BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23020.1
Length=2529
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479811 jgi|Araly1|479811|fgenesh2_kg.3__2512__AT3G23020.1 3947 0.0
Ahg497210 jgi|Araly1|497210|fgenesh2_kg.57__1__AT3G23020.1 3873 0.0
Ahg930303 jgi|Araly1|930303|scaffold_302760.1 603 3e-171
Ahg930305 jgi|Araly1|930305|scaffold_302762.1 309 6e-83
Ahg930304 jgi|Araly1|930304|scaffold_302761.1 303 3e-81
Ahg952309 jgi|Araly1|952309|scaffold_5700002.1 261 2e-68
> Ahg479811 jgi|Araly1|479811|fgenesh2_kg.3__2512__AT3G23020.1
Length=2526
Score = 3947 bits (2137), Expect = 0.0
Identities = 2405/2535 (95%), Gaps = 15/2535 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTCTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTTTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
Query 61 TTACCGATTTCTTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCTTTCAAGAAATTGAAGCAGAATTAC 120
||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TTACCGA--T-TTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCCGTCAAGAAAGTGAAGCAGAATTAC 117
Query 121 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACAGA 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 118 GTACCAGGAACTCACGACAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACCGA 177
Query 181 GGTTGTGGTACCGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTAGTAAACCCA 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 178 GGTTGTGGTACTGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTTGTAAACCCA 237
Query 241 AGTAATGGTTGCGTCGGAAAATCAGGGATCA-TTGATGGGTTTGTTGATAAGAGAAGTAA 299
||||||| |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 238 GGTAATGGCAGCGTCGGAAAATCAGGTTTTAGTT-ATGGGTTTGTTGATAGGAGAAGTAA 296
Query 300 AGAT-GCGAGATTTGGTGGGAATGGTTTGGTTAGTGAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGA 358
|||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AGATGGCG-GGTTTGGAGGGAATGGTATGGTTGGTAAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGA 355
Query 359 AACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTTTAGAAGCTTTGGATAGTATTGAAG 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |
Sbjct 356 AACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTCTAGAGGCTTTGGATTGTATTGAGG 415
Query 419 ATGTTGAAGATGCGTTGAGTCCGTGGGCAGAGAGGCTTAGTAACAAGGAGAGAACGATTA 478
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 416 ATGTTGAAGATGCGTTGAGTCCTTGGGCAGAGAAGCTTAGTAACAAGGAGAGGACGATTA 475
Query 479 TATTAAAGGAGCAGATACATTGGGAGAGAGCGGTGGAGATATTCGAATGGTTTAAGAGTA 538
| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 476 TTTTAAAGGAGCAGACGCGGTGGGAGAGAGCGGTGGAGATTTTCGAGTGGTTTAAGAGTA 535
Query 539 AAGGTTGCTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGC-TCAGGATACTTGGGAAA 597
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 536 AGGGTTGTTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGCTTC-GGATACTTGGGAAA 594
Query 598 GCTTGTAAGTGGAGGTATGTACAGAGTTTATGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATCAAG 657
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GCTTGTAAATGGAGGTATGTGCAGAGTTTGTGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATCAAG 654
Query 658 CCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAAGTA 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 CCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAAGTA 714
Query 718 CATGCGCTTTGTTGGTTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTAACA 777
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 715 CATGCGCTTTGTTGGCTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTTACG 774
Query 778 ACAGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAGAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCAGAGGAGTTT 837
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 775 ACGGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAAAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCGGAGGAGTTT 834
Query 838 TTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCTTAT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCTTAT 894
Query 898 ACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAAGCTTCAGAG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 895 ACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAGGCTTCAGAG 954
Query 958 ACGTTTAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACCATG 1017
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 ACGTTCAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACCATG 1014
Query 1018 ATTCATATTTATGGCAATAATGGTCAGCTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACAATG 1077
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATTCATGTTTATGGCAATAATGGTCAGTTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACAATG 1074
Query 1078 AAGCTTCATTGTGCACCTGATACAAGAACGTATAACATTCTGATTTCACTTCACACGAAG 1137
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AAGTTTCATTGCGCACCTGATACAAGAACATATAACATTCTGATTTCACTTCACACGAAG 1134
Query 1138 AACAACGATATAGAAAGGGCAGG-AGCCTACTTCAAGGAAATGAAAGACGATGGGCTTAA 1196
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1135 AACAACGATATAGAAAGGGCAGGGA-CCTACTTCAAGGAAATGAAAGGCGCTGGGCTTAA 1193
