BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G22980.1
Length=3161
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930298 jgi|Araly1|930298|scaffold_302755.1 4752 0.0
> Ahg930298 jgi|Araly1|930298|scaffold_302755.1
Length=3088
Score = 4752 bits (2573), Expect = 0.0
Identities = 2904/3066 (95%), Gaps = 14/3066 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGAATCTGAAGGTAGGAAAGTTAGGAACATATGTATACTAGCACATGTAGACCAC 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 21 ATGGATGATTCTGAAGGTAGGAAAGTTAGGAACATATGTATTCTGGCACATGTAGATCAC 80
Query 61 GGTAAGACGACTCTCGCCGATCACCTAATTGCTTCTTCCGGTGGCGGTGTTCTTCACCCG 120
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 81 GGTAAGACGACTCTCGCTGATCATCTAATTGCTTCTTCCGGTGGCGGTGTACTTCATCCG 140
Query 121 AGACTTGCCGGGAAGCTTAGGTTCATGGACTATCTAGATGAAGAACAGAGACGTGCAATC 180
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 141 AGGCTTGCCGGGAAGCTTAGGTACATGGACTATCTTGATGAAGAACAGAGGCGTGCAATA 200
Query 181 ACGATGAAGAGCTCTTCGATTTCTCTTA-AATATAAAGACTATTCTTTGAACCTGATTGA 239
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 201 ACGATGAAGAGCTCTTCGATTTCT-TTACGGTATAAGGACTATTCTTTAAACCTGATTGA 259
Query 240 TTCTCCTGGTCATATGGATTTCTGTAGTGAAGTCTCAACAGCTGCTCGGTTAAGTGACGG 299
||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 260 TTCCCCTGGGCATATGGATTTCTGTAGTGAAGTTTCGACAGCTGCTCGGTTAAGTGATGG 319
Query 300 TGCGTTGGTTTTGGTTGATGCTGTTGAGGGAGTTCATATTCAAACGCATGCTGTGTTGCG 359
|||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 320 GGCGTTGGTTTTGGTTGATGCTGTTGAAGGTGTACATATTCAGACGCATGCTGTGTTGCG 379
Query 360 TCAAGCTTGGATAGAGAAGTTGACTCCTTGTTTGGTGCTTAATAAGATTGATAGGTTGAT 419
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 380 TCAAGCTTGGATTGAGAAGTTGACTCCTTGTTTGGTGCTTAATAAGATTGATCGGTTGAT 439
Query 420 TTTTGAGTTGAGGTTGAGTCCTATGGAGGCGTATACTCGTTTGATTAGGATTGTTCATGA 479
|| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TTGTGAGTTGAGGTTGAGCCCTATGGAAGCGTATACCCGTTTGATTAGGATTGTTCATGA 499
Query 480 GGTTAACGGGATTGTGAGTGCGTATAAGTCAGAGAAGTATTTGTCGGATGTTGATTCTAT 539
|||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 500 GGTTAATGGGATTGTGAGCGCGTATAAGTCGGAGAAGTATTTGTCGGATGTTGACTCTAT 559
Query 540 ACTTGCTAGTCCTTCAGGG-GAGTTGTCTGCTGAGAGTCTTGAGTTGTTGGAGGATGATG 598
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 ACTTGCTAGTCCTTC-GGGTGAGTTGTCTGCTGAGAGTCTTGAGTTGTTGGAGGATGATG 618
Query 599 AAGAAGTTACTTTTCAGCCTCAGAAAGGTAATGTAGTATTCGTGTGTGCTTTAGACGGGT 658
||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 619 AAGAAGTTACTTTTCAGCCTCAGAAGGGTAATGTGGTCTTCGTGTGTGCTTTGGACGGGT 678
Query 659 GGGGTTTTGGGATTGCGGAGTTTGCTAATTTTTATGCCTCCAAGCTTGGAGCTAGTGCGA 718
