BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23330.1
Length=2148
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479848 jgi|Araly1|479848|fgenesh2_kg.3__2549__AT3G23330.1 2447 0.0
> Ahg479848 jgi|Araly1|479848|fgenesh2_kg.3__2549__AT3G23330.1
Length=2040
Score = 2447 bits (1325), Expect = 0.0
Identities = 1502/1588 (95%), Gaps = 9/1588 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 566 CTT-TTGGAATAGACAGTGTGAGGAGGGTTTTTGAAGTGATGCCTAGAAAGGATGTTGTG 624
||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 CTTCTTGGAATAGATAGTGTGAGGAAAGTTTTTGAATTGATGCCTAGAAAGGATGTTGTG 516
Query 625 TCGTATAATACTATCATTGCAGGGTATGCACAGAGTGGAATGTATGAAGATGCTTTGAGA 684
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 TCGTATAATACTGTCATTGCAGGGTATGCACAAAGTGGAATGTATGAAGATGCTTTGAGA 576
Query 685 ATGGTTAGGGAGATGGGAACTACTGACTTAAAGCCTGATTCTTTTACTTTGTCTAGTGTG 744
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 577 ATGGTTAGGGAGATGGGAACTAGTGATTTAAAGCCTGATGCTTTCACTTTGTCTAGTGTG 636
Query 745 CTTCCGATATTTTCTGAGTATGTGGATGTTATTAAGGGGAAAGAGATTCATGGGTATGTG 804
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 637 CTTCCGATATTTTCTGAGTATGTGAATGTTCTTAAGGGAAAAGAGATTCATGGGTATGTG 696
Query 805 ATTAGGAAAGGGATTGATAGTGATGTATATATTGGGAGTAGTTTGGTTGATATGTATGCG 864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 ATTAGGAAAGGGATTGATAGTGATGTATATATTGGGAGTAGTTTGGTTGATATGTATGCT 756
Query 865 AAAAGTGCTCGGATTGAAGACTCTGAAAGAGTGTTTTCTCGCTTGTATTGTCGGGATGGT 924
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
Sbjct 757 AAAAGTGCTCGGATTGAAGACTCGGAAAGAGTGTTTTCTCACTTGTATCGTCGGGATAGT 816
Query 925 ATCTCGTGGAACTCGCTTGTAGCTGGGTATGTACAGAATGGTAGATACAATGAGGCTCTG 984
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 817 ATCTCGTGGAACTCGCTTGTAGCTGGGTATGTACAGAACGGTAGATACAATGAGGCTCTG 876
Query 985 AGATTGTTCAGGCAAATGGTGACCGCAAAGGTTAAGCCAGGGGCTGTGGCGTTCTCAAGT 1044
||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 877 AGATTATTTAGGCAAATGGTGAGCGCAAAGGTTAGGCCAGGAGCTGTGGCGTTCTCAAGT 936
Query 1045 GTGATTCCTGCTTGTGCTCACCTAGCCACCTTGCACCTTGGGAAACAACTTCACGGATAT 1104
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 GTGATTCCTGCTTGTGCTCACCTAGCTACCTTGCACCTTGGGAAACAACTTCACGGATAT 996
Query 1105 GTATTAAGGGGTGGCTTTGGCAGTAACATATTCATAGCTAGTGCACTTGTTGATATGTAC 1164
|||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 997 GTATTAAGAGGTGGCTTTGGGAGAAATATATTCATAGCTAGTGCACTTGTCGATATGTAC 1056
Query 1165 TCGAAA-TGTGGGAATATTAAGGCTGCTAGGAAGATTTTTGACAGGATGAATGTACTCGA 1223
|| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1057 TC-AAAGTGTGGAAATATTCAGGCTGCTAGGAAGATTTTTGACAGGATGAATCTACACGA 1115
Query 1224 TGAAGTATCATGGACGGCTATTATAATGGGGCATGCGTTACATGGTCATGGGCATGAAGC 1283
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 CGAAGTATCATGGACGGCTATTATAATGGGTCATGCGTTACATGGTCATGGGCATGAAGC 1175
Query 1284 AGTTTCGTTGTTTGAGGAGATGAAACGACAAGGAGTGAAACCGAATCAAGTGGCATTTGT 1343
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1176 AGTTTCGTTGTTTGAGGAGATGAAACGGCAAGGAGTGAAACCAAATCAAGTGGCCTTTGT 1235
Query 1344 TGCTGTACTAACGGCTTGTAGTCATGTGGGGTTGGTAGATGAGGCATGGGGATATTTCAA 1403
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1236 TGCTGTACTAACGGCTTGTAGTCATGTGGGGTTGGTAGATAAGGCGTGGGGATATTTCAA 1295
Query 1404 CAGCATGACTAAGGTTTACGGTTTAAACCAGGAGTTAGAACATTATGCAGCTGTAGCGGA 1463
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1296 CAGCATGACTAATGTTTACGGTTTAAACCAGGAGTTAGAACATTATGCAGCTGTAGCAGA 1355
Query 1464 TCTTCTAGGCCGTGCAGGGAAGCTGGAAGAAGCATACAATTTCATTTCAAAGATGTGTGT 1523
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1356 TCTTCTAGGCCGTGCAGGGAAACTGGAAGAAGCATACGATTTCATTTCAAACATGCGTGT 1415
Query 1524 TGAACCA-ACTGGTAGTGTCTGGTCTACCTTATTGTCTTCTTGCAGCGTTCACAAGAATC 1582
||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 TGAAC-AGACGGGTAGTGTCTGGTCTACCTTATTGTCTTCTTGCAGCGTTCACAAGAATC 1474