Query 1197 ACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTATATGCATTCTCGATTAGACATATGGTTGA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 ACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTCTATGCATTCTCGATTAGACATATGGTTGA 1253
Query 1257 GGAAGCTGAAGGGCTTATAGCTGAGATGGATGATGATAATGTTGAGATAGATGAGTATAC 1316
||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1254 GGAAGCTGAAGAGCTTATAGCAGAGATGGATGATAATGATGTTGAGATTGATGAGTATAC 1313
Query 1317 ACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATGTAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTCATG 1376
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 ACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATATAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTCATG 1373
Query 1377 GTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACATCGA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1374 GTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACATTGA 1433
Query 1437 TGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCTGAGAGAGTGTTTATCTGCTGCCAAGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1434 TGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCCGAGAGGGTATTTATCTGCTGCCAAGA 1493
Query 1497 AGTGAATAAGAGAACAGTTATTGAGTACAATGTAATGATCAAAGCGTATGGAATTAGTAA 1556
||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1494 AGTAAATAAGAGAACAGTTCTTGAGTACAACGTAATGATCAAAGCTTATGGAATTAGTAA 1553
Query 1557 AAGCTGTGAAAAGGCATGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACCGGA 1616
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 AAGCTGTGAAAAGGCGTGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACCGGA 1613
Query 1617 TAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGTGCCGACATGCCTCATAAAGG 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1614 TAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGCGCCGACATGCCTGATAAAGC 1673
Query 1677 TAGATGCTACTTGGAGAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGCATACCATACTG 1736
| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1674 CAAATGCTACCTGGAAAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGTATACCTTACTG 1733
Query 1737 TGCTGTGATATCGAGCTTTGTGAAACTCGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTATAA 1796
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TGCTGTGATTTCGAGCTTTGTGAAACTGGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTATAA 1793
Query 1797 AGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCTGATGTTGTTGTATATGGAGTCTTGATCAATGC 1856
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1794 AGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCCGATGTTGTTGTATATGGCGTCTTGATCAATGC 1853
Query 1857 TTTTGCAGATACTGGAAATGTTCAGCAAGCTATGAGTTACGTAGAAGCGATGAAAGAAGC 1916
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 TTTTGCGGATACTGGAAACGTTCAGCAAGCTATGAGTTATGTAGAAGCGATGAAAGAAGC 1913
Query 1917 TGGAATCCCGGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATTAAGCTCTACACCAAAGTCGG 1976
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1914 TGGAATTCCGGAAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATCAAGCTCTACACTAAAGTCGG 1973
Query 1977 GTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCAATCGTGTAACAAGACGCA 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 1974 GTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCGATCGTGTAACGAGACACA 2033
Query 2037 ATATCCGGATGTATATACATCAAACTGTATGATCAACCTGTATAG-CGAAAGATCGATGG 2095
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2034 GTATCCGGATGTATATACATCAAATTGTATGATCAACCTGTATAGTC-AAAGATCGATGG 2092
Query 2096 TGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAAGCAAACGAGTTTA 2155
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TGAGAAAAGCGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAAGCAAACGAGTTTA 2152
Query 2156 CCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAAGAAGCGACTCAGA 2215
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 CCTTCGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTAGGTTTGAAGAAGCGACTCAGA 2212
Query 2216 TAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGCTACAACAGCGTTC 2275
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2213 TAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAGGATTCTAACTGATCCGTTGAGTTATAACAGCGTTC 2272
Query 2276 TCGGCTTAT-TCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGATG 2334
|||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 TCGGTTTATAT-GCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGATG 2331
Query 2335 GTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTAGGAACCATTCTGATG 2394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2332 GTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTTGGAACCATTTTGATA 2391
Query 2395 AAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATC 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 AAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATT 2451
Query 2455 AAGCGAGGATTAGAGCTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGGAGATTGT 2514