||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 GGGGTTTCGGGATTGCAGAGTTTGCTAATTTCTATGCTTCCAAGCTTGGAGCTAGTGCGA 738
Query 719 CTGCGTTGCAGAAATCGTTATGGGGTCCTCGTTATTATATTCCTAAGACTAAGATGATAG 778
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 739 CTGCGTTGCAGAAATCATTATGGGGTCCTCGTTATTATATTCCTAAAACTAAGATGATTG 798
Query 779 TAGGGAAGAAGAATTTAAGTGCTGGAAGCAAGGCGAAACCAATGTTTGTGCAGTTTGTGC 838
|||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 TAGGCAAGAAGTCTTTAAGTGCAGGAAGCAAGGCAAAACCAATGTTTGTGCAGTTTGTGC 858
Query 839 TTGAGCCTTTGTGGCAGGTTTATGAAGCTGCACTAGATCCTGGTGGGGATA-AAGCCGTT 897
|||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| || |||||
Sbjct 859 TTGAGCCTTTGTGGCAGGTTTACGAGGCAGCACTAGATCCCGGTGGGGATAGAA-CCGTT 917
Query 898 CTTGAGAAAGTTATCAAATCTTTCAATTTGTCTATTCCACCACGCGAACTTCAGAACAAG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 918 CTTGAGAAAGTTATCAAATCTTTCAATTTGTCTATTCCACCACGTGAACTTCAGAACAAG 977
Query 958 GATCCAAAAAACGTGCTTCAATCGGTGATGAGCCGTTGGCTTCCTCTGTCTGATGCAGTC 1017
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 978 GATCCAAAAAACGTGCTTCAATCAGTGATGAGCCGTTGGCTTCCTTTGTCGGATGCAGTC 1037
Query 1018 TTGTCTATGGCTGTGAAACATCTGCCAGACCCCATTGCAGCACAGGCATATAGAATCCCA 1077
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 TTGTCTATGGCTGTGAAACATCTGCCAGATCCCATTGCAGCACAGGCATATAGAATCCCG 1097
Query 1078 CGCTTGGTTCCAGAAAGGAAAATTATTGGTGGTGATGATGTTGATTCAAGTGTCCTGGCA 1137
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1098 CGCTTGGTTCCAGAGAGGAAAATTATCGGTGGTGATGATGTTGATTCAAGTGTCCTTGCA 1157
Query 1138 GAAGCAGAGCTTGTTAGAAAATCAATCGAGGCTTGTGATTCTAGCAGTGACAGTCCTTGT 1197
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1158 GAAGCAGAGCTTGTTAGAAAATCAATTGAGGCTTGTGATTCTAGCCGTGACAGCCCTTGT 1217
Query 1198 GTTGTGTTTGTGTCGAAAATGTTTGCTATTCCAATGAAAATGATTCCTCAAGATGGAAAT 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 GTTGTGTTTGTGTCGAAAATGTTTGCTATTCCCCTGAAAATGATTCCTCAAGATGGAAAT 1277
Query 1258 CACAGAGAGAGGATGAACGGTTTAAATGATGATGACAGTAAAAGCGAGTCAGATGAGTGC 1317
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1278 CACAGGGAGAGGATGAACGGTTTAAATGACGAGGACAGTAAAAGCGAGTCGGATGAGTGC 1337
Query 1318 TTCCTTGCATTTGCTAGGATCTTTAGCGGGGTACTTCGGGCTGGGCAAAGAGTCTTTGTA 1377
|||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1338 TTCCTTGCATTTGCTAGGATCTTTAGTGGAGTTCTTCGCGCCGGGCAAAGAGTCTTTGTA 1397
Query 1378 ATTACCGCCCTATATGATCCCCTCAAGGGGGAATCGTCTCACAAGTACATTCAGGAAGCA 1437
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1398 ATTACCGCTCTATATGATCCCCTCAAGGGTGAATCGTCTCAGAAGTACATTCAGGAGGCA 1457
Query 1438 GAACTGCATTCCCTATATCTTATGATGGGGCAAGGTTTAACACCAGTAACAGAGGTGAAA 1497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1458 GAACTGCATTCCCTATATCTTATGATGGGGCAAGGTTTAACACCAGTAACTGAGGTGAAA 1517