Query 1583 TTGAGTTGGCTGAGAAGGTAGCGGAGAAGATATTCACTGTCGATTCTGAAAACATGGGAG 1642
||||| | || ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1475 TTGAGCTAGCCGAGAAGGTAGCAGAGAAGATATTCACAATTGATTCTGAAAACATGGGAG 1534
Query 1643 CTTATGTTTTGATGTGCAATATGTATGCGTCTAATGGAAGATGGAAAGAAATGGCGAAAC 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 CTTATGTTTTGATGTGCAATATGTATGCGTCTAATGGGAGATGGAAAGAAATGGCGAAAC 1594
Query 1703 TAAGATTGCGTA-TGAGGAAGAAAGGATTGCGGAAAAAGCCAGCTTGTAGTTGGATCGAA 1761
| ||||| | | ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 TGAGATTAAG-AGTGAGGAAAAAAGGATTACGTAAAAAGCCAGCTTGTAGTTGGATCGAA 1653
Query 1762 ATGAAAAACAAGACTCATGGATTTGTTTCAGGAGATAGATCGCATCCGAGTATGGACAAG 1821
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1654 ATGAAAAACAAGACTCATGGGTTTGTTTCAGGAGATAGATCGCATCCGAGTATGGACA-G 1712
Query 1822 A-TCAACGAGTTTCTTAAAGCTGTAATGGAACAGATGGAGAAAGAAGGGTATGTTGCAGA 1880
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1713 AATCAACGAGTTTCTTAGAGCTGTAATGGAACAGATGGAGAAAGAAGGTTATGTTGCAGA 1772
Query 1881 CACAAGCGGCGTGCTTCACGATGTAGACGAAGAGCATAAGAGAGAGCTTTTGTTCGGACA 1940
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1773 CACAAGCGGCGTGCTTCACGATGTAGACGAAGAGCATAAGAGAGAGCTTTTGTTTGGACA 1832
Query 1941 CAGTGAGAGATTGGCTGTTGCCTTTGGTATCATCAACACAGAACCTGGCACGACAATTAG 2000
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1833 CAGCGAGAGATTGGCTGTTGCATTTGGTATCATCAACACAGAACCTGGCACGACGATTAG 1892
Query 2001 AGTCACTAAGAATATAAGGATATGCACGGATTGTCATGTCGCAATCAAGTTTATCTCGAA 2060
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1893 AGTCACTAAGAACATAAGGATTTGCACGGATTGTCATGTCGCGATCAAGTTTATCTCGAA 1952
Query 2061 GATCACGGAAAGAGAGATTATCGTTAGGGATAATAGCAGATTCCACCATTTCAACCGTGG 2120
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1953 GATCACGGAGAGAGAGATTATTGTTAGGGATAATAGCAGATTCCACCATTTTAACCGTGG 2012
Query 2121 AAACTGTTCTTGTGGAGATTATTGGTAA 2148
|| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2013 AAGCTGTTCTTGTGGAGACTATTGGTAA 2040
Score = 752 bits (407), Expect = 0.0
Identities = 446/465 (96%), Gaps = 2/465 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTTCATCAAAAGCCCTAATCAAAACCCTGATTAAGAATCCAACTCGAATCAAATCC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGAGTTCATCAAAAGCCCTAATCAAAACCCTGATTAAGAACCCTACTCGCATCAAATCC 60
Query 61 AAATCTCAAGCGAAGCAGCTTCACGCACAATTCATCAGAACTCAATCACTCTCTCATACA 120
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AAATCTCAAGCTAAGCAGCTTCACGCGCAATTCATCAGAACTCAATCACTCTCTCACACA 120
Query 121 TCAGCTTCAATCGTAATCTCAATCTACACAAACCTTAAACTTTTGCACGAAGCTTTGCTT 180
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTGCTTCAATCGTAATCTCAATCTACACAAACCTTAAACTTTTGCACGAAGCTTTGCTT 180
Query 181 CTTTTCAAAACCCTTAAGTCTCCTCCTGTTCTAGCATGGAAGTCAGTAATCAGATGCTTC 240
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTTTCAAAACCCTCGAGTCTCCTCCTGTTCTCGCATGGAAGTCAGTAATCAGATGCTTC 240
Query 241 ACCGACCAGTCTCTATTCTCCAAG-GCGTTAGCTTCGTTTGTGGAAATGCGAGCTTCTGG 299
|||||||||||| |||||||| | || || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACCGACCAGTCTTTATTCTCC-CGTGCTTTGGCTTCGTTCGTGGAAATGCGAGCTTCTGG 299
Query 300 GAGATGCCCAGATCACAATGTGTTTCCTTCTGTTTTGAAATCGTGTACGATGATGATGGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GAGATGCCCAGATCACAATGTGTTTCCTTCTGTGTTGAAATCGTGTACGATGATGATGGA 359
Query 360 TTTGAGATTTGGTGAGTCTGTTCATGGGTTTATTGTTAGGCTTGGTATGGATTGTGATTT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTTGAGATTTGGTGAGTCTGTTCATGGGTTTATTGTTAGGCTTGGTATGGATTGTGATTT 419
Query 420 GTATACTGGTAATGCGCTTATGAATATGTATGCTAAGCTTCTTGG 464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GTATACTGGTAATGCGCTTATGAATATGTATGCTAAGCTTCTTGG 464
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80827499890
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5