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2452 AAGCGAGGATTAGAATTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGAAGATTGC 2511
Query 2515 GTCGACGAGCTTTAG 2529
| ||||||||||||
Sbjct 2512 GAGGACGAGCTTTAG 2526
> Ahg497210 jgi|Araly1|497210|fgenesh2_kg.57__1__AT3G23020.1
Length=2529
Score = 3873 bits (2097), Expect = 0.0
Identities = 2393/2537 (94%), Gaps = 16/2537 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTCTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTTTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
Query 61 TTACCGATTTCTTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCTTTCAAGAAATTGAAGCAGAATTAC 120
||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TTACCGA--T-TTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCCGTCAAGAAAGTGAAGCAGAATTAC 117
Query 121 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACAGA 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 118 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGAAAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACCGA 177
Query 181 GGTTGTGGTACCGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTAGTAAACCCA 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 178 GGTTGTGGTACTGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTTGTAAACCCA 237
Query 241 AGTAATGGTTGCGTCGGAAAATCAGGGATCATTGATGGGTTTGTTGATAAGAGAAGTAAA 300
||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 238 GGTAATGGCAGCGTCGGAAAATCAGGTTTTAGTGATGGGTTTGTTGATAGGAGAAGTAAA 297
Query 301 GAT-GCGAGATTTGGTGGGAATGGTTTGGTTAGTGAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGAA 359
||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GATGGCG-GGTTTGGAGGGAATGGTATGGTTGGTAAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGAA 356
Query 360 ACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTTTAGAAGCTTTGGATAGTATTGAAGA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||
Sbjct 357 ACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTCTAGAGGCTTTGGATTGTATTGAGGA 416
Query 420 TGTTGAAGATGCGTTGAGTCCGTGGGCAGAGAGGCTTAGT-A-ACAA-GGAGAGAACGAT 476
||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | | | ||| |||||| |||||
Sbjct 417 TGTTGAAGATGCGTTGATTCCGTGGTCAGAGAAGCTGACTGACCCAATGGAGAGGACGAT 476
Query 477 TATATT-AAAGGAGCAGATACATTGGGAGAGAGCGGTGGAGATATTCGAATGGTTTAAGA 535
||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 477 TATTTTAAAAGGAGCAGACGCGGTGGGAGAGAGCGGTGGAGAT-TTCGAGTGGTTTAAGA 535
Query 536 GTAAAGGTTGCTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGC-TCAGGATACTTGGG 594
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 536 GTAAGGGTTGTTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGCTTC-GGATACTTGGG 594
Query 595 AAAGCTTGTAAGTGGAGGTATGTACAGAGTTTATGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATC 654
||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AAAGCTTGTAAATGGAGGTATGTGCAGAGTTTGTGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATC 654
Query 655 AAGCCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAA 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AAGCCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAA 714
Query 715 GTACATGCGCTTTGTTGGTTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTA 774
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTACATGCGCTTTGTTGGCTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTT 774
Query 775 ACAACAGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAGAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCAGAGGAG 834
|| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 775 ACGACGGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAAAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCGGAGGAG 834
Query 835 TTTTTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TTTTTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCT 894
Query 895 TATACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAAGCTTCA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 895 TATACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAGGCTTCA 954
Query 955 GAGACGTTTAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACC 1014
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAGACGTTCAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACC 1014
Query 1015 ATGATTCATATTTATGGCAATAATGGTCAGCTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACA 1074
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATGATTCATGTTTATGGCAATAATGGTCAGTTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACA 1074
Query 1075 ATGAAGCTTCATTGTGCACCTGATACAAGAACGTATAACATTCTGATTTCACTTCACACG 1134
|||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATGAAGTTTCATTGCGCACCTGATACAAGAACATATAACATTCTGATTTCACTTCACACG 1134
Query 1135 AAGAACAACGATATAGAAAGGGCAGG-AGCCTACTTCAAGGAAATGAAAGACGATGGGCT 1193
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1135 AAGAACAACGATATAGAAAGGGCAGGGA-CCTACTTCAAGGAAATGAAAGGCGCTGGGCT 1193
Query 1194 TAAACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTATATGCATTCTCGATTAGACATATGGT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1194 TAAACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTCTATGCATTCTCGATTAGACGTATGGT 1253
