BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23590.1
Length=4277
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479868 jgi|Araly1|479868|fgenesh2_kg.3__2569__AT3G23590.1 6833 0.0
> Ahg479868 jgi|Araly1|479868|fgenesh2_kg.3__2569__AT3G23590.1
Length=4220
Score = 6833 bits (3700), Expect = 0.0
Identities = 4036/4200 (96%), Gaps = 15/4200 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 CACGAGGACTATTCAGCCATTTGCAAACGCACACACAAACGCACACGCGTTTAttttttt 104
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 27 CACGAGGACTATTCAGTCATTTGCAAACGCGCACACAAACGCACACGCGTTAATTTTTTT 86
Query 105 ttCGCCAAATCAAATCTGAAGAGTTCCTGTATCTTTTAACCGCTCTTCTTCTTCTTCAGA 164
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 87 TTCGCCAAATCAAATCTG-AGAGTTCCTGTATCTTTTAACCGCTCTTCCTCTTCTTCAGA 145
Query 165 GAGCTTCGTTGATTGAACGGAAAAAATGGTGGTTCCTGGACGGAGAACCGTCTGGGATTG 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 GAGCTTCGTTGATTGAACGGAAAAAATGGTGGTTCCTGGACGGAGAACCGTCTGGGATTG 205
Query 225 TGTGATTGAGCTGACAAAGATGGCTCAAGAGAACTGTGTCGATCCTCGTCTTTGGGCTTC 284
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 TGTGATTGAGCTAACAAAGATGGCTCAAGAAAACTGTATCGATCCTCGTCTTTGGGCTTC 265
Query 285 TCAGTTATCATCGAATTTGAAATTCTTCGCCGTGGAGTTACCGTCGACGGAGCTTGCGGA 344
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 266 TCAGTTATCATCGAATTTGAAATTCTTCGCCGTCGAGTTACCGTCGACGGAGCTCGCGGA 325
Query 345 GGTTATTGTTTCGTACATTTGTTGGGATAATAACGTTCCTATTGTTTGGAAGTTTCTTGA 404
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 326 GGTTATCGTCTCGTACATTTGTTGGGATAATAACGTTCCTATTCTTTGGAAGTTTCTGGA 385
Query 405 AAGAGCTATGGCTTTGAAGCTTGTTTCTCCTCTCGTTGTTCTTGCTCTTCTCGCTGACAG 464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||
Sbjct 386 AAGAGCTATGGCTTTGAAGCTTGTTTCTCCTCTCGTTGTTCTTGCTCTGCTCTCTCACAG 445
Query 465 AGTTGTTCCAACCCGGTCTACGCAACAAGCAGCTTATAGAATTTACTTGGAGCTGCTCAA 524
||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 AGTTGTTCCAAGCCGGTGTACGCAAGTAGCGGCTTATAGAATTTACTTGGAGCTGCTCAA 505
Query 525 GAGAAATATGTTCACCATTAAAGATCATATTAGTGGACCTCACTACCAGAAGGTCATGAT 584
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 506 GAGAAATATGTTCACTATTAAAGATCATATTAGTGGACCTCACTACCAGAAGGTTATGAT 565
Query 585 TTCAGTATCCAATATTCTTCGTCTTTCAGAGTTATTTGATCTGGACACAAGCAAACCTGG 644
||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 566 TTCAGTAGCCAACGTTCTTCGTCTTTCAAAGTTATTTGATTTGGAAACAAGCAAACCTGG 625
Query 645 TGTGCTTTTAGTAGAGTTTGTTTTTAAGATGGTGTCACAATTGCTAGATGCAGCGTTAAG 704
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 626 TGTGCTTTTAGTAGAATTTGTTTTTAAGATGGTGTTACAACTGCTAGATGCAACGTTAAG 685
Query 705 TGATGAAGGTTTGCTAGAGCTAAGCCAAGACTCGAGCTCCCAGTGGCTAGTTAAGTCTCA 764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 TGATGAAGGTTTGCTAGAGCTAAGCCAAGACTCGAGCTCCCAGTGGCTAGTTAAGTCTCA 745
Query 765 AGATATGGAAATTGATGCTCCTGAGAGATATAATGAAAAGACTGGATCACTAGAGAAGTT 824
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 746 AGAAATGGAAATTGATGTTCCTGAGAGATATAATGAAAAGACTGGATCGCTAGAGATGTT 805
