BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G22690.1
Length=2935
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479783 jgi|Araly1|479783|fgenesh2_kg.3__2484__AT3G22690.1 4041 0.0
Ahg930258 jgi|Araly1|930258|scaffold_302715.1 298 2e-79
Ahg470598 jgi|Araly1|470598|fgenesh2_kg.1__552__AT1G05870.2 122 1e-26
Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1 87.9 4e-16
Ahg336411 jgi|Araly1|336411|fgenesh1_pg.C_scaffold_1002976 65.8 2e-09
> Ahg479783 jgi|Araly1|479783|fgenesh2_kg.3__2484__AT3G22690.1
Length=2712
Score = 4041 bits (2188), Expect = 0.0
Identities = 2548/2723 (94%), Gaps = 19/2723 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGATGTTGGGTAATGTTCTTCATCTCTCTCCAATGGTGTTAGCCACCACGACGACT 60
|||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1 ATGGCGATGTTGGGGAATTTTCTTCATTTCTCTCCAATGGTGTTAG---CCATTTCGACT 57
Query 61 ACGAAACCATCTCTTCTAAACCAGAGCAAGTGTACCAAAGCCACGCCATCGTCGTTAAAG 120
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 58 TCGAAACCATCTCTTCCAAACCAGAGCAAGCGTACCAAAGCCACAACATCGTCGTTAAAG 117
Query 121 AATTGCAAAACCATAGACGAACTCAAAATGTTTCATCGTTCGCTCACGAAGCAAGGACTT 180
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||
Sbjct 118 AATTGTAAAACCATTGACGAACTCAAAATGTTTCATCTTTCGCTCACAAAGCAAGGCCTT 177
Query 181 GATAATGATGTCTCCACTATAACTAAGCTTGTAGCACGGAGTTGTGAATTGGGTACTCGT 240
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 178 GATGATGATGTCTCCGCTATAACTAAGCTTGTAGCACGAAGTTGTGAATTGGGTACACGT 237
Query 241 GAAAGTTTGAGCTTTGCTAAAGAAGTGTTTGAGAACAGTGAATCGTATGGAACTTGTTTC 300
|||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GAAAGTTTAAGTTTTGCTAAAGAAGTGTTTGAGAATGGTGAATCGTATGGAACTTGTTTC 297
Query 301 ATGTACAATTCTTTGATTCGAGGATATGCATCTTCTGGGTTATGCAACGAAGCTATATTG 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 298 ATGTACAATTCTTTGATTCGAGGATATGCATCTTCTGGGTTATGTAAAGAAGCTATCTTG 357
Query 361 TTATTTCTTCGAATGATGAATTCTGGGATTTCTCCAGATAAGTACACGTTTCCTTTTGGA 420
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTATTTATTCGAATGATGAATTCTGGGATTTCTCCAGATAAGTACACGTTTCCTTTTGGA 417
Query 421 TTGAGTGCGTGTGCGAAAAGCAGAGCGAAAGGTAATGGGATTCAGATTCATGGGTTGATT 480
||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TTGAGTGTGTGTGCGAAGAGCAGAGATAAAGGTAACGGGATTCAGATTCATGGGTTGATT 477
Query 481 GTGAAGATGGGTTATGCGAAAGATTTGTTTGTGCAGAACTCGCTGGTTCATTTTTACGCC 540
| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 478 ATTAAGATGGATTATGCGAAGGATTTGTTTGTGCAGAACTCGTTGGTTCATTTTTATGCA 537
Query 541 GAGTGTGGAGAGCTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGAGAGAAATGTT 600
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GAGTGTGGAGAGCTTCATTGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGAGAGAAATGTT 597
Query 601 GTTTCTTGGACGAGTATGATTTGTGGTTACGCGAGGCGGGATTTTGCTAAAGACGCTGTT 660
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 598 GTTTCTTGGACGAGTATGATTTGTGGGTATGCGAGGCGGGAGTTTGCGAAAGACGCTGTT 657
Query 661 GATTTGTTTTTTCGGATGGTGAGAGATGAAGAGGTGACTCCTAATTCGGTTACAATGGTG 720
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 658 GATTTGTTTTTCCGGATGGTGAGAGACGAAGAGGTGACTCCTAATTCGGTCACAATGGTG 717