Query 1254 TGAGGAAGCTGAAGGGCTTATAGCTGAGATGGATGATGATAATGTTGAGATAGATGAGTA 1313
| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1254 TAAGGAAGCTGAAGAGCTTATAGCAGAGATGGATGATAATGATGTTGAGATTGATGAGTA 1313
Query 1314 TACACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATGTAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTC 1373
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 TACACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATATAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTC 1373
Query 1374 ATGGTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACAT 1433
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 ATGGTTCAGAAGGGTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACAT 1433
Query 1434 CGATGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCTGAGAGAGTGTTTATCTGCTGCCA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1434 TGATGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCCGAGAGGGTATTTATCTGCTGCCA 1493
Query 1494 AGAAGTGAATAAGAGAACAGTTATTGAGTACAATGTAATGATCAAAGCGTATGGAATTAG 1553
|||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1494 AGAAGTAAATAAGAGAACAGTTCTTGAGTACAACGTAATGATCAAAGCTTATGGAATTAG 1553
Query 1554 TAAAAGCTGTGAAAAGGCATGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACC 1613
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 TAAAAGCTGTGAAAAGGCGTGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACC 1613
Query 1614 GGATAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGTGCCGACATGCCTCATAA 1673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1614 GGATAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGCGCCGACATGCCTGATAA 1673
Query 1674 AGGTAGATGCTACTTGGAGAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGCATACCATA 1733
|| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1674 AGCCAAATGCTACCTGGAAAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGTATACCTTA 1733
Query 1734 CTGTGCTGTGATATCGAGCTTTGTGAAACTCGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTA 1793
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CTGTGCTGTGATTTCGAGCTTTGTGAAACTGGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTA 1793
Query 1794 TAAAGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCTGATGTTGTTGTATATGGAGTCTTGATCAA 1853
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1794 TAAAGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCCGATGTTGTTGTATATGGCGTCTTGATCAA 1853
Query 1854 TGCTTTTGCAGATACTGGAAATGTTCAGCAAGCTATGAGTTACGTAGAAGCGATGAAAGA 1913
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1854 TGCTTTTGCGGATACTGGAAACGTTCAGCAAGCTATGAGTTATGTAGAAGCGATGAAAGA 1913
Query 1914 AGCTGGAATCCCGGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATTAAGCTCTACACCAAAGT 1973
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1914 AGCTGGAATTCCAGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATCAAGCTCTACACTAAAGT 1973
Query 1974 CGGGTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCAATCGTGTAACAAGAC 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1974 CGGGTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCGATCGTGTAACGAGAC 2033
Query 2034 GCAATATCCGGATGTATATACATCAAACTGTATGATCAACCTGTATAGCGAAAGATCGAT 2093
|| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2034 ACAGTATCCGGATGTATATACCTCACATTGTATGAACAACCTGTGTAGTGAAAGATCGAT 2093
Query 2094 GGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAAGCAAACGAGTT 2153
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2094 GGTGAGAAAAGCGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAAGCAAACGAGTT 2153
Query 2154 TACCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAAGAAGCGACTCA 2213
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TACCTTCGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTAGGTTTGAAGAAGCGACTCA 2213
Query 2214 GATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGCTACAACAGCGT 2273
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2214 GATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAGGATTCTAACTGATCCGTTGAGTTATAACAGCGT 2273
Query 2274 TCTCGGCTTAT-TCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGA 2332
|||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 TCTCGGTTTATAT-GCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGA 2332
Query 2333 TGGTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTAGGAACCATTCTGA 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2333 TGGTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTTGGAACCATTTTGA 2392
Query 2393 TGAAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGA 2452
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TAAAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGA 2452
Query 2453 TCAAGCGAGGATTAGAGCTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGGAGATT 2512
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2453 TTAAGCGAGGATTAGAATTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGAAGATT 2512
Query 2513 GTGTCGACGAGCTTTAG 2529
| | ||||||||||||
Sbjct 2513 GCGAGGACGAGCTTTAG 2529
> Ahg930303 jgi|Araly1|930303|scaffold_302760.1