Query 825 ACAGAGTTTGAATACCATCATGGCTATTGAGTTGATAGCGGAATTCCTCAGAAATACAGT 884
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 806 ACAGTCTTTGAATACCATCATGGCTATCGAGTTGATTGCGGAGTTCCTCAGAAATACTGT 865
Query 885 GAT-TGCGAGATTGCTATACTTGGTATCTTCCAACAGGGCTTCGAAGTGGCATGAATTTG 943
||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 866 GATAT-CCAGATTGCTATACTTGGTATCTTCCAACAGGGCTTCGAATTGGCATGAATTTG 924
Query 944 TCCAGAAAGTGCAGCTTCTTGGAGAAAATTCATCGGCTTTAAAACACTCAAAGGTTCTAA 1003
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 925 TTCAGAAAGTGCAGCTGCTTGGAGAAAATTCATCGGCTTTAAAAAACTCAAAGGTTCTAA 984
Query 1004 ATTCTGGGGATCTATTACAATTGATTTCGAA-TAGACGATTTGGGTATTCTTATGATAGC 1062
|||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 985 ATTCTGGGGATCTATTGCAGTTGATTTC-AAGTAGACGATTTGGGTATTCTTGTGACAGC 1043
Query 1063 AAAGTAACTTCAGCACGGAAATCCAATGCAATTGTGGATTTTGGATCTCTCTCTTCCTAT 1122
|||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1044 AAAGTAACTTCATCACGGAAATCTAATGCAATAGTGGATTTTGGATCTCTCTCTTCCTTT 1103
Query 1123 GCTGGCTTATGCCATGGAGCAAGTCTCTCTTCACTTTGGCTTCCTCTTGATCTAGTATTT 1182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 GCTGGCTTATGCCATGGAGCAAGTCTCTCTTCACTTTGGCTTCCTCTTGATCTAGTATTT 1163
Query 1183 GAAGATGCAATGGATGGATATCAAGTAAACCCAACTAGTGCGATTGAAATCATTACCGGT 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1164 GAAGATGCAATGGATGGATATCAAGTAAACCCAACTAGTGCAATTGAAATCATTACCGGT 1223
Query 1243 CTAGCTAAAACACTTAAAGAAATTAATGGGAGCACTTGGCATGACACTTTCTTGGGGCTT 1302
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 CTAGCTAAAACACTTAAAGAAATTAATGGGAGTACTTGGCATGACACTTTCTTGGGGCTT 1283
Query 1303 TGGATAGCAGCTCTCCGACTTGTTCAAAGGGAAAGGGATCCTATTGAGGGACCTATTCCT 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 TGGATAGCAGCTCTCCGACTTGTTCAAAGGGAAAGGGATCCTATTGAGGGACCTATTCCT 1343
Query 1363 CGACTGGACACAAGGCTGTGCATGTCATTATGTATTGTGCCTCTTGTGGTCGCAAACCTT 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 CGACTGGACACAAGGCTGTGCATGTCATTATGTATTGTGCCTCTTGTGGTCGCAAACCTT 1403
Query 1423 ATTGAAGAGGGGAAATACGAATCTGTCATGGAAAAGCTGCGAGATGACCTTGTTACAAGT 1482
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||
Sbjct 1404 ATTGAAGAGGGGAAATACGTATCTGTCATGGAAAAGCTGCGAAATGATCTTATTACAAGT 1463
Query 1483 TTGCAGGTCCTCGGTGATTTCCCTGGATTGCTGGCTCCTCCCAAATGCGTTGTTTCTGCT 1542
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 1464 TTGCAAGTCCTCGGTGATTTCCCTGGATTGCTGGCTCCTTCCAAGTGTGTTGTTTCTGCT 1523
Query 1543 GCCAACAAGGCTGCCACAAAGGCAATCTTGTTTTTGTCTGGTGGCAATGTTGGAAAGTCA 1602
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 GCCAACAAGGCTGCTACGAAGGCAATCTTGTTTTTGTCTGGTGGCAATGTTGGAAAGTCG 1583
Query 1603 TGTTTTGATGTCATAAACATGAAGGACATGCCTGTCAACTGCTCTGGAAACATGCGCCAC 1662
|||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TGTTCTGATGTCATAAACATGAAGGAAATGCCTATCAACTGCTCTGGAAACATGCGCCAC 1643
