BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23150.1
Length=2893
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg905365 jgi|Araly1|905365|Al_scaffold_0003_2493 3574 0.0
> Ahg905365 jgi|Araly1|905365|Al_scaffold_0003_2493
Length=2316
Score = 3574 bits (1935), Expect = 0.0
Identities = 2200/2328 (95%), Gaps = 18/2328 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 397 ATGGTTAAAGAAATAGCTTCTTGGTTATTGATACTATCAATGGTGGTGTTTGTTTCTCCG 456
||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTAAAGAAATATCTTATGGGTTCTTGATACTATCAATGGTGATGTTTGTTTCTCCG 60
Query 457 GTTTTAGCTATAAACGGCGGTGGTTATCCACGATGTAACTGCGAAGACGAAGGAAAC-AG 515
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||| ||
Sbjct 61 GTGATAGCTATAAACGGCGGTGGTTATCCACGGTGTAACTGTGAATACGAAGG-AACTAG 119
Query 516 TTTCTGGAGTACAGAGAACATTCTAGAAACTCAAAGAGTAAGCGATTTCTTAATCGCAGT 575
|||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTCTGGACTACAGAGAATATTCTTGAAACTCAAAGAGTAAGCGATTTCTTAATCGCAGT 179
Query 576 AGCTTATTTCTCAATCCCTATTGAGTTACTTTACTTCGTGAGTTGTTCCAATGTTCCATT 635
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGCTTACTTCTCAATCCCTATTGAGTTACTTTACTTTGTGAGTTGTTCCAATGTTCCATT 239
Query 636 CAAATGGGTTCTCTTTGAGTTTATCGCCTTCATTGTTCTTTGTGGTATGACTCATCTTCT 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CAAATGGGTTCTCTTTGAGTTTATCGCCTTCATTGTTCTTTGTGGTATGACTCATCTTCT 299
Query 696 TCATGGTTGGACTTACTCTGCTCATCCATTTAGATTAATGATGGCGTTTACTGTTTTCAA 755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 300 TCATGGTTGGACTTACTCTGCTCATCCATTTAGATTGATGATGGCGTTGACTGTTTTCAA 359
Query 756 GATGTTGACTGCTTTAGTCTCTTGTGCTACTGCGATTACGCTTATTACTTTGATTCCTCT 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GATGTTGACTGCTTTAGTCTCTTGTGCTACTGCGATTACGCTTATTACTTTGATTCCTCT 419
Query 816 GCTTTTGAAAGTTAAAGTTAGAGAGTTTATGCTTAAGAAGAAAGCTCATGAGCTTGGTCG 875
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 420 GCTTTTGAAAGTTAAAGTTAGAGAATTTATGCTTAAGAAGAAGGCTCATGAGCTTGGACG 479
Query 876 TGAAGTTGGTTTGATTTTGATTAAGAAAGAGACTGGCTTTCATGTTCGTATGCTTACTCA 935
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TGAAGTTGGATTGATTATGATTAAGAAAGAGACTGGCTTTCATGTTCGTATGCTTACTCA 539
Query 936 AGAGATTCGTAAGTCTTTGGATCGTCATACGATTCTTTATACTACTTTGGTTGAGCTTTC 995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGAGATTCGTAAGTCTTTGGATCGTCATACGATTCTTTATACTACTTTGGTTGAGCTTTC 599
Query 996 GAAGACTTTAGGGTTGCAGAATTGTGCGGTTTGGATGCCGAATGACGGTGGAA-CGGAGA 1054
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 600 CAAGACTTTAGGGTTGCAGAATTGCGCGGTTTGGATGCCGAATGACGG-GGAAACGGAGA 658
Query 1055 TGGATTTGACTCATGAGTTGAGAGGGAGAGGTGGTTATGGTGGTTGTTCTGTTTCTATGG 1114
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGAATTTGACTCATGAGTTGAGAGGGAGAGGTGGTTATTGTGGTTGTTCTGTTTCTATGG 718