Query 721 TGTGTGATATCGGCTTGTGCTAAGCTAGAGGATCTTGAGACGGGCGAGAAGGTTTATGCT 780
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 718 TGTGTCATATCGGCTTGTGCTAAGCTAGAGGATCTTGAAACGGGTGAGAAGGTTTATGCT 777
Query 781 TTTATCCGTAATTCTGGTATTGAAGTTAATGATCTTATGGTTAGTGCACTGGTTGATATG 840
|| |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 TTAATCCGTGATTCTGGGATTGAAGTTAACGACCTTATGATTAGTGCACTGGTCGATATG 837
Query 841 TACATGAAATGCAATGCCATTGATGTAGCAAAACGGCTTTTTGATGAATATGGTGCTAGT 900
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 838 TACATGAAATGCAATGCCATTGATATAGCAAAACGGCTTTTTGATGAGTATGGTGCTAGT 897
Query 901 AATTTGGATTTGTGCAATGCAATGGCATCAAATTATGTACGGCAAGGGTTAACGAGGGAG 960
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 898 AATTTGAATTTGTGCAATGCAATGGCATCAAATTATGTGCGGCAAGGATTAACGAAGGAG 957
Query 961 GCTTTAGGTGTTTTTAATCTGATGATGGACTCTGGTGTTAGACCTGATAGGATTTCGATG 1020
||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GCTCTAGGTGTCTTGAATCTAATGATGGACTCTGGTATTAGACCTGATAGGATTTCGATG 1017
Query 1021 TTGAGTGCGATTTCATCTTGTTCACAATTGAGAAATATCTTGTGGGGAAAGAGCTGTCAT 1080
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTGAGTGCGATTTCATCTTGTTCACAGTTGAGGAATATCTTGTGGGGAAAGAGCTGTCAT 1077
Query 1081 GGGTATGTATTGAGGAATGGGTTTGAGA-GTTGGGATAATATATGCAATGCGTTGATTGA 1139
||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGGTATGTACTGAGGAATGGGTTTGA-ATGTTGGGATAATATATGCAATGCGTTGATTGA 1136
Query 1140 TATGTACATGAAATGTCATAGGCAAGATACTGCGTTTAGGATCTTTGATCGGATGTCGAA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1137 TATGTACATGAAATGTCATAGGCAAGATACTGCGTTTAGGATCTTTGATCGAATGTCGAA 1196
Query 1200 CAAGACAGTGGTGACGTGGAACTCGATTGTTGCTGGCTATGTAGAGAATGGTGAGGTGGA 1259
||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1197 TAAGACTGTCGTCACATGGAATTCGATAGTTGCTGGCTATATAAAGAATGGTGAGGTGGA 1256
Query 1260 TGCAGCCTGGGAAACATTTGAA-ACCATGCCTGAGAAAAACATTGTTTCTTGGAATACGA 1318
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1257 TGCAGCCTGGGAAACATTT-AACACCATGCCTGAGAAAAACATTGTTTCTTGGAACACGA 1315
Query 1319 TTATCAGCGGTCTGGTGCAAGGAAGTTTGTTTGAGGAAGCGATTGAAGTTTTCTGTTCTA 1378
| || |||| ||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1316 TCATAAGCGCTCTGGTGCAAGAAAATATGTATGAGGAAGCGATTGAAGTTTTCCATTATA 1375
Query 1379 TGCAAAGCCAAGAGGGTGTCAATGCGGATGGTGTGACAATGATGAGTATTGCATCTGCTT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TGCAAAGCCAAGAGGGTGTCAATGCGGATGGTGTGACAATGATGAGTATTGCATCTGCTT 1435
Query 1439 GTGGGCACTTGGGAGCTCTTGATCTAGCTAAATGGATATATTACTACATTGAGAAGAACG 1498
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1436 GTGGGCACTTGGGAGCTCTTGATCTAGCAAAATGGATATATTACTACATTGAAAAGAACA 1495
Query 1499 GAATTCAGCTTGATGTCAGACTTGGTACAACCTTAGTAGATATGTTTTCTAGGTGTGGGG 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAATTCAGCTTGATGTCAGACTTGGTACAACCTTAGTAGATATGTTTTCTAGGTGTGGGG 1555
Query 1559 ATCCTGAAAGTGCTATGTCAATTTTTAATAGTTTGACAAACAGAGATGTCTCAGCTTGGA 1618
|||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATCCTGAAAGCGCAATGTCGATTTTCAATAGTTTGACAAACAGAGATGTCTCAGCTTGGA 1615
Query 1619 CAGCGGCTATAGGAGCAATGGCTATGGCAGGAAACGCTGAGCGAGCAATTGAGCTTTTCG 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CAGCGGCTATAGGAGCAATGGCTATGGCAGGAAACGCTGAGCGAGCAATTGAGCTTTTCA 1675