Query 1663 CTGATAGTCGAGGCTTGTATTGCAAGAAACATACTGGATATGTCGGCTTATTCGTGGCCT 1722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||
Sbjct 1644 CTGATAGTCGAGGCTTGTATTGCAAGAAACATACTGGATACGTCGGCCTATTCGTGGTCT 1703
Query 1723 GGCTATGTTAATGGCCGAATCAACCAAATACCTCAGAGTCTGCCGAATGAAGTACCCTGC 1782
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 GGCTATGTCAATGGCCGAATCAACCAAATACCTCAGAGTCTGCCGAATGAAGTACCCTGC 1763
Query 1783 TGGTCATCATTTGTGAAAGGGGCTCC-ACTAAATGCCGCAATGGTGAATACATTAGTTTC 1841
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1764 TGGTCGTCATTTGTGAAAGGGGC-CCAACTAAATGCTGCAATGGTGAATGCATTAGTTTC 1822
Query 1842 AGTTCCTGCTTCAAGCTTAGCAGAGCTCGAGAAACTATTTGAGGTTGCAGTCAAAGGATC 1901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 AGTTCCTGCTTCAAGCTTAGCAGAGCTCGAGAAACTATATGAGGTTGCAGTCAAAGGATC 1882
Query 1902 GGATGACGAGAAGATATCTGCTGCTACAGTTCTTTGCGGGGCATCTCTCACACGGGGTTG 1961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 GGATGACGAGAAGATATCTGCTGCTACAGTTCTTTGTGGGGCATCTCTCACACGGGGTTG 1942
Query 1962 GAACATACAGGAACACACTGTTGAATATCTTACAAGATTACTATCCCCACCCGTTCCAGC 2021
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 GAACATACAGGAACACACTGTTGAGTTTCTTACAAGATTACTATCCCCACCCGTTCCAGC 2002
Query 2022 AGATTATTCCAGGGCTGAAAATCATTTGATTGGTTATGCCTGCATGTTGAATGTTGTTAT 2081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2003 AGATTATTCCAGGGCTGAAAATCATTTGATTGGTTATGCCTGCATGCTGAATGTTGTTAT 2062
Query 2082 TGTTGGGATAGGATCTGTTGACAGCATTCAAATTTTCTCTTTACATGGCATGGTTCCGCA 2141
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 TGTTGGGATAGGATCTGTTGACAGCATTCAGATTTTCTCTTTACATGGCATGGTTCCGCA 2122
Query 2142 ACTTGCTTGCTCACTAATGCCAATTTGTGAAGAGTTTGGATCTTACACCCCGAGTGTATC 2201
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2123 ACTTGCTTGCTCACTAATGCCAATCTGTGAAGAGTTTGGATCTTACTCCCCGAGTGTATC 2182
Query 2202 ATGGACTCTTCCTTCTGGAGAAGCAA-TATCAGCATATTCTGTTTTCTCAAATGCATTCA 2260
||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 ATGGACTCTTCCTTCCGGAGAA-CAAGTATCAGCCTATTCTGTTTTCTCAAATGCATTCA 2241
Query 2261 CTCTTCTTTTAAAGCTATGGAGATTCAATCATCCTCCTATTGAGCATGGTGTGGGAGATG 2320
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2242 CTCTTCTTTTAAAGCTTTGGAGATTCAATCATCCTCCTATTGAGCATGGTGTAGGAGATG 2301
Query 2321 TTCCCACAGTTGGCTCCCAACTCACTCCTGAACATCTTCTTTCAGTGCGTAATTCTTATC 2380
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 TTCCCACAGTTGGTTCCCAACTCACTCCTGAACATCTTCTTTCAGTGCGTAATTCTTATC 2361
Query 2381 TTGTTTCGTCGGAGATCCTTGATAGAGACCGAAACAGAAAGAGACTTTCAGAAGTTGCAA 2440
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 TTGTTTCGTCGGAGACCCTTGATAGAGACCGAAACAGAAAGAGACTTTCAGAAGTTGCAA 2421
Query 2441 GGGCAGCATCTTGCCAGCCCGTGTTTGTGGACTCGTTCCCCAAGCTGAAAGTCTGGTATA 2500
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2422 GGGCAGCATCTTGCCAGCCCGTGTTTGTTGACTCGTTCCCCAAGCTAAAAATCTGGTATA 2481
Query 2501 GGCAGCACCAAAGATGCATAGCAGCCACATTATCTGGACTTACACATGGATCTCCCGTTC 2560
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2482 GGCAGCACCAAAGATGCATAGCTGCCACATTATCTGGACTTACACATGGATCTCCCATTC 2541