Query 1115 AGGATTTGGATGTTGTTAGGATTAGGGAGAGTGATGAAGTGAATGTGTTGAGTGTTGACT 1174
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 719 AGGATTTGGATGTTGTGAGGATTAGGGAGAGTGATGAAGTGAATGTGTTGAGTGTGGAGT 778
Query 1175 CGTCCATTGCTCGAGCTAGTGGTGGTGGTGGGGATGTTAGTGAGATTGGTGCCGTGGCTG 1234
|||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 779 CGTCTATTGCTCGGGCTAGCGGTGG-GG-----ATGTTAGTGAGATTGGTCCCGTGGCTG 832
Query 1235 CTATTAGAATGCCGATGCTTCGTGTTTCGGATTTTAATGGAGAGCTAAGTTATGCGATAC 1294
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 833 CCATTAGAATGCCGATGCTTCGTGTTTCGGATTTTAATGGTGAGCCGAGTTATGCGATAC 892
Query 1295 TTGTTTGTGTTTTACCGGGCGGG-ACGCCTCGGGATTGGACTTATCAGGAGATTGAGATT 1353
|||| ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 893 TTGTGTGTGTGTTACCGAGCGGGCA-GCCTCGGGATTGGACTTATCAGGAAATTGAGATT 951
Query 1354 GTTAAAGTTGTGGCGGATCAAGTAACCGTTGCGTTAGATCATGCAGCGGTTCTTGAAG-A 1412
||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |
Sbjct 952 GTTAAGGTTGTGGCTGATCAAGTAACGGTTGCGTTAGATCATGCAGCGGTT-TTGGAGGA 1010
Query 1413 GTCTCAGCTTATGAGGGAGAAGCTGGCGGAACAGAACAGGGCGTTGCAGATGGCGAAGAG 1472
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1011 GTCTCAGCTTATGAGGGAGAAGCTGGCAGAACAGAACAGGGCGTTGCAAATGGCGAAGAG 1070
Query 1473 AGACGCGTTGAGAGCGAGCCAAGCGAGGAATGCGTTTCAGAAAACGATGAGCGAAGGGAT 1532
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1071 GGACGCGTTGAGGGCGAGCCAAGCGAGGAATGCGTTTCAGAAAACGATGAGTGAAGGGAT 1130
Query 1533 GAGGCGTCCTATGCATTCGATACTCGGTCTTTTGTCGATGATTCAGGACGAGAAGTTGAG 1592
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1131 GAGGCGTCCGATGCATTCTATACTCGGTCTTTTGTCGATGATTCAAGACGAGAAGTTGAG 1190
Query 1593 TGACGAGCAGAAAATGATTGTTGATACGATGGTTAAAACAGGGAATGTTATGTCGAATTT 1652
||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 TGATGAGCAGAAGATGATTGTTGATACGATGGTGAAAACGGGGAATGTTATGTCGAATTT 1250
Query 1653 GGTGGGGGACTCTATGGATGTGCCTGACGGTAGATTTGGTA-CGGAGATGAAACCATTTA 1711
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||
Sbjct 1251 GGTGGGGGACTCAATGGATGTGTCTGACGGTAGATTTG-TAACAGAGATGAAACCGTTTA 1309
Query 1712 GTCTGCATCGTACGATCCATGAAGCAGCTTGTATGGCGAGATGTTTGTGTCTATGCAATG 1771
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1310 GTCTGCATCGTACGGTCCATGAAGCAGCTTGTATAGCGAGGTGTTTGTGTCTATGCAATG 1369
Query 1772 GAATTAGGTTCTTGGTTGACGCGGAGAAGTCTCTACCTGATAATGTAGTAGGTGATGAAA 1831
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 1370 GAATTAGGTTCTTGGTTGAAGCGGAGAAGTCTCTACCGGATAATGTAGTAGGCGACGAAA 1429
Query 1832 GAAGGGTCTTTCAAGTGATACTTCATATAGTTGGTAGTTTAGTAAAGCCTAGAAAACGTC 1891
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 GAAGGGTCTTTCAAGTGATACTTCATATGGTTGGTAGTTTAGTAAAGCCTAGAAAACGTC 1489
Query 1892 AAGAAGGATCTTCATTGATGTTTAAGGTTTTGAAAGAAAGAGGAAGCTTGGATAGGAGTG 1951
|||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 AAGAAGGATCTTCATTGATGTTAAAGATTTTAAAAGAAAGAGGAAGCTTGGATAGGAGTG 1549
