGTTTGATGCTTAAATTGAGAGATGAATATGTG 831
Query 829 AAGGACTTGTTTGTGGTTAGTTCGGCTATTTCTATGTATGCTGAGCTTGGTGATATTGAG 888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 832 AAGGACTTGTTTGTGGTTAGTTCGGCTATTTCTATGTATGCTGAGCTTGGCGATCTTGAG 891
Query 889 TCATCAAGGAGAGTGTTTGATTCTTGTGTTGAGAGAAACATCGAGGTTTGGAATACAATG 948
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 892 TCATCAAGGAGAGTATTTGATTCTTGTGTTGAGAGGAACATTGAGGTTTGGAATACGATG 951
Query 949 ATAGGTGTTTATGTTCAGAATGATTGTCTGGTTGAAAGTATTGAGCTTTTTCTTGAAGCG 1008
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 ATAGGTGTTTATGTTCAGAATGATTGTCTCGTTGAAAGTATTGAGCTTTTTCTTGAAGCA 1011
Query 1009 ATAGGATCGAAAGAGATTGTGTCTGATGAAGTAACGTACCTCTTGGCAGCGAGTGCTGTT 1068
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 ATAGGATCGAAAGAGATTGTGTCTGACGAAGTAACGTTCCTCTTGGCAGCGAGTGCTGTT 1071
Query 1069 TCAGCGTTGCAGCAAGTAGAACTAGGCAGGCAGTTTCATGGTTTTGTGAGCAAGAACTTT 1128
|| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TCGGCGCTGCAGCAAGTAGAATTAGGCAGGCAGTTTCATGGTTTTGTGAGCAAGAACTTT 1131
Query 1129 CGAGAGCTACCGATTGTGATTGTTAACTCGTTGATGGTGATGTACTCAAGGTGTGGTTCT 1188
|||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 CGAGAGCTACCGGTTGTGATAATTAACTCATTGATGGTGATGTACTCAAGGTGTGGTTCT 1191
Query 1189 GTGCACAAGTCATTTGGAGTCTTTCTTTCCATGCGAGAGAGAGATGTTGTATCGTGGAAC 1248
||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1192 GTGCACAAGTCATTTGGAGTCTTTCATTCGATGAGAGAGAGAGATGTTGTATCTTGGAAC 1251
Query 1249 ACTATGATCTCTGCATTTGTCCAAAATGGCTTAGATGATGAAGGATTGATGCTGGTTTAC 1308
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 ACTATGATCTCTGCATTTGTCCAAAATGGCCTAGATGATGAAGGATTGATGCTGGTTTAC 1311
Query 1309 GAGATGCAGAAGCAAGGGTTTAAGATTGATTACATAACTGTGACAGCTTTGCTTTCGGCT 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 GAGATGCAGAAGCAAGGGTTTAAGATTGATTACATAACTGTGACAGCTTTGCTTTCGGCT 1371
Query 1369 GCATCAAATCTTAGAAACAAGGAGATCGGGAAGCAGACTCACGCTTTCCTTATCAGGCAA 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1372 GCATCAAATCTTAGAAACAAGGAGATCGGGAAGCAGACTCATGGTTTCCTTATCAGGCAA 1431
Query 1429 GGGATTCAGTTCGAGGGAATGAACAGTTACCTTATCGACATGTATTCTAAGTCAGGTCTA 1488
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1432 GGCATTCAGTTTGAGGGAATGAATAGTTACCTTATCGACATGTATGCTAAGTCAGGTCTA 1491
Query 1489 ATTAGGATATCACAGAAGCTTTTTGAAGGAAGTGGTTATGCTGAAAGAGATCAGGCTACT 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1492 ATTAGGATATCACAGAAGCTTTTTGAAGGAAGTGGCTATGCTGAAAGAGATCAAGCTACT 1551
Query 1549 TGGAATTCTATGATTTCCGGGTACACGCAGAATGGACACACAGAGAAAACGTTTCTAGTG 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1552 TGGAATTCTATGATTTCCGGGTACACGCAGAATGGACACACAGAGGAAACGTTTCTAGTG 1611
Query 1609 TTCAGGAAGATGTTAGAACAGAATATACGACCCAATGCGGTAACTGTGGCATCAATTCTC 1668
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 TTCAGGAAGATGTTAGAACAGAATATCCGACCCAATGCGGTAACTGTGGCATCAATTCTC 1671
Query 1669 CCTGCTTGTAGCCAAATAGGTAGTGTTGACTTGGGTAAACAGCTCCATGGTTTCTCTATC 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 CCTGCTTGTAGCCAAATAGGTAGTGTTGACTTAGGTAAACAGCTCCATGGTTTCTCTATC 1731