Query 1679 ATGATATGATTGAACAAGGGTTGAAACCAGATGGGGTTGCGTTTGTTGGAGCACTGACAG 1738
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1676 ATGAGATGATTGAACAAGGCTTGAAACCAGATGGGGTTGTGTTTGTTGGAGCATTGACAG 1735
Query 1739 CTTGCAGCCATGGTGGATTGGTCCAACAGGGTAAGGAAATTTTCTATTCGATGTTGAAAC 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||| |
Sbjct 1736 CTTGCAGCCATGGTGGATTGGTCCAACAGGGTAAGGAAATCTTCAATTCAATGGAGAAGC 1795
Query 1799 TTCATGGAGTTTCTCCAGAAGATGTGCACTATGGATGTATGGTTGATCTGCTTGGTCGAG 1858
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1796 TTCACGGAGTTTCTCCAGAAGATGTGCACTATGGATGCATGGTTGATCTGCTAGGTCGAG 1855
Query 1859 CAGGATTGTTAGAGGAAGCTGTGCAACTCATTGAGGACATGCCTATGGAGCCAAACGATG 1918
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1856 CAGGATTGTTAGAGGAAGCTCTGCAACTCATAAAGGACATGCCTACGGAGCCAAACGATG 1915
Query 1919 TGATTTGGAACTCTCTTTTAGCTGCTTGTCGTGTTCAGGGAAATGTGGAGATGGCAGCTT 1978
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TGATTTGGAATTCTCTTTTAGCTGCTTGTCGTGTTCAGGGAAATGTGGAGATGGCAGCTT 1975
Query 1979 ATGCAGCCGAGAAGATACAAGTCTTGGCTCCAGAGAGAACTGGGAGTTATGTTCTTCTGT 2038
|||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1976 TTGCAGCTGAGAAGGTACAAGTCTTAGCTCCAGAGAGAACTGGGAGCTATGTTCTTCTGT 2035
Query 2039 CAAATGTTTATGCATCAGCTGGAAGATGGAACGACATGGCGAAAGTGAGACTGAGTATGA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2036 CAAATGTTTATGCATCAGCTGGAAGATGGAACGACATGGCTAGAGTGAGACTGAGTATGA 2095
Query 2099 AGGAGAAAGGGTTACGTAAACCGCCAGGGACTAGT-TCAATACAGATTCGAGGTAAAACC 2157
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2096 AGGAGAAAGGATTACGTAAACCGCCAGGGACTAGTGT-AATACAGATTCGAGGTAAGACC 2154
Query 2158 CATGAGTTCACATCAGGGGACGAGTCACACCCTGAAATGCCAAACATAGAAGCAATGCTA 2217
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2155 CATGAGTTCACATCAGGGGATGAGTCACACCCTGAAATGCCAAAAATAGAAGCAATGCTC 2214
Query 2218 GATGAAGTTAGTCAAAGAGCGAGTCACTTAGGCCATGTACCTGATCTTAGTAATGTTCTT 2277
|||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2215 GATGAACTTAGTCAAAGAGCCACTCACTTAGGCCATGTACCAGATCTTAGTAATGTTCTG 2274
Query 2278 ATGGATGTTGATGAGA-AAGAGAAGATCTTTATGCTTAG-CAGACACAGCGAGAAACTTG 2335
|||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 2275 ATGGATGTAGATGA-ACAAGAGAAGATCTTTATGCTTAGTC-GACATAGCGAGAAACTTG 2332
Query 2336 CAATGGCCTATGGACTCATTAGCTCAAACAAAGGCACAACAATCCGAATAGTCAAGAACC 2395
||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 CAATGGCCTTTGGGCTCATTAGCTCAAACAAAGGAACAACAATCCGAATAGTCAAGAACC 2392
Query 2396 TAAGAGTATGCTCTGATTGTCATTCATTTGCAAAATTTGCATCCAAAGTATACAACAGAG 2455
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TAAGAGTATGCTCTTATTGTCATTCATTTGCAAAATTTGCATCCAAAGTATACAACAGAG 2452
Query 2456 AAATCATTCTAAGAGACAATAACCGGTTTCATTACATCCGTCAAGGGAAGTGTTCTTGCG 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2453 AAATCATTCTAAGAGACAATAACCGGTTTCATTTCATCCGTCAAGGAAAGTGTTCTTGCA 2512
Query 2516 GTGACTTCTGTTTGACGGATGACGATCTCGAAGTTCTCAAAGGTTGTTTAGATCTAGGCT 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 GTGACTTCTGTTTGACGGATGACGATCTCGAAGATCTCAAAGGTTGTTTAGATCTAGGCT 2572