Query 1952 ATCATAGATGGGCTGCTTGGAGATCACCGGCTTCTTCAGCAGATGGAGATGTGTATATAA 2011
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 ATCAAAGATGGGCTGCGTGGAGATCACCGGCTTCTTCAGCAGATGGAGATGTGTATATAA 1609
Query 2012 GATTTGAAATGAATGTAGAGAATGATGATTCAAGTTCTCAATCATTTGCTTCTGTTTCCT 2071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1610 GATTTGAAATGAATGTAGAGAATGATGATTCAAGTTCTCGATCATTTGCTTCTGTTTCGT 1669
Query 2072 CCAGAGATCAAGAAGTTGGTGATGTTAGATTCTCCGGCGGCTATGGGTTAGGACAAGATC 2131
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1670 CAAGAGATCAAGAAGTTGGTGATGTGAGATTCTCTGGCGGCTATGGGTTAGGACAAGACC 1729
Query 2132 TAAGCTTTGGTGTTTGTAAGAAAGTGGTGCAGTTGATTCATGGGAATATCTCGGTGGTCC 2191
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 TAAGCTTTGGTGTTTGTAAGAAAGTGGTCCAGTTGATTCATGGGAATATCTCGGTGGTCC 1789
Query 2192 CTGGCTCGGATGGTTCACCGGAGACCATGTCGTTGCTCCTTCGGTTTCGACGTAGACCCT 2251
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 CTGGCTCGGATGGTTCACCTGAGACCATGTCGTTGCTCCTTCGGTTTCGACGTAGACCCT 1849
Query 2252 CCATATCTGTCCATGGATCCAGCGAGTCGCCAGCTCCTGACCACCACGCTCACCCACATT 2311
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1850 CTATATCTGTCCATGGATCCAGCGAGTCACCAGCACCTGACCACCACGCTCACCCTCATT 1909
Query 2312 CGAATTCTCTGTTACGTGGCTTACAAGTTTTATTGGTAGACACCAACGATTCGAACCGGG 2371
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1910 CAAATTCTCTATTACGTGGCTTACAAGTTTTATTAGTAGACACCAATGATTCAAACCGAG 1969
Query 2372 CAGTTACACGTAAACTCTTAGAGAAACTCGGGTGCGATGTAACCGCGGTTTCCTCTGGAT 2431
|||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1970 CAGTTACACGTAAACTCTTACAAAAACTTGGATGCGATGTAACCGCGGTATCATCTGGAT 2029
Query 2432 TCGATTGCCT-TACCGCCATTGCTCCCGGCTCGTCCTCGCCTTCTACTTCGTTTCAAGTG 2490
|||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2030 TCGATTGCCTAT-CCGCCGTTGCTCCCGGCTCGTCCTCGTCTTCTACTTCGTTCCAAGTG 2088
Query 2491 GTGGTGCTTGATCTTCAAATGGCAGAGATGGACGGTTATGAAGTGGCCATGAGGATCAGG 2550
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2089 GTGGTGCTTGATCTTCAAATGGTAGAGATGGACGGTTATGAAGTGGCAATGAGGATCAGG 2148
Query 2551 AGTCGATCTTGGCCGTTGATTGTGGCGACGACAGTGAGCTTGGATGAAGAAATGTGGGAC 2610
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 AGTCGATCTTGGCCGTTGATTGTGGCGACAACGGTGAGTTTGGATGAAGAAATGTGGGAC 2208
Query 2611 AAGTGTGCACAGATTGGAATCAATGGAGTTGTGAGAAAGCCAGTGGTGTTAAGAGCTATG 2670
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2209 AAGTGTGCGCAGATTGGAATCAATGGAGTTGTGAGAAAGCCAGTGGTGTTAAGAGCCATG 2268
Query 2671 GAGAGTGAGCTCCGAAGAGTATTGTTGCAAGCTGACCAACTTCTCTAA 2718
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2269 GAGAGTGAGCTCCGGAGAGTATTGTTGCAAGCTGACCAACTTCTTTAA 2316
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109204732415
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5