Query 1498 GCCGGAAATGTAGTGGCCATAAGAGGGCTTGGACCATATATATCAAAAAGCGCAACACTC 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 GCCGGAAATGTAGTGGCCATAAGAGGGCTTGGACCATATATATCAAAAAGCGCAACACTT 1577
Query 1558 TCATCTACTAGAAACTGTTGGCCCTTAGCCAGCATGGAGTTTCAGGTGTCTCCCACTCTT 1617
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1578 TCATCTACTAGAAACTGCTGGCCTTTAGCCAGCATGGAGTTTCAGGTCTCTCCCACTCTT 1637
Query 1618 AGAGTTGCGATTGAACCATCGGATCCTGCAGATATGAGTGCTCTGATGAAAGGTCTAAGA 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1638 AGAGTTGCGATTGAACCATCGGATCCTGCAGATATGAGTGCTTTGATGAAAGGTCTAAGA 1697
Query 1678 CTTCTAAACCGAGCAGATCCATTTGTGGAGATTACAGTGTCTGCTAGAGGAGAACATGTA 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 CTTCTAAACCGAGCAGATCCATTTGTGGAGATTACAGTGTCTGCTAGAGGAGAACATGTG 1757
Query 1738 CTTGCTGCTGCTGGAGAGGTTCATCTTGAAAGATGCGTTAAGGATTTAAAAGAGAGATTT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 CTTGCTGCTGCTGGAGAGGTTCATCTTGAAAGATGCATTAAGGATTTAAAAGAGAGATTT 1817
Query 1798 GCAAAAGTGAACCTAGAAGTCTCTCCACCTCTCGTGTCCTACAGGGAGACCATTGAAGGT 1857
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GCAAAAGTGAACCTAGAAGTCTCTCCGCCTCTCGTGTCCTACAGGGAGACCATTGAAGGT 1877
Query 1858 GATGGATCTAATCTTTTGGAAAGTTTGAGATCTCTAAGCTTGAATTCTTCGGATTACATC 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1878 GATGGATCTAATCTTTTGGAAAGTTTGAGATCTCTAAGCTTGAATACTTCGGATTACATC 1937
Query 1918 GAGAAGAGAACTCCAAATGGCAGATGCATTATCAGAGTACATGTCATGAAACTACCACAC 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1938 GAGAAGAGAACTCCAAATGGCAGATGCATTATCAGAGTACATGTCATGAAACTACCGCAC 1997
Query 1978 GCTCTAACCAAGCTGCTTGATGAGAACACTGAATTACTTGGTGACATAATTGGAGGTAAA 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 TCTCTAACCAAGCTGCTTGATGAGAACACTGAATTGCTTGGTGACATAATTGGAGGTAAA 2057
Query 2038 GGCAGTCATAGCGTTAAGATTCTAGAATCCCAAAAGCCAAGCCTCGGGGAGAATGTGGAT 2097
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2058 GGCAGTCATAGCGTTAAGATACTAGAATCCCAAAACCCAAGCCTCGGAGAAAATGTGGAT 2117
Query 2098 CCCATCGAAGAATTGAAGAAACAGTTAG-TTGAAGCTGGCGTTTCATCAAGTTCTGAAAC 2156
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CCCATCGAAGAATTGAAGAAACAGTT-GATTGAAGCTGGTGTTTCATCAAGTTCTGAAAC 2176
Query 2157 CGAAAAGGATCGCGAAAAATGTAAAACCGAATGGTCGAAACTGCTCAAGAGAATTTGGGC 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2177 CGAAAAGGATCGCGAAAAATGTAAAACCGAATGGTCGAAACTGCTCAAGAGGATTTGGGC 2236
Query 2217 GCTTGGTCCAAGAGAAAAAGGTCCAAACATACTATTCGCTCCAGATGGTAAAAGAATC-G 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2237 GCTTGGTCCAAGAGAAAAAGGTCCAAACATACTATTCGCTCCAGATGGTAAAAGAATCAG 2296
Query 2276 CCGAGGATGGATCAATGCTTGTAAGAGGCTCTCCTCATGTCTCTCAGAGACTTGGCTTCA 2335