Query 2561 ATCAGACAGTTGAAGCACTTCTCAACATGACGTTCGGAAAGGTCAGAGGCAGTCAGACTT 2620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2542 ATCAGACAGTTGAAGCACTTCTCAACATGACGTTCGGTAAGGTCAGAGGCAGTCAGACTT 2601
Query 2621 TAAATCCAGTAAATTCGGGCACAAGCAGTTCATCAGGAGCTGCAAGTGAAGATAGCAATA 2680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2602 TAAATCCAGTAAATTCGGGCACAAGCAGTTCATCAGGAGCTGCAAGTGAAGATAGCAATA 2661
Query 2681 TTAGACCTGAGTTTCCTGCTTGGGATATCCTCAAAGCCGTTCCATATGTTGTCGATGCTG 2740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2662 CAAGACCTGAGTTTCCTGCTTGGGATATCCTCAAAGCCGTTCCATATGTTGTAGATGCTG 2721
Query 2741 CTTTAACCGCTTGTACTCATGGAAGGCTTTCGCCTCGTCAGTTAGCTACAGGGCTGAAAG 2800
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2722 CTTTAACTGCTTGTACTCATGGAAGGCTTTCGCCTCGTCAGTTAGCTACAGGGCTGAAAG 2781
Query 2801 ACTTAGCAGATTTTCTCCCGGCATCATTAGCAACGATAGTAAGCTATTTCTCAGCTGAGG 2860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2782 ACTTAGCAGATTTTCTCCCGGCATCATTAGCAACGATAGTAAGCTATTTCTCAGCTGAGG 2841
Query 2861 TGAGTAGAGGTGTTTGGAAGCCAGTATTCATGAACGGCGTGGATTGGCCAAGTCCAGCTA 2920
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842 TGAGTAGAGGAGTTTGGAAGCCAGTATTCATGAACGGTGTGGATTGGCCAAGTCCAGCTA 2901
Query 2921 CAAATCTATCCACTGTTGAGGAATATATAACGAAAATTCTTGCAACAACAGGCGTCGATA 2980
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2902 CAAATCTATCCTCTGTTGAGGAATATATAACGAAAATTCTTGCAACAACAGGCGTCGATA 2961
Query 2981 TCCCTAGCCTTGCTCCAGGAGGGAGTTCTCCGGCAACGCTTCCTTTACCTCTAGCCGCAT 3040
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2962 TCCCTAGCCTTGCTCCAGGAGGGAGTTCACCGGCAACACTTCCTTTACCTTTAGCCGCCT 3021
Query 3041 TTGTTAGTCTAACCATTACTTACAAAATTGACAAAGCCTCAGAGCGGTTTCTCAACCTGG 3100
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3022 TTGTAAGTCTAACCATTACTTACAAAATTGACAAAGCCTCAGAGCGGTTTCTCAACCTGG 3081
Query 3101 CTGGCCCAGCTCTGGAGTGCTTGGCTGCAGGCTGCCCTTGGCCTTGCATGCCCATTGTAG 3160
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3082 CTGGCCCAGCTCTTGAGTGCTTGGCTGCAGGCTGCCCTTGGCCTTGCATGCCCATTGTAG 3141
Query 3161 CTTCATTATGGACCCAAAAGGCGAAACGTTGGTTTGACTTCCTTGTTTTCTCTGCCTCTC 3220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3142 CTTCATTATGGACCCAAAAGGCGAAACGTTGGTTTGACTTCCTTGTTTTCTCTGCCTCTC 3201
Query 3221 GCACCGTCTTCCTTCACAACCAAGACGCTGTGATTCAGCTCCTCAGAAACTGCTTCAGTG 3280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3202 GCACCGTCTTCCTTCACAACCAAGACGCTGTGATTCAGCTCCTCAGAAACTGCTTCAGTG 3261
Query 3281 CCACTCTGGGTTTGAATGCTGCCCCCATGTCAAATGATGGTGGCGTTGGAGCTCTTCTTG 3340
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3262 CCACTCTCGGTTTGAATGCTGCCCCCATGTCAAATGATGGTGGCGTTGGAGCTCTTCTTG 3321
Query 3341 GCCATGGATTCGGCTCTCATTTCTATGGAGGGATCTCTCCTGTAGCACCAGGGATTCTTT 3400
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3322 GCCATGGATTTGGCTCTCATTTCTATGGCGGGATCTCTCCTGTAGCACCAGGGATTCTTT 3381
Query 3401 ATCTCCGTATGTATCGTGCTCTCAGAGATACTGTCTCCGTATCGGAAGAGATTCTCTCTC 3460