Query 1729 AGGCAATACTTGGATCAGAACGTATTTGTGGCTTCTGCGTTAGTAGATATGTATTCAAAG 1788
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 AGGCGATACTTGGATCAGAACGTATTTGTCGCTTCTGCGTTAGTAGATATGTATTCAAAG 1791
Query 1789 GCAGGAGCAATAAAGTATGCAGAAGACATGTTTTCTCAAACGAAAGAGAGAAATTCTGTG 1848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1792 GCAGGAGCAATAAAGTATGCAGAAGACATGTTTTCTCAAACGAAAGAGAGAAACTCCGTG 1851
Query 1849 ACATACACCACGATGATACTGGGGTATGGCCAACATGGAATGGGCGAGAGAGCTATCTCG 1908
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 ACATACACCACGATGATATTGGGGTATGGTCAACATGGAATGGGCGAGAGAGCTATCTCG 1911
Query 1909 CTGTTTCTCTCAATGCAAGAGTCGGGAATCAAACCCGATGCTATAACCTTTGTTGCAGTG 1968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1912 CTGTTTCTCTCAATGCAAGAGTCGGGAATCAAACCCGATGCTATCACCTTTGTTGCAGTG 1971
Query 1969 TTATCAGCTTGCAGCTATTCAGGTCTAATAGA-TGAAGGTCTCAAAATATTCGAGGAAAT 2027
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1972 TTATCAGCTTGCAGCTATTCAGGTCTAGT-GAATGAAGGTCTAAAAATATTCGAGGAAAT 2030
Query 2028 GAGAGAAGTTTATAACATTCAGCCTTCAAGTGAGCACTATTGCTGCATTACAGATATGTT 2087
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 GAGAGAAATTTATAACATTCAGCCTTCAAGTGAGCACTATTGCTGCATTACAGATATGTT 2090
Query 2088 GGGGAGAGTTGGGCGGGTGAATGAAGCCTACGAGTTTGTTAAAGGACTTGGTGAAGAAGG 2147
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 GGGGAGAGTTGGACGGGTTAATGAAGCCTACGAGTTTGTTAAAGGACTTGGTGAAGAAGG 2150
Query 2148 GAACATAGCTGAGCTATGGGGTTCACTACTCGGGTCTTGTAAACTACACGGTGAGCTTGA 2207
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2151 GAACATAGCTGAGCTGTGGGGTTCACTACTCGGGTCTTGTAGACTACACGGTGAGCTTGA 2210
Query 2208 GCTTGCTGAAACTGTTTCGGAGAGGTTGGCTAAATTTGATAAAGGGAAGAACTTTTCCGG 2267
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 GCTTGCTGAAACTGTTTCAGAGAGGTTAGCTAAATTAGATAAAGGGAAGAACTTTTCCGG 2270
Query 2268 GTATGAGGTTTTGCTCTCGAATATGTATGCTGAGGAACAAAAATGGAAGAGCGTTGATA- 2326
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2271 GTACGAGGTTTTGCTCTCGAATATGTATGCTGAGGAACAAAATTGGAAGAGCGTTGATAG 2330
Query 2327 AGGTGAGGAGAGGAATGAGAGAAAAAGGTTTAAAGAAAGAAGTTGGTCGTAGTGGGATTG 2386
|| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 AG-TGAGGAAAGGAATGAGAGAAAAGGGTTTAAAGAAAGAAGTTGGTCGTAGTGGGATTG 2389
Query 2387 AAATTGCAGGTTACGTCAACTGTTTTGTGTCTAGAGATCAAGAGCATCCTCATTCTAGTG 2446
|| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2390 AAGTTGCAGGTCATGTCAACTGTTTTGTGTCTAGAGATCAAGAGCATCCTCACTCTGGTG 2449
Query 2447 AGATTTATGATGTAATCGACGGTTTGGCTAAAGATATGAGAGGCGATTCGTTTCTGACAA 2506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 AGATTTATGATGTAATCGACGGTTTGGCTAAAGATATGAGAGGCGATTCGTTTCTGACAA 2509
Query 2507 CATTGCCAACTGTTACTCCAAGTTTGGAATTGGATGAGTGA 2547
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 CATTGCCAATTGTTACTCCAAGTTTGGAATTGGATGAGTGA 2550
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112709034955
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5