Length=494
Score = 603 bits (326), Expect = 3e-171
Identities = 377/401 (94%), Gaps = 6/401 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2074 CTGTATAGCGAAAGATCGATGGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAG 2133
||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 9 CTGTAAAGTGAAAGATCCATGGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAG 68
Query 2134 AGAGGAGAAGCAAACGAGTTTACCTTTGC---GATG--A-TGTTATGTATGTACAAGAAG 2187
||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 69 AGAAGAGAAGCGAACGAGTTTACCTTTGCGATGATGTTATTGTTATGTATGTACAAGAAG 128
Query 2188 AACGGTCGGTTTGAAGAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTA 2247
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 AACGGTAGGTTTGAAGAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTC 188
Query 2248 ACTGATCCGTTGAGCTACAACAGCGTTCTCGGCTTATTCGCTTTAGACGGGAGATTCAAA 2307
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 189 ACTGATCCGTTGAGTTACAACAGCGTTCTCGGTTTATTCGCTTTAGACGGAAGATTCAAA 248
Query 2308 GAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGATGGTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACG 2367
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 249 GAAGCTGTTGAGACTTTCAAAGAGATGGTTTCATCCGGAATTCAACCTGATGACTCAACG 308
Query 2368 TTCAAATCACTAGGAACCATTCTGATGAAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAG 2427
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 TTCAAATCACTTGGAACCATTCTGATGAAACTCGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAG 368
Query 2428 ATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATCAAGCGAGGATTAGA 2468
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 369 ATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATGAAGCAAGGATTAGA 409
> Ahg930305 jgi|Araly1|930305|scaffold_302762.1
Length=232
Score = 309 bits (167), Expect = 6e-83
Identities = 210/231 (91%), Gaps = 1/231 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2083 GAAAGATCGATGGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAA 2142
|||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3 GAAACATCAATGGTGAGAAAAATGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAA 62
Query 2143 GCAAACGAGTTTACCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAA 2202
||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 63 GCAAACGAGTTCACCTTCGGGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAATGGAAGGTTCGAA 122
Query 2203 GAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGC 2262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 123 GAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCGAACTGATCCGTTGAGT 182
Query 2263 TACAACAGCGTTCTCGGCTTATTCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCT 2313
||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 183 TACAACA-CGTTCTCGTTTTATACGCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCT 232
> Ahg930304 jgi|Araly1|930304|scaffold_302761.1
Length=232
Score = 303 bits (164), Expect = 3e-81
Identities = 209/231 (90%), Gaps = 1/231 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2083 GAAAGATCGATGGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAA 2142
|||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3 GAAACATCAATGGTGAGAAAAATGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAA 62
Query 2143 GCAAACGAGTTTACCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAA 2202
||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 63 GCAAACGAGTTCACCTTCGGGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAATGGAAGGTTCGAA 122
Query 2203 GAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGC 2262
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 123 GAAGCGACTCATATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCGAACTGATCCGTTGAGT 182
Query 2263 TACAACAGCGTTCTCGGCTTATTCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCT 2313
||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 183 TACAACA-CGTTCTCGTTTTATACGCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCT 232
> Ahg952309 jgi|Araly1|952309|scaffold_5700002.1
Length=199
Score = 261 bits (141), Expect = 2e-68
Identities = 178/196 (91%), Gaps = 2/196 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2083 GAAAGATCGATGGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAA 2142
|||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3 GAAACATCAATGGTGAGAAAAATGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAA 62
Query 2143 GCAAACGAGTTTACCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAA 2202
||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 63 GCAAACGAGTTCACCTTCGGGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAATGGAAGGTTCGAA 122
Query 2203 GAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGC 2262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 123 GAAGCGACTCAGATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCGA-CTGATCCGTTGAGT 181
Query 2263 TACAACAGCGTTCTCG 2278
||||||| ||||||||
Sbjct 182 TACAACA-CGTTCTCG 196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95339883235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5