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3382 ATCTTCGTATGTATCGTGCTCTCAGAGATACTGTCTCTGTATCGGAAGAAATTCTCTCTC 3441
Query 3461 TGCTGATACATTCGGTGGAGGATATAGCCCAGAACAGGCTCTCAAAGGAGAAGCTGGAAA 3520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3442 TGCTGATACATTCGGTGGAGGATATAGCCCAGAACAGGCTCTCAAAGGAGAAGCTGGAAA 3501
Query 3521 AGCTGAAGACAGTGAAGAACGGATCAAGATACGGCCAAAGTTCTCTAGCAACAGCAATGA 3580
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3502 GGCTGAAGACAGTGAAGAACGGAACAAGATACGGCCAAAGTTCTCTAGCAACAGCAATGA 3561
Query 3581 CTCAAGTGAAGCTTGCTGCTTCGCTGAGTGCCTCGTTGGTATGGCTAACCGGTGGCTTAG 3640
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3562 CTCAAGTCAAGCTTGCTGCTTCGCTTAGTGCCTCGTTGGTATGGCTAACCGGTGGCTTAG 3621
Query 3641 GTGTGGTCCACGTTCTCATCAAAGAAACGATCCCATCTTGGTTTCTATCAACTGACAAAT 3700
||||||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3622 GTGTGGTCCACCTACTGATCAAAGAAACCATCCCGTCTTGGTTTCTATCAACTGACAAAT 3681
Query 3701 CAGACCGAGAACAAGGACCATCGGATCTAGTTGCAGAGCTAAGAGGTCATGCCCTTGCCT 3760
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3682 CAGACCGAGAACAAAGACCATCAGATCTAGTTGCAGAGCTAAGAGGTCATGCCCTTGCCT 3741
Query 3761 ACTTTGTGGTCCTATGTGGAGCACTTACTTGGGGCGTGGATTCAAGATCATCTGCATCCA 3820
||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3742 ACTTTGTAGTCCTATGTGGAGCATTTGCTTGGGGGGTGGACTCAAGATCATCTGCATCAA 3801
Query 3821 AACGCCGCCGCCAAGCAATCTTGGGAAGCCACTTGGAGTTCATCGCGAGTGCCTTAGATG 3880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 3802 AACGCCGCCGCCAAGCAATCTTGGGAAGCCACTTGGAGTTCATCGCGAGTGTCTTAGACG 3861
Query 3881 GGAAAATATCAGTGGGATGTGAAACAGCAACTTGGCGAACATATATTTCCGGTTTGGTGA 3940
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3862 GGAAAATATCAGTGGGATGCGAAACAGCAACTTGGCGGACATATATTTCCGGTTTGGTGA 3921
Query 3941 GTCTAATGGTGAGCTGTTTGCCGCTCTGGGTGACAGAGATCGATACAGAAGTGTTAAAGA 4000
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3922 GTCTAATGGTGAGCTGTTTGCCTCTCTGGGTGACAGAGATCGATACAGAAGTGTTAAAGA 3981
Query 4001 GTCTAAGCAATGGACTAAGAAAATGGGGAAAAGACGAGCTAGCGATTGTATTACTCTCCT 4060
|| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3982 GTGTAAGCAGTGGACTAAGAAAATGGGGAAAAGAAGAGCTAGCGATTGTATTACTCTCCT 4041
Query 4061 TGGGAGGTCTCAAAACAATGGATTACGCAGCTGATTTCATCATTCATTTGCGTTCATAGC 4120
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4042 TGGGAGGTCTCAGAACAATGGACTACGCAGCTGATTTCATCATTCATTTGCGTTCATAGC 4101
Query 4121 TTCTTAAAAAGTTTTGATCTTCTCCAGATTT---CAGATAGTTGTTTGATAGATGTTTTT 4177
|||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 4102 TTCTTAAAAAGTTTTGATCT-CTCCAGTTTTTTTCAGATAGTTGCTTGATAGATGTGTTT 4160
Query 4178 CTTCTAGTG--TTTGCTTCCTTGTTGTGACTTGTGTTCTCTAGCTCCAGTGTTGTGTGAT 4235
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4161 CTTGTAGTGAATTTGCTTCCTTGTTGTGACTTGTGTTCTCTAGCTCCAGTGTTGTGTGAT 4220
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161744685250
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5