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2297 -AGAGGATGGATCAATGCTCGTAAGAGGCTCTCCTCATGTCTCTCAGAGACTTGGCTTCA 2355
Query 2336 CAGAAGATTCTACTGAGACACCTGCAGA-AGTATCTGAAACAGCATTGTACAGTGAAGCA 2394
||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2356 CAGAAGATTCTACTGAGACACCTTCAGATA-TATCTGAAACAGCATTGTACACCGAAGCA 2414
Query 2395 CTGACCCTCGAGAGCAGCATCGTCTCGGGTTTTCAGCTAGCGACAGCATCAGGACCTCTT 2454
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 CTGACTCTCGAGAGCAGCATCGTCTCGGGCTTTCAGCTAGCGACAGCATCAGGACCTCTA 2474
Query 2455 TGTGATGAACCAATGTGGGGATTAGCTTTCACCATTGAATCTCATCTCGCTCCCGCAGAA 2514
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 TGCGATGAACCAATGTGGGGATTAGCTTTCACCATTGAGTCTCATCTCGCTCCCGCAGAA 2534
Query 2515 GATGTTGAAACAGATAAACCCGAAAACTTTGGCATTTTCACAGGACAAGTCATGACAGCT 2574
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 GATTTTGAAACAGATAAACCCGAAAACTTTGGCATTTTCACAGGACAAGTCATGACAGCT 2594
Query 2575 GTCAAAGACGCATGTAGAGCCGCCGTGCTCCAGACAAATCCACGTATCGTCGAAGCAATG 2634
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2595 GTCAAAGACGCATGTAGAGCCGCCGTGCTTCAGACAAATCCACGTATTGTCGAAGCAATG 2654
Query 2635 TACTTCTGCGAACTGAACACTGCACCTGAGTATCTTGGTCCAATGTACGCTGTTCTAAGC 2694
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2655 TACTTCTGTGAACTGAACACGGCACCTGAGTATCTTGGTCCGATGTACGCGGTTCTAAGC 2714
Query 2695 AGAAGACGAGCTAGAATACTCAAGGAAGAAATGCAAGAAGGGTCGTCTTTATTCAC-AGT 2753
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | |
Sbjct 2715 AGAAGACGAGCTAGAGTGCTCAAGGAAGAAATGCAAGAAGGGTCATCCCTGTTCACTA-T 2773
Query 2754 CCACGCGTATGTTCCAGTTTCAGAAAGCTTCGGGTTTGCAGACGAGCTGAGAAAAGGAAC 2813
|||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2774 CCACACGTACGTGCCTGTTTCGGAAAGCTTCGGTTTTGCTGACGAGCTAAGAAAAGGAAC 2833
Query 2814 GTCTGGTGGCGCGAGTGCTCTGATGGTTCTGAGCCATTGGGAAATGCTCGAGGAAGACCC 2873
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2834 GTCTGGTGGTGCAAGTGCTCTGATGGTTCTGAGCCATTGGGAAATGCTCGAGGAAGATCC 2893
Query 2874 CTTCTTTGTTCCCAAAACCGAAGAAGAGATCGAGGAGTTTGGTGACGGAGCAAGCGTGCT 2933
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2894 CTTCTTTGTTCCCAAAACCGAAGAAGAAATCGAGGAGTTTGGTGATGGAGCAAGCGTTCT 2953
Query 2934 TCCAAACACCGCGAGGAAACTCATCAACGCCGTACGACGTAGGAAAGGATTACACGTTGA 2993
||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2954 TCCGAACACAGCGAGGAAGCTCATCAACGCCGTACGTCGCAGGAAAGGATTACACGTTGA 3013
Query 2994 GGAGAAAGTGGTTCAATACGCCACTAAACAAAGAACCTTGGCTCGTAAAGTTTGAGTTTA 3053
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 GGAGAAAGTGGTTCAACACGCCACTAAACAAAGAACCTTGGCTCGTAAAGTTTGAGTTTT 3073
Query 3054 TATTTT 3059
| ||||
Sbjct 3074 TTTTTT 3079
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119412918075
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5