Query 2576 TTGGTTTCAACTACGACGAGATCCCTGCGCTCTGCAAGACTTTACCTGCTTTAGAGCTTT 2635
||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 TTGGTTTCAGCTATGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAACACTTTACCTGCTTTAGAGCTTT 2632
Query 2636 GCTATTCAATGAGCCaaaaaaaT-TTAGACGATAAGCATACAC--CATCACTCCAATTGC 2692
|||||||||||||||| || | |||||||||||||||| || ||| | || ||||||
Sbjct 2633 GCTATTCAATGAGCCAGAAGT-TCTTAGACGATAAGCATA-ACTGCATAAGTC-AATTGC 2689
Query 2693 CAATTGGAAGATCTCTAGTCCCG 2715
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 CAATTGGAAGATCTCTAGTCCCG 2712
> Ahg930258 jgi|Araly1|930258|scaffold_302715.1
Length=289
Score = 298 bits (161), Expect = 2e-79
Identities = 201/220 (91%), Gaps = 4/220 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2193 AATGCCAAACATAGAAGCAATGCTAGATGAAGTTAGTCAAAGAGCGAG-TCACTTAGGCC 2251
||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 20 AATGCCAAAAATAGAAGCAATGCTCGACGAAATTAGCCAAAGAGCGAGTTC-CTTAGGCC 78
Query 2252 ATGTACCTGATCTTAGTAATGTTCTTATGGATGTTGATGAGAAAGAGAAGATCTTTATGC 2311
|||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 ATGTACCTGATCTTGGTAATGTTCTGATGGATGTAGATGAGAAAGAGAAGATCTTTATGC 138
Query 2312 TTAG-CAGACACAGCGAGAAACTTGCAATGGCCTATGGACTCATTAGCTCAAACAAAGGC 2370
| || | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 139 TCAGTC-GACACAGCGAGAAACTTGCAGTGGCAAATGGACTCATTAGCTCAAGCAAAGGC 197
Query 2371 ACAACAATCCGAATAGTCAAGAACCTAAGAGTATGCTCTG 2410
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 198 ACAACAGTCCAAATAGTCAAGAACCTAAGAGTATGCTCTG 237
> Ahg470598 jgi|Araly1|470598|fgenesh2_kg.1__552__AT1G05870.2
Length=1153
Score = 122 bits (66), Expect = 1e-26
Identities = 82/89 (92%), Gaps = 4/89 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2681 CACTCCAATTGCCAATTGGAAGATCTCTAGTCCCGTCGTGTGATAATCCGGATGATGTGA 2740
|||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||
Sbjct 450 CACTCCCATTGCCAATTGGAAGATCTCTAGT-CC--CG-GTGATAATCCGGATGATGTGA 505
Query 2741 AAGCTAGACTCAAATGCTGGGCACAAGCC 2769
||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 506 AAGCTAGGCTCAAATACTGGGCACAAGCC 534
> Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1
Length=2658
Score = 87.9 bits (47), Expect = 4e-16
Identities = 58/63 (92%), Gaps = 1/63 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 548 GAGAGCTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGAGAGAAATGTTGTTTCTT 607
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||
Sbjct 752 GAGAG-TTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGACTGAGAGAGATGTTATATCTT 810
Query 608 GGA 610
|||
Sbjct 811 GGA 813
> Ahg336411 jgi|Araly1|336411|fgenesh1_pg.C_scaffold_1002976
Length=1761
Score = 65.8 bits (35), Expect = 2e-09
Identities = 56/66 (85%), Gaps = 2/66 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 572 TGTTTGATGAAATGTCTGAGAGAAATGTTGTTTCTTGGAC-GAGTATGATTTGTGGTTAC 630
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||| ||
Sbjct 551 TGTTCGACGAAATGTCTGAGAGAAATGTTGTTTCTTGGACTGC-TATGCTTTCTGGGTAT 609
Query 631 GCGAGG 636
|| |||
Sbjct 610 GCTAGG 615
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110804522705
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5